합병 당해 사업연도에 공제한 피합병법인으로부터 승계받은 쟁점이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액의 범위를 초과한 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2002.9.27. ‘주식회사 OOO’라는 상호로 개업하여 선박부품 제조업 등을 영위하다가 2014.10.1. OOO 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)를 합병한 후 합병법인명을 OOO 주식회사로 변경하였으며, 2014사업연도 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금 OOO원 중 OOO원(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)을 각 사업연도 소득금액에서 차감하였다.
• 나. OOO국세청장은 2017.4.10.～2017.4.27. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인이 2014사업연도 법인세 신고시 공제한 쟁점이월결손금에 대하여 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위를 초과한 것으로 보아 법인세를 부과하도록 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2017.9.1. 청구법인에게 쟁점이월결손금의 공제를 부인하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.10.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 합병은 적격합병 요건을 충족하였고, 중소기업 간의 합병에 해당하므로 법인세법제113조 제3항 단서 규정에 따라 합병 이후의 회계를 구분경리 하지 않았다. 따라서, 청구법인의 2014사업연도 법인세 신고 당시 합병으로 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액이 명확히 구분되지 않아 법인세법제45조에 따라 전체 소득금액의 안분이 필요하였다. (가) 피합병법인의 합병등기일 현재 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 포함한 합병법인의 모든 사업에서 발생한 소득금액을 통산한 금액에서 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율로 안분하여 계산한 금액을 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’으로 보아 그 범위 내에서 결손금을 공제하여야 할 것인바(서면법령법인-25, 2015.12.24., 국세청 인터넷 상담 2013.9.26., 국세청 인터넷 상담 2014.8.28. 참조), 동 규정에 따르면 ‘피합병법인이 승계받은 사업의 소득금액 = 총 소득금액 × 피합병법인의 고정자산가액 비율’이므로, 청구법인의 2014사업연도 안분 소득금액은 다음과 같다. (나) 청구법인의 합병등기일은 2014.10.1.로서 합병 이후의 영업기간이 3개월에 불과하고, 청구법인의 2014사업연도 전체 소득금액을 고정자산가액 비율로 안분하게 되면 합병등기일 이전 기간의 소득금액까지 합산되는바, 이는 피합병법인으로부터 승계받은 결손금은 승계받은 사업에서 발생하는 소득에서 공제한다는 법의 기본취지에 부합하지 않는다고 판단하였다. (다) 청구법인은 합병등기일이 속하는 사업연도의 합병법인과 피합병법인의 소득금액을 안분계산하기 위하여 법령 규정 및 예규, 판례 등을 조사하였으나 합병등기일 이전과 이후를 구분하기 위한 기준이 없었다. 따라서, 청구법인은 대안으로 비영리법인의 공통익금 및 손금은 수입금액 또는 매출액으로 안분계산하도록 규정한 법인세법 시행규칙제76조 제6항을 준용하여 청구법인의 2014사업연도 전체 소득금액을 안분계산하였는바, 청구법인이 부가가치세 신고내역을 기준으로 안분하여 계산한 소득금액은 다음과 같다.

① 부가가치세 신고내역

② 합병등기일 이전과 이후 기간의 소득금액 안분내역

③ 합병등기일 이후의 합병법인과 피합병법인의 소득금액 안분내역

(2) OOO국세청 감사관은 청구법인의 2014사업연도 전체 사업연도 소득금액에서 합병기일(2014.9.30.)에 작성된 청구법인의 합병직전 재무제표상 당기순이익을 차감하여 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 안분하여 계산하였는바, 그 세부내역은 다음과 같다.

① 각 사업연도 소득금액 구분

② 이월결손금 공제액

(3) 조세법률주의 원칙은 과세요건 등 국민의 납세의무에 관한 사항을 법률로써 규정하여야 하고, 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용을 허용하지 아니함을 의미하므로 법률의 위임 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배되는바(대법원 2017.4.20. 선고 2015두45700 판결), 이 건의 경우 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액 안분계산에 대한 명확한 법령 규정이 없고, 청구법인은 세법에 명문화된 규정을 준용하여 합리적인 법인세 신고를 위해 최선의 노력을 기울인 점, 처분청의 소득금액 안분계산 방법은 세법상 명문화되어 있지 않을 뿐만 아니라 전체 각 사업연도 소득금액에서 합병 전 기간의 소득금액이 아닌 합병 전 기간의 손익계산서상 당기순이익을 차감하였다는 모순이 있는 점 등의 사유로 이 건 과세처분은 조세법률주의에 부합하지 않는다.

• 나. 처분청 의견 (1) 법인세법제45조는 합병시점에서 합병법인 또는 피합병법인의 소득금액 및 이월결손금이 확정되어 있음을 전제로 하고 있다. (가) 법인세법제45조 제2항은 합병법인이 승계받은 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제할 수 있도록 규정하고 있고, 법인은 같은 법 제112조에 따라 복식부기 방식으로 장부를 기장하고 증명서류를 비치․보존하여야 하며, 같은 법 제113조에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 구분하여 기록하도록 규정하고 있는바, (나) 법인세법제45조는 합병등기일 현재로 합병법인과 피합병법인이 결산을 완료하는 것을 전제로 하고 있어서, 제1항에서 합병법인의 경우에는 합병등기일 현재 해당 사업에서 소득금액이 발생하였는지 또는 결손금이 발생하였는지를 명확히 하여야 하고, 이는 결산 결과 결손금이 발생하였다면 해당 결손금은 이후 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에서는 공제받을 수 없기 때문이다. 또한, 제2항의 경우에도 마찬가지로 합병 전까지의 소득금액 또는 결손금이 확정되어야 하고, 이후 확정된 결손금이 승계될 수 있는 것이다. (다) 법인세법제45조 제1항에서 “피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 (제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다)”으로 명시하고 있고, 제2항은 “합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 과세표준을 계산할 때 공제한다”라고 규정하고 있는바, 여기서 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업’이라 함은 합병이라는 사건이 발생함에 따라 존재하는 것으로 합병 이전에는 있을 수 없는 것이며, 합병등기일 이전에 발생한 소득금액에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액이 포함될 수 없다. 따라서, 합병등기일 이전에 발생한 합병법인의 소득금액은 피합병법인의 결손금으로 공제할 수 없는 것이다.

(2) 법인세법제113조 제3항 단서 규정인 구분경리 의무의 예외는 합병 이후 발생하는 소득구분에 대한 것이다. 법인세법제113조 제3항은 “다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다”라고 규정하고 있고, 같은 항 단서에서 “중소기업간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다”고 예외를 인정하고 있는바, 법인세법제113조 제3항 단서는 같은 항 전단의 “합병등기일 이후의 피합병법인에 속하는 것과 그 밖의 것에 속하는 것”을 구분하는 의무에 대한 예외규정임이 명백하므로 합병 이후에 발생한 소득금액의 구분에 대한 특례인 것이다. 따라서, 법인세법제45조 제1항 및 제2항의 ‘소득금액’은 원칙적으로 합병 이후의 구분경리한 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 것을 의미하고, 제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에 합병등기일 현재의 사업용 고정자산가액 비율로 안분하도록 규정한 것은 예외적으로 구분경리하지 않은 경우에는 합병 이후의 소득금액의 구분이 되지 않는 부분에 한하여 사업용 고정자산가액 비율로 안분하는 것이고, 합병 이전의 소득금액은 이미 확정이 되어 있어 안분계산의 대상이 될 수 없는 것이라 보아야 할 것이다.

(3) 청구법인이 부가가치세 수입금액으로 합병 전․후를 안분계산한 것은 법적인 근거가 없고, 합병 이전과 이후의 소득금액은 명확히 구분되는 것으로 안분계산의 대상이 아니다. (가) 법인세법은 합병 전․후의 소득금액 또는 결손금을 확정하고 승계하는 것을 규정하고 있고, 합병 시점에 소득금액 또는 결손금이 확정되어 있음에도 합병 전과 후의 소득금액을 결정하기 위하여 사업연도 전체의 소득금액을 부가가치세 수입금액의 합병 전․후의 비율로 안분할 이유가 없다. 청구법인이 법 규정에 명시되어 있는 소득금액이 아닌 매출액을 기준으로 합병 전․후의 소득금액을 안분함으로써 매출액이 발생하였으나 소득금액은 없는 경우에도 결손금 공제가 가능해지며 이는 결손금 공제제도의 기본적인 취지나 원리에 비추어 불합리하다. (나) 청구법인이 부가가치세 수입금액(매출액)을 기준으로 합병 전․후의 소득금액을 안분한 것은 법적인 근거가 없으며, 법인세법제112조는 법인의 기장의무를 명확히 하고 있고 합병법인의 합병 이전과 이후의 소득은 명확히 구분할 수 있는 것이므로 안분계산의 대상이 아니다. 또한, 법인세법제113조 제3항은 합병 이후에 발생하는 것의 구분과 관계된 규정이므로 합병 이전과 이후의 구분과는 무관하다. 청구법인이 구분경리 의무를 배제할 수 있는 것은 합병 이후의 소득구분에 한정되는 것이므로, 이 건의 대상이 되는 처분의 계산이 법 취지에 반하였다는 청구법인의 주장은 이유가 없다. 청구법인의 주장은 중소기업 등의 경우 구분기장 여력이 부족하므로 합병 후의 소득에 대하여 구분경리 의무를 면제해주는 특례를 소득의 귀속이 명확한 합병법인의 합병등기일 이전과 이후의 소득금액 구분과 혼동한 주장이다. (다) 결손금 공제의 범위가 되는 ‘소득금액’을 구분경리 하지 않는 경우에 전체 과세기간의 소득금액에서 사업용 고정자산가액 비율로 안분하는 것은 합병등기일이 속하지 않은 사업연도에서는 인정되는 것이나, 이 건의 경우와 같이 합병등기일이 속하는 사업연도에는 합병 이후의 소득금액을 대상으로 안분하는 것이 타당하다. 합병 이후의 소득금액은 법인세법제113조 제3항 단서에 따라 구분경리를 하지 않는 경우라 할지라도 해당 기간 중 피합병법인에 속하는 것과 그 밖에 속하는 것을 통산된 소득금액은 법인세법제112조의 기장의무에 따라 기장하고 증빙을 비치하여야 한다.

(4) 청구법인은 합병시점의 당기순이익이 사업연도 종료시의 당기순이익보다 크므로 합병 이후에 결손이 발생한 것이 명백하여 이월결손금을 공제할 소득금액이 없다. 청구법인은 합병 전․후를 모두 포함한 2014사업연도 법인세 신고시 당기순이익을 OOO원, 각 사업연도 소득금액을 OOO원으로 신고하였고, 심판청구서 및 감사기간 중 제출된 자료에 의하면 합병 이전의 당기순이익은 OOO원으로 확인되는바, 청구법인의 합병 이전 당기순이익과 2014사업연도 전체 당기순이익의 차이인 OOO원은 합병 이후의 기간 중에 발생한 구분경리를 아니한 통산된 당기순손실임이 분명하고, 동 당기순손실액에 청구법인이 법인세 신고서상 세무조정사항을 모두 반영하더라도 해당 기간에 결손으로써 소득금액이 발생하지 않는다. 따라서, 청구법인은 2014사업연도 중 합병등기일 이후에 소득금액이 발생하지 아니하였고 구분경리하지 않았으므로 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 공제받을 금액이 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 합병 당해 사업연도에 공제한 피 합병법인으로부터 승계받은 쟁점이월결손금이 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액의 범위를 초과한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2014.3.18. 법률 제12420호로 개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 국세기본법제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) ① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.

④ 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제113조(구분경리) ③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간 (2) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것) 제81조(합병에 따른 이월결손금 등의 승계) ① 법 제45조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다.

② 법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다. (3) 법인세법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제480호로 개정되기 전의 것) 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인과 피합병법인 간의 합병이 적격합병이라는 점, 합병법인(9.51%)과 피합병법인(90.49%)의 고정자산가액 비율, 청구법인이 구분경리의무 대상이 아니라는 점, 합병등기일(2014.10.1.) 등에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (나) 국세통합전산망 조회자료상 청구법인과 피합병법인의 사업자등록내역은 다음과 같고, 법인등기사항증명서에서 청구법인은 피합병법인을 2014.10.1. 흡수합병한 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 2014사업연도 법인세 신고서의 주요내용은 다음과 같다. (라) 피합병법인의 법인해산에 따른 2014사업연도 법인세 신고서의 주요내용은 다음과 같고, 자본금과 적립금조정명세서(갑)의 이월결손금 잔액은 OOO원으로 나타난다. (마) 청구법인의 합병시점 및 2014사업연도말 기준으로 각 사업연도 소득금액 및 당기순이익을 보면 다음과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법제45조 제2항에 의하면, 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하도록 규정하고 있는바, 여기서 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’이라 함은 합병 이후 발생한 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 소득금액을 말하는 것으로 당연히 합병 이전에 발생한 합병법인의 소득금액은 제외하여야 하고, 합병 이후 발생한 합병법인의 소득금액과 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액은 같은 법 제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 기준으로 안분계산한 금액으로 하도록 규정(제45조 제1항)하고 있다. 이 건의 경우, 청구법인은 합병 이전(2014.9.30. 기준)과 2014사업연도(2014.12.31. 기준)의 당기순이익이 각각 OOO원으로 그 차액인 OOO원은 합병 이후 기간인 2014.10.1.부터 2014.12.31.까지 발생한 당기순손실액이라 하겠다. 여기에 2014사업연도말 기준으로 세무조정사항OOO을 전액 반영한다 하더라도 합병 이후 기간에는 결손 발생으로, 합병 이후 합병법인의 소득금액과 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액은 발생하지 않는다 할 것이다. 따라서, 합병 당해 사업연도인 2014사업연도에는 합병법인인 청구법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 공제받을 금액이 없으므로 처분청이 쟁점이월결손금 공제를 부인하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.