중소기업기본법에는 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려움.
중소기업기본법에는 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려움.
OOO이 2017.7.17. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 의 개정(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것, 이하 “구 조특령”이라 한다)으로 구 조특령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 되자 그 때(2012사업연도)부터 중소기업에서 제외되는 것으로 오해하여 중소기업특별세액 감면을 미적용하고, 연구 및 인력개발비 세액공제의 공제율 적용 시 중소기업에서 제외되는 기업의 공제율을 적용하여 법인세를 신고하였다.
(2) 그러나 위 구 조특령의 개정에도 불구하고, 개정 당시에 이미 중소기업 유예기간을 적용받고 있는 기업은 2012년에 ‘실질적 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 되더라도, 다음과 같은 이유에서 계속 유예기간을 적용받는 것이다. (가) 구 조특령 제2조 제2항 단서 및 제3호는 ‘중소기업’이 관계기업 요건을 초과하는 경우만을 유예기간 적용의 제외 사유로 규정하고 있을 뿐, ‘유예기간 중에 있는 기업’이 관계기업 요건을 초과하는 경우에 대해서는 아무런 규정을 두고 있지 않다. 유예기간 적용제도의 취지가 “중소기업이었던 기업에 대해 기존의 지원이 일시에 중단됨으로써 받는 충격을 완화시켜 주기 위함”(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 같은 뜻임)임을 고려하면, 위 시행령 개정을 근거로 청구법인과 같이 이미 유예기간을 적용받던 기업에 대해 사후적으로 관계기업 요건을 초과하는 경우까지 그 유예기간 적용이 실효된다고 해석할 수 없다. (나) 구 조특령 제2조 각 항의 규정 체계에 따르면 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’은 구분되는바, 후자는 구 조특령 제2조 제2항 단서의 요건을 충족할 수 없는 것이고, 판례 역시 구 조특령 제2조 제2항 단서 규정의 ‘중소기업’에는 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는 것으로 해석하는 것이 규정 체계상 합리적이라 판단하였다(서울행정법원 2015.12.4. 선고 2015구합55318 판결, 대법원 2017.1.12. 선고 2016두53920 판결로 확정, 같은 뜻임). 또한, 위 판례에서 법원은 ‘유예기간 중에 있는 기업’은 개정 법령 각 호의 사유가 발생하기 전에 이미 규모 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 법인이므로, 법령의 개정으로 관계기업 기준을 초과하게 되더라도 이를 개정된 구 조특령 제2항 단서에 따른 “각 호가 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업”이라는 요건은 충족시킬 수 없다고 판단하였다.
(3) 따라서, 청구법인은 2012~2013사업연도에 유예기간을 계속 적용받아 중소기업에 해당하는 것인바, 이를 근거로 중소기업특별세액 감면을 적용하고 연구 및 인력개발비 세액공제 공제율을 변경 적용하여 법인세 등을 경정하여 달라는 청구법의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(1) 구 조특령은 제2조 제2항 단서 및 제3호에서 “제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업”에 해당하는 경우 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 제2조 제1항 제3호에서 중소기업 요건으로 “실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것”을 규정하고 있으며, 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 다목은 관계회사에 속하는 기업의 경우 상시 사용하는 종업원 수가 1천명 이상, 자기자본 1천억원 이상, 매출액 1천억원 이상 또는 자산총액 5천억원을 초과하지 않을 것을 규정하고 있는바, 이는 중소기업기본법 시행령이 2011.1.1.부터 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입하자, 구 조특령이 이를 수용하여 2012.1.1.부터 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적 독립성’ 요건에 관계기업 기준을 도입한 것이다. 청구법인은 2012∼2013사업연도 관계회사 매출액 합계가 1천억원 이상이 되어 중소기업기본법 시행령상 관계기업 기준에 위배되고, 구 조특령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적 독립성’ 요건을 충족하지 못하는바, 청구법인은 구 조특령 제2조 제2항에서 규정하고 있는 유예기간 적용대상이 되는 ‘중소기업’에 해당하지 않으므로, 유예기간이 적용될 여지가 없다.
(2) 조세특례제한법은 중소기업기본법의 독립성 기준뿐만 아니라 유예기간 제도에 대한 기본개념도 준용하고 있는데, 중소기업청은 중소기업기본법 제2조 등에 따른 중소기업 유예 배제규정 적용 시 ‘유예 중에 있는 기업’이 유예배제사유에 해당하는 경우 잔여 유예기간이 소멸되는 것으로 해석하고 있고(중소기업청, 2015 중소기업 범위 해설), 중소기업기본법 시행령 및 구 조특령이 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입한 목적은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 조세감면 혜택을 부여하지 않겠다는 취지인바, 그 입법의도를 고려하더라도, 유예기간 중에 있는 기업이 그 유예기간 중에 관계기업 기준에 위배되는 경우 그 때부터 중소기업 유예기간이 적용되지 않는다고 보는 것이 타당하다.
(3) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합되는 것이므로(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임), 구 조특령 제2조 제2항은 일정한 요건의 기업에게 중소기업 유예기간 적용을 제외한다고 규정하고 있을 뿐, 유예기간 중인 기업에 대해 단서 적용이 배제된다고 규정하고 있지 않는바, 구 조특령 제2조 제2항 단서는 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 대하여도 당연히 적용된다고 보는 것이 타당하다.
(4) 만약, 이미 유예혜택을 적용받는 기업이라 하여 유예 적용이 배제되는 사유가 발생하였음에도 잔여 유예기간을 계속 인정해준다면, 일정한 사유에 대해 예외적으로만 중소기업 유예기간을 인정하는 법의 취지 자체가 무색해지고, 동일하게 관계기업기준에 위배되었음에도 이미 유예혜택을 적용받는 기업은 계속 혜택을 누리고, 매출액 초과 등 중소기업 범위를 초과한 적이 없는 기업은 유예기간 혜택이 배제되어 기업 간 형평성에도 문제가 발생한다.
(5) 위와 같은 이유로 기획재정부 및 국세청 등 과세관청은 “중소기업 유예기간 중 관계기업 해당 시 잔여 유예기간이 적용되지 않는다”고 일관되게 해석하여 왔고, 2017.1.19. 기획재정부 예규에서도 동일 쟁점의 국세청 질의사례에 대해 유예중인 기업이 관계기업 기준에 위배되는 경우 잔여 유예기간을 불인정하는 것으로 판단하는 등 법원의 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결) 이후에도 같은 입장을 취하고 있다. 한편, 위 대법원 판례에 따를 경우, 중소기업을 졸업하는 당해 사업연도에만 구 조특령 제2조 제2항 각 호의 유예 배제 여부를 판단하게 되어(이후 3년간은 “유예기간 중에 있는 기업”이므로), 유예기간 중 독립성 위배 사유가 동일하게 발생하였는데도 그 사유 발생시점에 따라 중소기업 적용 배제여부가 달라지는 불합리한 문제가 발생하게 된다. 또한, 2010.12.30. 조세특례제한법 시행령 개정 시 제2조 제2항 단서에 “유예기간 중에 있는 기업”이란 표현이 들어간 것은, 종전에 통칙[ 조세특례제한법 기본통칙 4-2-5(중소기업 유예기간의 적용범위)]으로 운영되던 합병 법인에 대한 적용례를 2010.12.30. 법령화 한 것인바, 대법원 판례가 동 조항의 입법취지를 오인한 것으로 보인다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 (2) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1974년 설립OOO되어 자동차용 고무부품 및 가전용 고무, 플라스틱부품 제조업을 주요 사업으로 영위하는 법인으로, 2010사업연도에 매출액이 OOO원 이상이 된 사실에 대해 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (나) 청구법인의 당초 경정청구 세액은 2011~2015사업연도 합계 OOO원이었으나, 2 011사업연도,2014사업연도,2015사업연도(일부)는 처분청이 경정청구를 인용 하여 OOO원이 환급되었는바, 이 건 심판청구 대상이 되는 금액은 나머지 금액인 OOO원이며, 연도별 내역은 다음 <표1>과 같다. (다) 처분청은 2017.7.17. “중소기업 유예기간 중 관계기업기준 위배 시 잔여 유예기간에 대해서는 유예 배제함이 타당하다고 판단된다”는 사유로, 청구법인에게 해당 부분에 대하여 경정을 거부하는 결정을 통지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 중소기업기본법에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 청구법인에 대해 관계기업 기준에 위배되는 시점부터 중소기업 유예기간이 적용되지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.