관계기업에 해당된 경우에는 중소기업 유예기간 적용사유가 발생하였더라도 그 단서에 따라 유예기간 적용이 배제된다고 보는 것이 타당하고 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 함
관계기업에 해당된 경우에는 중소기업 유예기간 적용사유가 발생하였더라도 그 단서에 따라 유예기간 적용이 배제된다고 보는 것이 타당하고 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 함
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 부과처분은 중소기업 유예기간 제도의 취지에 반하여 규모의 확대로 중소기업에서 졸업한 청구법인의 유예기간 적용을 배제하므로 위법․부당하다. (가) 구 조특법 시행령 제2조 제2항의 체계상 청구법인은 이미 중소기업 유예기간 중에 있었으므로 관계기업기준에 의하여 유예기간이 실효될 수 없다. 구 조특법 시행령 제2조 제2항 본문은 당초 중소기업이었던 기업이 규모확대로 규모기준을 초과함에 따라 중소기업을 졸업하게 된 때에는 일정기간 유예기간을 인정함으로써 중소기업에 대한 조세감면규정이 적용됨을 원칙적․우선적으로 규정하고 있는 반면, 동항 단서는 동항 본문에 의한 중소기업 유예기간의 적용을 받지 않는 중소기업이 관계기업기준을 충족하지 못하는 경우 등 일정한 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 중소기업 유예기간을 적용을 배제하도록 하는 예외적․제한적 규정이다. 즉, 구 조특법 시행령 제2조 제2항의 체계상 단독으로 규모기준을 초과하게 된 중소기업은 동항 본문에 따라 우선적으로 중소기업 유예기간을 적용받게 되는 것이고, 동항 단서는 중소기업이 단독으로는 규모기준을 초과하지 않는 경우를 전제로 일정 사유발생시 중소기업 유예기간의 적용을 배제하고 있다. 다시 말해 중소기업이 관계기업에 속한다고 하더라도 당해 기업 자체만으로 규모기준을 초과하는 때에는 구 조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 이미 유예기간을 적용받는 유예 중인 중소기업이 되는 것이고, 그 결과 구 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 따른 유예기간 배제사유로서의 관계기업기준은 적용될 여지가 없게 되는 것이다. 대법원(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결) 역시 이러한 취지에서 “ 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다”고 명시적으로 판단한 바가 있다. 이에 의하면 청구법인은 2014사업연도에 단독으로 매출액 OOO원을 초과함으로써 규모기준을 초과하였으므로, 2014년 사업연도부터 이미 중소기업 유예기간을 적용받는 유예 중인 중소기업에 해당하게 되었고, 그렇다면 청구법인이 이미 2014사업연도에 유예 중인 중소기업이었던 이상, 2014사업연도에 관계기업기준을 충족하지 못하게 되었다고 할지라도 중소기업 유예기간의 적용이 배제된다고 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 이 건 부과처분은 위법․부당하다. (나) 중소기업 유예기간의 취지 및 조특법 시행령의 개정연혁에 비추어 보면 단독으로 규모기준을 초과한 기업에 대해서는 유예기간을 적용함이 타당하다. 조특법은 중소기업의 진흥과 성장을 지원하기 위해 중소기업에 대한 조세감면특례규정을 두고 있을 뿐만 아니라, 중소기업이 규모의 확대로 중소기업을 졸업한 경우에도 유예기간 동안 조세감면의 혜택이 유지되도록 하고 있는데 그 취지는 규모의 성장으로 말미암아 중소기업에서 벗어난 경우라고 하더라도 기존의 지원이 일시에 중단됨으로써 받는 충격을 완화시켜 주려는 조세정책적 고려에서 일정한 유예기간을 부여함으로써 지속적인 기업성장이 가능하도록 배려하기 위한 것이다. 이러한 취지를 일관한다면 규모의 성장으로 인하여 중소기업을 졸업하게 된 기업에 대해서는 원칙적으로 중소기업 유예기간이 적용되어야 할 것이고, 함부로 유예기간 배제사유에 해당한다고 단정하여 감면을 배제하여서는 안 될 것이다. 즉, 중소기업이 단일기업으로 여러 사업을 영위하면서 기업규모를 성장시킨 것이나, 각 사업별로 별도법인을 설립하여 사업을 영위하면서 전체적인 기업규모를 성장시킨 것 사이에는 사업을 하나의 법인으로 수행하느냐 아니면 여러 법인으로 나누어 수행하느냐의 차이만 있을 뿐이므로, 양자 간에 중소기업 유예기간이 적용되어야 할 당위성 면에서는 하등의 차이도 없는 것이다. 이와 같이 관계기업기준을 초과한 기업의 경우에만 유독 유예기간을 배제하여야 할 필연성이 존재한다거나 유예기간을 배제함으로써 특별한 정당성을 확보할 수 있다고 볼 사유는 전혀 없고, 또한, 관계기업기준에 따라 관계기업을 모두 포괄하여 중소기업 여부를 판단하는 이상 사업을 여러 기업으로 쪼개어 수행하는 등의 방법으로 조세회피가 발생할 우려도 전혀 없다 할 것이다. 그렇기 때문에 중소기업기본법 시행령은 2013.10.16. 개정을 통해 관계기업기준을 충족하지 못하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 계속하여 적용하도록 규정하였으며, 조특법 시행령 역시 2015.2.3. 개정을 통해 관계기업기준을 충족하지 못하여 중소기업 범위에서 제외된 기업도 유예기간을 인정하도록 규정하였는데, 이는 중소기업기본법 시행령의 개정이유와 같이 관계기업기준을 유예기간 배제사유로 규정한 것이 중소기업 감면제도의 운영상 부적당하기 때문이었다. 이상과 같이 중소기업 유예기간을 둔 조특법의 규정취지와 관계기업기준을 유예기간 배제사유에서 제외한 개정연혁에 비추어 보면, 관계기업기준을 충족하지 못한다는 이유만으로 중소기업 유예기간 적용을 배제하는 것은 중소기업 감면제도의 체계상 부적당하므로 극히 엄격하게 제한적으로만 인정하여야 할 것이다. (다) 관계기업이 있다는 이유만으로 중소기업 유예기간의 적용을 배제하는 것은 과세형평의 원칙에 반하여 위법․부당하다. 국세기본법제18조 제1항은 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있는바, 과세처분이 과세의 형평을 침해하고 세법조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권을 부당히 침해하는 경우에는 그 자체로 국세기본법제18조 제1항에 반하여 위법한 처분이라 할 것이다. 그런데 관계기업이 있는 중소기업이 단독으로 규모기준을 초과한 경우에 일률적으로 중소기업 유예기간의 적용이 배제된다고 보면, 규모확대로 중소기업에서 졸업하게 되었다는 점은 동일함에도 불구하고 관계기업이 있다는 이유만으로 유예기간의 적용이 배제되어 과세형평에 심히 반하는 결과가 발생한다. 즉, 매출액이 없거나 미미한 관계기업을 보유하고 있는 중소기업의 경우에는 주된 기업의 규모확대로 중소기업에서 졸업하게 된 것임에도, 규모확대와는 아무런 관련이 없는 관계기업이 있다는 이유만으로 유예기간을 적용받지 못하게 되는 불합리한 결과가 발생하는 것이다. 그렇기 때문에 중소기업기본법 시행령과 구 조특법 시행령은 이와 같은 문제점을 인식하고 이에 대한 ‘반성적 고려’에서 관계기업기준 미충족을 아예 중소기업 유예기간 적용 배제사유에서 제외하는 법령개정을 단행하였던 것이다. 그렇다면 관계기업이 있는 중소기업이 단독으로 규모기준을 초과하였음에도 관계기업기준을 미충족 하였다고 보아 중소기업 유예기간의 적용을 배제하는 것은 중소기업 감면규정의 취지에 반하여 관계기업의 유무만으로 조세감면의 혜택을 박탈하는 것이므로, 과세형평의 원칙에 반하는 위법·부당한 처분이 된다고 할 것인바, 이 건 부과처분은 이와 같이 과세형평의 원칙에 반한다는 점에서도 위법함을 면할 수 없다.
(2) 구 조특법 시행령의 문언상 관계기업기준 충족여부는 직전사업연도 매출액을 기준으로 판단하여야 하므로 이와 다른 전제에 선 이 건 부과처분은 부당하다. 처분청은 청구법인과 관계기업들의 2014사업연도 매출액이 OOO원을 초과함을 이유로 청구법인이 2014사업연도부터 관계기업기준을 충족하지 못하였다고 판단하였다. 즉, 처분청은 관계기업기준은 당해 사업연도말의 매출액을 기준으로 그 충족 여부를 판단하여야 한다고 본 것이다. 물론, 앞서 살펴본 바와 같이 처분청의 위와 같은 판단을 전제하더라도 이 건 부과처분은 위법한 것이지만, 구 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 문언상 관계기업기준 충족 여부는 직전 사업연도 매출액을 기준으로 판단하여야 한다는 점에서도 역시 위법하다. 구 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호는 중소기업의 요건 중 하나로 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것’을 규정하고 있습니다. 다만, 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목, 즉 관계기업기준을 적용할 때에는 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각목의 어느 하나에 해당하는”을 “조특법 시행령 제2조 제1항 각호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 바꾸어 적용하도록 정하고 있다. 한편, 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목은 관계기업기준을 “① 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 ② 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업”으로 정하고 있다. 결국, 구 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호 후단 규정의 문언에 따르면, 관계기업기준을 정한 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목은 “① 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액이(이하 “쟁점 전단규정”이라 한다) ② 구 조특법 시행령 제2조 제1항 각 호외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 기업(이하 “쟁점 후단규정”이라 한다)으로 정리가 된다. 즉, 쟁점 전단규정은 관계기업기준을 판단하기 위한 상시근로자수 등을 중소기업기본법 시행령제7조의4에 따라 산정하도록 하는 구체적인 계산방법에 관한 규정이고, 쟁점 후단규정은 위와 같이 산정된 상시근로자수 등을 비교하기 위한 기준수치를 정한 규정인바, 관계기업기준 충족여부를 판단함에 있어 그 기준이 되는 상시근로자 수 등을 중소기업기본법 시행령제7조의4가 정한 바에 따라 산정하여야 함은 법령의 문언상 명백하다 할 것이며 중소기업기본법 시행령제7조의4 제3항은 직전 사업연도를 기준으로 관계기업의 상시근로자수 등을 산정하도록 명확히 규정하고 있다. 이와 같이 관계기업기준을 판단함에 있어 그 판단기준이 되는 상시근로자수 등은 직전 사업연도를 기준으로 산정함이 법령의 규정상 명백한바, 청구법인이 2014사업연도에 관계기업기준을 충족하였는지 여부를 판단함에 있어서도 2014사업연도 매출액이 아니라 2013사업연도 매출액을 기준으로 하여야 함이 법령의 문언에 따른 당연한 귀결이다. 그리고 청구법인 및 관계기업들의 2013사업연도 매출액 합계는 약 OOO원에 불과하여 OOO원에 현저히 미달함이 분명하고, 상시근로자수, 자본금, 자기자본, 자산총액 등도 기준에 미달하므로, 청구법인은 2014사업연도에는 관계기업기준을 충족하고 있는 것이다. 결국, 구 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 문언에 따르면 청구법인은 2014사업연도에는 관계기업 기준을 충족하였다가 2015사업연도에 비로소 관계기업기준을 충족하지 못하게 된 것이고, 청구법인은 2014사업연도에 이미 유예중인 중소기업에 해당하는바, 2015사업연도에 관계기업기준을 충족하지 못하게 되었다고 하더라도 여전히 중소기업으로서의 감면혜택을 적용을 받을 수 있는 것이다.
(1) 이 건 부과처분은 청구법인이 이미 중소기업 유예기간 중에 있었으므로 관계기업기준에 의하여 유예기간이 실효될 수 없으며 단독으로 규모기준을 초과한 기업에 대해서는 유예기간을 적용함이 타당하므로 당초 처분이 위법·부당하다는 주장에 대하여, 구 조특법 시행령 제2조 제4항은 중소기업 해당 여부의 판단기준으로 ‘매출액’ 외에도 ‘상시 사용하는 종업원 수’, ‘자기자본’, ‘자산총액’을 대등적․병렬적으로 규정하면서 이들 모두 과세연도 종료일을 기준으로 판단하도록 규정하고 있고, 2014.3.14. 개정된 조특법 시행규칙 제2조 제8항에서 ‘관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다’라고 명확히 규정하고 있는바, 청구법인은 2014사업연도 관계기업 매출액 합계가 OOO원으로 2014사업연도 최초로 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로 이미(2014년 전) 중소기업 유예기간에 있었던 기업에 해당하지 아니한다. 구 조특법 시행령 제2조 제2항에서 중소기업이 규모의 확대 등의 기준 초과로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 하는 유예기간을 적용하나, 동항 단서 및 제3호에서 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령에 적합하지 않는 경우로써, 같은 령 제7조의 4에 따라 관계기업 간 합산한 매출액이 구 조특법 시행령 제2조 제1항 단서에서 규정하는 OOO원 이상일 경우는 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 규정하고 있는바, 구 조특법 시행령 및 중소기업기본법 시행령에서 중소기업 요건으로 이러한 관계기업 기준을 도입한 목적은 지배 또는 종속관계를 형성하여 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 조세감면 혜택을 부여하지 않겠다는 취지로서, 결국 조세감면 혜택부여 기업의 판단은 관계기업의 특정 기업 매출액으로 판단할 수 없고 지배 또는 종속관계에 있는 관계기업 전체 매출액을 기준으로 판단해야 하며, 청구법인의 주장처럼 단독으로 규모기준을 초과한 기업에 대해서는 유예기간을 적용해야 한다면 지배기업 단독 매출액이 OOO원에 미치지 못하는 경우에만 유예기간 적용이 배제됨으로써 오히려 관계기업 기준의 도입취지에 역행하는 결과가 도출되는 바, 단독으로 규모기준을 초과한 청구법인이 중소기업 유예대상에 해당한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.
(2) 관계기업의 매출액 판정 시 기준 사업연도 적정 여부 중소기업기본법은 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조특법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세 정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있으며, 구 조특법과 그 시행령은 중소기업의 규모확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두면서 그 유예사유 및 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 구 조특법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없는 것이다(대법원 2015.4.23. 선고 2013두10458 판결). 구 조특법 시행령 제2조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제2조는 중소기업 해당 여부의 판단기준으로 ‘매출액’ 외에도 ‘상시 사용하는 종업원 수’, ‘자기자본’, ‘자산총액’을 대등적․병렬적으로 규정하고 있는데 이들 모두 과세연도 종료일을 기준으로 판단하도록 규정하고 있고, 또한 종전부터 유권해석을 통해 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는지 여부에 대한 기준이 되는 매출액은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 함을 밝히고 있으며(법규과-794, 2013.7.11.), 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된조특법 시행규칙제2조 제8항에서 ‘관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다’라고 이를 명문규정화하고 있는바, 관계기업기준 충족여부 판단 시 직전 사업연도 매출액을 기준으로 판단해야 한다는 청구법인의 주장은 기존 유권해석 및 조특법 시행규칙에 반하는 주장으로 아무런 이유가 없다 할 것이다.
(2) 관계기업에 속하는 기업인지의 판단을 직전사업연도의 매출액 기준으로 하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 조세특례제한법(2014.5.14. 법률 제12570호로 일부개정되기 전의 것) 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】
① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감모든 면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
① 내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구․인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구․인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구․인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구․인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구․인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구․인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 4를 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구․인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 일부개정되기 전의 것) 제2조 【중소기업의 범위】
① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수․폐기물 처리(재활용을 포함한다)․원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상․오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍․시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 도시가스사업법 제2조제4호 에 따른 일반도시가스사업, 무형재산권 임대업(지식재산 기본법 제3조제1호 에 따른 지식재산을 임대하는 경우로 한정한다), 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제2조제4호 나목에 따른 연구개발지원업, 개인 간병인 및 유사 서비스업, 사회교육시설, 직원훈련기관, 기타 기술 및 직업훈련 학원, 도서관․사적지 및 유사 여가 관련 서비스업(독서실 운영업은 제외한다)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수․자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수․자기자본․자본금․매출액․자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 일부개정된 것) 제2조 【중소기업의 범위】
① 생략
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항제3호(중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
③ ∼⑤ 생략 ※ 부칙(제26070호, 2015.2.3) 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 일부개정된 것) 제2조 【중소기업의 범위】
② 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 소득세법 시행령 제20조 에 따른 일용근로자, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조제1항제2호 에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 근로기준법 제2조제1항제8호 에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.
③ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표(이하 이 조에서 "재무상태표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.
④ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업․분할․합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.
⑤ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 재무상태표상의 자산총액으로 한다.
⑥ 영 제2조제1항제1호에 따른 자본금은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제15항제3호 에 따른 주권상장법인과 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 재무상태표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액
2. 제1호 외의 기업인 경우에는 재무상태표상의 자본금과 재무상태표상의 자산에서 부채를 차감한 금액중 큰 금액
⑦ 영 제2조제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조제2항 을 준용한다.
⑧ 영 제2조제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.
(5) 중소기업기본법(2015.2.3. 법률 제13157호로 일부개정되기 전의 것) 제2조 【중소기업자의 범위】
① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업
③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. (6) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 일부개정되기 전의 것) 제2조 【정의】 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조 【중소기업의 범위】
① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원
2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족
① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제15항 에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제3조의3 【중소기업 여부의 판단 및 적용기간】
① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다.
② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다. 제7조 【매출액】
① 제3조제1항제1호에 따른 매출액은 회계관행에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 말한다. 다만, 업종의 특성에 따라 매출액에 준하는 영업수익 등을 사용하는 경우에는 영업수익 등을 말한다.
② 제1항에 따른 매출액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법에 따라 산정한다.
1. 직전 사업연도의 사업기간이 12개월 이상인 기업: 직전 사업연도의 매출액 제7조의4 【관계기업의 상시근로자수등의 산정】
① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.
② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.
③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. 제9조 【유예 제외】 법 제2조제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우
2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
3. 중소기업이 제3조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
4. 중소기업이 제3조제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 중소기업이 다른 중소기업의 주식등을 소유하여 제3조제1항제2호다목에 해당하는 경우는 제외한다.
(1) 조사청이 세무조사 당시 청구법인의 OOO를 상대로 작성한 문답서에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.
(2) 청구법인과 관계기업들의 2012 ~ 2014사업연도 매출액은 다음과 같이 확인된다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 구 조특법 시행령 제2조 제2항을 살펴보면, 그 본문에서 “중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 본다”고 규정하고 있고, 그 단서에서 ‘중소기업이 실질적 독립성 기준을 충족하지 못하는 등의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있다. 청구법인은 구 조특법 시행령 제2조 제2항의 문언을 해석함에 있어서 본문(규모의 확대 등에 따라 중소기업을 졸업한 기업에 대하여 유예기간을 적용하도록 규정)과 단서(중소기업이 실질적 독립성 기준을 충족하지 못한 경우에는 유예기간 적용을 배제하도록 규정)를 구분하여 본문을 원칙적으로 적용한 후 단서를 예외적으로 적용하는 것이 그 체계상 타당하다고 주장하나, 조세법률주의의 엄격해석 원칙상 위 규정은 그 문언대로 해석하는 것이 바람직하다 할 것이고 그 문언을 보건데 본문과 단서를 순차적으로 적용하여야 한다고 볼 만한 특별한 규정이 없으므로 위 규정의 본문과 단서를 각각 적용하여 중소기업 유예기간 적용 여부를 판단하는 것이 타당한 점, 관계기업 규모기준을 충족하지 못할 경우 유예기간 적용을 배제하는 것은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 중소기업으로서의 세제혜택을 부여하지 않겠다는 취지인 점, 청구법인과 같이 해당 규정을 해석하게 된다면 ‘관계기업 중 일방의 단독 매출액과 관계기업의 전체 매출액이 각각 OOO원을 초과하는 경우’는 ‘단독 매출액은 OOO원 미만이지만 관계기업의 전체 매출액이 OOO원을 초과하는 경우’ 보다 오히려 중소기업 혜택을 배제해야 할 필요가 더 큼에도 전자에만 중소기업 유예기간을 적용하게 되므로 형평에도 어긋나는 점 등에 비추어 중소기업이 관계기업 규모기준을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 과세연도에 그 단독 매출액도 OOO원을 초과하여 구 조특법 시행령 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예기간 적용사유가 발생하였더라도 그 단서에 따라 유예기간 적용이 배제된다고 보는 것이 타당하다고 판단된다(대법원 2017.1.25. 선고 2016두56240, 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 관계기업 규모기준의 충족여부는 직전사업연도 매출액을 기준으로 판단하여야 한다고 주장하나, 구 조특법령 등에서 중소기업기본법령 등과는 별도로 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부 등에 대한 규정을 두고 있으므로 구 조특법령 등에 의거 중소기업 유예 여부를 판단하는 것이 타당하다 할 것인바(대법원 2015.4.23. 선고 2013두10458 판결, 같은 뜻임), 구 조특법 시행령 제2조 제4항에서 “ 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제2조 제8항에서 “관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다”고 규정하고 있으므로 관계기업 규모기준의 충족여부를 판단함에 있어서 직전사업연도의 매출액을 기준으로 하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. (다) 따라서 2013사업연도까지 중소기업이었던 청구법인과 다른 관계기업들의 2014사업연도 전체 매출액이 OOO원을 초과하여 관계기업 규모기준을 충족하지 못하게 된 사실에 대하여 다툼이 없는 이상 청구법인에 대하여 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 이 건 2014․2015사업연도 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.