[요지] 쟁점계약에서 기성금에 대하여 구체적으로 정하고 있지는 않지만 용역제공의 대가로 대체하기로 한 사석(매출)대금을 기성금으로 보아 부지정지공사도 청구법인이 ㅇㅇㅇㅇ에 제공한 국도 개설공사 및 부대공사와 같은 ‘완성도지급기준 조건부계약’으로 볼 수 있는 점, 설령 이를 완성도지급기준 조건부계약으로 보지 않더라도 부지정지공사 용역 제공의 대가로 취득한 사석을 곧바로 제3자에게 판매한 시점에부가가치세법 시행령제22조 제3호에 의한 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 채석한 사석을 제3자에게 판매한 시점을 부지정지용역의 공급시기로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유] 1.처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점공사는 원가계산서와 같이 토공사, 구조물공사, 우수공사, 오수공사, 상수공사, 포장공사, 조경공사, 부대공사 등의 순공사비로 구성되어 있으며, 정지공사계획평면도 등에서 토석채석허가구역은 6～8단지에 불과하고 부대공사에 해당하는 1～5단지 및 9단지 등에서 OOO원[총공사대금 OOO원(공급가액) - 국도분 공사비 OOO원 - 토공사비 OOO원] 상당의 공사용역이 계속하여 진행된바, 채석한 사석을 제3자에게 납품한 시점이 공사용역의 공급시기가 될 수 없다. 부지정지공사는 용역의 공급이 계속적으로 동시에 이루어지고 공급단위를 구획할 수 없기 때문에 계약조건에 따라 부지가 정지된 후부터 월 기성을 마감하면 기성 검사 후 OOO의 정기지급일자에 지불하기로 계약되어 있고, 사석의 납품은 재화의 공급으로 청구인이 공사를 진행함에 따라 생산되는 확정되지 않는 공급가액인바, 제3자에게 사석이 인도되어야 사석의 공급시기가 되는 것이어서 청구법인은 제3자에게 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고납부하였고, 용역의 공급과 재화의 공급이 교환거래로서 과세대상에 해당한다 하더라도 이로써 용역의 공급시기를 결정하는 것은 아니다. 쟁점공사는 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속 공급하는 경우로서 부가가치세법 시행령 제22조 제3호에 따라 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 보아야 하는바, 쟁점계약에 공사대금은 부지가 정지되어야 청구할 수 있는 것으로 명시되어 있고, 2015.12.31.에도 용역의 공급가액이 확정되지 않았고 일부 미진한 공사 부분이 있어 2016년 2월 이후에도 계속 공사하였음이 작업일보 등에서 나타나고, 2016.4.29. 정산합의서에서 계약금액을 OOO원 감액한 OOO원으로 합의하였으며, 2016.6.1. 하자보수보증서를 발급받으면서 하자보수책임기간을 2016.4.29.부터 2년 간으로 정하였으므로, 쟁점공사 관련 용역의 공급시기는 공사대금이 확정된 2016.4.29.로 보아야 한다.
(2) 쟁점공사의 수입금액 누락액 계산과 관련하여 처분청은 2015사업연도 공사진행률을 100%로 적용하였으나, 2015년에는 쟁점공사가 완료되지 않았으므로 공사진행률 96.6%를 적용하여 재계산시 익금산입할 수입금액은 OOO원이 아니라 OOO원이 되어 OOO원이 과다계상되었으며, 처분청은 2012～2015사업연도 중 공사진행률에 따른 수입금액을 OOO원으로 보았으나, 이는 공사원가 추인금액 OOO원(공급가액)보다 OOO원OOO이 초과계산된 것으로, 동 금액OOO에서 2016.4.29. 공사금액 정산합의시 감액된 OOO원(공급가액)을 차감한 OOO도 수입금액 과다계상된바, 2015사업연도 수입금액에서 OOO을 감액하여야 한다.
(3) 부지정지 용역제공 대가로 받은 사석의 판매와 관련하여 청구법인이 매출누락으로 매출세금계산서 미발행가산세를 부과받았음에도 불구하고, 다시 적격증빙미수취 가산세를 부과하는 것은 용역의 공급과 재화의 공급이라는 동일 거래에 대하여 가산세를 중복 부과하는 것이어서 불합리하고, OOO은 코스닥 상장회사임에도 쟁점공사에 대하여 교환거래로서 부가가치세 과세대상에 해당한다는 사실을 알지 못하여 세금계산서 발행을 못한 것일 뿐 고의로 누락한 것이 아님이 명백하므로, 청구법인이 세법상 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없어 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다.
(1) 쟁점계약에서 부지가 정지된 때까지의 공사대금은 사석 납품으로 대체하기로 한바, 사석 판매시점을 부지정지공사 관련 용역의 공급시기로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 청구법인이 발주처OOO의 토지 정지과정에서 채석한 사석 등은 발주처의 소유임이 명백하고, 이를 처분하여 공사비로 충당하기로 한 만큼 청구법인의 사석 처분은 발주처가 청구법인에게 재화를 인도함과 동시에 부지정지 대가를 수취하는 시점에 해당하여, 그 시점에서 각각 부가가치세법상 과세대상 거래의 공급시기에 해당하는바, 부지정지 용역의 제공대가를 사석으로 지급받는 교환거래의 경우 사석의 판매시점을 용역의 공급시기로 보는 것이 타당하다. 쟁점공사는 부지정지작업 외에도 국도개설공사, 부대공사가 동시에 진행되었으며, 청구법인은 공사 초기부터 사석 납품 관련 원가를 제외한 공사원가에 대하여 작업진행률로 수익을 인식하였을 뿐만 아니라, 쟁점계약의 부속서류인 공사(하)도급계약조건 제14조에서 “계획고 대로 부지가 정지된 때까지의 공사대금을 사석 납품으로 대체한다”는 말은 부지정지 완료시까지 발생한 공사비를 사석 납품대금으로 충당한다는 표현으로, 청구법인이 제3자에게 사석을 판매한 시점에 부지정지 공사비의 각 부분을 받은 것으로 해석함이 타당한바, 관련 공사비를 부지가 정지된 때에 받기로 한 것으로 볼 수 없다. 이 건과 같이 수년 간 용역의 제공과 재화의 취득이 반복되는 경우에도 전체 용역의 완료시점을 공급시기로 본다면, 용역제공의 대가인 재화에 대한 매입세액을 선 공제받고 용역에 대한 매출세액을 후납하는 모순이 발생하여 부가가치세 탈루 등을 조장할 수 있다.
(2) 최종변경계약에서 확인되는 공사대금(OOO원, 공급가액)에 부지정지 공사용역에 대한 매출누락(OOO원)을 반영하고, 쟁점공사의 완료시점을 2015.12.31.로 보아 공사진행률을 계산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다. 청구법인은 2013.11.30. OOO과 쟁점계약을 최초 체결한 후 수차례 계약내용을 변경하였고, 이후 2016.4.29.자 정산합의서에서 계약금액을 OOO원 감액하면서 공사기간은 2015.9.25.자 최종변경계약과 동일한 2011.11.30.～2015.12.31.로 공사기간의 변동 없이 공사대금의 정산방법에 대하여 언급한 사실, 계약금액을 최종변경계약시보다 정산일에 오히려 OOO원 감액한 사실 등으로 보아 공사대금 정산문제로 인한 분쟁으로 공사완료 시점을 확정하지 않았을 뿐 공사완료는 계약상 명시된 공사기간 종료일인 2015.12.31.에 완성되었다고 봄이 타당하다. 처분청은 2015사업연도에 쟁점공사가 완료된 것으로 보아 작업진행률을 100%로 인식한 것이고, 청구법인은 정산합의시 감액된 OOO원(공급가액)을 차감하였으나, 처분청은 최종변경계약에 기재된 공급가액 OOO원을 도급공사가액으로 하여 작업진행률을 계산하여 차이가 발생한 것에 불과하므로 이 건 처분은 정당하다.
(3) 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 부지정지 용역 제공대가로 취득한 사석을 매출처에 판매하고 세금계산서를 발행하면서 OOO로부터 취득한 사석에 대한 세금계산서는 수취하지 아니한바, 청구법인의 경우에는 교환거래로 취득한 사석의 매입세금계산서 미수취에 대한 적격증빙미수취 가산세 부과대상에 해당한다 할 것이고, 사석 가치 상당액이 공사원가에 해당한다고 하여 가산세가 면제되는 것이 아니며, 세법 해석상 의의가 있는 정당한 사유로도 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 부지정지 용역의 제공대가로 채석한 사석을 제3자에게 판매한 시점을 용역의 공급시기로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
② 작업진행률 기준으로 용역제공에 대한 손익을 계산하여 법인세를 과세한 처분의 당부
③ 적격증빙미수취 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지
(1) 부가가치세법 제7조 [용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제22조 [용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때
2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때
(3) 법인세법 제40조 [손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제76조 [가산세] ⑤ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.
(4) 법인세법 시행령 제69조 [용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. (단서 규정 생략)
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 2011.11.30.자 공사(하)도급계약조건 및 2011.11.7.자 쟁점공사 특별약정서 등에 의하면, 쟁점공사는 부지정지, 국도 개설공사, 부대공사로 이루어지고, 부지정지작업 관련 공사대금은 기성고가 아닌 사석 납품으로 대체하며, 나머지 공사대금은 기성고에 따라 지급되는 것으로 나타난다. <표1> 2011.11.30.자 공사(하)도급계약조건의 일부 내용 (나) 쟁점공사 특별약정서 제9조·제10조 및 OOO국세청 소속 세무공무원이 청구법인의 대표이사 OOO를 상대로 작성한 심문조서(9쪽, 2017.2.27.)에 의하면, 사석판매대금은 부지정지공사에 따라 채석한 사석의 양에 상관없이 OOO원으로 약정한 것으로 나타난다. (다) 최종변경계약(2015.9.25.) 후 작성된 2016.4.29.자 정산합의서에는 ‘공사기간’은 2011.11.30.～2015.9.30.이고, ‘공사계약대금’은 종전 OOO원에서 OOO원으로 OOO원(공급대가) 감액하였고, 그 ‘변경사유’는 ‘부지정지 계획고 조정 및 토지이용계획 변경 등에 따른 토공사절, 성토 반출수량 증감에 따른 보전액 변경조정, 공사(합)도급계약조건상 특약에 따른 공사대금지급방법 조정’으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 OOO과 공동으로 OOO은행 등에 개설한 계좌로 2012년 4월부터 2015년 11월까지 판매한 사석 대금을 수취하여 매월 판매대금을 청구법인의 다른 계좌로 이체한 사실이 있는바, 청구법인이 ‘월별 업체 토석대금 청구집계표’를 작성하여 반출현황을 OOO에 보고하였으며, OOO의 승인에 따라 매월 공동계좌에 입금된 금액을 청구법인의 계좌로 이체출금한 것으로 나타난다. (마) 부가가치세법 시행령 제22조에서 용역의 공급시기에 대하여 규정하고 있는바, 제1호에서 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때, 제2호에서 완성도 기준지급 조건부계약의 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때, 제3호에서 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 각 용역의 공급시기로 규정하고 있으며, 완성도기준지급 조건부계약은 공급자가 전체 공정 대비 용역의 완성도에 따라 기성고를 청구하는 것을 말한다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 OOO에 부지정지공사 용역을 제공한 결과 채석된 사석은 원래 OOO의 소유이나 쟁점계약에 따라 용역 제공의 대가로 청구법인이 사석을 취득함과 동시에 제3자에게 판매되었고, 사석의 반출 및 판매 내역은 즉시 OOO에 보고되었을 뿐만 아니라 OOO의 승인을 받아 양자 간의 공동계좌에서 청구법인의 단독 계좌로 사석 판매대금이 이체된바, 쟁점계약에서 기성금에 대하여 구체적으로 정하고 있지는 않지만 용역제공의 대가로 대체하기로 한 사석(매출)대금을 기성금으로 보아 부지정지공사도 청구법인이 OOO에 제공한 국도 개설공사 및 부대공사와 같은 ‘완성도지급기준 조건부계약’으로 볼 수 있는 점, 설령 이를 완성도지급기준 조건부계약으로 보지 않더라도 부지정지공사 용역의 제공과 사석의 공급은 교환거래에 해당하여 청구법인이 부지정지공사 용역 제공의 대가로 취득한 사석을 곧바로 제3자에게 판매한 시점에 부가가치세법 시행령 제22조 제3호에 의한 ‘역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때’로 볼 수 있는 점, 청구법인은 부지정지공사가 공급단위를 구획할 수 없는 용역의 계속 공급이므로 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 2016.4.29.을 공급시기로 보아야한다고 주장하나, 이에 따를 경우 부지정지공사 용역의 제공대가로 사석을 수취하는 교환거래가 수년 간에 걸쳐 이루어짐에도 불구하고 공급받은 사석에 대한 매입세액을 선 공제받고 용역에 대한 매출세액을 후납하게 되는 모순이 발생할 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 채석한 사석을 곧바로 제3자에게 판매한 시점을 부지정지용역의 공급시기로 보아 청구법인에게 한 이 건 부가가치세 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 2015.12.31. 이후에도 쟁점공사가 진행되었다는 주장과 관련하여 제출한 증빙은 아래와 같다.
1. 2016년 1월·2월 청구법인의 작업일보에는 2016.1.6. 단지내 도로 보도 소형고압블럭 마무리 작업 및 오수처리시설 토공 뒷채움, 2016.1.10. 준공검사 지적사항 시공, 단지내 도로 차선도색 미비구간 수정작업, 2016.1.13. 준공검사 지적사항 시공, 2016.2.2. 미흡가옥보수 등의 작업 내용이 기재되어 있다.
2. 2016.2.24. OOO의 문서OOO에 의하면, OOO은 쟁점공사 준공 전인 2016.1.9. 청구법인에게 사전점검결과 지적사항을 통지하였고, 청구법인은 조치 후 2016.1.15. 완료보고 하였으나, 다시 ‘물량장 진입도로의 사면전석쌓기 불량 및 정지상태 불량 등’ 미흡사항이 발견되어 추가 지적하였으며, 이에 청구법인은 2016.2.29. 추가 지적사항을 조치한 후 2016.3.14. 준공완료에 따른 기성금 및 공사이행완료확인원 발급을 문서OOO로 요청하면서 ‘청구법인이 2015년 7월에 부지정비를 완료하여 OOO에 수차례 기성금 지급을 요청하였음에도 기성금을 지급하지 않아 관련 법적 책임이 OOO에 있다’고 통지하였다.
3. 그 외 청구법인은 쟁점공사 관련 원가계산서(토공사, 우수공사, 오수공사, 부대공사 등으로 구분됨), 정지공사계획평면도(총 9개단지 중 토석채석허가구역은 6～8단지로 표시됨), 총괄토적집계표(잔토량 등이 표기됨), 하자보수보증서(쟁점공사에 대한 보증기간이 2016.4.29.부터 2년간으로 표기됨) 등을 심리자료로 제시하였다. (나) 처분청은 청구법인의 작업진행률에 따른 쟁점공사 수입금액을 아래 <표2>와 같이 산정한바, 2015사업연도의 경우 OOO원(사석판매금액 OOO원-2014사업연도까지 공사비누적액 OOO원)을 청구법인의 공사원가로 손금산입하는 한편, 최종변경계약상 도급공사가액 OOO원에 대하여 2015.12.31. 쟁점공사가 완공된 것으로 보아 작업진행률을 100%로 하여 수입금액을 재산정하여 과소계상한 수입금액 OOO원을 청구법인의 공사매출로 익금산입하였다. <표2> 작업진행률에 따른 쟁점공사 수입금액(부가가치세 제외) (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 용역제공의 완료시기는 거래사업자 사이의 계약에 따른 역무제공의 범위와 계약조건 등을 고려하여 역무의 제공사실을 가장 확실하게 확인할 수 있는 시점, 즉 역무가 현실적으로 제공됨으로써 역무를 제공받는 자가 역무제공의 산출물을 사용할 수 있는 상태에 놓이게 된 시점(대법원 2008.8.21. 선고 2008두5117 판결)을 말하는 것인바, 정산합의서에 기재된 공사기간이 최종변경계약상 공사기간과 동일한 2015.12.31.까지로 되어 있는 점, 최종변경계약 이후에 공사기간이 연장되었다면 사회통념상 공사대금이 증액되어야 함에도 2016.4.29. 작성된 정산합의서에서 공사대금이 오히려 감액된 점, 청구법인이 제시한 증빙에서 확인되는 2015.12.31. 이후 진행된 공사는 용역제공 완료 이후 통상적으로 이루어지는 유지보수공사의 일종에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점공사는 최종변경계약에 따라 2015.12.31.에 이미 종결된 것으로 인정할 수 있다. 따라서, 처분청이 2015년에 쟁점공사가 완료된 것으로 보아 2015사업연도 작업진행률을 100%(총공사예정비=공사비 누적액)로 적용하고, 최종변경계약에 기재된 공급가액 OOO원을 공사도급가액으로 하여 작업진행률을 계산하고 수입금액을 계산하여 청구법인에게 한 이 건 법인세 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2014.3.13. 선고 2012두7370 판결). (나) 청구법인은 부지정지공사 용역의 제공대가로 취득한 사석과 관련하여 부가가치세법상 가산세를 부과받았고, 코스닥상장회사인 OOO도 동 거래가 세금계산서 발행대상이라는 사실을 몰랐을 뿐 고의로 누락한 것이 아니라고 주장하나, 청구법인이 OOO에 쟁점공사 용역을 제공한 대가로 채석한 사석을 수취한 교환거래는 부가가치세 과세대상인 점, 법령의 부지·착오 등은 세금계산서 수수 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며, 달리 청구법인이 세금계산서를 수취하지 아니한 것에 대하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 없어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO로부터 사석을 공급받고 세금계산서를 수취하지 아니한 데 대하여 적격증빙미수취 가산세를 가산하여 청구법인에게 한 이 건 법인세 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.