예정신고를 추계로 하여 과세표준 및 세액을 산정한 금액을 초과하여 수정신고 한 가산세 부분은 환급하여 달라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인 조OOO․정OOO․심OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 2014.6.26. 공동으로 사업자등록을 하여, OOO빌딩(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 분양하는 부동산매매업을 영위한 사업자로 2015년 중에 쟁점건물을 분양하고 토지 등 매매차익에 대해 예정신고를 하지 아니한 채, 2016.6.30. 납부할 세액을 각 OOO원(조OOO), OOO원(정OOO), OOO원(심OOO)으로 하여 각 확정신고를 하였다.
• 나. 이후, 청구인들은 2016.10.14. 및 2016.10.30. 예정신고 누락분에 대해 신고 및 납부불성실가산세로 OOO원(조OOO), OOO원(정OOO), OOO원(심OOO)을 추가 납부할 세액으로 수정신고 하였으나, 관련 수정신고 세액을 납부하지 아니하였다.
• 다. 처분청은 청구인들에게 2017.1.6. 수정신고에 따른 무납부세액을 경정․고지하였고, 청구인들은 2017.3.9. 수정신고 한 세액은 확정신고 당시를 기준으로 취득가액을 산정한 것이고, 2015년 예정신고 의무 당시에는 취득가액이 장부에 의하여 확정할 정도가 아니어서 예정신 고를 추계로 하여 과세표준 및 세액을 산정한 경우와의 가산세 차액분 OOO원(조OOO), OOO원(정OOO), OOO원(심OOO)을 각 경정청구 하였으며, 처분청은 2017.4.24. 청구인들에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2017.7.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 2015년 5월 쟁점건물이 완성되어 분양을 하였으나 토지 등 매매차익 예정신고를 누락하고 2015년 귀속 종합소득세 확정신고 이후인 2016.10.14. 2015년 귀속 토지 등 매매차익 예정신고 무신고분에 대한 가산세를 수정신고 하였는데, 2016.10.14. 제출한 수정신고서는 확정신고 당시를 기준으로 취득가액을 산정한 것이고, 2015년 예정신고 당시는 취득가액이 장부에 의해 확정할 정도가 아니었으므로 확정신고시 확인된 취득가액을 기준으로 하는 것은 부당하다. 청구인들은 2014.6.26. 개업한 신규사업자로 2015년도는 단순경비율에 의해 소득세를 계산하고 가산세도 이에 따라 부과하는 것이 타당하며, 예정신고를 하지 아니한 잘못은 청구인들에게 있으나 신고 및 납부불성실가산세 부과기준은 2016.6.30. 비로소 확인된 취득가액을 기준으로 하는 것은 부당하므로 2015년 OOO빌딩을 분양할 당시를 기준으로 가산세를 부과하여야 한다는 경정청구(2015년 쟁점건물을 분양할 당시 취득가액을 확정할 수 없어 단순경비율에 의해 취득가액을 산정함)를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부동산매매업자가 소득세법제69조의 규정에 의하여 토지 등 매매차익 예정신고를 하는 경우 토지 등 매매차익의 계산은 같은 법 시행령 제128조 및 제129조의 규정에 의하여 계산하는 것으로 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 추계조사 방법이 허용되기에 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치․기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 결정하여야 하는바, 토지 등 매매차익 예정신고 의무 발생 당시 장부가 없었다고 하여 단순경비율을 적용하여 산출된 세액으로 가산세를 부과하고 당초 수정신고한 가산세액을 감액하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지 등 매매차익에 대해 예정신고를 하지 않고, 확정신고를 하고 예정신고 누락분에 따른 가산세를 장부에 의하여 산정․수정신고 한 후, 예정신고 누락분 관련 가산세를 추계로 하여 산정한 금액을 초과하여 수정신고 한 가산세 부분은 환급하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법 제69조 [부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부] ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104 조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조 제1항 제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한 다.

④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

⑤ 토지등의 매매차익에 대한 산출세액의 계산 및 결정·경정에 관하여는 제107조 제2항 및 제114조를 준용한다.

⑥ 토지등의 매매차익과 그 세액의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제128조 [토지등 매매차익의 계산] ① 법 제69조 제3항에 따른 토지등의 매매차익은 그 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 것으로 한다.

1. 제163조 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비에 상당하는 금액

2. 제75조의 규정에 의하여 계산한 당해 토지등의 건설자금에 충당한 금액의 이자

3. 토지등의 매도로 인하여 법률에 의하여 지급하는 공과금

4. 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액

② 토지등을 평가증하여 장부가액을 수정한 때에는 그 평가증을 하지 아니한 장부가액으로 매매차익을 계산한다.

③ 부동산매매업자는 토지등과 기타의 자산을 함께 매매하는 경우에는 이를 구분하여 기장하고 공통되는 필요경비가 있는 경우에는 당해 자산의 가액에 따라 안분계산하여야 한다. 제129조[토지등 매매차익과 세액의 결정·경정 및 통지] ① 법 제69조에 따른 토지등의 매매차익은 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 부동산매매업자가 토지등 매매차익예정신고시에 제출한 증빙서류 또는 비치·기장한 장부와 증빙서류에 의하여 계산한다.

2. 제143조 제1항 각 호의 1에 해당하는 경우에 있어서는 매매가액에 동조 제3항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 제1항 제2호를 적용할 때 매도한 토지등의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 실지거래가액을 매매가액으로 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제176조의2 제3항 각 호의 방법을 순차적으로 적용하여 산정한 가액을 매매가액으로 한다. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호에 따른 매매사례가액 또는 같은 항 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액은 적용하지 아니한다.

③ 납세지 관할세무서장은 법 제69조 제1항에 따라 토지등 매매차익예정신고 또는 토지등 매매차익예정신고납부를 한 자에 대해서는 그 신고 또는 신고납부를 한 날부터 1개월 내에, 매매차익예정신고를 하지 아니한 자에 대해서는 즉시 그 매매차익과 세액을 결정하고 제149조를 준용하여 해당 부동산매매업자에게 이를 통지하여야 한다. 제143조 [추계결정 및 경정] ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2015년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

• 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 법 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법 1의3. 법 제73조 제1항 제4호에 따른 사업소득(이하 "연말정산사업소득"이라 한다)에 대한 수입금액에 제201조의11 제4항에 따른 연말정산사업소득의 소득률을 곱하여 계산한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.

3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2014.6.26. OOO 소재에서 OOO빌딩이라는 상호로 조OOO 13.04%, 정OOO 62.57%, 심OOO 24.39%의 지분으로 공동으로 사업자등록을 하여 부동산매매업을 영위한 자로 2015년 5월 일반인에게 쟁점건물을 아래 <표>와 같이 2015.5.12.～2015.6.9. 기간 중 양도가액 OOO원에 분양하였으나, 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 예정신고를 하지 아니하고 2016.6.30. 확정신고를 한 후 2016.10.14. 및 2016.10.30. 예정신고 누락에 대해 신고 및 납부불성실가산세로 OOO원(조OOO), OOO원(정OOO), OOO원(심OOO)을 추가 납부할 세액으로 수정신고(확정신고 당시를 기준으로 예정신고를 하였을 경우를 추정하여 산정함)를 하였다. OOO

(2) 청구인들은 2017.3.9. 수정신고 한 신고납부 할 세액은 확정신고 당시를 기준으로 취득가액을 산정한 것이고, 2015년 예정신고 당시에는 취득가액이 장부에 의하여 확정할 정도가 아니어서 예정신고를 추계로 하여 과세표준 및 세액을 산정한 경우와의 가산세 차액분 OOO원(조OOO), OOO원(정OOO), OOO원(심OOO)을 각 경정청구 하였고, 처분청은 2017.4.24. 청구인들에게 경정청구 거부통지를 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부동산매매업자의 토지 등의 매매차익은 토지 등 매매차익예정신고시에 제출한 증빙서류 또는 비치·기장한 장부와 증빙서류에 의하여 산정하고, 같은 령 제143조 제1항 각 호의 1에 해당하는 경우에는 같은 조 제3항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 하도록 소득세법 시행령제129조에서 규정하고 있는바, 청구인들은 쟁점건물을 2015년 5월 준공하여 대부분 2015.5.12. 분양하였는데, 부동산매매업의 취득가액은 토지원가와 건물신축비용이 대부분으로 분양가액은 취득가액에 분양이윤 및 판매수수료 등을 감안하여 산정되는 점, 쟁점건물은 분양가액이 OOO원의 큰 규모이고 이익분배 비율이 정하여진 3인의 공동사업으로 취득가액을 산정하지 아니하고 분양가액을 확정하기는 어려워 보이는 점, 취득가액을 산정할 수 없었다는 청구주장을 뒷받침할만한 구체적인 사유를 제시하지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 단순경비율로 취득가액을 산정하여 가산세를 산출한 후 당초 수정신고 한 가산세와의 차액분을 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.