쟁점토지가 장기보유특별공제 적둉대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2003.3.7. 취득한 OOO 대 414㎡ 및 지상 주택 66.15㎡, 같은 리 OOO 임야 69㎡, 같은 리 OOO 답 836㎡, 같은 리 OOO 답 1,289㎡(이상 총 4필지 토지 및 지상 주택을 이하 “양도부동산”이라 한다)를 2015.7.27. 양도하면서 같은 리 OOO 답 1,289㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)에 장기보유특별공제 및 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 적용하고, 같은 리 OOO 답 836㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다) 및 나머지 토지․주택에 장기보유특별공제를 적용하여 2015.9.22. 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2016년 7월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점①토지는 조세특례제한법 시행령제66조 제14항에 따라 청구인의 연간 총 급여액이 OOO원 이상인 과세연도를 자경기간에서 제외하면 8년 이상 자경요건을 충족하지 못한 것으로 보아 감면을 배제하고, 쟁점①토지 중 1,085㎡ 및 쟁점②토지는 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2016.10.6. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.12.26. 이의신청을 거쳐 2017.5.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2003년 쟁점토지를 취득하고, 경계를 따라 감나무․밤나무․모과나무를 심었고, 중앙에 약 50평 정도의 규모로 채소를 경작하며, 사과나무․복숭아나무․배나무를 경작하였는바, 현재도 복숭아나무와 배나무가 일부 심어져 있는 점, 2016.12.14. 현장사진 촬영을 위해 방문하였을 때 매수자에 의해 쟁점②토지에 식재한 과수나무가 대부분 제거되고 간이골프장으로 사용되고 있었으나, 양도 당시에는 보리수나무가 식재되어 있었던 점, 처분청이 과세근거로 제시한 쟁점토지 전 소유자와 인근 주민의 진술(잔디가 심어져 있음) 등은 유도된 것으로, 청구인이 제시한 현장 사진(과수나무가 식재되어 있음)과 상이하여 신빙성이 없는 점, 쟁점토지 양도시에는 장기보유특별공제 적용여부 판단시 소득요건이 없는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점①토지 중 1,085㎡ 및 쟁점②토지를 양도일 직전 3년 중 2년 이상 또는 전체 보유기간 중 60% 이상을 자경하지 아니하였다고 보아 비사업용 토지라 하여 장기보유특별공제를 배제한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지 보유기간(총 12년 4개월) 동안 근로소득이 발생하였고, 8년 7개월간 총 급여액이 연OOO원을 넘는 것으로 확인되는 점, 항공사진과 현장사진에서 쟁점토지 중 쟁점①토지의 일부만 농지로 사용되고, 나머지 면적은 정원으로 사용되고 있는 것으로 나타나는 점, 청구인에게 쟁점토지를 양도한 전 소유자는 “청구인이 경작물, 축사 등을 허물고, 잔디를 심었다”고 진술하였고, 인근주민은 “청구인이 쟁점토지를 보유할 때와 현상태를 비교하면, 주택이 새로 지어진 것 외에 변한 것이 없다”고 진술한 점, 이의신청 단계에서 청구인은 종자를 구매한 증빙으로 2010.4.23.자 영수증을 제출하였으나, 구입처인 OOO는 2010.12.1. 개업한 것으로 확인되어 허위영수증인 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점①토지 중 1,085㎡ 및 쟁점②토지를 비사업용 토지로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지 가 장기보유특별공제 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2015.5.13. 법률 제13282호로 개정된 것) 제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

• 나. 대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야
• 다. 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2015.7.20. 대통령령 제26416호로 개정된 것) 제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의7[토지지목의 판정] 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제168조의8[농지의 범위 등] ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 농지법 제2조제5호 의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. (3) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제168조의8[농지의 범위 등] ② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직 선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 조세특례제한법 시행령 제66조제13항 에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 을 준용한다.<개정 2016.2.17.> (4) 조세특례제한법 시행령(2015.6.30. 대통령령 제26369호로 개정된 것) 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 2015.7.27. 양도부동산을 양도하면서 쟁점①토지에 대하여 장기보유특별공제 및 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 적용하고, 쟁점②토지 및 나머지 토지․주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 2015.9.22. 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였고, 처분청은 2016년 7월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점①토지에 대하여 8년 이상 자경요건을 충족하지 못한 것으로 보아 감면을 배제하고, 쟁점①토지 중 1,085㎡ 및 쟁점②토지는 비사업용 토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2016.10.6. 이 건 처분을 하였다.

(2) 처분청의 조사종결보고서(2016년 7월)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 양도부동산의 지목은 답, 대지, 임야로 되어 있으나, 항공사진이나 현장방문 등을 통해 확인한 결과, 실제로는 대지 및 정원, 일부 농지 등으로 사용되고 있다. (나) 청구인이 양도부동산을 보유하고 있는 기간 중 OOO에서 얻은 근로소득은 아래 <표>와 같은바, 쟁점①토지 보유기간 12년 4개월 중 8년 7개월은 소득금액이 OOO원을 초과하여 8년 자경농지 감면요건을 충족하지 못한 것으로 나타난다. <표> 근로소득 내역 (다) 양도부동산의 전 소유자인 OOO “청구인이 양도부동산 지상에 있던 경작물, 축사 등을 허물고 잔디를 심었다”고 진술하였고, 인근주민들과 양수인의 배우자 OOO은 “양도부동산은 청구인 보유당시와 현재 상태를 비교할 때, 주택이 새로 지어진 것 외에는 변한 것이 없다”고 진술하였다. (라) 따라서 양도부동산 중 같은 리 OOO 대 414㎡ 및 지상 주택, OOO 임야 69㎡는 장기보유특별공제 대상이고, 쟁점①토지 중 농지로 사용된 203.53㎡를 제외한 나머지 면적(1,085㎡)과 쟁점②토지는 장기보유특별공제 배제대상이다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 직접 경작하였다고 주장하며 농지원부(최초작성일: 2013.3.4., 농업인: 청구인, 쟁점토지를 포함하여 전․답․임야 7필지 합계 4,127㎡를 보유하고 있고, 이 중 쟁점①토지를 자경하고 있는 것으로 기재됨), 인터넷 사이트 OOO 사진(2016년 2월 촬영) 등을 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 직접 경작하였으므로 비사업용 토지가 아니라고 주장하나, 청구인은 쟁점토지의 보유기간(약 12년) 동안 OOO에 재직하며 근로소득을 받은 것으로 나타나고, 청구인이 제시한 현장사진은 양도일 이후에 촬영된 것이며, 농자재 구매내역 등 과수를 경작하였음을 확인할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.