동일한 재화의 공급에 대하여 과세방법을 달리 적용하는 것은 과세요건의 명확주의에 반하는 점, 귀책사유가 없는 청구법인이 방사청장 및 구 지식경제부장관의 지정이 지연됨에 따라 방산업체로 추가 지정되었다 하더라도 방산업체가 공급하는 방산물자로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 영세율 적용대상이 아니라고 보아 부가세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음
동일한 재화의 공급에 대하여 과세방법을 달리 적용하는 것은 과세요건의 명확주의에 반하는 점, 귀책사유가 없는 청구법인이 방사청장 및 구 지식경제부장관의 지정이 지연됨에 따라 방산업체로 추가 지정되었다 하더라도 방산업체가 공급하는 방산물자로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 영세율 적용대상이 아니라고 보아 부가세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO세무서장이 2016.12.14. 청구법인에게 한 2011년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) <쟁점1>조세특례제한법에서 “방위사업법에 따라 지정을 받은 방산업체가 공급하는 방산물자를 영세율 적용대상”로 규정하고 있을 뿐인데, 처분청은 추가 지정받은 방산업체가 공급하는 방산물자로만 해석하여, 추가 지정 이전 공급분은 부가가치세 과세, 이후 공급분은 영세율을 적용하는 등 하나의 재화인 쟁점방산물자의 대가에 대하여 공급시기별로 과세방법을 다르게 적용하였는바, 이는 부가가치세의 본질적인 과세체계에 맞지 않으므로 이 건 부가가치세 부과처분은 부당하다.
(2) <쟁점2> 대법원 판례(1984.9.25. 선고 84누148 판결)에서 “수출하는 재화의 공급의 경우 내국신용장 개설시기에 관한 명문의 규정이 없는 상황에서 실질과세의 원칙상 내국신용장 개설을 전제로 재화를 우선 공급하고 당해 과세기간 후 내국신용장이 개설된 재화의 공급에 대하여 영세율 적용대상”이라고 판시한바, 이 건의 경우에도 방산업체 지정 시기에 관한 명문의 규정이 없는 상황에서 사전에 편성된 정부예산을 정해진 회계연도에 집행하여야 하는 방위사업청의 특성상 방산업체 지정시까지 계약금액의 지급을 지연할 수 없고, 지정 전이라고 하여 배정된 예산 범위를 초과하여 계약금액에 대해서만 부가가치세를 지급할 수 없었던 점 등에 비추어 실질과세의 원칙에 따라 방산업체 지정을 전제로 선발행한 쟁점세금계산서에 대하여 부가가치세 영세율을 적용하여야 한다.
(3) <쟁점3> 과세전적부심사의 기회가 주어지도록 충분한 기간을 두고 과세예고통지를 할 수 있었음에도 과세예고통지를 부과제척기간 만료일 3개월 이하로 하여 과세전적부심사의 기회를 박탈하였으므로 이는 중대한 절차적 하자로서 이 건 부과처분은 부당하다.
(1) <쟁점1> 청구법인이 2011.12.15. 방사청장과 쟁점방산물자를 공급하기로 계약한 후, 방산업체로 추가지정(2012.1.5.)되기 전인 2011. 12.16. 계약금액에 대한 쟁점세금계산서를 교부한바, 의제공급시기 현재 방산업체로 추가 지정되지 않아 부가가치세 영세율 적용대상이 아니므로 부족징수한 쟁점세액을 과세하라는 감사원의 감사결과 시정사항에 따른 이 건 부과처분은 정당하다.
(2) <쟁점2> 구부가가치세법제54조 제1항의 입법 취지는 매월 다양한 거래에 대한 다수의 세금계산서를 일괄 발급할 수 있도록 하는 것임에도 이를 넘어서 거래 근거 및 적용 요건 등을 구비하는 시간을 배려하는 것으로 보아 부가가치세 신고기한까지 영세율 적용요건을 충족하면 된다고 주장하는 것은 지나친 확장해석으로 이유가 없다.
(3) <쟁점3> 국세청 감사관실이 2016.10.13. 감사원의 감사결과 시정요구 공문을 접수한 이후, 2016.10.19. 조사청 감사관실에 이송하고 2016.10.31. 조사청 조사1국 조사관리과에서 접수하여, 2016.11.4. 청구법인에게 이 건 관련 과세예고를 통지한바, 부과처분을 위한 행정절차를 충실하게 준수하여 진행한 것으로 과세전적부심사청구의 기회를 박탈하려는 중대한 절차적 하자로 볼 수 없으므로 청구주장은 받아들이기가 어렵다.
① 쟁점방산물자가조세특례제한법제105조 제1항 제1호에 따른 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하는지 여부
② 세금계산서를 선발행한 후에 쟁점방산물자를 생산하는 방산업체로 추가 지정되어 영세율 적용요건을 충족하게 되는 경우 영세율을 적용할 수 있는지 여부
③ 부과제척기간 만료일 전 3개월 이내에 과세예고통지를 하여 과세전적부심사청구의 기회를 박탈한 것이 중대한 절차적 하자에 해당하는지 여부
1. 법 제105조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제3호의2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류 (3) 구 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제2조(납세의무자) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다) 제9조(거래시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 이동되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다. 제11조(영세율 적용) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용한다.
제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항
(4) 구 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제21조(재화의 공급시기) ① 법 제9조제1항에 규정하는 재화의 공급 시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우는 대가의 각 부분을 받기로 한 때 제24조(수출의 범위) ② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함되는 것으로 한다.
1. 사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화 제53조(세금계산서) ⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 세금계산서의 발급절차 및 보관요건, 신청절차, 제출형식 등에 관하여 필요한 사항은 국세청장이 정한다. 제54조(세금계산서의 발급특례) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(다음 달 10일이 공휴일 또는 토요일인 때에는 해당 일의 다음 날을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.
1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 해당 월의 말일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
2. 거래처별로 1역월이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하여 그 기간의 종료일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
3. 관계 증명서류 등에 따라 실제 거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따른 세금계산서를 발급한 것으로 본다. 제59조(수정세금계산서 발급사유 및 발급절차) ① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 발급한다.
(5) 구 부가가치세법 시행규칙(2013.6.28. 기획재정부령 제355호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조(재화 또는 용역의 공급시기) ① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 재화를 인도하기 전, 재화를 이용 가능하게 하기 전 또는 용역의 제공을 완료하기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 받는 경우로서 계약금을 받기로 한 날부터 재화를 인도하는 날, 재화를 이용 가능하게 하는 날 또는 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우
② 사업자가 다음 각호의 규정에 의한 공급시기가 도래하기 전에 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 법 제32조의 규정에 의한 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
2. 영 제21조 제1항 제4호의 규정에 의한 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우의 공급시기 (6) 국세기본법 제81조 의 15(과세전적부심사) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사〔이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다〕를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
(7) 구 방위사업법[2013.3.23. 법률 제11690호(정부조직법)로 일부개정되기 전의 것] 제34조(방산물자의 지정) ① 방위사업청장은 지식경제부장관과 협의하여 무기체계로 분류된 물자 중에서 안정적인 조달원 확보 및 엄격한 품질보증 등을 위하여 필요한 물자를 방산물잘 지정할 수 있다. 다만, 무기체계로 분류되지 아니한 물자로서 대통령령이 정하는 물자에 대하여는 이를 방산물자로 지정할 수 있다.
② 방산물자는 주요방산물자와 일반방산물자로 구분하여 지정한다. 제35조(방산업체의 지정 등) ① 방산물자를 생산하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 시설기준과 보안요건 등을 갖추어 지식경제부장관으로부터 방산업체의 지정을 받아야 한다. 이 경우 지식경제부장관은 방산업체를 지정함에 있어서 미리 방위사업청장과 협의하여야 한다.
② 지식경제부장관은 제1항의 규정에 의하여 방산업체를 지정하는 경우에는 주요방산업체와 일반방산업체로 구분하여 지정한다. 제48조(지정의 취소 등) ① 지식경제부장관은 방산업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당된 때에는 방위사업청장과 협의하여 그 지정을 취소할 수 있다.
1. 방산업체의 대표 및 임원이 제6조의 규정에 의한 청렴서약서의 내용을 위반한 때
2. 제35조 제1항의 규정에 의한 시설기준 및 보안요건에 미달하게 된 때 (8) 구 방위사업법 시행령[2013.3.23. 대통령령 제24413호(국방부와 그 소속기관 직제)로 일부 개정되기 전의 것] 제39조(방산물자 지정) ① 법 제34조 제1항 단서의 규정에 의하여 무기체계로 분류되지 아니한 물자로서 방산물자로 지정할 수 있는 물자는 다음 각 호와 같다.
1. 군용으로 연구개발 중인 물자로서 연구개발이 완료된 후 무기체계로 채택될 것이 예상되는 물자
2. 그 밖에 국방부령이 정하는 기준에 해당되는 물자
③ 군수품을 생산하고 있거나 생산하고자 하는 자는 국방부령이 정하는 바에 따라 당해 물자를 방산물자로 지정하여 줄 것을 방위사업청장에게 요청할 수 있다. 이 경우 방위사업청장은 3월 이내에 그 물자를 방산물자로 지정함이 적합한지 여부를 결정하여 이를 요청인에게 통보하여야 한다. 제41조(방산업체의 지정) ① 법 제35조제1항의 규정에 의하여 방산업체의 지정을 받고자 하는 자는 다음 각 호의 서류를 갖추어 지식경제부장관에게 신청하여야 한다. 다만, 이미 지정된 방산업체가 다른 방산물자를 추가로 생산하기 위하여 지정받고자 하는 때에는 제1호ㆍ제4호 내지 제7호의 서류만을 갖추어 신청할 수 있다.
2. 정관(법인의 경우에 한한다)
4. 생산시설 및 그 주요 부속시설의 명세와 그 능력설명서
5. 원료의 사용실적 및 조달계획서
6. 생산제품의 종류ㆍ규격과 그 생산ㆍ판매의 실적 및 계획서
8. 기술자 및 기능사의 양성계획서와 기술능력설명서
9. 안전대책에 관한 계획서 및 설명서
③ 지식경제부장관은 제2항의 규정에 의하여 방산업체의 지정신청을 받은 경우에는 6월 이내에 방산업체 지정여부를 결정하여 신청인 및 방위사업청장에게 통보하고, 지정하는 경우에는 방산업체지정서를 교부하여야 한다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인이 2011.12.15. 방사청장과 체결한 쟁점방산물자 물품구매계약의 주요내용은 아래 <표1>과 같고, 2015.6.30. 총제조금액에서 OOO원을 감액하는 추가계약을 한 것으로 나타나며, 거래요약 흐름도는 아래 <표2>와 같다. <표1> 쟁점방산물자 물품구매계약 주요내용 <표2> 거래요약 흐름도 (나) 청구법인은 위 <표1>의 쟁점방산물자에 대한 물품구매계약을 체결하기 전인 2011.10.6. 방사청장에게 쟁점방산물자를 방산물자로 지정해 달라는 요청을 하고, 2011.12.9. 방사청장으로부터 아래 <표3>과 같이 방산물자 지정결과 통보를 받은 것으로 나타나며, 우리 원 심리담당공무원이 2017.8.17. 10시경에 방위사업청 방산정책과 담당자와 전화 통화한바, “방산업체로서의 자격이 주어진 협상대상업체가 방산물자로 지정을 신청하는 것이다“는 답변을 받았다. <표3> 방산물자 지정결과 통보 공문 사본 (다) 위 쟁점방산물자 물품구매계약서의 붙임서류 중 물품구매계약특수조건 주요내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 물품구매계약 특수조건의 주요내용 (라) 청구법인은 방사청장에게 쟁점방산물자 공급과 관련하여 아래 <표5>와 같이 세금계산서를 발급하였고, 방위사업청 계약관리본부장으로부터 2011.12.22. 증명받은 아래 <표6>의 계약금액 실적증명서(착수금)를 2011년 제2기 부가가치세 확정신고시 제출하였다. <표5> 세금계산서 발급 내용 <표6> 실적증명서(착수금) 사본 (마) 청구법인은 2009.1.19. 지식경제부장관으로부터 방산업체로 최초 지정된 후, 2012.1.5. 쟁점방산물자를 생산하는 방산업체로 추가 지정된 사실이 아래 <표7>와 같이 나타난다. <표7> 방산업체 지정서 및 추가지정 통보 공문
(2) 먼저, “쟁점①”에 대한 청구법인 주장 및 처분청 의견은 다음과 같다. (가) 청구법인은 다음과 같은 논거를 제시하면서 이 건의 부과처분이 부당하다고 주장한다. 1)조세특례제한법에서 “방위사업법에 따라 지정을 받은 방산업체가 공급하는 같은 법에 따른 방산물자에 영세율을 적용한다”고 규정되어 있을 뿐이고, 구방위사업법제35조에서 “시설기준과 보안요건 등을 검토하여 ‘주요방산업체’와 ‘일반방산업체’로 구분하여 지정받을 수 있다”고 규정하고 있으며, 구 같은 법 시행령 제41조 제1항 단서에서 “이미 지정된 방산업체가 다른 방산물자를 추가로 생산하기 위하여 지정받고자 하는 때에는 제1호ㆍ제4호 내지 제7호의 서류만을 갖추어 신청할 수 있다”고 규정하고 있다.
2. 구방위사업법에 따른 방산업체의 지정시 ‘주요방산업체’와 ‘일반방산업체’로 구분하여 정하는 것은 장비의 대분류(청구법인은 ‘전차․장갑차 그 밖의 전투기동장비’를 생산하는 주요방산업체임)에 따라 달라지고, 방산업체로 최초 지정되면 취소되지 않는 한 방산업체 지정의 효력은 계속되는 것이며, 관련 법령에서 방산업체 지정에 대한 취소 사유만을 규정하고 있을 뿐, 추가 지정에 따른 취소 사유는 별도로 규정하고 있지 않고, 청구법인이 협상대상업체로 확정된 후 방사청장에게 방산물자 지정 신청․통보와 동시에 지식경제부장관에게 방산업체 추가지정을 신청하였는바, 실무상 방산물자로 지정되면 확정된 협상대상업체가 이를 생산하는 방산업체로 확정되는 것으로써 다만, 관련 법령에 따른 방산업체의 추가 지정은 요식적인 행위․절차에 불과하고 기본적인 방산업체 지정에는 변동이 발생하는 것이 아니다. 3)조세특례제한법에서방위사업법에 따라 지정을 받은 방산업체로 명확하게 규정하고 있는 이상, 이를 구 같은 법 시행령에 따른 해당 방산물자에 대한 추가 지정을 받은 방산업체만으로 제한하고, 하나의 재화의 공급을 공급시기별로 과세방법을 달리 적용하는 것은 조세법률주의 및 과세요건의 명확성에 반한다. (나) 처분청은 청구주장에 대하여 다음과 같은 논거를 제시하면서 이 건 부과처분이 정당하다는 의견이다. 1)조세특례제한법제105조 제1항에서 부가가치세 영세율 적용대상을 “방위산업법에 따라 지정을 받은 방산업체가 공급하는 같은 법에 따른 방산물자”라고 적용대상의 주체만이 아닌 객체로서의 요건을 명확하게 규정하고 있다.
2. 구 방위사업법 시행령제41조에 “이미 지정된 방산업체가 다른 방산물자를 추가로 생산하기 위하여 지정받고자 하는 때에는 서류를 갖추어 신청할 수 있다”고 적법한 절차상 요건을 규정하고 있다.
3. 청구법인이 방산업체로 추가 지정(2012.1.5.)되기 전인 2011. 12.16.에 쟁점세금계산서를 교부한바, 이는조세특례제한법상 부가가치세 영세율 적용대상의 주체 요건을 충족하지 않는 것으로 쟁점방산물자는 부가가치세 영세율 적용대상이 아니다.
(3) 다음으로 “쟁점②”에 대한 청구법인 주장 및 처분청 의견은 다음과 같다. (가) 청구법인은 다음과 같은 논거를 제시하면서 이 건의 부과처분이 부당하다고 주장한다. 1)부가가치세법제5조와 제48조에서 부가가치세 예정신고기간과 과세기간은 각 3개월과 6개월이고 신고기한은 각 과세기간 및 예정신고기간 종료일로부터 25일까지로 규정하고 있으므로 재화의 공급과 관련한 영세율 적용요건의 구비를 해당 재화의 공급일이 속하는 과세기간의 신고기한 내에 완료하게 되면 신고 당시 부가가치세 영세율 적용 요건상에 하자가 없는바, 동일 신고기간 내에 절차적인 순서가 바뀌었다고 하여 영세율 적용을 배제하는 것은 과세의 형평과 목적상의 실익이 없다. 2)부가가치세법상 매월 발생하는 다양한 거래와 관련된 근거와 서류 등을 구비하는 소요기간과 절차 등을 배려하기 위하여 세금계산서 발급기한을 재화의 공급일의 다음달 10일까지로 기한을 유예 적용하고 있는바, 이 기간 내에 영세율 적용대상의 요건을 갖추었다면 관련 법령의 취지에 따라 영세율을 적용하는 것이 타당하고, 선발행 세금계산서의 공급시기 특례규정은 세금계산서 발급시기를 공급시기로 의제하여 사실과 같은 세금계산서로 보아 매입세액 공제의 허용을 위하여 정한 것으로써 발급시기에 영세율 등 적용요건의 충족여부를 판단하는 기준으로 삼는 것은 아니다.
3. 이 건 부과처분과 같이 방산업체의 추가 지정이 공급시기 이후에 되었다는 형식적인 사정만을 들어 착수금을 선급금으로 받는 경우 영세율을 적용할 수 없고 그러하지 않는 경우 영세율을 적용할 수 있다고 한다면,조세특례제한법상 취지와 맞지 않을 뿐더러 국가의 방위력 개선이라는 목적에도 본질적으로 부합하지 않는다. 4) 조세특례제한법 시행령제106조 제12항 제1호에서 “법 제105조 제1항 제1호를 적용받을 때에는 당해 부가가치세 신고서에 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류를 첨부하여 제출하여야 한다”고 규정하고 있어 청구법인은 2011년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서 외에 방사청장이 계약금 지급시 발행한 실적증명서를 첨부하였다.
5. 청구법인이 2009.1.19. 이미 방산업체로 지정된 상황에서 쟁점방산물자의 체계개발사업 협상대상업체로 확정된 후 해당 방산물자를 생산하는 방산업체로 추가 지정될 것을 전제로 하여 계약을 체결하고 계약금에 대한 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하는 것이다.(대법원 1984.9.25 선고 84누148 판결 등 다수, 같은 뜻임.) (나) 처분청은 청구주장에 대하여 다음과 같은 논거를 제시하면서 이 건의 부과처분이 정당하다는 의견이다. 1)부가가치세법제54조 제1항에 따른 세금계산서 교부기한을 매월 다양한 거래에 대한 다수의 세금계산서를 일괄하여 교부할 수 있도록 하는 입법 취지를 넘어 거래관련 근거 등을 구비하는 시간을 배려하는 것으로 보는 것은 지나친 확장 또는 유추해석이다.
2. 부가가치세 신고기한을 각 과세기간 및 예정신고기간 종료일로부터 25일까지로 하는 것은 신고의 기한을 명시한 것일 뿐, 적용 요건의 구비기한까지 연장하여 주는 것이 아니다.
3. 신고 당시 부가가치세 영세율 요건상 하자가 없다는 이유로 해당 과세기간 종료일 당시 요건이 적접하게 갖추어졌다는 청구법인의 주장은 이유가 없다.
(4) 마지막으로 “쟁점③”에 대한 청구법인 주장 및 처분청 의견은 다음과 같다. (가) 청구법인은 다음과 같은 논거를 제시하면서 이 건의 부과처분이 부당하다고 주장한다.
1. 대법원 판례(2016.4.15. 선고 2015두52326 판결)에서 “과세관청이 감사원 감사결과 처분지시 또는 시정요구에 따라 과세처분을 하는 경우라도 국가기관 간의 사정만으로는 납세자가 가지는 절차적 권리의 침해를 용인할 수 있는 사유로 볼 수 없고 처분지시나 시정요구가 납세자가 가지는 절차적 권리를 무시하면서까지 긴급히 과세처분을 하라는 취지도 아니므로 위와 같은 사유는 과세관청이 과세예고통지를 생략하거나 납세자가에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다”라는 취지로 판시하고 있다.
2. 감사원의 감사가 2016.6.13.부터 2016.7.13.까지 실시된 후, 조사청이 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하가 되는 2016.10.25. 이후에 과세예고통지를 하였고, 이 건이 긴급한 과세처분의 필요가 있는 경우라고 주장하지만, 감사원의 감사기간 동안 이 건과 관련 지적사항에 대하여 충분히 인지하였기에 처분청의 주장대로 긴급한 과세처분의 필요가 있는 경우라고 보기 어려우며, 청구법인이 해당 통지를 수령한 시점인 2016.11.4. 이미 국세기본법제81조의15 제2항에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 없게 된바, 이는 중대한 절차적 하자가 존재하고 청구법인의 권리가 침해되었다. (나) 처분청은 청구주장에 대하여 다음과 같은 논거를 제시하면서 이 건 부과처분이 정당하다는 의견이다.
1. 청구법인이 제시한 대법원 판례는국세기본법제81조의15 제2항 각 호의 긴급한 과세처분의 필요가 있다거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다는 취지의 판결로 절차적 위법성 주장은 법 해석의 오해 또는 대법원 판결내용에 대한 해석오류에서 기인한 것으로 보여진다.
2. 감사원의 감사기간 동안 조사청이 청구법인에게 연락하여 지적사항에 대한 의견 및 관련 자료를 제출받고 부족징수한 부가가치세를 부과처분할 경우 납부불성실가산세의 부담 완화를 위하여 수정신고․납부를 권장하였으나, 청구법인은 감사원의 감사가 실시되기 전인 2016.5.31. OOO 주식회사(대표이사 OOO)가 OOO 주식회사(대표이사 OOO)로 변경되어 수정신고에 대한 추가납부세액 부담의 쟁송이 예상되므로 수정신고를 할 수 없는 사정을 밝힌 바 있으며, 감사원이 이 건과 관련하여 충분한 소명을 받아 사실판단 및 법적근거 등을 검토하여 부족징수된 것으로 결정하였고, 조사청이 시정요구 공문을 접수한 이후, 적법한 절차를 거쳐 과세예고통지가 부과제척기간 만료일 3개월 이하에 이루어진 사정으로 임의로 과세전적부심사의 기회를 박탈한 것이 아니다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 ‘쟁점①’ 및 ‘쟁점②’에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 “방위산업법에 따라 지정을 받은 방산업체가 공급하는 같은 법에 따른 방산물자”라고 하여 적용대상의 주체만이 아니라 객체로서의 요건을 명확하게 규정하고 있고 방산업체로 추가 지정(2012.1.5.)되기 전인 2011.12.16. 쟁점세금계산서를 교부한 점 등으로 보아 이 건 부과처분이 정당하다는 의견이나, 구방위사업법제41조 제1항에 이미 지정된 방산업체가 다른 방산물자를 추가로 생산하기 위하여 지정받고자 하는 때에는 제1호ㆍ제4호 내지 제7호의 서류만을 갖추어 간이형식으로 신청할 수 있다고 규정되어 있는 점, 청구법인이 2009.1.19. 이미 방산업체로 지정된 상황에서 쟁점방산물자의 체계개발사업 협상대상업체로 확정된 후 2011.12.9. 이미 같은 법에 따라 지정된 쟁점방산물자를 생산하는 방산업체로 추가 지정될 것을 전제로 하여 계약을 체결하고 지급받은 계약금에 대하여 쟁점세금계산서를 교부한 점(대법원 1984.9.25 선고 84누148 판결, 같은 뜻임), 방위사업청 방산정책과 담당자가 전화 통화에서 “방산업체로서의 자격이 주어진 협상대상업체가 방산물자의 지정을 신청하는 것이다”라고 답변한 점,조세특례제한법에서 방산업체가 공급하는 방산물자에 대하여 부가가치세 영세율의 적용 특례조항을 두면서 그 대상을 특별히 규정하고 있을 뿐 세금계산서의 발급시기에 대하여는 명시하지 않고 있으며, 청구법인이 2011년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서 외에 방사청장이 계약금 지급시 발행한 실적증명서를 첨부하여 제출한 점, 동일한 재화의 공급에 대하여 대금지급 시기별로 과세방법을 달리 적용(영세율 적용 또는 배제)하는 것은 과세요건의 명확주의에 반하는 점,부 가가치세법에서 “공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것”은 매입세액 공제를 허용하고 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점세금계산서를 교부하기 전인 2011.12.9. 방산물자의 지정 및 방산업체 지정 신청을 하여 절차상의 제반 의무를 이행하여 달리 귀책사유가 없는 청구법인이 그에 대한 방사청장 및 구 지식경제부장관의 지정이 지연됨에 따라 쟁점방산물자의 의제공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 2012.1.5. 비로소 방산업체로 추가 지정되었다 하더라도조세특례제한법제105조 제1항 제1호에 따른 방산업체가 공급하는 방산물자로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 처분 청이 쟁점방산물자에 대하여 영세율 적용대상이 아니라고 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) ‘쟁점③’은 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.