청구법인이 관련 법령 개정에 따라 2012사업연도에 관계기업에 해당하게 된 이상 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하였다고 봄이 타당하므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못 없음
청구법인이 관련 법령 개정에 따라 2012사업연도에 관계기업에 해당하게 된 이상 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하였다고 봄이 타당하므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못 없음
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한
중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접 소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위 하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본
① (본문 생략)
중소기업기본법 시행령제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3 조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. 부칙 <2010.12.30. 제22583호> 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2 제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙(2012.1.1. 기획재정부령 제251호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】
③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 "대차대조표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.
④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업・분할・합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.
⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액으로 한다.
⑥ 영 제2조 제1항 제1호에 따른 자본금은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1.자본시장과 금융투자업에 관한 법률제9조 제15항 제3호에 따른 주권상장법인과 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액
2. 제1호 외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액중 큰 금액
⑦ 영 제2조 제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령제2조 제2항을 준용한다. (4) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】
3. “관계기업”이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조【중소기업의 범위】
① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제15항 에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 다른 국내기업의 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 기업과 그 다른 국내기업은 제1항에 따른 지배기업과 종속기업의 관계로 보지 아니한다. 1.중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자회사 2.여신전문금융업법에 따른 신기술금융사업자 3.벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 신기술창업전문회사 4.산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력기술지주회사
5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자 제7조의4【관계기업의 상시근로자 수 등의 산정】
① 관계기업에 속하 는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등의 산정은 별표2에 따른다.
② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식 등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.
③ 제1항에 따른 상시근로자수 등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자 수 등에 따른다. [별표2] 관계기업의 상시근로자수 등의 산정기준(제7조의4 제1항 관련)
1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 상시근로자수 등으로 보아야 할 상시근로자수 등(이하 “전체 상시근로자수 등”이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다.
3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 다음 각 목에 따라 계산한다.
(1) 청구법인이 제시한 2012사업연도 법인세 과세표준 및 세액 결정(경정)청구서의 청구취지에 의하면, 청구법인은 2009년에 매출액이 OOO원을 초과하여 2010사업연도부터 중소기업유예기간을 적용(2012년까지)하여 왔는데, 2012년도에 관계기업 관련 법규가 신설이 되면서 관계기업간의 매출액이 OOO원이 넘는 경우 중소기업유예기간이 적용되지 않고 바로 대기업으로 분류가 되는 관계로 2012사업연도분에 대해 중소기업 유예기간을 적용하여 신고하였던 법인세 신고분을 수정신고(고용창출투자세액공제 및 연구인력개발비 세액공제 감소)하였으나, 관계기업간의 매출액 합산액이 OOO원을 넘는 경우 중소기업유예기간을 적용하지 않는 법령의 취지에 비추어 볼 때 청구법인의 법인세 수정신고분은 당초 신고 내용대로 중소기업유예기간을 적용하여 환급함이 타당하다고 주장하고 있다. 또한 최근 대법원 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결 참조)를 예로 들어 이미 유예기간 중에 있는 기업이 관계기업에 속하는 기업으로서 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우, 유예기간이 실효되는지 여부에 대해 관련 법령에서 규정하는 바가 없으므로 중소기업 유예기간을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.
(2) 청구법인의 경정청구에 대해 처분청은 조특법 시행령 제2조에서 중소기업이 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 중소기업유예기간을 적용하지 않도록 규정하고 있다 하여 2016.12.23. 청구법인에게 거부통지(재산법인납세과-3741, 경정청구 처리결과 통지)를 한 것으로 나타난다.
(3) 청구법인 주요 세부주장 및 관련 증빙(대법원 판결문 등)의 제출 사항은 다음과 같다. (가) 청구법인은 중소기업유예기간 제도가 중소기업의 규모 확대, 법령상 기준 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 중소기업이 아님에도 조세정책적으로 일정기간 동안 중소기업과 같은 세제혜택을 부여하고자 하는 데 있는 것이므로, 이러한 취지에 비추어 볼 때 2009사업연도에 매출액이 OOO원 이상이 되어 중소기업에서 제외되어 조특법 시행령 제2조 제2항 내지 제5항에 따른 유예기간 적용을 받고 있었으므로 중소기업기준 적합성 검토대상이 아니라고 주장하고 있다. (나) 또한 2012.2.2. 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호 개정에 따라 “관계기업에 속하는 기업”으로서 요건을 충족하지 못하는 경우 기존에 적용받던 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여 아무런 규정이 없고, 유예기간의 적용없이 중소기업에서 즉시 탈락되는 것을 규정한 조특법 시행령 제2조 제1항 각 호 외 단서규정과 같은 조 같은 항 제3호 후단의 규정은 중소기업에 대해서만 적용하는 것이므로 중소기업에서 벗어난 비중소기업에 대해서는 유예기간 중에 있는지 여부와 상관없이 적용할 수 없다고 주장하고 있다. (다) 조특법 제2조 제2항에서 유예기간 중에 있는 기업은 그 유예기간이 경과한 후에야 각 과세연도별로 중소기업 해당여부를 판정한다고 규정하고 있는바, 이는 유예기간 중에는 특별한 사정이 없는 한 중소기업여부를 판정할 수 없다는 의미이며, 그 특별한 사정이란 중소기업이 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 등 열거된 사례만 해당되므로 이 건의 경우 중소기업여부 판정을 통해 유예기간 배제를 할 수 없다고 주장하고 있다. (라) 청구법인은 최근 대법원 판결(대법원 2016.8.29. 선고 2016두3 3902 판결)에서 매출액이 OOO원을 초과하여 유예기간 적용받고 있던 기업에 대해서는 개정 조특법 시행령의 시행으로 인해 2012.1.1.부터 중소기업의 범위에서 제외되는 “관계기업에 속하는 기업”에 해당하더라도 여전히 그 유예기간이 적용된다고 주장하며 관련 판결문을 제출하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 시행령 등을 종합하여 살피건대, 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정기간 세제혜택을 부여하는 것이고, 관계기업 제도는 대규모기업집단을 규제하기 위한 것으로 2009.3.25. 중소기업기본법 시행령개정으로 도입되어 2010.12.30. 조특법 시행령의 개정으로 제2조 제1항 제3호에 의해 관계기업으 로 중소기업요건에 해당하지 않게 되는 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없도록 개정되었는바, 중소기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 위배되어 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니 하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하도록 조 특법 시행령 제2조 제2항 본문 단서에서 규정하고 있는 점, 중 소기업 유예기간 제도 및 관계기업 제도의 도입 취지, 관련 법 령 등의 개정취지 등을 감안 할 때 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는 다고 보기는 어려운 점 등을 고려하면, 청구법인의 경우 2009사업 연도 에 매출액 기준을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제2항에 따 른 중소기업 유예기간을 적용받아 오다가 관련 법령의 개정에 따라 2012사업연도에 관계기업 에 해당하게 된 이상 조특법 시행령 제2 조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하였다고 봄이 타당하므로 같은 시행령 제2조 제2항 본문 단서 규정에 따라 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.