[요지] OOO이 청구법인에게 공급한 가격은 잠정가격에 해당하는 것으로 보이고, 이후 사전약정에 따라 가격이 확정되어 수수한 수정세금계산서는 적법한 세금계산서로 보이는 점, 비교업체와 청구법인은 거래규모 및 관리하는 거래처 수가 달라 비교업체가 공급받은 가액을 부당행위 적용의 시가로 삼기 부적절해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 관련 제세를 과세한 처분은 잘못이 있음
[요지] OOO이 청구법인에게 공급한 가격은 잠정가격에 해당하는 것으로 보이고, 이후 사전약정에 따라 가격이 확정되어 수수한 수정세금계산서는 적법한 세금계산서로 보이는 점, 비교업체와 청구법인은 거래규모 및 관리하는 거래처 수가 달라 비교업체가 공급받은 가액을 부당행위 적용의 시가로 삼기 부적절해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 관련 제세를 과세한 처분은 잘못이 있음
[참조결정] 조심2007서1707 / 국심2004서2844 / 조심2014서3508 / 조심2014서3085
[주 문]
1. OOO이 2016.12.6. 청구법인에게 한 ＜별지＞의 2011년 제1기～2015년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 OOO이 같은 날 청구법인의 OOO에게 한 ＜별지＞의 2011년 제1기～2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 이를 각 취소한다.
2. OOO이 2016.12.6. 청구법인에게 한 ＜별지＞의 2011～2015사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분은 법인세법제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 손금불산입한 금액 합계 OOO을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 등 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서는 부가가치세법상 적법한 수정세금계산서이다. (가) 청구법인은 2004.4.1. OOO가 석유수지 등의 제품을 청구법인에게 공급하고 청구법인은 이를 최종 납품처에 공급하되, 공급단가는 청구법인이 최종 납품처에 공급하는 최종 납품가액의 93% 수준으로(7%의 매출총이익을 유지하는 수준) 결정되는 내용의 쟁점약정을 체결하였다. 청구법인은 쟁점약정에 따라 OOO로부터 제품을 공급받을 때에는 잠정적으로 해당 제품의 공급가액을 다른 대리점과 동일한 금액으로 하여 세금계산서를 수수한 후 청구법인의 최종 납품처에 대한 납품가액과 위의 잠정 공급가액을 비교하여 청구법인의 매출총이익률이 7%를 초과하는 경우에는 기존의 공급가액을 증액시키는 수정세금계산서를 수수하고, 7%에 미달하는 경우에는 기존의 공급가액을 차감시키는 부(-)의 수정세금계산서를 수수하는 방법으로 청구법인의 매출총이익률이 7%가 되도록 공급가액을 정산하였다. (나) 조사청은 쟁점세금계산서를 청구법인이 OOO로부터 공급받는 석유수지 등의 제품과 무관하게 발급받은 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하였으나, 부가가치세법제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제3호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 ‘공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우’를 수정세금계산서 발급 사유로 규정하고 있고, 대법원 2011.7.28. 선고 2009두19984 판결은 쟁점규정의 취지를 “당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있다”고 판시하고 있는바, 후발적 사유로 공급가액이 증가하거나 감소한 경우라면 쟁점규정에 따라 수정세금계산서 교부 대상에 해당한다 할 것이다. (다) 쟁점세금계산서는 사후에 결정되는 최종 공급가액과 잠정 공급가액 사이의 차액을 정산하는 과정에서 수수된 것이므로 적법한 수정세금계산서 발급 사유에 해당한다.
1. 쟁점약정 제4조 제1항은 OOO가 청구법인에 공급하는 제품의 가격에 대하여 청구법인의 매출 기준으로 7%의 판매이익을 확보하는 선에서 결정한다고 규정하고 있는데, 이는 청구법인의 안정적 사업 영위와 함께 큰 규모의 대리점이 동일 제품의 시장 가격을 임의대로 변동시키지 않고 적정한 가격을 유지하게 하기 위하여 OOO가 청구법인에게 공급하는 석유수지 등의 최종 공급가액을 청구법인의 최종 납품가액의 93% 수준으로 하겠다는 의미이다. 그런데 청구법인의 최종 납품가액은 청구법인이 석유수지 등의 최종 납품을 마친 이후에 확인할 수 있으므로, 쟁점약정에 따라 최종 공급가액을 청구법인의 최종 납품가액의 93% 수준으로 하려면 필수적으로 사후 정산 과정이 요구된다. 요컨대, (i) 최종 공급가액을 청구법인의 최종 납품가액의 93%로 하기로 하는 약정이 존재하였고(최초 세금계산서 발급 당시 공급가액은 잠정적이고, 공급 이후 쟁점약정에 따른 최종 공급가액이 정해지면 잠정 공급가액과의 차액을 정산하기로 하는 합의의 존재), (ii) 이에 따라 1개월 단위(2012년 이전은 분기별)로 청구법인의 각 제품 별 최종 납품가액과 잠정 공급가액을 비교하여 7% 초과 또는 미만의 차이가 발생한 경우(공급가액이 후발적 사유로 감소하거나 증가한 경우) 당초 잠정 공급가액과의 차이를 정산하는 수정세금계산서를 추가로 발급한 것이므로, 이는 쟁점규정에 따른 수정세금계산서 발급사유에 해당함이 명백하다.
2. “청구법인은 OOO로부터 담배를 구입하여 이를 소매상에게 판매하면서 유통판매계약(Distribution Agreement)을 체결하여 담배의 매매가격을 독립적인 제3의 컨설팅법인에서 제시하는 방법으로 결정하기로 약정하였고, 이에 따라 기중에 잠정가격으로 담배를 공급받고 기말에 확정가격으로 단가를 조정하였던바, 독립적인 제3의 컨설팅법인이 가격을 제시하지 않은 상태에서 교부된 세금계산서의 공급가액을 최종적인 공급가액으로 보기는 어렵다고 보이고, 기말에 제3의 컨설팅법인이 확정가격을 제시한 후에야 비로소 공급가격이 확정되었다고 봄이 합리적이므로, 잠정가격과 확정가격의 차액에 대하여 교부된 쟁점세금계산서는 부가가치세법 시행령제59조 단서에 따른 적법한 수정세금계산서에 해당한다고 보인다”고 하였던 조세심판원의 다수 선결정례(국심 2007서1707·3342, 2009.12.24. 조세심판관합동회의, 국심 2004서2844, 2004.12.23.) 및 “국내법인인 판매회사와 제품공급사인 외국법인의 국내지점간에 유통매매계약서를 맺고, 재화의 가격을 제3의 독립법인이 “국제조세 조정에 관한 법률”에서 규정하는 정상가격산출방법 중의 하나를 선택하여 제시하는 자료를 근거로 재화의 매입가격을 확정하는 귀 질의의 경우, 정상가격(확정가격) 전에 잠정적으로 정한 가격과의 차액정산은 재화의 공급과 대가관계가 있는 것으로서 부가가치세의 수정세금계산서 발행 대상이 되는 과세거래임”이라고 하였던 예규(재부가-545, 2007.7.18.) 등에서도 잠정적으로 정한 공급가액과의 차액 정산은 재화의 공급과 대가관계가 있는 것으로서 수정세금계산서 발급대상이라고 판단한 바 있다. (라) 쟁점세금계산서는 청구법인이 공급받는 석유수지 등의 공급과 관련된 세금계산서이므로 석유수지 등의 제품 공급과 관련 없는 가공세금계산서라고 볼 수 없다.
1. 청구법인과 OOO 사이의 거래에 특별한 가격 결정 절차를 둔 것은 청구법인의 역할에 비추어 보았을 때 지극히 합리적이다.
2. 쟁점약정은 영업이익 또는 당기순이익에 대한 조정이 아닌 공급가액의 사후 정산에 불과하다.
(2) 청구법인과 OOO는 법인세법상 특수관계가 성립하지 않고, 설령 특수관계가 성립한다고 하더라도 처분청 의견과 달리 본 건에 대하여는 법인세법 시행령제88조 제1항 제9호가 아닌 제1호가 적용되어야 하며, 쟁점약정은 청구법인과 OOO간의 사업상 필요에 따라 체결된 ‘경제적 합리성’이 인정되는 거래이므로 부당행위계산의 부인 규정을 적용할 수 없다. (가) 처분청은 OOO이 소유한 청구법인 발행주식 87.6%는 OOO 사주 OOO이 명의신탁한 주식이므로, 청구법인과 OOO는 법인세법상 특수관계가 성립한다는 의견이나, 동 주식은 OOO이 2008년부터 2011년까지 자신의 자금으로 취득한 것이므로 동 주식이 OOO의 명의신탁 주식이라는 처분청 의견은 사실과 다른바 청구법인과 OOO 사이에는 법인세법상 특수관계가 성립하지 아니한다. (나) 설령 청구법인과 OOO가 법인세법상 특수관계에 있다 하더라도, 처분청은 이 건 처분의 적용 법조항을 잘못 적용한 위법이 있고, 청구법인의 최종 확정된 석유수지 등 매입가격이 시가의 범위에서 벗어났다는 점을 입증하지도 아니하였다.
1. 법인세법 시행령제88조 제1항 제9호는 “그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우”라고 규정하고 있고, 동 규정은 같은 법 시행령 제88조 제1항 제1호 내지 8호의2 이외에 이에 준하는 행위로서 이익분여가 인정되는 경우를 의미하므로(대법원 1996.5.10. 선고 95누5301 판결 등), 같은 법 시행령 제88조 제1항 제9호의 적용 여부를 따지려면 그에 앞서 그러한 행위가 같은 항 제1호부터 제8호의2에서 규율하고 있는 행위 유형에 해당하지 않아야 한다.
2. 처분청은 쟁점세금계산서는 청구법인이 공급받는 석유수지 등의 공급과 전혀 무관하게 발급받은 것이라는 전제 하에 이 건 처분의 근거 법령으로 법인세법 시행령제88조 제1항 제9호를 주장하고 있으나, 쟁점세금계산서는 청구법인이 쟁점약정에 따라 사후 확정된 석유수지 등의 공급가액 정산액을 추가로 지급하면서 발급받은 것으로, 청구법인이 OOO에 추가로 지급한 금액은 청구법인이 매입한 석유수지 등 상품의 추가 매입비용이므로, 처분청이 이 부분에 대하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용하려면, 법인세법 시행령제88조 제1항 제9호가 아닌 같은 항 제1호(자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우)의 적용 여부를 따져야 한다. (다) 처분청이 시가로 삼은 OOO의 거래는 거래조건 및 규모에 있어 청구법인과 큰 차이가 있으므로 이들 사이의 거래가격을 시가로 볼 수 없다.
1. 시가의 비교는 기본적으로 “비교가능성 있음”을 전제로 하므로 비교 대상이 될 수 없는 물건의 가격을 당해 물건의 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다. 조세심판원에서는 “청구법인과 ○○○의 보유장비가 다르고, 장비별로 유지보수요율이 다르게 적용될 수 있고, 쟁점거래와 기타거래에서 쟁점거래처가 부담하는 서비스 책임수준이 서로 다르고 그 서비스 책임수준에 따라 유지보수요율도 달라지므로 쟁점거래와 기타거래를 비교대상으로 삼기는 적절하지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다(조심 2014서3508, 2016.6.29.)”, “처분청은 청구법인들이 쟁점창고를 시가보다 높은 가액으로 임차하여 부당행위계산부인 대상이라는 의견이나, 쟁점창고와 ○○○창고의 임대차내역 및 증빙으로 제시된 사진을 보면 그 임차대상 물건에 쟁점창고는 기숙사 및 사무실 부분이 포함되어 있고 이에 반하여 ○○○창고는 그러한 부분이 없어 단순히 이들 창고의 임차료를 단순 비교하는 것은 불합리하다고 보이는 점(조심 2014서3085, 2015.3.4.)”이라고 하는 등 ‘동일한 비교대상으로 삼을 수 없는 물건 내지 서비스의 가격을 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 과세관청의 과세처분은 위법하다’고 판단한 바 있다.
2. 국세청 역시 통상 판매가격은 거래량, 대금결제조건, 거래방식(지원조건), 상품의 인도방법 등 거래조건에 따라 달라질 수밖에 없는바, 다수의 선례 역시 판매량, 거래조건 등을 고려하지 아니하고 동일한 거래형태라고 보아 시가를 비교한 것은 잘못이 있다고 판단(심사법인 2014-53, 2015.2.3., 심사법인 2014-5, 2014.6.10., 심사법인 99-266, 2000.1.7.)한 바 있다.
3. OOO 간의 거래량은 청구법인과 OOO 간의 거래량의 10.6%, 7.4%에 불과한바, 거래량은 물론 거래처 수에 있어서도 큰 차이가 있어 OOO의 거래가격을 곧바로 청구법인의 거래가격과 비교할 수 없다. 특히, OOO는 소규모 거래처 관리에 따른 인건비 소요와 거래대금 회수 등의 신용 위험 등을 종합적으로 고려하여 청구법인으로 하여금 기존 거래처를 관리하게 하되, 청구법인이 OOO에 달하는 최종 거래처에 대한 독점 공급자로서 과다한 마진을 취하지 못하게 할 목적으로 출고가격 대비 7%의 매출총이익률만 향유하는 공급가격 사후 조정 조항을 채택하게 된 것이므로, 대리점 계약 체결 배경 자체가 다른 OOO을 기준으로 시가 해당 여부를 판단해서는 아니된다.
4. 이와 같이 기존에 OOO가 직접 공급하고 사후관리하던 소규모 거래처를 청구법인이 그대로 담당함에 따라 경제화학 등의 다른 대리점과는 차별화된 계약 체계를 갖게 된 것(①안정적 사업 유지, ② 시장가격의 교란이 없도록 최종 가격 제한 목적)이므로 양자 간의 계약체결 및 거래 배경의 차이에 대한 고려 없이 가격만을 단순 비교해서는 아니되고, 거래량은 물론 거래조건에서도 현저히 차이가 나는 이상 양자 간에는 비교가능성이 없어 이를 시가로 볼 수 없으며, 처분청이 주장하는 시가와의 차이가 과세된 사업연도의 전체 거래금액OOO에서 차지하는 비율OOO이 너무 낮아 이들 거래가격을 본건의 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다 할 것이다. (라) 청구법인이 OOO에게 부당하게 이익을 분여하였다는 것은 논리상 성립되기 어렵다.
1. 처분청은 쟁점약정을 통하여 2011∼2014사업연도에 총 OOO원의 부당한 이익을 분여하였다는 의견이나, 청구법인에 대한 공급가액 사후 정산(수정세금계산서 교부)은 과세된 사업연도 전체 거래금액의 0.7%에 불과한바, 이는 처분청이 시가라고 주장하는 경제화학 등에 적용된 가액과 청구법인에게 적용된 거래가격이 사실상 차이가 전혀 없거나, “부당”이라는 개념을 본건에 적용시킬 만큼 유의미하지 않다는 점에서 처분청 의견은 타당하지 아니하다.
2. 특히 이 건에서는 청구법인이 OOO에게 당초의 공급가액을 항상 증액시키는 거래만 존재하는 것이 아니라 감액시키는 거래도 함께 존재하므로 처분청이 주장하는 이익분여의 흐름이 일정하거나 일방적이지 않다는 점에서 쟁점약정이 청구법인이 경제적 합리성 없이 공급자인 OOO에게 이익을 분여하기 위한 부당한 약정이 아니라는 점을 방증하는 것이다. (마) 부당행위계산부인 규정 적용시 ‘시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 상당하는 금액’의 판단은 ‘거래건별’로 판단하여야 한다.
1. 법인세법 시행령제88조 제2항은 “제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다”고 규정하고 있는바, 당해 거래에서의 ‘시가’와 해당 ‘거래가액’을 비교하여 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우에 한하여 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것이므로, ‘거래건별’로 해당 여부를 판단하는 것이 문리해석상 타당하다.
2. ‘3억원, 5%’ 판단기준과 유사한 규정을 두고 있는 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 제43조 제2항에서 “소급하여 1년 이내에 동일한 거래 등이 있는 경우에는 각각의 거래 등에 따른 이익(시가와 대가의 차액을 말한다)을 해당 이익별로 합산하여 계산한다”고 규정하고 있는바, 상증법과 달리 법인세법에서는 이러한 취지의 규정을 별도로 두고 있지 아니한 점에 비추어 부당행위계산부인 규정의 적용대상인지 여부는 ‘거래건별’로 판단하는 것이 타당하다.
3. 특히 처분청은 2011～2014사업연도 모두를 합산하여 ‘3억원, 5%’ 여부를 판단하여야 한다는 입장이나, 법인세법에 여러 과세기간에 걸쳐 있는 전체 거래를 합산하라는 규정이 없음에도 처분청이 자의적으로 판단기준을 넓히는 오류를 범하게 되는 문제가 발생하고(본건 역시 현재까지도 거래가 이루어지고 있으나 처분청은 임의적으로 2011～2014사업연도만을 특정하여 판단함), 청구법인으로서는 2011사업연도(또는 특정 사업연도)의 거래가격 적정여부를 사후적으로 판단 받아야 하는 문제가 발생하게 된다. 따라서, 백보 양보하여 처분청 의견과 같이 거래를 합산하여 판단하여야 한다 하더라도, 최소한 청구법인과 OOO의 거래 정산 기간(수정세금계산서 발급 기준인 3개월 내지 1개월)을 기준으로 판단하는 것이 자의적인 과세를 막을 수 있는 가장 합리적인 기준이며, 이 경우 거래의 거의 대부분이 ‘3억원, 5%’ 요건에 미달하므로 애초부터 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다. 또한, 법인세법상 과세단위인 ‘사업연도’를 기준으로 ‘3억원, 5%’ 기준을 판단한다 하더라도, 2013·2014사업연도는 시가와 거래가액의 차이가 ‘3억원, 5% 미만’이므로 2013·2014사업연도는 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다 할 것이다.
(1) 쟁점세금계산서는 상호간 이익정산을 위해 발급한 세금계산서로 최초 잠정가액으로 세금계산서를 발급한 후 공급가격 증감사유가 발생하여 확정가액 정산을 위해 발급하는 수정세금계산서에 해당하지 않는다. (가) 쟁점세금계산서가 최초 잠정가액으로 발급된 후 후발적 사유에 의해 공급가액의 증감사유가 발생함에 따라 발급되는 수정세금계산서가 되기 위해서는 최초 공급시 석유수지 등의 공급가액을 확정할 수 없는 사유가 존재하여야 하나 쟁점세금계산서는 그러한 합리적인 사유가 존재하지 않는다.
1. OOO가 청구법인에게 발급한 최초 공급가액은 OOO과 동일한 가액이며, 최초 공급가액은 OOO의 대리점 거래약정서 제4조 제1항의 “주요 경쟁사제품의 국내수입가격 + 제반비용(약 11%)”에 따라 시장상황을 고려하여 결정한 석유수지 등에 대한 시가에 해당한다.
2. OOO는 2011년 1월부터 2015년 12월까지 석유수지 등을 공급할 때 청구법인, OOO 모두 같은 단가를 적용하여 세금계산서를 발급하였고, 청구법인으로부터 품목별로 매출이익을 통보받아 품목별로 청구법인 기준 판매이익 7% 여부를 계산하여 합산한 후 주요 한 개 품목에 대하여 정산하여 한 장의 세금계산서를 발급하였다.
3. OOO는 청구법인, OOO에게 최초 시가대로 세금계산서를 발급하였음에도 청구법인에만 7% 판매이익을 확보하는 선에서 공급단가를 결정하는 약정을 체결하였기 때문에 최초 발급한 공급가액이 잠정가액이라는 청구법인의 주장은 OOO와 청구법인 스스로 재화의 시가와 무관하게 고정된 판매이익을 분여하는 약정을 체결하였음을 인정하는 것이고, OOO는 재화의 공급 후 공급가액이나 수량의 변동에 의해 증 또는 감의 세금계산서를 교부한 것이 아니라 재화공급 후 청구법인에서 동 재화의 매출에 대한 이익이 얼마만큼 발생했는지 여부에 따라 이익이 사전에 보장한 이익률(7%)을 초과하면 이익을 줄이기 위해 증 매출세금계산서를 교부하고, 7%에 미달하면 부(-)의 매출세금계산서를 교부하는 등 재화의 공급과는 무관한 가공의 세금계산서를 교부하였다.
4. 청구법인과 OOO가 체결한 쟁점약정의 공급단가 결정은 재화의 시가와 무관하게 결정되었고, OOO는 2011년 1월부터 2014년 12월까지 청구법인에게 7% 판매이익 정산을 이유로 세금계산서를 발급하였는데, 단지 청구법인의 판매이익이 7%가 초과되었다는 원인 이외에 당초 공급한 재화의 시가가 변동할 만한 아무런 사유가 없으며, 2015년 1월부터 2015년 12월까지 OOO는 청구법인의 판매이익이 7% 미만이 되었다는 사유로 부(-)의 매출세금계산서를 발급하였는데, 이는 당초 공급한 제품의 하자에 따른 반품 등에 기인한 것이 아니라 단지 매출이익 조정을 위한 것에 불과하다. (나) 청구법인이 제시한 다수의 선결정례는 잠정가액과 확정된 공급가액 차액 정산에 따른 적법한 수정세금계산서 발급 사례이나, 이 건은 공급가액 증감사유에 따른 수정세금계산서에 해당하지 않는다.
1. 청구법인은 쟁점세금계산서가 잠정적으로 정한 가격과의 차액정산을 위해 발급한 수정세금계산서에 해당한다는 주장의 근거로 “재화의 가격을 제3의 독립법인이 국조법에서 규정하는 정상가격산출방법 중의 하나를 선택하여 제시하는 자료를 근거로 재화의 매입가격을 확정하는 경우 확정가격 전에 잠정적으로 정한 가격과의 차액정산은 재화의 공급과 대가관계가 있는 것으로서 부가가치세의 수정세금계산서 발행대상이 되는 과세거래에 해당한다 할 것이다”는 심판례(국심2007서1707·3342, 2009.12.24.)를 예로 들고 있으나, 이 사례는 국제조세조정에 관한 법률에서 규정하는 정상가격산출방법 중 하나인 거래순이익률법을 원용하였기 때문에 법에 규정된 판매가격 결정방법 중 하나를 채택하였고, 독립적인 제3자의 컨설팅법인이 가격을 제시하지 않은 상태로서 최초 공급가액을 잠정가액으로 인정할 만한 사유가 존재하는 반면, 청구법인의 경우 제3자 개입이 없었고, 최초 공급가액을 확정적으로 정하지 못할 객관적 사유 또한 없어 이 건에 적용하기에 적절하지 않다.
2. 청구법인이 제시한 심판례(국심 2004서2844, 2004.12.23.)에서는 “본계약서에 의하여 최종 확정된 공급가액(채권추심액의 2%)으로 감액한 쟁점세금계산서를 청구외법인에게 발행한 것에 대하여, 처분청이 쟁점세금계산서의 공급자가 추가되거나 수정된 것”이라 하였고, 이 심판례 역시 기본합의서 체결 당시에 본계약 체결이 예정되어 있었기 때문에 최초 기본합의서에 따라 발급한 세금계산서의 공급가액이 본계약 체결에 따라 최종확정되는 등의 공급가액 증감사유가 발생하였던바 적법하게 발급된 수정세금계산서에 해당한다고 판단한 것으로 보인다. 위 심판례 역시 기본합의서 체결 당시에 본계약 체결이 예정되어 있는 등 최초 재화의 공급가액을 확정가액으로 볼 수 없는 합리적이고 객관적인 사유가 존재하는 반면, 이 건은 최초 공급가액을 확정할 수 없는 객관적이고 합리적인 사유가 존재한다고 볼 수 없어 청구법인이 적법하게 발급된 수정세금계산서를 수취하였다고 볼 수 없다. (다) 쟁점세금계산서는 청구법인이 석유수지 등의 공급을 이용하여 위장계열사에게 이익분여를 하기 위한 수단으로 발급한 가공세금계산서에 해당한다.
1. OOO의 사주는 2004.3.29. 위장계열사인 청구법인을 설립하면서 기존에 OOO가 관리하던 거래처를 청구법인에게 이관한 후 2004.4.1. 쟁점약정을 체결하였고, 2004.6.1. 또 다른 위장계열사인 OOO을 설립한 후 2008.7.1. 청구법인과 합병을 하여 OOO 사업장 소재지에 청구법인 OOO를 설치하고 쟁점약정을 통해 고정된 판매이익 7%를 보장하여 주었다. 청구법인은 OOO의 제품만을 최종거래처에 판매하는 업체로, OOO로부터 쟁점약정을 통해 7% 판매이익이라는 고정된 이익을 분여받은 결과 개업 이후 꾸준히 이익잉여금을 축적하여 2015년 12월말 현재 재무제표상 이익잉여금이 OOO원에 달한다. “청구법인은 공격적인 영업을 통한 신규 거래처 확보로, OOO의 청구법인에 대한 공급량 증가 및 OOO에 있는 수많은 최종소비자들에 대한 제품 공급을 책임지는 OOO의 중요 거래처이자 영업활동까지 책임지는 중요한 사업 파트너이기에 청구법인의 안정적 사업영위를 지원함과 동시에 동일 제품 가격이 시장 내에서 큰 편차가 발생하지 않게 할 목적”으로 쟁점약정을 체결하였다고 주장하나, 쟁점약정은 청구법인이 2004.3.9. 설립하여 바로 2004.4.1.에 작성된 것으로, 처음부터 청구법인의 공격적 영업 여부 등과 관계없이 작성된 약정으로 OOO가 위장계열사인 청구법인을 부당하게 지원하기 위해 작성된 것이므로, OOO가 청구법인에게 안정적 사업을 지원하기 위해 쟁점약정을 체결하였다는 주장은 신빙성이 없다.
2. 쟁점약정은 ‘영업이익’ 또는 ‘당기순이익’에 대한 조정은 아니나 고정된 매출이익을 분여하기 위한 약정이며, 쟁점세금계산서는 재화의 시가와 무관하게 OOO가 청구법인의 판매이익 조정을 위해 재화의 공급 없이 수수한 가공세금계산서에 해당한다. OOO가 청구법인에게 최초 시가로 발급한 세금계산서상 공급가액이 잠정가액이라고 볼만한 어떠한 객관적 사정도 존재하지 않기 때문에, 쟁점약정에 따라 발급한 세금계산서는 공급가액 확정가액에 의한 정산이 아니라 7% 고정된 판매이익을 부여하기 위한 수단으로 발급한 가공세금계산서에 해당한다.
(2) 청구주장과 같이 쟁점세금계산서를 수정세금계산서로 본다 하더라도 법인세법 시행령제88조 제1항 제1호의 “특수관계자로부터 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우”에 해당되어 청구법인이 OOO에 환급한 금액 OOO원 전부를 손금불산입함이 타당하다. (가) 청구법인 및 청구법인에 흡수합병된 OOO은 다음 ＜표2＞와 같이 설립시 OOO의 사주 OOO이 OOO 동창인 OOO에게 명의신탁한 법인이고, 청구법인의 대표이사는 다음 ＜표3＞과 같이 OOO의 퇴직임직원들로 구성된 OOO의 위장계열사에 해당한다. (나) OOO는 위장계열사인 청구법인을 설립하여 쟁점약정을 체결하였고, 최초 석유수지 등 제품을 청구법인, OOO에게도 동일한 가액으로 공급하다가, 청구법인에게만 쟁점약정을 통하여 재화의 공급 없이 청구법인 판매이익 7% 초과분을 회수하였는데, 이는 청구법인이 2011∼2014사업연도 동안 창출한 판매이익 7% 초과분을 특수관계자인 OOO에게 이익을 분여한 행위로써 법인세법상 부당행위계산 부인 대상에 해당한다. (다) 국세청 예규(법인세과-3074, 2008.10.24.)에서는 “법인세법 시행령제88조 제3항의 규정에 의한 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우의 판정은 그 거래별로 시가와 거래가액의 차액을 기준으로 하는 것이나, 특수관계자의 거래가 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 산정방법과 다르게 거래건별 거래단가를 산정하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 사업연도 또는 전체 거래기간 등의 시가와 거래가액의 차액의 합계액을 기준으로 하여 법인세법제52조에 의한 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는 것이며, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 구체적 거래내용 등 사실관계를 종합적으로 고려하여 판단할 사항”이라고 하였던바, 이 건 역시 OOO와 청구법인이 석유수지 등 제품을 일시적으로 거래한 것이 아니라, 청구법인 설립 후부터 현재까지 계속적·반복적으로 이루어진 행위에 해당하므로, 거래 건별로 부당행위계산부인 규정을 적용할 것이 아니라, 2011∼2014사업연도 전체 거래기간의 시가와 거래가액과의 차액인 OOO원을 기준으로 ‘3억원 이상’이나 ‘시가의 100분의 5’ 해당 여부를 판단하여야 한다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점세금계산서가 부가가치세법 시행령제70조 제1항의 수정세금계산서 발급사유에 따라 발급된 적법한 세금계산서인지 여부
② 쟁점세금계산서상의 공급가액 상당액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
(1) 부가가치세법 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액
2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가
4. 제10조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
5. 제10조 제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우: 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 가액
6. 외상거래, 할부거래 등 그 밖에 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액
④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에게 공급하는 재화 또는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.
1. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우
2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우
3. 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 아니하는 경우로서 제12조 제2항 단서가 적용되는 경우
⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.
1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액
2. 환입된 재화의 가액
3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손되거나 훼손되거나 멸실한 재화의 가액
4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금
5. 공급에 대한 대가의 지급이 지체되었음을 이유로 받는 연체이자
6. 공급에 대한 대가를 약정기일 전에 받았다는 이유로 사업자가 당초의 공급가액에서 할인해 준 금액 제15조【재화의 공급시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조【세금계산서 등】⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제70조【수정세금계산서의 발급사유 및 발급절차】① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
(3) 국제조세조정에 관한 법률 제5조【정상가격의 산출방법】① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.
1. 비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
2. 재판매가격방법: 거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법
3. 원가가산방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조·판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법
4. 이익분할방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거래 쌍방이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
5. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법
6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법
② 제1항에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다.
(4) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(5) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)·분할에 있어서 불공정한 비율로 합병·분할하여 합병·분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)·분할하는 경우는 제외한다.
4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우
5. 출연금을 대신 부담한 경우
6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 7의2. 기획재정부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우
8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우
9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.
③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따른 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2004.3.9. OOO에서 합성수지류 도·소매업을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2008.7.1. OOO 소재의 OOO을 흡수합병한 후 2008.7.4. 지점설치 등기를 하였다. (나) 청구법인과 OOO가 2004.4.1. 체결한 쟁점약정의 주요 내용은 다음과 같다. (다) 청구법인 지점과 주식회사 OOO이 2008.7.1. 체결한 대리점 거래 약정서의 주요 내용은 다음과 같다. (라) OOO와 OOO이 2010.1.1. 체결한 대리점 거래 약정서의 주요 내용은 다음과 같다. (마) OOO이 2003.10.24. 체결한 대리점 거래 약정서의 주요 내용은 다음과 같다. (바) 2005년 12월말 현재 청구법인 및 OOO의 최대주주인 OOO이 2016.7.5. 조사청에 출석하여 작성한 문답서의 주요 내용은 다음과 같다. (사) OOO가 2016.5.2. 조사청에 출석하여 작성한 문답서의 주요 내용은 다음과 같다. (아) OOO 조사청에 출석하여 작성한 문답서의 주요 내용은 다음과 같다. (자) 2011∼2014사업연도 OOO와 청구법인 간의 석유수지 및 기능수지 거래와 관련하여 7% 매출이익 조정을 위하여 발급된 쟁점세금계산서 내역은 다음 ＜표4＞와 같다. (차) 청구법인, OOO 등의 대리점과 OOO 간의 거래현황은 다음 ＜표5＞와 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인 등의 7% 판매이익을 보장하기 위하여 발급된 쟁점세금계산서는 재화의 공급 후 공급가액이나 수량의 변동에 의해 발급된 수정세금계산서가 아닌 재화의 공급과는 무관한 가공의 세금계산서라는 의견이나, OOO와 청구법인이 약정한 공급단가 결정 방식은 국제조세조정에 관한 법률제5조 제1항에서 정하고 있는 정상가격 산출 방법 중의 하나인 재판매가격방법과 동일한 가격결정 방식으로, 국제거래가 아닌 국내거래에 대하여 이러한 가격 결정방법을 적용하였다 하여 이를 잘못된 것이라 하기 어렵고, 청구법인 등이 OOO와 체결한 쟁점약정에 따르면, OOO가 석유수지 등의 제품을 청구법인 등에게 공급하고 청구법인 등은 이를 최종 납품처에 공급하되, 공급단가는 청구법인 등의 통상의 이윤으로 보이는 7%의 판매이익을 확보하는 선에서 결정하기로 하였고, 이에 따라 OOO는 최초 재화 공급시 경제화학 등에 공급하는 단가를 공급가액으로 하여 세금계산서를 잠정 발급하였다가 청구법인의 판매가격에서 7%의 판매이익을 뺀 가격으로 공급가액이 결정됨으로써 비로소 공급가액이 최종 확정되었다고 봄이 합리적이므로 잠정가격과 확정가격의 차액에 대하여 교부된 쟁점세금계산서는 부가가치세법 시행령제70조에 따른 적법한 수정세금계산서에 해당하는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 재화의 공급 없이 발급된 가공세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO이 소유한 청구법인 발행주식은 OOO 본인 자금으로 취득한 것이므로 동 주식을 OOO의 명의신탁 주식으로 보아 청구법인과 OOO 간에 법인세법상 특수관계가 성립한다고 보는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인 및 청구법인에 흡수합병된 OOO은 OOO의 사주인 OOO이 OOO에게 명의신탁한 법인임을 OOO이 시인하고 있으므로 청구법인과 OOO 간에는 특수관계가 성립한다 할 것이다. (나) 한편, 처분청은 청구법인이 판매마진 7% 정산을 하면서 쟁점세금계산서에 따라 OOO에게 대가를 지급한 것은 특수관계자에게 이익을 분여한 행위로서 법인세법상 부당행위계산부인 대상이라는 의견이나, 법인세법상 부당행위계산이라 함은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보여지는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 행위의 대가관계만을 따로 떼내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당하는 것으로 볼 것이 아니라 거래행위의 제반 사항을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007.11.30. 선고 2006두4509 판결 참조). 또한, 법인세법 시행령제88조 제1항 제1호 및 제89조 제1항에서 부당행위계산 부인의 하나로 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우로 정하고, 판단의 기준이 되는 자산의 시가는 1차적으로 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하도록 하고 있으며, 여기서 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가에 대한 입증책임은 이를 주장하는 처분청에게 있다 할 것이다. 이 건의 경우 처분청은 OOO와 특수관계자가 아닌 OOO과의 거래가액을 시가로 보아 이 건 과세를 하였으나, OOO 청구법인은 관리하는 거래처 수OOO, OOO와의 거래금액OOO 등의 여러 가지 면에서 큰 차이가 있어 이들의 거래를 청구법인과 비교하여 거래가격이 부당하다고 하는 것은 합리적이지 않아 보이는 점, 청구법인과 OOO 간의 약정서에는 “청구법인의 매출기준으로 7%의 판매이익을 확보”하는 것으로 되어 있어 청구법인이 이익을 분여받는 구조로 계약된 것으로 보이나, 쟁점세금계산서 발행내역을 살펴보면 실제로는 청구법인 측에서 발생한 7% 초과이익의 대부분을 OOO가 가져간 구조인 점 등으로 보아 수많은 거래처를 관리하는 청구법인에게 일정한 수익을 보전해 주고, 반대로 청구법인이 영세거래처로부터 과도한 이익을 가져가는 것을 방지하기 위하여 ‘7% 판매이익 확보’라는 가격결정을 한 것이라는 청구주장이 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인과 OOO 간의 거래가격이 OOO의 거래가격과 동일하지 아니한 데에 경제적 합리성이 있는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 청구법인과 OOO 간의 이 건 거래에 대하여 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.