쟁점토지는 비사업용토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 1999.6.23. 경상남도 OOO 답 1,101㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2016.4.29. OOO 주식회사에 양도한 후 쟁점토지를 비사업용토지로 하여 양도소득세를 신고하였으며, 2016.7.26. 쟁점토지는 청구인이 직접 경작한 토지로서 비사업용토지에 해당하지 않으므로 장기보유특별공제를 적용하여 달라는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지는 소득세법 시행령제168조의8 제2항(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부 개정된 것, 이하 “쟁점법령”이라 한다) 등에 따라 비사업용토지에 해당한다고 보아 2016.9.20. 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.1. 이의신청을 거쳐 2017.1.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 2016.2.17. 개정된 쟁점법령의 단서조항에서 자경한 기간의 판정과 관련하여 “조세특례제한법제66조 제14항을 준용한다”라는 신설조항에 의거 쟁점토지는 쟁점법령의 시행일인 2016.2.17. 이후인 2016.4.29.(잔금지급일)에 납세의무가 성립하였다고 보아 쟁점법령을 적용하여 쟁점토지를 비사업용토지라고 판단하였으나, 쟁점토지의 양도계약은 계약당시의 법령에 따라 이를 신뢰하고 확인·검토한 후 계약하였고, 쟁점법령의 공포일 전에 고의적 또는 조세회피의 목적으로 계약일을 당겨서 계약한 것이 아니며, 쟁점법령의 공포시 시행상 경우의 수를 부칙에 적시하지 아니하고 즉각 시행함으로서 계약시점과 양도시점(잔금지급일)의 시차에 따라 발생하였는바 계약행위도 법률행위이고 잔금결제 및 등기도 법률행위임에도 납세자의 재산권이 부당하게 침해되게 법령을 해석하는 것은 법령의 합목적적 해석에도 부합하지 않고, 쟁점토지의 거래행위(양도계약행위)가 있은 후에 신설된 쟁점법령을 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에도 위배된다. 또한,국세기본법제18조 제1항에 따르면 세법해석을 적용할 때는 “과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 침해되지 않도록 해야한다”라고 되어 있고, 처분청이 당초 처분이 정당하다는 근거로 제시한 대법원 판례(대법원 1990.10.16. 선고 90누2406 판결)의 전심인 서울고등법원 원심 판결의 골자는 “최초로 양도하는 분이라 함은 양도소득세의 과세대상으로의 양도를 의미하는 것이 아니고 양도의 발생원인이 된 매매·교환 등 원인행위를 한 경우로 새겨야 한다”라고 하였으며, 1978.12.30. 대통령령 제9229호로 개정된 소득세법 시행령부칙 제3조와 1988.12.31. 대통령령 제12564호로 개정된 소득세법 시행령부칙 제3조 제4항을 보면 ‘최초로 양도 계약하는 분부터 적용한다’라고 되어 있는 점 등을 고려해 볼 때 처분청이 제시한 대법원 판례는 납세의무성립일과 과세대상 법률행위 성립일을 착각한 판단이며 위 대법원 판례는 지금으로부터 27년 전의 판례로서 납세자의 이익보다 국익우선 세무행정 시대의 판단이다. 따라서, 쟁점토지가 장기보유특별공제 적용대상이 아닌 비사업용 토지라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제168조의8 제2항 규정에 따라 2016.2.17. 이후 양도분부터 사업소득금액(농업·임업·부동산임대·농가부업소득은 제외)과 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 자경기간에서 제외한다고 개정되었고, 청구인은 2000년∼2015년까지 총급여 및 사업소득금액의 합계액이 OOO원 이상으로 같은법 시행령 제168조의6의 비사업용토지 판정과 관련한 기간기준(5년 중 2년 초과, 3년 중 1년 초과, 토지 소유기간 중 40% 초과 비사업용으로 사용)에 모두 해당되어 장기보유특별공제 대상에 해당하지 아니하며, 또한, 대법원 1990.10.16. 90누2406 판결에 의하면 ‘양도소득세의 납세의무 성립시기는 잔금지급기일이고 그 양도소득세에 관하여는 위 납세의무 성립일 당시 시행 법률을 적용하여야 함’이라고 규정하고 있으므로 납세의무 성립(잔금청산일 2016.4.29.)전에 개정된 새로운 세법을 적용(2016.2.17.시행)하여 장기보유특별공제를 부인한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정된 것) 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의8(농지의 범위 등) ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령제66조 제14항을 준용한다 부칙<제26982호, 2016.2.17.> 제2조(일반적 적용례) ① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료인 경정청구 검토조서, 청구인의 종합소득세 신고내역서 등에 의하면 다음과 같은 내역이 나타난다. (가) 청구인은 1999.6.23. 쟁점토지를 취득하여 양도일까지 직접 경작한 사실이 있고, 소득세법 시행령제168조의6의 양도일 직전 5년 중 2년 초과기간 및 소유기간의 40% 상당기간 초과에 해당되어 장기보유특별공제를 적용하여 달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 소득세법 시행령제168조의8 제2항의 규정에 따라 2016.2.17. 이후 양도분부터 근로소득(총급여액)과 사업소득(농업․축산업․임업 및 비과세 농가부업소득, 부동산임대소득 제외)의 합계액이 OOO원 이상인 경우 해당 사업연도는 자경기간에서 제외한다고 개정되었고, 청구인은 2000년～2015년 까지 총급여 및 사업소득의 합계액이 국세청 대내포탈시스템상 OOO원 이상으로 비사업용 토지 판정의 기간기준(5년 중 2년 초과, 3년 중 1년 초과, 토지소유기간 중 40%이상 비사업용으로 사용)에 모두 해당되어 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아 경정청구 거부통지를 하였다. (나) 청구인은 OOO 주식회사에 근무하였으며, 2005년～2015년 기간동안 종합소득세 신고내역은 다음과 같다

(2) 청구인이 제출한 증빙자료는 다음과 같다. (가) 쟁점토지 매매계약서에 의하면, 매매대금은 OOO원으로 하여 매수인[OOO원을 2016.4.29. 지불한다고 기재되어 있다. (나) 청구인 명의의 OOO 사본에 의하면, 매수인인 OOO원이 입금된 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지에 대한 지방세 세목별 과세증명서(2000년～2015년)에 의하면 쟁점토지는 분리과세로 과세되었음이 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점법령은 부칙 제2조 제2항에서 “ 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행(2016.2.17.) 이후 양도하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 양도일인 잔금지급일은 2016.4.29.로서 쟁점토지는 쟁점법령의 적용대상이라 할 것인 점, 청구인은 쟁점토지를 1999.6.23. 취득하여 2016.4.29. 양도하였으며 2000년～2015년 기간 동안 총급여 및 사업소득의 합계액이 매년 OOO원 이상인 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점토지가 비사업용토지에 해당한다고 보아 처분청이 청구인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.