조세심판원 심판청구 법인세

상속인들이 쟁점주식으로 물납한 것이「법인세법 시행령」제80조의2제1항제1호사목에 해당하는지 여부

사건번호 조심-2017-부-0308 선고일 2017.12.11

처분청이 상속인들에게 한 물납재산 변경 요청에 따라 상속인들이 쟁점주식을 물납한 행위는법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 사목의 ‘법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분한 경우’에 해당되는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있음

주 문

OOO세무서장이 2016.12.1. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2013.12.1. OOO(분할 후 OOO로 법인명을 변경하였고 이하 “분할법인”이라 한다)의 제조부문이 인적분할되어 설립된 분할신설법인으로, 법인세법제46조의3에 따라 분할법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하여 시가와의 차액을 자산조정계정으로 계상하여 과세이연하고 분할법인의 세무조정사항을 승계하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인의 특정지배주주였던 OOO이 2014년 12월 보유 중이던 청구법인의 주식 전부(OOO)를 자녀에게 증여하고, 또 다른 지배주주인 OOO이 2013.5.11. 사망함에 따라 상속인들인 OOO(이하 “상속인들”이라 한다)는 2014년 11월 청구법인의 주식 OOO, 이하 “쟁점주식”이라 한다)로 상속세를 물납하여 이를 모두 합하면OOO과 같이 지배주주 등이 보유한 주식 중 OOO 이상이 처분되어 적격분할 과세특례에 대한 사후관리 규정을 위반하였다는 사유로 법인세법제46조의3 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 같은 법 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액OOO원을 익금에 산입하여 2016.12.1. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 상속인들은 당초 쟁점주식이 아닌 분할법인의 분할 전 주식으로 물납 신청 및 허가, 수납 등의 절차를 모두 완료하였고, 쟁점주식의 처분(물납)은 이러한 물납절차가 종료된 후 처분청의 물납재산 변경요청에 따라 이루어진 것이다. (가) 상속인들은 분할법인이 분할되기 전인 2013.11.27. 분할법인의 분할 전 주식을 물납신청하였으나, 처분청이 분할일 이후인 2014.3.18. 물납재산 변경명령으로 물납신청을 다시 할 것을 요구하자, 상속인들은 2014.4.10. 분할법인의 주식 등으로 물납신청을 새로이 하였고, 이에 처분청은 2014.5.27. 분할법인의 주식 등으로 물납하는 것을 허가하였으며, 상속인들은 처분청으로부터 2014.7.3.을 수납일로 지정받아 물납허가 받은 재산인 분할법인 주식 등을 수납하였고, 처분청은 상속인들에게 국세물납수납증서를 발급하여 상속인들의 상속세 납부가 완료되었음을 통보하였다. (나) 이와 같이 상속인들의 물납신청 및 과세관청의 물납허가, 수납의 절차가 모두 분할법인 주식으로 적법하게 수행되어 상속인들의 상속세에 대한 조세채권채무 관계가 완전히 소멸되었고, 상속세 및 증여세법에 의하면 수납완료 이후에는 처분청이 물납재산 변경명령이나 물납허가취소를 할 수 없는 것이므로 상속인들이 이미 완료된 물납에 대하여 보완할 의무 역시 소멸되었다 할 것이다. (다) 그럼에도 불구하고 처분청은 물납완료 이후인 2014.10.24. 상속인들이 물납허가에 따라 분할법인 주식을 적법하게 수납했다고 하면서도 무조건적으로 기존 물납재산 일부를 분할신설법인의 쟁점주식으로 변경하여 납부할 것을 요청하였고, 이에 상속인들은 처분청의 협조요청에 응하지 않을 경우 당초 물납허가가 취소되거나 상속세를 체납한 것으로 보아 기타 행정상의 처분을 당할 우려가 있다고 판단하여 처분청의 요청에 적극 협조하고자 쟁점주식을 처분(물납)한 것이다. (라) 요약하면, 상속인들은 당초 쟁점주식이 아닌 분할법인의 주식으로 물납 신청⋅허가⋅수납 등의 일련의 절차를 적법하게 완료함으로써 상속세 납세의무를 다하였고, 쟁점주식의 처분은 그 이후 처분청의 ‘물납재산 변경요청공문’에 따른 것으로 상속인들의 물납 의사와는 관계없이 이루어진 것이다.

(2) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하는 것인바, 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 주식처분의 부득이한 사유 중 사목의 “해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우”에서 ‘법령상 의무’란 사전적 정의 그대로 ‘법령 적용에 따라 자기 의사와는 관계없이 반드시 일정한 행위를 하여야 할 또는 하여서는 아니될 법률상의 구속력’으로 해석하여야 하며, 따라서 물납절차가 적법하게 종료된 후에 처분청의 물납재산 변경요청에 따른 쟁점주식의 처분은 ⅰ) 상속인들의 의사와 관계없이, ii) 처분청의 행정처분에 의해 주식처분이란 법률상 의무를 부담하게 됨에 따라 이루어진 것이므로 법령상 의무 이행을 위하여 불가피하게 처분된 경우로 보아야 한다. (가) 처분청은 ‘법령상 의무’를 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에서와 같이 직접적으로 주식의 소유나 소유비율, 행위 등의 제한을 규정하고 있는 경우로 해석하여야 한다고 주장하나, 그와 같이 유추⋅축소해석 하여야 할 이유가 전혀 없고, 단지 법률에서 직접적으로 규정한 바가 없다는 이유로 법령상 직접적으로 소유를 제한하고 있는 것과 동일한 효과(주식을 처분할 수밖에 없는 법률상 구속력)를 야기하는 경우에 대하여 부득이한 사유로 해석하지 않는 것은 조문의 신설취지나 형평성 등에 어긋나고 법조문을 유추 내지는 축소하여 해석하는 것이므로, 행정청의 처분 등에 따라 주식처분의 법률상 구속력이 발생되는 경우 역시 부득이한 사유의 ‘법령상 의무’로 보아야 한다. (나) 쟁점주식은 적법한 물납절차 종료 이후에 처분청의 물납재산변경 요청공문에 따라 처분된 것으로, ⅰ) 상속인들은 분할법인 주식으로 물납허가를 신청했을 뿐 분할신설법인이 발행한 쟁점주식의 물납허가를 신청한 적이 없고, ⅱ) 물납의 관리⋅처분이 부적당한지 여부는 물납허가 당시 당해 재산의 현황에 따라 판단하는 것으로, 처분청 역시 물납허가 당시 청구법인이 분할되었음을 충분히 인지하고 있었음에도 2014.3.18. 물납재산 변경명령시 쟁점주식으로 물납할 것을 명령하지 아니하면서 2014.5.27. 분할법인 주식으로만 물납하는 것을 허가하였으며, ⅲ) 처분청이 분할법인 주식 수납에 대하여 국세물납수납증서를 발급하여 물납이 적법히 완료되었음을 공식적으로 통보함에 따라 상속인들의 상속세 납세의무가 소멸되었으므로 쟁점주식을 물납할 이유가 전혀 없었고, ⅳ) 수납 완료 이후에 물납재산 현황에 아무런 변동이 없어 상속인들이 수납 이후의 쟁점주식이 처분될 것임을 전혀 예측할 수 없었던바, 이를 종합하여 고려하면 쟁점주식의 처분은 상속인들의 의사가 전혀 개입됨 없이 이루어진 것이라 할 것이다. (다) 그리고 행정청의 안내, 협조요청 등으로 이루어지는 행정지도라 하더라도 이를 위반할 경우 관련 법령에 따른 처벌, 처분을 받을 것이 예정되어 있다면 그 지시는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상 효과를 발생시키게 하는 행정처분에 해당하는 것인바(대법원 2008.9.11. 선고 2006두18362 판결, 같은 뜻임), 처분청의 ‘물납재산변경 요청공문’에는 쟁점주식을 처분(기존 물납재산과 변경하여 납부)할 것이 직접적으로 명시되어 있고, 이를 위반할 경우 당초 허가받은 물납이 취소되거나 상속세 납부에 대한 가산세 등의 처분이 예정되어 있는 경우로 사실상 쟁점주식의 처분이 강제되어 있다고 할 것이므로, 처분청의 물납재산 변경요청은 상속인들에게 쟁점주식의 처분 의무라는 법률상 의무 부담을 명한 행정처분인 것이다. (라) 또한 주식처분의 부득이한 사유 중 사목의 신설취지가 법령에 따라 불가피하게 주식등을 처분하는 경우 과세특례의 사후관리와 상충되는 문제를 해소하기 위한 것인바, 본 건과 같이 의무이행 수단이 주식처분으로 강제되어 있으면서 의무불이행에 따른 행정적 또는 경제적 불이익이 예상되어 주식 처분이 불가피한 경우 역시 사목의 신설취지에 부합하는 것이며, 그 적용례에 ‘양도’도 포함되어 있음을 볼 때 물납도 양도행위에 속하는 것이므로 쟁점주식 처분은 법령상 의무이행을 위한 양도에 해당하는 것이다. (마) 따라서, 쟁점주식의 처분(물납)은 ⅰ) 상속인들의 의사와 관계없이, ii) 처분청의 행정처분에 의해 주식처분이란 법률상 의무를 부담하게 됨에 따라 이루어진 것으로, ⅲ) 주식처분의 부득이한 사유 중 사목의 취지에도 부합되는 것이므로, “해당주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우”에 해당한다고 보아야 한다.

(3) 청구법인의 특정 지배주주가 지분비율OOO미만의 지배주주에게 증여한 사실로 인해 본 건의 과세처분이 발생한 것으로, 이는 지배주주 서로 간 주식을 처분하여도 법인지배구조의 실질적인 변동이 없어 지분의 연속성이 유지되는 것으로 보는 법인세법 시행령제80조의2 제1항 가목의 부득이한 사유 취지에 반하는 것이다. (가) 적격분할 과세특례는 형식적인 조직개편에 불과한 분할에 대하여 자산 양도손익에 대한 법인세를 과세이연하고, 분할법인 등의 특정 지배주주등(지배주주에서 지분비율 1% 미만인 자 등을 제외한 주주)이 분할신설법인등으로부터 교부 받은 주식을 처분할 때(지분의 연속성 위반) 비로소 양도손익이 실현된 것으로 보아 법인세를 과세한다. (나) 이때 특정 지배주주의 주식 처분 여부를 판단함에 있어 특정 지배주주등이 교부받은 주식을 서로 간에 처분하는 것은 그 주식을 처분한 것으로 보지 아니하는데, 이는 특정 지배주주 서로 간 주식을 처분하여도 법인지배구조의 실질적인 변동이 없기 때문에 지분의 연속성이 계속하여 유지된다고 보는 것이 그 취지이다. 예를 들어 지분비율 99%의 특정 지배주주가 지분비율 1%의 특정 지배주주인 자녀에게 주식을 증여하여도 지분의 연속성이 계속 유지되는 것이다. (다) 청구법인의 특정 지배주주는 분할등기일 현재의 지배주주인 자녀 등에게 분할신설법인 주식을 증여한 것이므로 증여 이후 법인지배구조의 실질적인 변동이 없다. 그럼에도 불구하고 자녀 중 OOO의 경우 지분비율이 OOO이기 때문에 지배주주에 해당하나 특정 지배주주의 범위에서는 제외되어 지배주주 서로간의 주식처분에 해당되지 않아 본 건 과세처분이 발생되었다. 지배주주 OOO이 지배주주 OOO에게 증여한 주식 OOO주를 특정지배주주 서로간의 처분에서 제외하여 처분비율이 OOO%가 도출되었으나, 이를 서로간의 처분으로 본다면 특정 지배주주 총 주식수 OOO주에서 OOO주가 처분된 것이므로 처분비율이 OOO%가 되어 지분의 연속성이 계속 유지된다. (라) 지배주주 중 지분비율 1% 미만인 자를 특정 지배주주에서 제외하도록 규정한 법인세법 시행령제82조의2 제8항의 취지는 소액주주의 경우 주식 처분제한의 규제를 완화하겠다는 것이 그 취지이다. 그러나 본 건의 경우 오히려 규제완화 대상인 소액주주라는 사실 때문에 과세처분을 당하게 되었다. 이는 소액주주 규제완화의 취지에 반할 뿐만 아니라, 법인지배구조의 실질적인 변동이 없는 경우 지분의 연속성이 계속하여 유지된다고 보는 취지에도 반하는 결과이다. (마) 특정 지배주주가 지분비율 OOO인 지배주주 자녀에게 증여하는 경우와 지분비율 OOO인 지배주주 자녀에게 증여하는 경우의 모두 증여 이후 법인지배구조의 실질적 변동이 없는 것이다. 그럼에도 단순히 지분비율이 OOO 미만이라는 사실로 인해 후자의 경우만을 지분의 연속성 위반으로 보는 것은 형평성 측면에서도 어긋나는 것이며, 따라서 법 취지를 고려하여 지분의 연속성이 위반되지 않은 것으로 보아야 한다.

(4) 적격분할 사후관리의 예외사항을 정한 것은 법령에서 정하는 일정한 처분의 경우 조세회피목적 없는 처분으로 보아 과세이연의 혜택을 배제하지 않기 위한 것으로, 본 건과 같이 조세채권채무 관계가 모두 소멸된 후 처분청의 물납재산 변경요청이라는 적법한 법률의 집행에 대하여 협조한 것을 법령상 의무를 이행하기 위하여 처분한 경우에 해당하지 않는다고 하는 것은 부당하다. (가) 적격분할의 사후관리 규정을 둔 것은 법인 분할시 조세부담의 경감을 합법적인 수단에 의하여 도모하나 그것이 조세법규가 예정하지 않은 비정상적인 행위(즉, 조세회피)를 방지하기 위한 것으로, 사후관리 규정인 분할법인의 지배주주가 분할신설법인 등으로부터 받은 주식을 처분하는 경우는 단지 형식적 변화만 있는 분할이라기보다 일반적으로 과세대상거래인 사실상의 사업부 매각에 해당하므로 조세회피성 관점에서 과세이연의 혜택을 부여하지 않겠다는 것이다. (나) 그러나, 분할신설법인 주주 등이 조세회피목적 없이 법령에 의하여 비자발적으로 분할신설법인의 주식을 처분하는 경우까지를 지분의 연속성에 반하는 것으로 보아 과세이연에 대한 배제 사항으로 보는 것은 기업의 구조조정의 지원목적과 조세회피성 관점이 상충되는 결과가 되므로 법령에서 정하는 일정한 처분의 경우 조세회피목적 없는 처분으로 보아 과세이연의 혜택을 배제하지 않는다는 것이 법인세법 시행령제80조의2 제1항과 제2항의 내용이다. (다) 쟁점주식의 처분(물납) 역시 조세채권채무 관계가 모두 소멸된 이후 처분청의 물납재산 변경요청 공문에 따라 처분된 것으로, 상속인들의 의사가 전혀 개입됨 없이 이루어졌고, 이에 따른 조세회피 등이 의도되거나 그 결과가 존재하지도 아니하므로, 적격분할 사후관리 예외사항을 둔 취지를 고려할 때 처분청의 적법한 법률의 집행에 대하여 협조한 사실을 법령상 의무이행으로 보지 않는 것은 부당하다.

(5) 또한 주식처분의 부득이한 사유 중 사목의 “해당주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우”에서는 주식의 직접적 소유를 정하고 있는 경우만으로 제한하고 있지 않으므로 ‘법령상 의무’에는 상속세 납부의무와 같은 일반적인 이행의무까지도 포함된다고 할 것이므로, 상속인들이 상속세 납부의무를 이행함에 있어 비상장주식 물납 이외에는 다른 방도가 없어 불가피하게 물납을 수행했다는 점에서도 법령상 의무 이행을 위하여 불가피하게 주식을 처분한 경우로 보아야 한다. (가) 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호의 개정연혁을 살펴보더라도, 사목 신설 전에는 주식의 처분으로 보지 않는 부득이한 사유를 적격합병등에 따라 처분하거나, 조세특례제한법상 과세이연을 받으면서 주식을 처분한 경우, 채무자의 회생 및 파산에 관한 법률등에 의한 처분 등 주식의 소유에 대한 직접적인 제한에 따른 처분만을 명기하여 오다가, 2011년 3월 세법 개정 당시 바목(현 사목)의 “해당주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우”를 신설한 것인바, 만약 ‘법령상 의무’를 법령에서 주식의 직접적 소유를 정하고 있는 경우로 제한할 목적이었다면 개정 전과 같이 그러한 법령을 특정하여 표기하였을 것이므로, 이는 주식의 직접적 소유제한에 관한 법률상의 의무이행뿐만 아니라 일반적인 법령상의 의무이행까지도 포함하기 위하여 개정된 것으로 보아야 한다. (나) 특히 상속인들의 경우 총OOO원의 거액의 상속세(주식 물납세액은 OOO원)를 납부함에 있어 상속받은 주택, 현금 등은 이미 상속세 납부재원으로 사용하여 분할 전 법인의 비상장주식 외에는 다른 자산이 없었고, 다른 지배주주 등의 경우도 쟁점주식을 매입할 거액의 현금자산을 보유하고 있지 않아 상속인들로부터 매입하기가 불가능한 상태였으며, 금융기관으로부터 쟁점주식을 담보로 거액을 차입하기가 어려울 뿐 아니라, 비상장주식의 경우 시장성이 없어 매매가 이루어지기 어렵고, 설령 매매를 하더라도 실제거래가격이 보충적평가방법에 의한 평가액에 한참 미치지 못하는 현실에서 상속인들의 입장에서는 쟁점주식의 물납 이외에는 다른 방도가 없었다. (다) 따라서 상속인들이 상속세 납부의무를 이행함에 있어 쟁점주식의 물납 이외에는 다른 방도가 없어 불가피하게 물납을 수행한 것은 부득이한 사유 중 사목의 “해당주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우”에 해당하는 것으로 보아야 한다.

  • 나. 처분청 의견 (1) 법인세법 시행령제82조의2 제1항 제1호 사목의 “해당주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우”에서 ‘법령상 의무’란, 예를 들어 독점규제 및 공정거래에 관한 법률등과 같이 직접적으로 주식의 소유나 소유비율, 행위 등을 제한하고 강제함에 따른 주주의 의무로 해석하여야 하는 것으로, 이 건의 경우 해당주주 등이 상속세를 납부하는 여러 가지 방법 중에서 주식 물납을 선택하여 과세관청에 신청하여 승인을 받은 것으로, 그 과정에서 물납 허가가 있기 전 법인이 분할함에 따라 관할 세무관서의 요구에 따라 분할회사의 자본금 분할비율에 따른 분할신설법인의 해당 주식을 물납하게 된 것이며, 가령, 해당 물납 주식을 지배주주간 처분(그 주식등을 처분한 것으로 보지 아니함)하여 그 대금으로 납부하거나, 해당 주식을 담보로 자금을 융통하여 납부하는 방법 등 지분의 연속성에 영향을 미치지 않는 다양한 납부방법이 있을 수 있고, 상속세 및 증여세법에서는 물납에 관한 업무의 원활한 수행을 위하여 물납의 신청 및 허가와 관련한 절차와 방법, 충당하는 순서를 규정하고 있을 뿐이며, 특히 비상장주식의 경우 원칙적으로 물납 재산에서 제외되고 비상장주식 외 상속재산이 없는 경우 예외적으로 물납을 허용하는 것이므로, 납세자의 신청에 따른 비상장주식 물납은 법인세법 시행령에서 정하고 있는 “해당주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우”에 해당하지 아니한다 할 것이다.

(2) 인적분할 이후 2014년 11월 지배주주 중 OOO 등이 주식 OOO를 상속세로 물납하였고 2014년 12월 OOO이 보유한 주식 OOO를 자녀 등에게 증여한 것으로, 청구법인이 청구이유서에서 밝히고 있듯 ‘지분의 연속성’ 조건은 법인지배구조의 실질적인 변동이 없는 분할로 한정함으로써 분할을 통하여 발생할 수 있는 주주들의 조세회피를 방지하기 위한 것이며, 청구법인은 주식증여 등 이후에도 해당주주 등이 분할신설법인의 경영권을 계속 가지고 있다고 주장하나, 지배주주등이 보유한 전체 주식OOO주 중 물납 주식은 OOO를 차지하고, 증여 주식이OOO%를 차지하고 있으며, 증여주식의 경우 지배주주 중 최다 주식 보유자인 OOO의 지분 전부를 비롯하여 OOO의 지분 전부가 2세들에게 증여된 것으로, 실질적인 경영권과 소유권이 2세들에게 이전되었다고 봄이 타당하다. 또한, 물납의 경우 공법상의 대물변제 성격으로 이는 양도에 해당하고 ‘처분’으로 보지 아니할 합당한 이유가 없는바, 이를 포함한 처분주식 비율이 법령상 기준을 초과하였으므로 ‘지분의 연속성’ 관련 법령 기준에 부합하지 아니한다.

(3) 청구법인은 상속인들이 쟁점주식을 처분한 행위가 물납절차 종료 후 처분청의 물납재산변경 협조요청에 따른 것으로 상속인들의 의사와 관계없이 쟁점주식이 처분된 것이라 주장하나, 상속세 및 증여세법상 물납은 납세의무자의 신청을 필수적 요건으로 하여 처분청의 승인으로 이루어지는 것으로 당초부터 쟁점주식을 처분할 의사가 없었다면 주식의 물납이 이루어질 여지가 없으며, 상속인들이 쟁점주식의 처분을 원하지 아니하였다면 쟁점주식의의 물납 외에 다른 방법이 있음에도 불구하고 굳이 쟁점주식을 물납한 점으로 미루어 볼 때 상속인들이 쟁점주식을 자유의사에 의하여 처분한 것으로 보아야 한다. 처분청은 상속인들이 당초 물납 대상자산을 분할 전 법인(OOO)의 주식OOO주로 신청한 것에 대하여 허가를 하였으나, 물납 대상 주식의 수납 전에 종전 법인의 분할이 완료되었던바, 물납의 대상이 되는 주식도 자본금 분할비율OOO로 수납하여야 하나 상속인들이 분할 후 존속회사인 OOO의 주식만을 수납하여 결과적으로 물납 대상 주식의 수납이 완전하게 되지 아니하였고, 이에 처분청은 물납 허가 자체를 취소하지 아니하고 상속인들의 이익을 위하여 물납재산의 변경요청 행위를 통하여 절차상의 하자를 치유하고자 한 것이다. 상기와 같이 물납의 신청은 그 자체가 전적으로 납세의무자의 의사에 따라 이행되는 점, 쟁점주식의 처분을 원하지 아니하면 지분의 연속성에 영향을 미치지 않는 다양한 납부방법이 있음에도 굳이 쟁점주식으로 물납을 이행한 점, 물납재산의 변경요청은 물납 허가된 재산의 과오납을 바로 잡아 상속인들의 이익을 위하여 이루어진 행위인 점 등으로 미루어 볼 때 자신의 의사와 관계없이 쟁점주식을 처분하였다는 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 상속인들이 쟁점주식을 물납한 것이 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 사목의 해당주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우에 해당하는지 여부
  • 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제46조의3 【적격 분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례】① 제46조 제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 분할신설법인등은 제46조의2에도 불구하고 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등의 분할등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③ 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 분할신설법인등은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 분할법인등으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면ㆍ세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 주식을 처분하는 경우 (2) 법인세법 시행령 제82조의4 【적격분할 과세특례에 대한 사후관리】③ 법 제46조의3 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

⑥ 법 제46조의3 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제46조의3 제3항 제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 분할신설법인등이 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

2. 법 제46조의3 제3항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 제8항에 따른 주주가 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

⑧ 법 제46조의3 제3항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주”란 제82조의2 제8항에 따른 주주를 말한다. 제80조의2【적격합병의 요건 등】① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  • 가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 “해당 주주등”이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 아니하며, 합병으로 교부받은 주식등과 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 해당 주주등이 주식등을 처분하는 경우에는 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 먼저 처분하는 것으로 본다.
  • 나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우
  • 다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자(법 제47조의2 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 양도차익에 해당하는 금액을 손금에 산입하는 현물출자를 말한다. 이하 같다)에 따라 주식등을 처분한 경우
  • 라. 해당 주주등이조세특례제한법제37조․제38조․제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 포괄적으로 양도, 현물출자 또는 교환․이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우
  • 마. 해당 주주등이 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우
  • 바. 해당 주주등이 조세특례제한법 시행령제34조 제6항 제1호에 따른 경영정상화계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 경영정상화계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우
  • 사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우 제82조의2【적격분할의 요건 등】⑧ 법 제46조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주”란 분할법인등의 제43조 제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다.

1. 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

2. 분할등기일 현재 분할법인등에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자 제43조【상여금 등의 손금불산입】③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다. (3) 상속세 및 증여세법 제73조 【물납】① 납세지 관할세무서장은 상속받거나 증여받은 재산 중 부동산과 유가증권[거래소에 상장되어 있지 아니한 법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 항에서 “비상장주식등”이라 한다)을 제외하되, 비상장주식등 외에는 상속재산이 없는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 이하 이 조에서 같다]의 가액이 해당 재산가액의 2분의 1을 초과하고 상속세 납부세액 또는 증여세 납부세액이 1천만원을 초과하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세의무자의 신청을 받아 그 부동산과 유가증권에 대해서만 물납을 허가할 수 있다. 다만, 물납을 신청한 재산의 관리․처분이 적당하지 아니하다고 인정되는 경우에는 물납허가를 하지 아니할 수 있다.

② 물납에 충당할 수 있는 재산의 범위, 관리․처분이 적당하지 아니하다고 인정되는 경우, 그 밖에 물납절차 및 물납신청에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제70조 【물납의 신청 및 허가】①법 제73조에 따른 물납의 신청등에 관하여는 제67조 제1항 및 같은 조 제3항을 준용한다. 이 경우 제67조 제1항 및 같은 조 제3항 중 “연부연납”은 “물납”으로, 제67조 제3항 중 “연부연납허가통지일”은 “물납재산의 수납일”로 본다.

② 법 제71조에 따라 상속세의 연부연납허가를 받은 자가 연부연납기간 중 분납세액[첫 회분 분납세액(조세특례제한법 시행령제28조 제1항 각 호 외의 부분 전단에 따른 중소기업자는 5회분 분납세액)으로 한정하되 법 제72조에 따른 연부연납가산금을 제외한 것을 말한다]에 대하여 법 제73조에 따라 물납하려는 경우에는 분납세액 납부기한 30일전까지 납세지 관할세무서장에게 신청할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 물납신청에 대한 허가기한 및 그 절차등에 관하여는 제67조 제2항을 준용(제2항에 따른 물납신청의 경우의 허가기한은 그 신청을 받은 날부터 14일 이내로 하고, 이 경우 “연부연납”은 “물납”으로 본다)하되, 물납신청한 재산의 평가등에 소요되는 시일을 감안하여 그 기간을 연장하고자 하는 때에는 그 기간 연장에 관한 서면을 발송하고 1회 30일의 범위 내에서 연장할 수 있다. 이 경우 해당 기간까지 그 허가여부에 대한 서면을 발송하지 아니한 때에는 허가를 한 것으로 본다.

④ 제3항 후단은 물납신청을 한 재산이 국유재산법제11조에 따라 국유재산으로 취득할 수 없는 재산인 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항에 따라 물납을 허가하는 때에는 그 허가를 한 날부터 30일 이내의 범위에서 물납재산의 수납일을 지정하여야 한다. 이 경우 물납재산의 분할 등의 사유로 해당 기간 내에 물납재산의 수납이 어렵다고 인정되는 경우에는 1회만 20일 이내의 범위에서 물납재산의 수납일을 다시 지정할 수 있다.

⑥ 제5항에 따른 물납재산의 수납일까지 물납재산의 수납이 이루어지지 아니하는 때에는 해당 물납허가는 그 효력을 상실한다.

⑦ 재산을 분할하거나 재산의 분할을 전제로 하여 물납신청을 하는 경우에는 물납을 신청한 재산의 가액이 분할 전보다 감소되지 아니하는 경우에만 물납을 허가할 수 있다.

⑧ 국세청장은 물납에 관한 업무의 원활한 수행을 위하여 물납의 신청․허가, 물납재산의 변경 등에 관한 세부사항을 정할 수 있다. 제71조【관리․처분이 부적당한 재산의 물납】①세무서장은 법 제73조 제1항의 규정에 의하여 물납신청을 받은 재산이 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 관리․처분상 부적당하다고 인정하는 경우에는 그 재산에 대한 물납허가를 하지 아니하거나 관리․처분이 가능한 다른 물납대상재산으로의 변경을 명할 수 있다.

1. 지상권․지역권․전세권․저당권등 재산권이 설정된 경우

2. 물납신청한 토지와 그 지상건물의 소유자가 다른 경우

3. 토지의 일부에 묘지가 있는 경우

4. 제1호 내지 제3호와 유사한 사유로서 관리․처분이 부적당하다고 기획재정부령이 정하는 경우

② 제1항의 경우에는 그 사유를 납세의무자에게 통보하여야 한다. 제72조【물납재산의 변경 등】① 제71조 제1항에 따라 물납재산의 변경명령을 받은 자는 같은 조 제2항의 통보를 받은 날부터 20일이내에 상속재산 중 물납에 충당하고자 하는 다른 재산의 명세서를 첨부하여 납세지관할세무서장에게 신청하여야 한다.

② 제1항의 기간내에 동항의 규정에 의한 신청이 없는 경우에는 당해 물납의 신청은 그 효력을 상실한다.

③ 납세의무자가 국외에 주소를 둔 때에는 제1항의 기간은 3월로 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 물납재산의 변경명령을 받은 자의 물납신청에 대한 물납허가 등에 관하여는 제70조 제3항 내지 제7항의 규정을 준용한다.

⑤ 제70조 제3항의 규정에 의한 물납허가후 동조 제5항의 규정에 의한 물납재산의 수납일까지의 기간중 관리․처분이 부적당하다고 인정되는 사유가 발견되는 때에는 다른 재산으로의 변경을 명할 수 있다. 이 경우 물납재산의 변경 등에 관하여는 제71조 및 이 조 제1항 내지 제4항의 규정을 준용한다. 제75조【물납에 충당할 재산의 수납가액의 결정】①법 제73조에 따라 물납에 충당할 부동산 및 유가증권의 수납가액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 상속재산의 가액으로 한다.

1. 주식의 경우에 있어서 상속개시일부터 수납할 때까지의 기간 중에 해당 주식을 발행한 법인이 신주를 발행하거나 주식을 감소시킨 때에는 기획재정부령이 정하는 산식에 의하여 계산한 가액을 수납가액으로 한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제70조 제2항에 따라 연부연납기간 중 분납세액에 대하여 물납에 충당하는 부동산 및 유가증권의 수납가액은 법 제76조 제1항에 따른 과세표준과 세액의 결정시 해당 부동산 및 유가증권에 대하여 적용한 평가방법에 따라 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 가액으로 한다.

  • 가. 법 제60조 제2항에 따라 상속세 과세가액을 산정한 경우에는 물납허가통지서 발송일 전일 현재 같은 항에 따라 평가한 가액
  • 나. 법 제60조 제3항에 의하여 상속세 과세가액을 산정한 경우에는 물납허가통지서 발송일 전일 현재 같은 항에 따라 평가한 가액

3. 물납에 충당할 유가증권의 가액이 평가기준일부터 물납허가통지서 발송일 전일까지의 기간 중 유가증권을 발행한 법인의 주요 재산을 처분하는 등 상속인의 부실 경영으로 인하여 해당 유가증권의 가액이 평가기준일 현재의 상속재산의 가액에 비하여 100분의 50 이상 하락한 경우에는 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 가액으로 한다. 이 경우 물납신청한 유가증권(물납신청한 것과 동일한 종목의 유가증권을 말한다. 이하 이 호에서 같다)의 전체평가액이 물납신청세액에 미달하는 경우로서 물납신청한 유가증권 외의 상속받은 다른 재산의 가액을 합산하더라도 해당 물납신청세액에 미달하는 경우에는 해당 미달하는 세액을 물납신청한 유가증권의 전체평가액에 가산한다.

② 법 제73조 제1항 제1호에서 상속재산에 가산하는 증여재산의 수납가액은 상속개시일 현재 법 제4장에 따라 평가한 가액으로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 2013.12.1. OOO에 소재하는 OOO로부터 인적분할에 의하여 설립된 분할신설법인으로, 위 인적분할에 따라 분할법인의 지배주주 등은 분할법인 OOO 분할신설법인OOO의 비율로 하여 분할신설법인의 주식 OOO주를 교부받았다. (나) 분할 전 법인의 주주였던 OOO이 2013.5.11. 사망하여 그의 배우자인 OOO는 2013.11.27. 상속세 신고와 함께 OOO의 물납 허가 신청을 처분청에 하였다. (다) 처분청은 2014.3.18. 상속인들에게OOO과 같은 내용의 물납재산 변경명령을 통지하였고, 이에 상속인들은 2014.4.10. 처분청의 변경명령 내용에 따라 상속세 물납 (변경)허가신청서를 제출하였으며, 처분청은 2014.5.27. 이를 허가하였다. (라) 처분청은 2014.7.3. 상속인들이 상기 물납재산을 수납(수납세액 OOO원)함에 따라 국세물납수납증서를 상속인들에게 발행하였다. (마) 처분청은 2014.10.24. 상속인들에게 다음과 같은 내용으로 ‘물납한 비상장주식의 변경 요청(처분청 재산법인세과-6948)’을 하였다. (바) 처분청은 2014.11.3. “처분청의 위 공문에 의거하여, 2014.7.3. 수납한 OOO의 주식 OOO를 분할신설법인인 청구법인의 주식으로 교환하고자, 교환되는 위 주식을 2014.11.3.에 우선 수납받으며 기수납한 OOO 주식 OOO주는 2014.11.7.에 반환하겠다”는 내용의 국세물납수납증서를 상속인들에게 발행하였다. (사) 상속인들은 2014.11.30. 물납한 분할법인의 주식 OOO주, 청구법인의 주식OOO주를 반환하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 2014.12.17. 처분청이 이를 받아들여 상속인들이 최종적으로 물납한 주식은 분할법인의 비상장주식 OOO주, 청구법인의 비상장주식 OOO주로 확인된다. (아) 2014.12.31. 청구법인의 지배주주 중 OOO은 자녀인 OOO에게 청구법인의 주식 OOO주를 각 증여하였고, 또 다른 지배주주 등인 OOO은 자녀 OOO에게 청구법인의 주식 OOO주를 각 증여(처분)하였다. (자) 분할일 현재 분할법인의 지배주주 등이 교부받은 주식의 각 시점별 변동 현황을 정리하면OOO와 같다. (차) 조사청은 2016.8.11.부터 2016.10.25.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 분할법인의 지배주주 등인 상속인들이 물납한 쟁점주식은 법인세법제44조 제2항 및 같은 법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 사목에서 정하고 있는 대통령령이 정하는 부득이한 사유인 “해당주주 등이 법령상의 의무이행을 위하여 주식을 처분한 경우”에 해당되지 아니한다고 판단하여, 쟁점주식의 물납 이후에 이루어진 분할법인의 지배주주 등인 OOO이 자녀 OOO 등에게 처분(증여)한 주식 OOO주, 지배주주 등인 OOO에게 처분(증여)한 주식 OOO주 합계 OOO주와 상속인들의 물납 주식 OOO주 등 총 합계 OOO가 처분되어 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 가목의 ‘해당주주등이 분할신설법인으로부터 교부받은 전체 주식 OOO주의 1/2 이상을 처분한 경우’에 해당되어 적격분할의 사후관리 요건 중 지분의 연속성을 위배하였다고 보아 적격분할을 사유로 과세이연 받은 OOO원을 2014사업연도 소득금액 계산시 익금에 산입하여 이 건 법인세를 과세하였다. (카) 조사청은 2016.9.21. 이 건 쟁점(분할법인의 일정 지배주주 등이 인적분할로 받은 분할신설법인의 주식을 국세로 물납한 경우 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호의 부득이한 사유에 해당하는지 여부)에 대하여 국세청장에게 과세기준자문신청을 하였고, 국세청장은 2016.11.8. “부득이한 사유에 해당하지 아니한다”는 회신을 하였다. (타) 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 사목은 2011.3.31. 대통령령 제22812호로 신설되었고, 기획재정부가 발간한 2010 간추린 개정세법 책자에서는 ‘과세특례의 사후관리 요건과 다른 법령간 상충 문제 해소’를 개정이유로 들고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 사목의 해당주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우에서 ‘법령상 의무’란, 직접적으로 주식의 소유나 소유비율, 행위 등을 제한하고 강제함에 따른 주주의 의무로 해석하는 것이 타당하다는 의견이나, 과세특례의 사후관리 요건과 다른 법령간 상충 문제 해소를 위하여 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 사목이 신설되었고, 신설된 사목에서 주식을 직접 소유하는 것에 대한 제한으로 인하여 처분하는 경우만을 부득이한 사유에 해당하는 것으로 정하고 있지 아니하므로 처분청과 같이 해석하기는 어려운 것으로 판단된다. 다음으로, 처분청은 상속세 및 증여세법상 물납은 납세의무자의 신청에 따라 자발적으로 하는 것이므로 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 사목의 ‘법령상 의무’에 해당하지 아니한다는 의견이나, ‘법령상 의무를 이행하기 위한 경우’라 함은 법률 또는 시행령의 명시적 규정에 따른 의무를 이행하기 위한 경우를 의미하는 것이 일반적이나, 법령 그 자체가 아니더라도 행정청이 법령에 규정된 권한에 의한 행정작용의 일환으로 의무의 이행을 명한 경우에는 그 명령에 따라 이루어진 행위도 법령상 의무를 이행하기 위한 것으로 볼 수 있고, 행정청의 안내, 협조요청 등으로 이루어지는 행정지도라 하더라도 이를 위반할 경우 관련 법령에 따른 처벌, 처분을 받을 것이 예정되어 있다면 그 지시는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상 효과를 발생시키게 하는 것으로 볼 수 있는 점, 이 건 상속인들이 납부하여야 할 상속세 총액은 OOO원으로 상속재산가액의 대부분은 OOO 발행 비상장주식이고, 상속받은 주택, 현금 등은 이미 상속세의 납부재원으로 사용하여 비상장주식으로 물납하는 것 외에는 상속세를 납부할 수 없는 상황이었던 점, 상속인들은 OOO가 분할하기 전인 2013.11.27. 분할 전 주식으로 물납신청을 하였고, 처분청은 부동산을 물납재산에 일부 추가하는 것 외에 상속인들의 물납신청 내용과 동일하게 물납재산 변경명령을 하였으며, 그에 따른 상속인들의 변경신청을 처분청이 허가한 후 상속인들의 물납재산 수납에 대하여 국세물납수납증서를 정상적으로 발행하였던 점, 처분청은 물납재산 수납절차가 종료된 후인 2014.10.24. 존속회사인 OOO와 분할신설법인인 청구법인의 자본금 분할비율(OOO)대로 물납 주식을 수납하였어야 함에도 OOO 발행주식으로만 수납한 사실을 인지하고 상속인들에게 ‘물납한 비상장주식을 쟁점주식으로 변경하여 줄 것을 요청’하는 공문을 발송하였고, 상속인들은 처분청의 위 변경 요청을 상속세 및 증여세법 시행령제71조 제1항의 물납재산 변경 명령으로 보아 이를 따르지 아니할 경우 당초 수납하였던 상속세 물납의 효력이 상실될 수 있는 것으로 보아 물납대상 재산을 쟁점주식으로 변경하여 물납한 것인 점 등에 비추어 처분청이 2014.10.24. 상속인들에게 한 물납재산 변경 요청에 따라 상속인들이 쟁점주식을 물납한 행위는 법인세법 시행령제80조의2 제1항 제1호 사목의 ‘법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분한 경우’에 해당되는 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 분할법인의 지배주주 등이 분할신설법인인 청구법인으로부터 받은 주식의 1/2 이상을 처분한 것으로 보아 그 처분일이 속하는 2014사업연도의 소득금액에 법인세법제46조의3 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 같은 법 제46조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 익금에 산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)