청구인들이 쟁점부동산을 일괄 양도하면서 건물가액을 토지가액과 구분하지 않은 것으로 나타나며, 이후 매수인이 쟁점세금계산서를 수취하면서 전체부동산 가액 변동이 없는 한 매매거래에 문제가 없는 것으로 생각하고 건물가액 책정은 자신이 어떻게 할 수 없는 것이었다고 확인한 점 등에 비추어 건물가액을 기준시가로 안분 계산하여 과세한 처분은 잘못이 없음
청구인들이 쟁점부동산을 일괄 양도하면서 건물가액을 토지가액과 구분하지 않은 것으로 나타나며, 이후 매수인이 쟁점세금계산서를 수취하면서 전체부동산 가액 변동이 없는 한 매매거래에 문제가 없는 것으로 생각하고 건물가액 책정은 자신이 어떻게 할 수 없는 것이었다고 확인한 점 등에 비추어 건물가액을 기준시가로 안분 계산하여 과세한 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
1. 국세청 심사결정(심사 서울 96-1581, 1996.11.8.)에서도 청구인들과 동일하게 토지와 건물의 매매가액이 계약서상 구분표시는 안되었으나, 그 거래가액이 합의에 의한 실거래가액이고 건물분에 대한 세금계 산서가 정당하게 발행된 이상 처분청이 장부가액을 기준으로 안분계산 한 건물가액에 따라 부가가치세를 결정한 처분은 위법하다고 판단하였다.
2. 쟁점부동산의 매매계약서에 토지 및 건물가액의 구분을 하지 아니한 것은 사실이나, 계약 당시부터 계약당사자는 구두로 건물분 공급가액에 대한 의논을 하였고, 매수인은 건물 가액을 OOO원으로 하자는 의사를 표명하여 왔으나, 그 의견이 확정되지 못한 상태에서 급히 매매계약이 체결되었다. 당초 거래시에는 세금계산서 발행에 대하여 인지를 하지 못하였고,청구인들이 2016.6.13. 건물분 세금계산서 교부에 대한 논의를 제시하자 매수인은 당초 의견대로 건물가액을 OOO원 정도로 제안하였으며, 이에 청구인들의 세무대리인은 비록, 건물에 대한 부가가치세를 매수인으로부터 징수하여 납부하는 청구인들에게 세액 부담은 없으나, 쟁점부동산을 13년 전인 2003년에 신축할 당시 그 신축 가액이 OOO이고, 장부상 가액이 2015년 12월말 기준으로 약 OOO원에 불과한데 아무 근거 없이 건물가액을 OOO원으로 정한다면 이는 부당하게 높은 임의의 합의금액으로 볼 여지가 많으며, 매수인의 입장에서 본다면 과세관청에서 환급조사를 하는 경우 부당히 건물의 가액을 높게 산정하여 향후 소득세 등의 계산에 있어 조세회피의 문제점 등이 존재할 여지도 많으므로, 이미 비치‧기장되어 청구인들의 세무계산상 신고되어 온 장부가액을 근거로 합의한다면 더 합리적이라는 제시를 함에 따라 매수인에게 청구인들의 장부상 가액을 근거로 한 OOO원을 건물가액으 로 제시하여 양 당사자간 합의에 의하여 동 금액으로 확정하게 되었다. 청구인들은 2016.6.16. 위 합의에 따른 전자세금계산서를 발행하였으나 매수인의 세무대리인이 세금계산서 지연 수취에 따른 가산세 문제를 제기하면서 종이세금계산서로의 교체를 요구함에 따라 2016.6.16. 전자세금계산서를 취소한 후 작성일자를 매수인의 사업자등록증상의 개업일인 2016.5.16.로 소급하여 종이세금계산서를 발행하였다. 이와 같이 계약당사자간 건물 공급가액에 대한 합의가 미루어져 이에 대한 세금계산서는 그 공급시기(2016.4.29.)에 교부되지는 아니하였으나 추후 합의에 의하여 그 공급가액이 확정되었고 그 합의된 공급가액에 대한 세금계산서가 당해 사업용 고정자산(쟁점부동산)의 공급일이 속하는 과세기간 내에 발급되었는바, 세금계산서의 지연발행을 이유로 한 부가가치세법상 가산세 부과대상에는 해당하나, 지연발행이 양 당사자간의 실지거래가액에 대한 의사 불합치의 사유에 해당되거나, 세금계산서의 정당성을 결여한 부당발행 사유나, 실지거래가액의 불분명성에 대한 근거사유 그리고, 조세회피의 근거사유가 될 수 없음에도, 이를 건물가액에 관한 부가가치세 과세표준의 산정이 있어 경정처분의 근거로 삼는 것은 부당하다. 또한, 처분청의 주장대로 공급시기 이후 교부된 세금계산서상의 과세표준이나 실지거래가액이 불분명한 것으로 본다면 이는 세금계산서의 교부에 있어 필요적 기재사항인 공급가액이 다르게 적힌 것이므로 이러한 경우는 매입세액의 공제가 불가한 사실과 다른 세금계산서에 해당되는 것으로 보아야 하나, 부가가치세법 시행령제75조 제3호에서는 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정 신고기한까지 발급받은 경우에는 그 과세표준의 진정성을 부인하지 아니하고 매입세액을 공제하되 가산세만을 부과하도록 하고 있다.
3. 한편, 청구인들은 이 건 거래로 부당히 조세를 회피하지 않았는바, 거래상대방으로부터 부가가치세액을 거래징수하여 납부만을 대신함으로써 세부담을 하지 않는 청구인들이 과세표준을 부당히 낮게 산정할 이유가 존재하지 아니하며, 양도소득세 신고 또한 실지거래가액으로 신고하여 정상적으로 납부가 완료되었고 처분청은 동 실지거래가액을 양도소득세 양도차익 계산상 실지거래가액으로 인정하였다. 만약, 청구인들이 이 건 처분 내용대로 합리적인 근거 없이 기준시가로 안분한 가액을 실지거래가액으로 신고하였다면, 처분청은 매수인의 환급조사시 청구인들이 비치‧기장한 장부가액이 있음에도 이를 무시하고 건물의 공급가액을 산정한 합리적 근거를 제시하라며, 기준시가로 안분하는 것을 수용하지 않을 것이다. 또한, 매수인의 입장에서는 건물의 가액이 합리적인 실지거래가액보다 과대하게 계상될 경우 건물 감가상각비 등의 과대계상으로 추후의 소득세 부담이 줄어들어 조세회피가 발생할 것이나, 이 건 실지거래가액으로 인하여 부가가치세 및 양도소득세 등 제세 전반에서 조세회피가 존재하지 아니한다. (마) 청구인들의 경우 공급자로서 당해 사업장 건물의 가액을 낮추어 일반적이고 경제적 합리성이 결여된 금액으로 신고할 하등의 이유가 존재하지 아니한다. 청구인들과 매수인의 쟁점부동산에 대한 공급가액의 확정사실이 법률상의 진정성립임이 인정되고, 처분청이 그 신고 과세표준의 계산이 실지거래가액이 아니라는 입증이 없다면 청구인들의 신고 과세표준이부가가치세법이 정하고 있는 실지거래가액에 해당되는 것이다. 매수인(공급받는 자)의 경우 공급계약일 이후 자신의 소득세 등의 회피를 목적으로 실거래가액보다 높은 가액을 산정하여 신고한 후 환급받는 경우는 빈번히 존재하나, 청구인들의 경우 공급자로서 당해 사업장의 건물가액을 일반적이고 경제적 합리성이 결여된 금액으로 신고할 하등의 이유가 존재하지 아니하고, 매수인으로부터 부가가치세액 전부를 거래징수하여 납부하는 청구인들의 경우 개별적이거나 추가적 자금이 소요되는 것이 아니며, 매수인도 거래징수당한 세액을 조기환급받을 수 있음에도 불구하고 건물의 실거래가액을 일부러 낮게 산정할 이유가 없는 것이다(대법원 2014.5.29. 선고 2014두3785 판결, 같은 뜻임). (바) 처분청이 양도소득세는 실지거래가액에 의하여 계산하고, 부가가치세는 실지거래가액을 부인하여 기준시가에 의하여 안분 계산하였는바, 이는 국고적이고 과세편의에 따라 이중적으로 세법을 해석하여 적용한 것으로 위법‧부당하다. 소득세법제100조 제2항에서 “양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다”고 규정하고 있으며, 제3항에서는 “제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다”고 규정하고 있는바, 제3항(2015.12.15. 신설)의 입법 취지는 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피의 방지에 있다. 청구인들은 양도소득세 계산시 건물의 부가가치세를 별도 수령하였으므로 이를 제외한 총 매매대금을 기준으로 토지와 건물의 실지거래가액을 구분하여 양도가액을 신고하였으며, 처분청은 청구인들의 답변(직접 방문 및 유선통화)을 들은 후, 쟁점세금계산서상의 건물 공급가액을 실지거래가액으로 보아 신고시인하였다. 반면, 처분청은 부가가치세 과세표준의 계산에 있어서는 총 매매대금을 실지거래가액이 불분명한 것으로 보고 그 총 매매대금 중 건물분 부가가치세가 포함된 것으로 보아 소득세법의 기준시가에 의하여 안분계산한 가액을 토지와 건물의 가액으로 구분 계산하는 등 동일한 과세대상에 대하여 앞뒤가 맞지 않는 이중적인 처분을 하고 있다. 이 건 부가가치세 과세처분과 같이 이 건 거래가 토지 및 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당되어 기준시가에 의하여 안분한 가액을 양도차익 계산상 적용하면 청구인들의 양도소득세는 이미 신고‧납부한 세액보다 감소하는 현상이 발생된다.
(2) 이 건 부가가치세 과세처분은 합리성 관점에서 볼 때도 위법‧부당하다. (가) 조세회피나 조세포탈의 목적 없이 경제적 합리성을 가진 당사자 간 자신들의 경제적 이익의 극대화를 목적으로 비치 기장된 장부를 근거로 한 이 건 합의 금액은부가가치세법제29조 제9항에서 정하는 실지거래가액에 해당된다. 처분청은 청구인들이 실거래가액으로 신고한 과세표준이 소득세법상의 기준시가에 따라 안분한 것과 차이가 있고 합리적이지 못하다고 하나, 합리성의 판단은 단순히 법조문의 의미가 아닌, 그 거래경위에 있어서의 경제적 합리성과 공급계약일 현재 사회․경제적 여건의 반영 등에 따른 조세법상의 제정목적을 접합하여 합리적이고 합목적적으로 판단하여야 하는 바, 일단의 거래행위가 조세회피나 조세포탈의 목적을 위한 것이라면 당연히 규제되어야 할 것이나, 그러한 목적이 없이 경제적 합리성을 가진 당사자 간에 자신들의 경제적 이익의 극대화를 목적으로 비치 기장된 장부를 근거로 한 이건 합의 금액은 경제적 합리성을 반영한 부가가치세법제29조 제9항에서 정하는 실지거래가액에 해당되는 것이다. 또한, 건물가액에 부과되는 부가가치세액이 명확하게 구분되어 기재되어 있는 사실은 교부된 세금계산서에 의하여 확인되고 있으므로, 그 건물가액이 실지거래가액이 아니라고 주장하는 처분청이 그 기재가 허위라는 사실에 관한 입증책임을 부담하여야 하는바, “실지거래가액 이라 함은 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는 것”으로 거래당사자가 공급계약일 현재 소득세법상의 기준시가를 알고 그에 맞추어 일부러 신고․납부할 이유는 없는 것이다(서울고등법원 2008.4.17. 선고 2007누21039. 판결, 같은 뜻임). (나) 현행 부가가치세제인 전단계세액공제법 하에서 청구인들이 매출세액을 거래징수하여 납부하고, 그 매입세액을 매수인이 환급받을 수 있음에도 매수인이 건물의 공급가액을 낮게 산정할 이유가 없고, 장부가액 OOO원)에 불과한 건물을 현재소득세법상의 기준시가로 안분계산하여 OOO원에 매입하였다고 보아 부가가치세를 경정하는 처분은 합리성을 결여한 부당한 처분이다. 조세회피 의도나 다른 질서위반의 목적이 없다면 전단계세액공제법 하에서는 쟁점부동산의 건물 과세표준에 관계 없이 합리성에 기반을 두고 당사자 쌍방의 자유의사에 의하여 정당하게 세금계산서를 수수하고 그 장부 등에 의하여 그 내역이 입증되면 청구인들이 그 매출세액을 매수인으로부터 거래징수 납부하고 매수인은 문제없이 그 매입세액을 환급 받을 수 있음에도 불구하고 매수인이 건물의 매입가액을 낮게 산정할 하등의 이유가 존재하지 않는다. 또한, 쟁점부동산 중 건물의 경우 나대지 상태에서 2003년 7월 청구인들이 직접 일반음식점용으로 건축물을 신축(공급가액 OOO원(신축한 건물의 총 취득가액 OOO원)에 불과한데,소득세법상의 기준시가 안분계산금액인 OOO원을 건물가액으로 보아 이를 과세표준으로 하여 신고 과세표준과의 차액 약 OOO원에 대한 부가가치세를 경정하는 처분은 합리성을 결여한 부당한 처분이다. 뿐만 아니라, 세법에서 정하고 있는 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 하고, 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다는 근거과세의 원칙에도 어긋나는 위법한 처분이다. 일반적으로도 OOO원에 신축하여 13년 된 건물을 양도일 현재 OOO원에 매입한다는 것은 상식적인 거래도 아니며, 만약 그렇게 건물의 공급가액을 산정하여 신고납부하였다면 바로 이러한 거래가 경제적 합리성 등을 무시한 거래로서 이는 공급받는자가 취득가액을 증액시킴으로 추후 소득세 등을 회피하기 위한 부당한 행위인바, 조세회피나 포탈의 의도가 있는 것으로 보아 경청처분 하여야 할 것이다. (다) 이 건 거래는 비치․기장된 장부에 근거한 당사자간 매매의사의 합치에 의하여 세금계산서를 수수하였고, 비치․기장된 장부에 근거한 문서의 진정성립이 인정된다면 그 기재내용은 존중되어야 하며 이를 부인하려면 구체적인 입증자료가 존재하여야 하나, 처분청은 이를 부인할 수 있는 구체적인 자료 없이 청구인들의 의사만으로 건물가액을 산정하였다고 하는 것은 부당하다. 처분청은 쟁점부동산 매수인의 부가가치세 환급조사시 건물가액을 청구인들이 일방적으로 산정하였다는 매수인의 진술만으로 양 거래당사자 간에 건물가액의 산정에 따른 의사합치가 없다고 보아 이 건 과세처분을 하였으나, 청구인들은 이 건 과세처분 전인 2016년 8월 중순 약 5차례에 걸쳐 처분청 담당자에게 건물의 가액 산정의 근거를 요구받아 소명 및 자료제출을 한 사실이 있는바, 거래당사자의 진정합의에 의하여 수수한 세금계산서는 쌍방의 의사합치가 없다면 정당하게 발행될 수 없는 것으로 이를 무시하는 것은 근거과세의 원칙에도 어긋난다. 거래당사자는 서로 특수관계인에 해당되지도 아니하는 합리적인 경제주체로 그 일방이 상대방의 이익을 지원할 이유가 존재하지 않으며, 거래가액이 청구인들의 일방적 결정으로 근거 없이 낮게 산정되었다면 이의를 제기하였을 것이다. 처분청이 쟁점세금계산서를 정당하게 발행된 세금계산서로 인정하면서 당사자의 의사합치가 아닌 일방에 의하여 공급가액이 확정되어 발행되었다고 하는 것은 모순된 주장으로 만약 그러한 비정상적인 교부라면 이를 전부 부인하여야 할 것이다(조심 2016중1272, 2016.6.21., 조심 2015서5850, 2016.2.18., 같은 뜻임). (라) 처분청은 매수인이 쟁점부동산의 건물에 대한 화재보험가입금액이 OOO원으로 거래당사자간 합의된 건물가액보다 훨씬 크므로 당해 건물가액을 인정할 수 없다고 하나, 매수인은 화재보험에 신규가입한 것이 아니라 청구인들이 예전부터 그 금액에 의하여 가입한 보험의 명의만 변경된 것이다. 일반적으로 보험가액의 경우 건축물의 실지거래가액 등으로 산정되는 것이 아니라, 재해가 발생할 경우 당해 건축물 등을 신축하는 비용으로 산정하는 것이고 그 보험 물건에는 당해 건물뿐 아니라 그에 부속되는 기구나 집기비품 등도 같이 가입이 되는 것이므로 이러한 보험금 가입가액이 부가가치세법상 실지거래가액에 해당되는 것이 아니며, 부가가치세법상 건물 등의 공급가액은 거래당사자간의 합의에 기인한 실지거래가액이지 객관적 교환가치를 의미하는 시가가 아닌 것임에도 이를 과세처분의 근거로 하는 것은 타당하지 않다. (마) 처분청이 사례로 들고 있는 토지 및 건물가액의 임의 산정에 따른 양도소득금액 변동사례는 “사례”에 불과한 것이며, 실제로 쟁점부동산의 건물가액을 기준시가로 계산하여 양도소득금액을 계산하면 청구인들이 당초 실지거래가액에 의하여 신고한 양도소득금액보다 더 적다(이 사실은 처분청의 과세적부심사 결정 당시 확인된 사실이다). 처분청은 3차례에 걸쳐 건축물의 실지거래금액에 대한 소명을 받고 2016년 8월 청구인들의 건축물의 양도가액이 실지거래가액이라고 인정한 후 청구인들의 신고내용을 시인하는 결정을 하였으며, 이 건 심판청구답변에서 비로소 결과에 따라 추후 양도소득세를 경정할 수 있다고 주장하면서 그 실지거래금액을 부인하는 것은 신의성실의 원칙에도 어긋나는 것이다.
(1) 이 건 부가가치세 과세처분이 법적인 관점에서 위법‧부당하다는 청구주장에 대하여 (가) 청구인들은 2016.4.8. 토지와 건물가액의 구분없이 일괄 매매가액 OOO원에 쟁점부동산의 매매계약을 체결한 사실이 부동산 매매계약서에 의해 확인되며, 아래 <표>와 같이 청구인들이 제출한 세금계산서는 정상적으로 발행되지 않고, 매수인이 사업자등록 신청 후 소급하여 발행된 것이다. <표> 일자별 거래내용 (나) 위와 같이 쟁점부동산 매매시에는 건물가액(OOO원)이 구분되지 않았다가, 추후 건물분 세금계산서가 작성되었고, 소유권 이전 후 매수인이 화재보험 가입시 건물가액이 OOO원에 이르는바, 건물의 실지거래가액이 OOO원이라는 청구주장은 인정하기 어렵다. 청구인들이 제시한 예규에서도 볼 수 있듯이 청구인들이 발행한 건물분 세금계산서의 공급가액(OOO원)을 정상적인 건물가액으로 인정받기 위해서는 매매거래 당사자간 구분된 가액에 대한 합의가 있고, 그 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하거나 기재 내용에 허위 또는 누락이 없다고 인정되어야 할 것이다. 그러나, 거래상대방인 매수인에 의하면 당초 매매거래시에 토지 및 건물가액을 구분하여 계약한 사실 없이 총 매매대금 OOO원에 계약하였고, 추후 건물분 세금계산서 요청에 의해 세금계산서를 수취할 때에 비로소 건물가액이 OOO원 정도라는 사실을 들었을 뿐이며, 전체 부동산 가액 OOO원에 변동이 없는 한 매매거래에 문제가 없다고 생각하였고, 건물가액의 책정은 양수인이 어떻게 할 수 없는 것이기에 청구인들이 발행한 세금계산서를 수취하였다고 확인하고 있는 사실을 볼 때, 당초 건물가액과 토지가액을 합의하였고, 그에 따른 세금계산서를 발행하였다는 청구주장은 사실과 다르다 할 것이며, 양수인이 소유권 이전 후 건물에 대한 화재보험 가입시 건물가액으로 산정된 금액이 약 OOO원에 이른다는 확인내용을 보더라도 건물의 실지거래가액이 OOO원이라는 청구주장은 합당하다고 인정하기 어려울 것이다. (나) 처분청은 쟁점세금계산서가 지연발급되었다는 것을 근거로 과세처분을 한 것이 아니며, 쟁점부동산 거래가 토지 및 건물가액을 구분하지 않은 상태에서 일괄 매매되어 그 일괄 매매가액을 기준시가에 의하여 안분계산하여 과세한 것이다. 청구인들이 당초 토지와 건물을 구분하지 않고 일괄 매매하였다는 근거에 대하여 설명하면, 청구인들이 2016.4.8. 부동산 매매계약을 체결하고, 2016.4.29. 소유권 이전 후 2016.6.21. 양도소득세 신고시 일괄 매매가액 OOO원으로 신고하였는바, 청구주장과 같이 부동산 소유권을 이전하기 전에 부가가치세를 포함한 건물가액 OOO원)에 쌍방이 합의하였다면 양도소득세 신고시 건물의 양도가액은 부가가치세액을 제외한 OOO원이 되었어야 할 것이다. (다) 이 건은 청구인들이 부당하게 조세를 회피하여 과세처분한 것이 아니고, 토지와 건물을 일괄 양도하는 경우 토지 및 건물의 가액이 불분명한 경우 안분 계산을 하도록 되어 있기 때문이며, 당사자간에 토지와 건물의 가액을 임의로 구분하여 산정한 금액은 실지거래가액으로 볼 수 없다. 쟁점부동산의 매매거래는 토지와 건물의 가액 구분이 불분명함이 매매계약서, 매수자 확인내용 등에 의하여 확인되는 반면, 청구인들은 합리적 사유 없이 단지 건물가액에 대하여 세금계산서를 발급한 사실이 바로 건물가액에 대한 당사자간의 합의이며 토지와 건물가액을 구분한 것이기에 실지거래가액에 해당한다고 주장하고 있다. 그러나, 청구인들 주장대로라면 토지와 건물을 매매하는 거래에 있어서 건물가액에 대하여 세금계산서 금액으로 얼마를 발행하든지 간에 발행을 하기만 하면 실지거래가액으로 인정을 해야 한다는 것인데, 청구인들이 제시한 예규에서도 이러한 건물가액의 임의산정과 관련하여 “토지와 건물가액을 합의한 사실이 관련 증빙 등에 의해 확인할 수 있는 경우로서, 구분된 토지와 건물가액 등이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우 실지거래가액으로 본다”고 규정하고 있다. 즉, 당사자간에 아무리 토지와 건물의 가액을 구분하였더라 하더라도 그 구분한 금액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되어야 하며, 그렇지 않고 임의로 구분하여 산정한 금액은 실지거래가액으로 볼 수 없다는 것이다. (라) 쟁점부동산의 양도와 관련하여 부가가치세 과세표준과 양도소 득세 과세표준 산정 기준이 서로 다르다는 청구주장은 사실과 다르다. 청구인들은 동일한 과세물건에 대한 과세표준의 산정에 있어부가가치세법의 적용에 있어서는 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 신고가액을 부인하면서, 양도소득세 적용에 있어서는 청구인들의 신고가액을 실지거래가액으로 인정하는 이중적인 처분을 하고 있다고 주장하고 있으나, 청구인들이 신고한 양도소득세가 정상적으로 처리되었다 하더라도 추후 사후검증과정을 통하여 신고내용에 오류 또는 탈루사실이 있는 경우에 소득세법제114조 제2항 및 제3항에 의하여 경정할 수 있는 것이며, 이 건 또한 부가가치세 고지처분이 확정된 후 양도소득세 관련부서로 동 결정 내용을 통보하여 양도소득세 경정할 예정에 있으므로 양도소득세 적용과 부가가치세 적용을 달리하고 있지는 않다.
(2) 청구인들은 비치․기장된 장부가액을 기초로 합의한 건물가액은 정당한 실지거래가액인데도 이를 부인하고 과세한 처분은 합리성 관점에서 볼 때도 위법‧부당하다고 주장하나, 이는 아무런 논리도 근거도 없는 주장일 뿐이다. 청구인들은 건물의 장부가액이 OOO원에 불과한데도 소득세법상 기준시가로 안분한 OOO원을 건물가액으로 보고 이를 과세표준으로 간주하여 차액 OOO원에 대한 부가가치세를 경정하는 처분은 합리성을 결여한 부당한 처분이라고 주장하고 있으나, 이러한 청구인들의 주장은 근거 없는 주장일 뿐만 아니라, 만약, 청구주장과 같이 건물의 장부가액이 OOO원에 불과하므로 그 건물의 실지거래가액 또한 이러한 장부가액에 근거한 OOO원이 정당하다면 토지의 실지거래가액은 어떻게 설명할 것인지 궁금하고, 청구인들의 논리대로라면 총 매매가액 OOO원에서 건물의 실지거래가액이 OOO원(부가가치세 포함)이라면, 나머지 OOO원이 토지의 실지거래가액이라는 것인데, 청구인들이 장부가액으로 주장하면서 제출한 결산서상 토지의 장부가액은 OOO원으로 계상되어 있는바, 실지거래가액의 산정에 있어 건물의 경우는 장부가액을 근거로 하고, 토지가액은 장부가액이 아닌 다른 기준을 적용하여야 한다는 것인지 알 수가 없다. 따라서, 건물가액 OOO원은 청구인들이 비치․기장하고 있는 장부가액을 근거로 실지거래가액에 해당한다는 청구주장은 토지의 경우를 들어 설명할 경우 어떠한 논리도 근거도 없는 주장에 불과하다 할 것으로 이 건 처분은 정당하다.
(1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.
소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 제9호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다] 이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
(3) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. (4) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.
(1) 처 분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인들은 2004.4.1.부터 한식점업을 영위하는 사업자들로서 2016.4.29. 쟁점부동산을 엄OOO에게 OOO원에 매각하고 건물가액으로 공급가액 OOO원의 쟁점세금계산서를 발급하였으며, 부동산임대업을 영위하는 사업자로 등록한 엄OOO은 2016년 제1기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서 관련세액을 매입세액으로 공제하여 환급을 신청하였으나, 처분청은 이에 대한 환급 현지확인을 실시한 결과, 쟁점부동산은 토지와 건물가액 구분 없이 OOO에 일괄 매매되었고, 쟁점세금계산서는 쟁점부동산 매매 이후 매수인의 요청에 의하여 청구인들이 발급한 세금계산서로 매매거래시 건물가액을 임의 산정한 것으로 보아 부가가치세법제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 일괄 매매가격 OOO원을 기준시가로 안분(토지 OOO원)하여 청구인들에게 이 건 부가가치세 과세처분을 하였다. (나) 청구인들은 2016.4.8. 쟁점부동산을 아래와 같이 총 매매대금 OOO원에 매매하는 계약을 체결하였고, 매수인은 2016.4.29. 잔금 지급 및 소유권 등기이전 완료 후, 2016.5.16. 부동산 임대업으로 사업자등록을 신청한 것으로 확인된다. (다) 쟁점부동산의 매매거래와 관련된 세금계산서 내역을 살펴보면, 건물가액에 대해 2016.6.16. 전자세금계산서(공급가액 OOO원)를 발급한 후 같은 날 ‘착오에 의한 이중발급’을 사유로 수정세금계산서(공급가액 OOO원)를 발급하였고, 매수인이 2016년 제1기 부가가치세 환급신청을 하면서 증빙서류로 첨부한 쟁점세금계산서는 공급일자 2016.4.29. 발행된 비전자세금계산서(공급가액 OOO원)로 나타난다. (라) 쟁점부동산의 매매거래와 관련하여 2016년 9월에 매수인이 작성한 확인서의 주요내용은 아래와 같다. (마) 처분청은 쟁점부동산의 매매거래 당시 토지 및 건물가액 구분이 없었고, 세금계산서 또한 매매거래 이후 임의 산정한 건물가액으로 작성되었다고 보아 매매거래 당시 총 매매대금(OOO원)을부가가치세법제29조 제9항에 의거 아래와 같이 기준시가로 안분하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인들은 처분청이 쟁점세금계산서의 건물가액을 실지거래가액으로 인정하지 않고, 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우라고 보아 기준시가에 의하여 건물가액을 안분 계산하여 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 그러나, 청구인들이 매수인과 2016.4.8. 쟁점부동산을 OOO원에 일괄 양도하는 매매계약을 체결하면서 건물가액을 토지가액과 구분하지 않은 것으로 나타나며, 이후 매수인이 쟁점세금계산서를 수취하면서 전체 부동산 가액 OOO원에 변동이 없는 한 매매거래에 문제가 없는 것으로 생각하고 건물가액 책정은 자신이 어떻게 할 수 없는 것이었다고 확인한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서의 건물가액을 임의로 구분‧산정한 금액으로 실지거래가액이 아니라고 보아 부가가치세법제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조 제1호에 따라 안분 계산한 건물가액에 의하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.