거래처가 받은 과세전적부심사결정이 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 청구주장의 당부

심판청구를 각하한다.

• 가. 청구인은 2008.2.25.부터 2015.4.22.까지 OOO이라는 상호로 서비스업을 영위한 사업자로, 2011.9.1. 청구인 소유의 OOO 합계 37,869.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 주식회사 OOO[대표자 OOO(청구인의 형), 이하 “쟁점거래처”라 한다]에게 임대하면서 각 필지에 1동씩 OOO(총 2동, 이하 “가설건축물”이라 한다)를 건축하여 2년간 사용 후 청구인에게 기부채납하기로 계약하고, 2011년 제2기 과세기간에 가설건축물 설치와 관련하여 OOO 등 4개 업체로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(6매, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고 쟁점거래처에 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 하다)의 세금계산서(4매, 이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2015년 7월 청구인에 대한 종합소득세 조사결과, 가설건축물의 설치용역은 청구인이 아니라 쟁점거래처가 공급받은 것으로 보아 쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고, 청구인이 완공된 가설건축물을 쟁점매입처로부터 쟁점토지 임대 대가로 공급받은 것으로 보아 쟁점금액을 임대차기간(2년)으로 안분하여 2015.9.11. 청구인에게 부가가치세 합계 OOO원(2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원) 및 종합소득세 합계 OOO원(2011년 귀속분 OOO원, 2012년 귀속분 OOO원, 2013년 귀속분 OOO원aa)을 경정․고지(이하 “당초 처분”이라 한다)하자 청구인은 이에 불복하지 아니하고 납부하였다.
• 다. 처분청은 2016년 2월 OOO국세청장(감사관)으로부터 쟁점거래처에 대한 과세자료를 즉시 처리하라는 처분지시를 받아 쟁점거래처가 가설건축물의 설치용역을 공급받고 이를 청구인에게 기부채납한 것으로 보아 2016.6.2. 쟁점거래처에게 쟁점매출세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 과세하겠다는 내용의 과세예고를 통지하자 쟁점거래처는 2016.6.29. 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 제기하여 2016.7.21. ‘채택’결정을 받았다.
• 라. 청구인은 2016.8.26. 쟁점거래처의 과세전적부심사결정을 근거로 기 납부한 부가가치세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2016.10.7. 청구인에게 당초 처분의 통지를 받은 날(2015.9.11.)로부터 90일을 도과하여 경정청구를 제기하였으므로 처리불가하다는 내용의 민원접수 처리결과 안내문을 통지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2016.12.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인과 쟁점거래처는 2011.9.1. 쟁점거래처에서 쟁점토지를 청구인으로부터 임차하고 동 부지에 가설건축물을 건축하여 청구인에게 기부채납하기로 임대차계약을 체결하였으나, 허가 등 제반절차 문제로 기부채납을 포기하고 청구인이 가설건축물을 건축하여 쟁점거래처에 이전하는 것으로 변경하였는바, 처분청은 이러한 사실관계를 오인하여 쟁점거래처에서 가설건축물을 건축하고 청구인에게 기부채납하였다고 보아 2015.9.7. 당초 처분을 하였다. 쟁점거래처는 2016.6.29. 이 건과 동일한 거래내역에 대한 과세예고통지에 대하여 OOO국세청장에게 과세전적부심사를 제기하였고, OOO국세청장은 쟁점매출세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 보기 어렵고, 가설건축물의 완공시기에 토지소유자인 청구인에게 이전된 것으로 보기 어렵다고 판단하여 과세예고통지를 취소하는 결정을 하였다. 국세기본법제45조의2 제2항 제1호에서 후발적 사유에 의한 경정청구 대상으로 “최초의 신고․결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때”를 규정하고 있는바, 쟁점거래처의 과세전적부심사결정은 과세관청이 청구인과 쟁점거래처의 정상거래를 오인하여 잘못 판단한 것을 변경결정한 것이므로 이는 후발적 경정청구 사유에 해당한다 할 것이고, 청구기간이 도과하였다는 사유로 잘못 부과된 세금의 환급을 거부하는 것은 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 것이므로 이 건 거부통지는 부당하다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법제45조의2 제2항은 후발적 사유에 의한 경정청구 대상을 열거하면서 제1호에서 “최초의 신고․결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우”에 한하여 인정하는 것으로 되어 있고, 제2호부터 제4호까지는 “최초의 신고․결정 또는 경정처분 이후 새로운 사실의 발생으로 인하여 기존 사실관계가 변경되어 종전 과세표준 및 세액이 감액되는 경우”를 규정하고 있는바, 쟁점거래처에서 제기한 “과세전적부심사결정”은 과세처분 이전단계에서 납세자로 하여금 세액결정 전에 미리 통보받은 과세내용에 대하여 이의를 청구하도록 하여 위법한 과세처분을 사전에 방지하고자 하는 제도로 과세처분 이전 단계에서의 과세관청의 행위에 불과하므로 법적 구속력이 없고, 법적 구속력이 없는 과세관청의 행위는 “소송에 대한 판결”에 해당하지 아니하므로 동 규정을 근거로 후발적 사유에 의한 경정청구 대상에 해당한다고 보기 어렵다. 또한, 같은 법 시행령 제25조의2 제1호는 “최초의 신고․결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우”를 후발적사유에 의한 경정청구 대상으로 보고 있으나, 이는 최초의 신고․결정 또는 경정 이후 관청의 허가 등 새로운 행정행위가 당초 사실관계에 영향을 미쳐 당초 사실관계의 변경을 가져오는 경우를 말한다 할 것이고, 기존 사실관계의 변경에 영향을 주는 새로운 사실이 발생하지 아니한 상태에서 단지 기존 사실관계의 진위 여부를 다투는 과세전적부심사결정은 동 규정의 경정청구 대상에 포함된다고 보기 어렵다. 만약, 이를 ‘관청의 허가나 그 밖의 처분’에 포함된다고 해석한다면, ‘소송에 대한 판결’에 의하여 다른 것으로 확정된 경우에 한하여 당초의 사실관계에 의한 진위여부의 판단을 변경하도록 한 국세기본법제45조의2 제1항 제1호의 규정을 하위법령에서 확대․적용하는 것이므로 타당하지 아니하다. 따라서 당초 처분을 받은 날(2015.9.11.)로부터 90일이 경과하여 심판청구를 제기한 이 건 심판청구는 부적법하다.

• 가. 쟁 점 거래처가 받은 과세전적부심사결정이 국세기본법제45조의2 제2항 제1호에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 청구구장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 (2015.12.15. 법률 제13552호로 개정된 것) 제45조의2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (2) 국세기본법 시행령 (2016.5.10. 대통령령 제27129호로 개정된 것) 제25조의2【후발의 사유】 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 2011.9.1. 쟁점거래처에게 쟁점토지를 임대하며 가설건축물을 건축하여 2년간 사용 후 청구인에게 기부채납하기로 계약하고, 2011년 제2기 과세기간에 가설건축물 설치와 관련하여 OOO 등 4개 업체로부터 쟁점매입세금계산서를 수취하고 쟁점거래처에 쟁점매출세금계산서를 발급하여 부가가치세를 신고하였으며, 처분청은 2015년 7월 청구인에 대한 종합소득세 조사결과, 가설건축물의 설치용역은 청구인이 아니라 쟁점거래처가 공급받은 것으로 보아 쟁점매입세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고, 완공된 가설건축물을 쟁점매입처로부터 쟁점토지 임대 대가로 공급받은 것으로 보아 쟁점금액을 임대차기간(2년)으로 안분하여 2015.9.11. 청구인에게 당초 처분을 하였으나, 청구인은 이에 불복하지 아니하고 납부하였다가 2016.8.26. 쟁점거래처의 과세전적부심사결정을 근거로 기 납부한 부가가치세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2016.10.7. 청구인에게 당초 처분의 통지를 받은 날(2015.9.11.)로부터 90일을 도과하여 심판청구를 제기하였으므로 처리불가하다는 내용의 민원접수 처리결과 안내문을 통지하였다.

(2) 쟁점거래처가 2016.6.29. 제기한 OOO국세청장의 과세전적부심사결정서(2016.7.21.)에 의하면, OOO국세청장은 OOO 등이 제공한 가설건축물 설치용역을 실제 공급받은 자가 쟁점거래처라고 단정하기에는 그 근거가 부족하고, 가설건축물이 2011년 제2기 토지소유자인 청구인에게 이전된 것으로 보기는 어렵다는 논지로 쟁점거래처의 청구주장을 받아들인 사실이 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 거래상대방이 받은 처분청의 과세전적부심사결정이 국세기본법제45조의2 제2항 제1호에서 규정한 후발적 경정청구사유에 해당된다고 주장하나, 동 규정의 “판결”이라 함은 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말하는 것이며, 그 영향은 당해 소송으로 제기된 다툼에 한정된다 할 것이어서 거래상대방이 제기한 과세전적부심사결정은 이에 해당되지 아니하고, 청구인은 당초 처분의 납세고 지서를 받은 날로부터 90일 이내에 불복청구를 제기하지 아니한 채 2016.8.26. 후발적 경정청구 사유에 해당되지 않음에도 경정청구를 제기한 후 받은 거부통지를 불복청구 대상이 되는 처분으로 보아 2016.12.1. 제기한 이 건 심판청구는 청구기간이 경과한 것이라 부적법하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다..