농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 청구법인이 법인세 면제를 받을 수 있는지 여부

[참조결정] 국심2004중2993

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 조세특례제한법 제66조 제1항에 따른 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 적용OOO하여 2015사업연도 법인세를 OOO으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 OOO지방국세청장의 감사결과에 따라 청구법인이 면제신청을 하면서 2015년말까지 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다며 청구법인에게 수정신고를 안내하였고, 청구법인은 2015사업연도 법인세 OOO의 수정신고를 하였다.
• 다. 청구법인은 농업경영체 등록확인서 제출이 법인세 감면의 필요적 요건이 아니라고 보아 2016.12.26. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항(이하 “쟁점시행령조항”이라 한다)의 요건을 불비하였다고 보아 2017.2.27. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.25. 이의신청을 거쳐 2017.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점시행령조항은 2014.2.22. 개정되기 전까지 영농조합법인의 법인세 면제 신청시 세액면제신청서와 면제세액계산서만을 제출하도록 규정하였고, 국심 2004중2993, 2005.4.22. 결정은 동 조항은 조세감면의 필요적 요건이 아니라 협력의무를 부과한 것에 불과하다고 보아 위 서류들을 제출하지 않아도 감면할 수 있다고 판시하였으며, 이러한 판시는 시행령 개정 후 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 하였다고 하더라도 변경될 이유가 없는바, 이 건에서 청구법인이 법인세 감면대상에 해당한다는 점에 대해서는 다툼이 없고, 청구인이 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다는 이유만으로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점시행령조항은 2014.2.22. 개정되기 전까지는 조세특례제한법 제66조 제1항에 따른 영농조합법인의 법인세 면제 신청시 세액면제신청서와 면제세액계산서를 제출하도록 규정하였으나, 2015.1.1.부터 영농조합법인의 법인세 면제를 적용받고자 하는 법인은 세액면제신청서, 면제세액계산서와 함께 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 개정되었고, 국세청 예규(과세기준자문-2016법령해석법인-0137,) 또한 사업연도말까지 농업경영체 등록을 하여야 한다고 해석하였는바, 청구법인은 2015년말까지 농어업경영체로 등록되어 있지도 아니하였으므로 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 청구법인이 법인세 면제를 받을 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제66조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “식량작물재배업소득”이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제63조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 “농어업경영체 등록확인서”라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조 [농어업경영정보의 등록] ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 이 건 법인세 신고시 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 점에 대해서는 다툼이 없고, 심판청구시 제출된 농업경영체 등록확인서에는 청구법인이 2016.3.31. 최초로 농업경영체로 등록된 것으로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 제66조 제1항에서는 영농조합법인에 대해서 2015.12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 등에 대한 법인세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제63조 제7항(쟁점시행령조항)에서는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정하고 있는바, 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 면제세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와는 달리 면제요건인 영농조합법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것으로서 동 확인서의 제출이 없는 경우에까지 법인세를 면제할 수 있다고 해석하는 것은 무리가 있어 보이고, 이 건의 구체적인 사정을 보아도 청구법인은 법인세 면제 기한인 2015.12.31.이 지난 2016.3.31.에서야 농업경영체로 등록되었던 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 청구법인을 법인세 면제대상에 해당하지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.