쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 대구광역시 O구 OO로 O6, O가동 1OO호(OO동, OOOO)에서 주식회사 OOOO메탈(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 비철금속 도매업을 영위하는 법인으로 2015년 제1기~2016년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 OO속 외 2개업체(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 34,684백만원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2015년 제1기~2016년 제1기 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받았다.
• 나. OOO국세청장 등은 쟁점거래처를 세무조사한 결과 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.12.5. 청구법인에게 부가가치세 합계 5,793,543,380원(2015년 제1기분 27,838,340원, 2015년 제2기분 3,352,620,730원, 2016년 제1기분 2,413,084,310원) 및 2015사업연도분 법인세 439,087,960원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2017.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점거래처에게 청구법인의 매출처로 폐동을 운반하도록 하여 청구법인의 매출처에게 매출거래와 매입거래를 동시에 하는 방법으로 사업을 영위하였다.

(2) 쟁점거래처는 사업자등록 명의자가 직접 폐동을 거래장소인 청구법인의 매출처로 싣고 왔으며, 처분청에서도 쟁점거래처 이외에 실지공급자를 확인한바 없고, 폐동거래에서는 매입자납부특례제도가 시행됨에 따라 폭탄영업이 원천적으로 차단된 점 등을 고려할 때 청구법인이 쟁점거래처를 실제 사업자로 알고 거래한데에는 잘못이 없다.

(3) 청구법인은 지정금융기관에 실제 입금한 부가가치세액을 매입세액으로 공제받기 때문에 매입세액 불공제 및 가산세 등의 불이익을 감수하면서까지 위장세금계산서를 수취할 이유가 없다. 따라서, 쟁점거래처가 자료상 행위자로 확정되었다고 하더라도 청구법인은 선의의 거래당사자이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인의 대표이사 이OO은 쟁점거래처에서 청구법인의 매출처로 구리스크랩이 직송되어 청구법인의 매출처에서 최초로 계량되었다고 진술하면서 쟁점거래처로부터 매입 당시 계량 관련 서류를 제출하지 못하고 있고, 청구법인의 매출처로 매출 당시에 계량 관련 서류만을 제출하였다. 청구법인의 대표이사 이OO은 2012.5.10.부터 재직하여 매입 증빙자료의 중요성을 알고 있었고, 쟁점거래처 관련 매입 증빙자료를 제출하지 못하는 점 등에 비추어 선의의 주의 의무를 다했다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

(2) 법인세법 제76조[가산세] ⑤ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

(3) 조세특례제한법 제106조의9[스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 "스크랩등"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 "스크랩등사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 스크랩등 거래계좌(이하 "스크랩등거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다.

1. 관세법 제84조 에 따라 기획재정부장관이 고시한 관세ㆍ통계통합품목분류표 중 구리의 웨이스트 및 스크랩과 잉곳(ingot) 또는 이와 유사한 재용해(再溶解)구리의 웨이스트와 스크랩으로부터 제조된 괴상의 주조물

2. 구리가 포함된 합금의 웨이스트 및 스크랩으로서 구리함유량이 100분의 40 이상인 물품

3. 관세법 제84조 에 따라 기획재정부장관이 고시한 관세ㆍ통계통합품목분류표 중 철의 웨이스트와 스크랩, 철강의 재용해용 스크랩 잉곳 또는 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 물품

② 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 부가가치세법 제31조 에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

③ 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 때나 세금계산서를 발급받은 때에 스크랩등거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 스크랩등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 스크랩등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.

2. 부가가치세법 제29조 에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다)

④ 스크랩등 수입에 대한 부가가치세는 부가가치세법 제50조 에도 불구하고 스크랩등거래계좌를 사용하여 대통령령으로 정하는 방법으로 납부할 수 있다.

⑤ 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 부가가치세법 제38조 에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.

⑥ 제3항에 따라 스크랩등거래계좌를 사용하지 아니하고 스크랩등의 가액을 결제받은 경우에는 해당 스크랩등을 공급하거나 공급받은 스크랩등사업자에게 제품가액의 100분의 10을 가산세로 징수한다. 다만, 제1항 각 호의 물품과 제106조의4제1항제3호의 제품이 혼합된 물품을 공급하거나 공급받으려는 사업자가 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 금거래계좌를 사용하는 경우에는 가산세를 징수하지 아니한다.

⑦ 관할 세무서장은 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 스크랩등을 공급받은 날의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날(부가가치세법 제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다.

⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.

⑨ 관할 세무서장은 해당 예정신고기간 및 확정신고기간 중 스크랩등의 매출액이 스크랩등의 매입액에서 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우에는 환급을 보류할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 환급받을 세액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우

2. 체납이나 포탈 등의 우려가 적다고 인정되는 대통령령으로 정하는 경우

⑩ 제3항에 따라 부가가치세를 입금받은 제3항 본문에 따른 대통령령으로 정하는 자는 제8항에 따라 공제하거나 환급받을 세액에 가산한 후의 부가가치세액을 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 국고에 납부하여야 한다.

⑪ 스크랩등거래계좌 사용 대상 스크랩등사업자의 범위, 스크랩등거래계좌 입금 방법, 입금된 부가가치세액의 처리, 스크랩등 품목을 취급하는 사업자의 부가가치세, 소득세 및 법인세의 신고ㆍ납부에 관한 관리 등 제1항부터 제10항까지의 매입자 납부제도를 운영하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제106조의13[스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례] ① 법 제106조의9제1항에 따른 스크랩등거래계좌는 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 계좌를 말한다.

1. 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융기관등 가운데 부가가치세액의 환급 및 국고에의 입금 등 부가가치세 매입자 납부특례제도를 안정적으로 운영할 수 있다고 인정되어 국세청장이 지정한 금융회사등에 개설한 계좌일 것

2. 개설되는 계좌의 명의인 표시에 사업자의 상호가 함께 기재될 것(상호가 있는 경우로 한정한다)

3. 개설되는 계좌의 표지에 "스크랩등거래계좌"라는 문구가 표시될 것

② 사업자는 사업장별로 둘 이상의 스크랩등거래계좌를 개설할 수 있다.

③ 스크랩등거래계좌를 이용하여 대금을 결제한 경우에는 소득세법 제160조의5 에 따라 사업용계좌를 사용한 것으로 본다.

④ 법 제106조의9제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 자"란 입금된 부가가치세액의 환급 및 국고에의 입금 등 부가가치세 매입자 납부특례제도를 안정적으로 운영할 수 있다고 인정되어 국세청장이 지정한 자를 말한다.

⑤ 법 제106조의9제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제7조의2에 따른 환어음ㆍ판매대금추심의뢰서, 기업구매전용카드, 외상매출채권담보대출제도, 구매론제도 및 네트워크론제도

2. 전자금융거래법 제2조 에 따른 전자채권

3. 외국환은행을 통하여 외화로 대금을 지급하는 거래

⑥ 법 제106조의9제4항에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 수입자가 스크랩등을 별도로 수입신고하고 그 스크랩등에 대한 부가가치세를 법 제106조의9제3항에 따라 같은 항 제2호의 금액만 입금하는 방법을 말한다.

⑦ 법 제106조의9제7항에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 1일 1만분의 3을 말한다.

⑧ 법 제106조의9제9항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 70을 말한다.

⑨ 법 제106조의9제9항에 따라 환급을 보류할 수 있는 기간은 해당 예정신고기한 또는 확정신고기한의 다음 날부터 6개월 이내로 한다.

⑩ 법 제106조의9제9항제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 500만원을 말한다.

⑪ 법 제106조의9제9항제2호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 스크랩등사업자, 스크랩등사업자의 대표자 또는 임원이 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1. 해당 신고납부기한 종료일 현재 최근 3년간 조세범으로 처벌받은 사실이 없을 것

2. 해당 신고납부기한 종료일 현재 최근 1년간 국세를 체납한 사실이 없을 것

3. 해당 신고납부기한 종료일 현재 최근 3년간 결손처분을 받은 사실이 없을 것

4. 해당 신고납부기한 종료일 현재 최근 1년간 스크랩등거래계좌를 이용하지 아니하고 스크랩등의 거래를 한 사실이 없을 것

5. 그 밖에 부가가치세 신고ㆍ납부 현황 등을 고려할 때 조세포탈의 우려가 없다고 국세청장이 인정하는 경우에 해당할 것

⑫ 제4항에 따라 국세청장이 지정한 자에게 입금된 부가가치세액의 관리는 국세청장이 정하는 바에 따른다.

⑬ 스크랩등거래계좌, 부가가치세액의 입금과 입금된 부가가치세액의 처리 등 부가가 치세 매입자 납부특례제도의 시행에 필요한 세부적인 사항은 기획재정부령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 쟁점거래처로부터 2015년 제1기부터 2016년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 아래 <표>와 같이 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다. <표> (단위: 천원) 구분 과세기간 상호 사업자등록번호 대표자 매입금액 1 2015년 제1기~ 2016년 제1기 OO금속 OOO-OO-52OOO 정OO 28,482,254 2 2016년 1기 OO금속 OOO-OO-13OOO 조OO 3,233,606 3 2015년 2기 OO비철 OOO-OO-61OOO 김OO 2,968,284 (나) 처분청이 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 세무조사종결보고서를 보면 “청구법인의 대표이사 이OO은 OO금속, OO금속, OO비철과의 거래 이전에 거래처 방문 및 직원, 시설, 폐동 물량을 확인한 후 거래를 하였다고 진술하고 있으나, 매입처의 폐동 상차 시 계량관련 서류(상차 사진, 계량표 등)를 전혀 제출하지 못하고 있고, 이OO은 상기 매입처에서 폐동 상차 시 계량 관련 서류 등을 보관하지 않은 이유에 대하여 국세청 관련인 조사시 현장 사진 및 동영상을 제출하여도 실지 거래로 인정받지 못하여 서류를 보관하지 않았다고 진술하나, (주)OO에 대한 세무조사시 선의의 거래당사자로 인정받은 사실이 있어 쟁점거래처로부터 매입 관련 증빙자료를 보관하지 않고 전혀 제출하지 못하는 점에 비추어 선의의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다”고 조사되어 있다. (다) 청구법인의 대표이사 이OO의 범칙혐의자 심문조서의 주요내용은 다음과 같다.

• 문) 청구법인의 사업장 소재지를 2016.7.11. 현장방문한바, 폐문상태로 확인되었습니다. 동 사업장을 청구법인의 사업장으로 실지 사용하였습니까
• 답) (주)OO의 주요거래처가 울산 및 대구 경북쪽에 있어서 사업을 계속 진행하기 위해서 OOOO 상가 1OO호에 사업장 소재지로 등록하였으나, 사업이 잘 이루어지지 않았습니다.
• 문) 귀하 및 정OO의 진술에 따르면 청구법인과 OO금속의 전자세금계산서발급 IP, 랜카드․CPU고유번호는 일치하지 않아야 합니다. 그러나 국세청 전산망을 통하여 청구법인 및 OO금속의 전자세금계산서발급 IP, 랜카드․CPU고유번호를 조회한바, 귀하 및 정OO의 진술과 다르게 전자세금계산서발급 IP, 랜카드․ CPU고유번호가 일치하는 것으로 확인됩니다. 이에 대하여 말씀해 주십시오
• 답) 제가 물건을 확인차 OO금속 사무실에 자주 방문하다 보니 OO금속의 사무실에서 간혹 발급한 적이 있습니다. 반대로 정OO이 저희 사무실에 대금결제 등으로 자주 찾아 와서 저희 사무실에서 발급한 적도 있어 전자세금계산서발급 IP, 랜카드․CPU고유번호가 일치하는 경우가 있을 수도 있습니다.
• 문) OO금속에서 매입시 계량표를 보관할 필요가 없다고 하셨는데 이 업계에서 거짓세금계산서로 많은 문제가 발생하고 있는 것으로 아실텐데 계근표 및 상하차 사진 등 관련 서류를 보관하여야 하는 것 아닙니까
• 답) 제가 그전에 국세청에서 관련인 조사 등을 통하여 현장사진 및 동영상을 제출하며 실거래가 맞다고 진술을 하였음에도 불구하고 저희 진술이 인정되지 못했습니다. 그 이후 업무상 바쁜데도 불구하고 국세청에서 인정해주지도 않는 서류를 굳이 보관할 필요를 못 느껴서 신경 쓰지 못했습니다. (라) 쟁점거래처 중 1개업체인 OO금속에 대한 세무조사 종결보고서에 의하면 “ 사업장 소재지는 경기도 OO시 OO읍 OOO길 1OO, 1층이나 조사착수일 당시 사업장을 방문한 결과 경기도 OO시 OO동 1OO-O에 위치한 OO메탈의 사업장에서 작은 컨테이너 사무실이 있고 대표자 정OO은 무재산으로 OO금속 설립 전인 2008년경부터 OO메탈(익산), OO(서울), OO산업(용인), (주)O진(용인), OOO엠(용인) 등 고철상에서 집게차 운전기사로 근무하였던 것으로 확인되며, 매출처로부터 거래대금이 입금된 후 본인의 타계좌로 이체한 후 전액을 현금으로 인출하는 등 전형적인 자료상의 자금흐름으로 보이고, OO금속이 청구법인에게 매출세금계산서를 발행한 시간과 청구법인이 청구법인의 매출처에게 발행한 시간을 비교한바, OO금속이 발행한 시간보다 청구법인이 매출처에게 발행한 시간이 빠른 사실이 확인되므로 청구법인에게 발행한 매출세금계산서가 실제 거래 없이 발행된 것이며, 청구법인의 매출과 관련한 물량확보에 대한 계근자료 등의 매입관련 자료가 전무하고, 매출세금계산서의 발행IP내역을 확인한바, OO금속과 청구법인의 IP가 동일하여 정OO이 매출세금계산서를 발행한 것으로 보기 어렵다”고 조사되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점거래처가 자료상으로 확정되었고, 청구법인이 매출처에 발급한 세금계산서가 쟁점세금계산서 보다 발급 시간이 빠른 점, 청구법인은 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보더라도 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점거래처와 거래시 사업자등록증․사업용계좌사본 등만 받고 고철의 상차지 확인 등을 하지 아니한 점, 청구법인은 유통구조상 거래질서가 문란한 고철거래의 위험성을 충분히 알 수 있었음에도 단기 고액거래를 하면서 쟁점거래처가 쟁점세금계산서 공급가액 상당의 고철을 공급할 만한 자금력을 지니고 있는지 의심하지 않았고, 운송되어 오는 고철과 같이 송부되어 오는 계량증명서를 확인하여 실제 거래처를 확인할 수 있거나 실제 거래처에 대한 의심할 사항이 발견될 수 있음에도 상차지 계량증명서 등을 확인하지 아니한 점, 청구법인이 OO금속(주) 등에게 실제로 고철이 입고되었다는 사실만으로 청구법인을 선의의 거래당사자로 보기 어렵고, 달리 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 구체적인 증빙서류의 제시가 없는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 정상 거래에 의한 것으로 보기 어려울 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점거래처와 거래하면서 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 것으로 보이지 아니하므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.