쟁점부동산에 대한 실제 취득가액은 장부상 가액보다 훨씬 커 보이는 점, 쟁점부동산의 장부상 가액은 취득당시의 기준시가 보다 낮은 가액으로 보이므로 쟁점부동산의 기준시가 고려하여 임의로 장부가액을 계상한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 실제 취득가액을 장부상 가액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단
쟁점부동산에 대한 실제 취득가액은 장부상 가액보다 훨씬 커 보이는 점, 쟁점부동산의 장부상 가액은 취득당시의 기준시가 보다 낮은 가액으로 보이므로 쟁점부동산의 기준시가 고려하여 임의로 장부가액을 계상한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 실제 취득가액을 장부상 가액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단
OOO세무서장이 2016.12.19. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
(1) 청구인은 부득이하게 쟁점부동산을 인수하여 OOO공장을 운영하게 된 것으로 취득가액을 정확히 알 수가 없다. 청구인은 쟁점부동산을 인수하기 전에 OOO에 근무하였는데, OOO공장을 운영하는 OOO(이하 “OOO”이라 한다)가 OOO의 거래처인 관계로 OOO와 친분이 있었다. OOO의 경영에 어려움을 겪으면서 청구인에게 도움을 요청하여 급전 등을 빌려주었으나, OOO 사장이 더 이상 공장 운영을 하지 못하고 부도위기에 몰렸고, 청구인은 OOO 사장과 채권·채무 관계로 얽히게 되어 어쩔 수 없이 공장을 인수하게 되었다. 청구인은 1989.3.27. 최초 사업인수 당시에는 타 채권자들에 대한 채무가 정산되지 않아 인수자금 규모도 알 수 없었으며 얼마나 많은 자금이 투입될지도 알 수 없는 상황이라서 처음에는 동생(2분의 1 지분)과 함께 공장을 인수하였가가 이듬해 동생 지분과 부채를 전부 인수하여 OOO가공 공장인 ‘OOO’을 운영하게 되었다.
(2) 청구인이 운영한 ‘OOO’의 2015년 귀속 재무제표에 계상된 쟁점부동산의 장부가액{OOO)}은 취득 당시에 실지취득가액을 알 수 없어 임의로 기재한 가액이다. (가) 쟁점부동산 취득시점(1989년, 1990년)에 최초 공시된 공시지가의 시가반영률은 토지가격의 공시제도 도입으로 인한 급격한 세부담(재산세 등) 증가를 우려하여 50% 이하로 공시된 바 있으며(최근 연도의 공시지가 시가반영률은 대략 65∼70%, 국토부 유선 확인), 당시 건물가액 평가의 기준은 내무부 과세시가표준액(국세청에서도 원용하여 사용)으로 시가의 20∼30%만 반영되었던 것이 현실이었다. 청구인은 토지의 장부가액을 공시지가가 도입(1990년 최초도입)되기 직전인 1989년 토지대장상 토지등급가액 OOO과 1990년 최초공시지가 가격 OOO원을 기준하여 취·등록세 부대비용을 더 한 OOO원으로 산정하였을 뿐으로 이는 실질 거래가액이 아니다. (나) 건물가액도 당시 내무부 과세시가표준액을 기준으로 하였는바, 쟁점부동산의 장부가액 산정 세부내역은 OOO과 같다. (다) 쟁점부동산의 양도가액은 실지양도가액으로 하고 취득가액은 시가 현실화율 이 아주 미미한 수준인 그 당시의 기준시가로 산정하여 양도차익을 산정한다는 것은 실질 과세원칙을 벗어나는 것이며 수익 비용 대응의 원칙에도 어긋난다.
(3) 청구인은 1989.4.11.부터 쟁점부동산에서 OOO가공 제조업을 영위 하다가 2004.2.10. 부동산임대업으로 업종을 전환하였고, 쟁점부동산 양도시까지 OOO가공업 및 임대업을 영위하면서 여러 부속건물 신축과 건물에 부가되는 자본적 지출을 하였으나, 정확한 지출금액을 알 수 없다. (가) 쟁점부동산은 1980.12.29. 사용승인을 받은 공장으로 OOO가공 업을 영위하기 위하여 대규모 수선 등이 필요한 것은 물론 공장 운영 에 필요한 사무실 및 창고 등 임시 건물 등의 신축도 필요하여 수시로 수선이나 새롭게 건물 및 구축물 등을 신축하였다. 하지만, 영세한 공장인 관계로 이러한 수선 및 건물 신축 등을 장부에 전부 반영하거나 허가를 받아 등기를 할 수 없었다(OOO의 1999년 고정자산 감가상각비조정명세서 상에 일부 지출 내용이 나타나기는 함). (나) 과세관청은 통상 장부가액이 실지 취득가액으로 인정하는 조건으로 취득 당시의 제무제표 및 부속서류가 있어야 하고, 그 후 자본적 지출 내역 등이 있는 경우에 그 자 본적 지출을 입증할 수 있는 증빙서류를 제시하는 경우에만 이를 실지 취득가액으로 인정하는바, 청구인은 20년 이상 경과한 1989년과 1990년 장부를 보관하고 있지 않고, 취득 이후 쟁점부동산에 대한 자본적 지출에 대한 장부 및 증빙서류도 보관하고 있지 않으므로, 쟁점부동산의 장부가액을 실지 취득가액으로 볼 수 없다.
(1) 청구인이 운영한 ‘OOO’의 장부가액, 국세청전산망 및 청구인의 쟁점부동산 양도소득세 신고서 등에 의하여 쟁점부동산의 취득가액 등이 확인되므로 이를 취득가액으로 보아야 한다. (가) 청구인은 1989.3.27. 쟁점부동산을 OOO으로 동생 OOO와 함께 취득하고, 1990.9.5. OOO로부터 쟁점부동산 지분 2분의 1을 다시 취득하는 한편 1989.4.11. 쟁점부동산에서 직물 제조 및 OOO업을 영위하기 위하여 ‘OOO’이란 상호로 개인사업자 등록을 하였다. 청구인은 1999.5.31. 종합소득세 확정신고시 신고유형을 외부조정, 기장의무는 복식부기의무자로 하여 세무대리인 OOO가 세무조정한 외부조정계산서 및 재무제표 등을 첨부하여 1998년 귀속 종합소득세 확정신고를 하였고, 동 신고서에 첨부된 표준대차대조표의 쟁점부동산의 토지가액을 OOO원으로, 건물가액을OOO원으로 각 기재하였다. 청구인이 쟁점부동산 양도소득세 예정신고시 제출한 첨부서류인 각 연도별 대차대조표에 의하면, 1998.12.31. 현재 고정자산 항목에 토지가액 OOO원으로 각 기재되어 있다. 또한, 양도소득세 신고시 제출된 유형·무형 고정자산 감가상각비 조정명세서 기재내용에 따르면, 1999년 건물 및 구축물 등에 대하여 감가상각비 OOO원을 계상한 내역이 확인된다. 따라서 실지취득가액이 매매계약서 등 취득관련서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계상한 것으로 보이는 경우 장부가액을 실지취득가액으로 보는 것이 합리적이다. (나) 청구인은 쟁점부동산을 보유하였던 1989년부터 2016년까지 26년 기간 동안 일관되게 기장을 하였고, 앞서 살펴본 종합소득세 신고서 상의 재무제표 기재내용과 같이 세무대리인이 조정한 조정계산서를 첨부하여 토지, 건물의 가액을 장부에 기록하고 그에 따라 건물에 대한 감가상각비를 필요경비로 계상하여 온 개인사업자이다. 특히, 청구인의 종합소득세 신고서상 ‘OOO’의 수입금액이 1998년 귀속분 약 OOO원에 이르러 청구인이 종합소득세 신고목적 등으로 장부가액을 임의로 계상하였다는 주장을 받아들이기 어렵다.
(2) 청구인은 장부가액을 입증할 수 있는 증거서류가 없으므로 장부가액으로 취득가액을 산정하는 것은 잘못이라는 주장하나, 이에 대한 반박의견은 다음과 같다. (가) 통상 과세요건의 증명책임은 과세관청에 있으므로 이 건과 같이 양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 실지거래가액을 확인할 수 없다고 납세자가 주장하는 경우에도 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 증명하여야 하고, 이를 증명하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계 결정할 수밖에 없다 할 것이나, 청구인과 같이 연간수입금액이 OOO이 넘는 대규모 사업자가 OOO년간 세무대리인이 외부조정한 장부에 의하여 기장을 하고, 작성 비치하여 온 장부가액을 실지취득가액이라고 양도소득세 예정신고까지 한 상황이라면 그 후 그 장부가액이 실지취득가액에 일치하지 않는다고 신고내용을 번복하는 경우에 이에 대한 증명책임은 청구인에게 있다 할 것이다. 즉, 납세의무자가 스스로 장부에 기초하여 실지취득가액이라면서 신고한 금액일 뿐만 아니라 종래 종합소득세 신고 당시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 작성 제출한 바가 있는 장부를 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고·납부체계의 근간을 뒤흔들게 되며, 더욱이 증빙서류의 보관기간인 5년이 지난 이후로는 실지거래가액을 기준으로 한 양도차익의 산정이 불리하다고 판단되는 납세의무자로 하여금 보다 유리한 환산가액의 적용 여부를 취사선택할 수 있게끔 그 선택에 맡기게 되어 부당하게 될 우려가 있다. (나) 청구인은 토지 장부가액은 기준시가 금액과 유사하고, 건물 장부가액은 내무부 과세시가표준액에 비하여 OOO% 수준으로 낮은 점으로 보아 이 건 장부가액이 실지거래가액이 아니라고 주장하나, 청구인이 쟁점부동산을 취득한 이후부터 세무대리인이 조정한 복식부기의 방법으로 종합소득세를 신고하여 온 점, 당초 장부가액을 실지취득가액으로 하여 양도소득세 예정신고를 신고한 점, 동 장부가액이 실지거래가액이 아니라고 하면서 그 근거로 단지 기준시가보다 장부가액이 적게 계상되었다고 하면서 객관적인 증빙을 제시하지 못한 점 등을 종합해 볼 때, 쟁점부동산의 취득가액을 기준시가에 의한 환산가액으로 산정하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
(1) 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.
⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제163조 (양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액
(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점부동산 양도에 따른 청구인의 양도소득세 예정신고 및 경정청구 내역은 OOO와 같다. (나) 청구인의 양도소득세 예정신고시 취득가액을 OOO의 2015년 대차대조표상 장부가액(OOO)으로 산정하였다. (다) 청구인이 운영한 OOO의 1999년 대차대조표 상의 유형 자산 내역은 OOO과 같다. (다) 청구인이 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세 예정신고시 첨 부한 OOO의 1999년 고정자산 감가상각비 조정명세서 내역은 OOO와 같다. (라) 청구인은 경정청구시 쟁점부동산의 취득가액을 기준시가에 의한 환산취득가액인 OOO으로 산정하였다. (마) 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 취득할 때부터 복식부기에 의한 장부를 비치하고 양도 직전 과세연도까지 당해 부동산의 감가상각비 등을 필요경비로 계상한 사실이 청구인의 종합소득세 신고서에서 확인되고, 이는 작성․비치하여 온 부동산의 장부가액이 실지 취득가액이라고 스스로 인정한 것이고, 신고 당시에 어떠한 착오나 오류가 있었다고 볼 만한 사정도 없으며, 장부가액이 실지 취득가액과 다르다는 어떠한 객관적인 증빙도 제시하지 아니하고 있어소득세법제97조 제1항 제1호 나목의 규정에 따른 환산취득가액으로 양도소득세를 경정함이 불가하다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
(2) 청구인은 제시한 증빙은 OOO과 같다. (가) 쟁점부동산 등기부등본(폐쇄등기부 포함)의 전소유자 및 청구인 등이 설정한 근저당권 내역은 OOO와 같다. (나) 이외에도 쟁점부동산 매도계약서(OOO) 등을 제시하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산의 취득가액을 청구인이 운영한 개인사업자인 OOO의 장부상 가액으로 산정하여야 한다는 의견이나, 쟁점부동산에 대한 청구인의 근저당권 채권최고액(OOO원 상당액)으로 볼 때, 실제 취득가액은 장부상 가액보다 훨씬 커 보이는 점, 쟁점부동산의 전소유자인 OOO은 OOO 등에 다수의 채무가 있었으므로 청구인이 OOO와 채권․채무 관계가 있어 부득이하게 OOO의 공장을 인수하였다는 청구주장이 신빙성이 있는 점, 쟁점부동산의 장부상 가액은 취득당시의 기준시가 보다 낮은 가액으로 보이므로 청구인은 종합소득세 신고목적으로 쟁점부동산의 기준시가 고려하여 임의로 장부가액을 계상한 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점부동산은 OOO공장으로 다수의 무허가 건물 등이 다수 있을 것으로 보여 자본적 지출액도 일부 누락되었을 가능성이 있는 점, 처분청으로부터 장부상 가액이 실지 취득가액임을 알 수 있는 객관적인 자료의 제시가 부족한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 실제 취득가액을 장부상 가액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.