쟁점융자사업이 수익사업에 해당하는지 여부 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1989.12.4. 사립학교의 교육환경을 위한 기금의 조성 및 융자 등에 관한 업무를 운영․관리할 목적으로OOO(1989.3.31. 최초 OOO으로 제정된 이후 1995.12.29. 법률 제5067호로 개정되면서 동 법명으로 변경됨, 이하 “OOO” 이라 한다)에 따라 설립된 비영리법인으로, 같은 법 제6조 및 제19조에 따라 사학기관을 지원하기 위하여 교육시설의 개·보수 및 확충 또는 교육환경개선 등에 필요한 자금을 대여하고 원리금을 수취하는 융자사업(이하 “쟁점융자사업”이라 한다)을 영위하고 있다. 한편, 청구법인은 법인세법 제29조 및 같은 법 시행령 제56조에 따라 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득을 동 사업의 재원으로 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하였다.
• 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.5.2.~2016.6.3. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과, 쟁점융자사업이 수익사업에 해당하여 위 고유목적사업준비금은 손금산입대상에 해당되지 아니한다고 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2016.11.11. 청구법인에게 2011~2015사업연도 법인세 합계 OOO원(2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원 및 2015사업연도분 OOO원)을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 일반적으로 비영리법인이 영위하는 사업의 수익사업 여부에 관하여 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것(대법원 1980.11.11. 선고 80누 278 판결, 대법원 1996.6.14. 선고 95누14435 판결 등 참조)인바, 아래와 같이 사업의 운영주체인 법인의 성격, 업무프로세스상 주무부서의 지도․감독의 여부 및 정도, 사업의 재원이 되는 기금의 성격, 기금의 조달 및 운용 방식, 수익의 향유 여부 및 대출금리와 조달금리의 차이 수준 등을 종합적으로 고려하여 볼 때 쟁점융자사업은 수익사업에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 1989.12.4. 특별법인 OOO에 따라 설립된 비영리법인으로서 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조 제1항 제1호 및 제6조 제1항에 따라 기획재정부장관으로부터 매년 교육부 산하의 기타공공기관으로 지정되어 왔는데, 청구법인의 설립 근거 법률인 OOO은 근본적으로 헌법 제31조에서 유래하는 교육을 받을 권리를 보장하고 위와 같이 국가로부터 위탁받은 교육기회 제공 업무를 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위하여 제정된 것이므로, 위와 같은 OOO에 따라 설립되고 교육부 산하의 공공기관인 청구법인에게 본질적으로 공공적 성격이 내재되어 있음을 부정할 수 없고(헌법재판소 2013.11.28. 선고 2007헌마1189 결정 참고), 또한 사립학교의 교육환경개선을 지원함으로써 사학교육진흥에 이바지함을 목적으로 하는 청구법인의 목적사업 역시 그 공익적 성격이 강할 수밖에 없으며, 이러한 취지에서 OOO 제6조 및 제19조는 청구법인으로 하여금 사학기관의 교육시설 개·보수 및 확충 또는 교육환경개선을 위하여 사학시설에 필요 자금을 융자하도록 규정하였고, 이에 따라 청구법인은 정관상 기금의 조성 및 쟁점융자사업을 목적사업으로 정하고 있다. 이처럼 쟁점융자사업은 법률 및 정관상 명백히 비영리법인인 청구법인의 주된 목적사업이고 공공적 성격을 띠고 있다. (나) 청구법인은 조직과 업무에 관하여 주무부처인 교육부의 전반적인 감독과 통제 아래에 있고 기금의 운용과 관련하여서는 기획재정부장관의 감독과 통제를 받고 있다. 먼저, 청구법인은 교육부 산하의 기타공공기관으로서 교육부장관의 일반적 관리, 감독 권한 아래에 놓여 있고(OOO 제30조), 이외에도 교육부장관은 청구법인의 이사장을 비롯한 모든 이사와 감사의 임명 권한을 가질 뿐 아니라 청구법인은 사업계획서 등의 제출, 결산 등의 보고, 차입 및 사학진흥채권의 발행 등 대부분의 업무 프로세스에 있어서 교육부장관에게 사전 보고를 하여야 하며, 기금의 운용 및 쟁점융자사업의 핵심인 이자율·상환기간·연체이자율 등에 관한 사항을 정할 때에도 교육부장관의 승인을 얻어야 한다. 다음으로, 기획재정부장관은 청구법인의 기금 운용과 관련한 사항에 관하여 일반적 감독 권한을 갖고 있는데, 구체적으로 청구법인의 총수입 및 지출 예산은 교육부예산안에 포함되어 매년 기금에 대한 기획재정부의 기금운용계획 편성 심의와 승인을 받고 국회 예산결산특별위원회의 심사 및 본회의 의결을 거쳐 예산 등을 배정 받아야 비 로소 쟁점융자사업의 자금을 확정할 수 있을 뿐 아니라(국가재정법 제7조, 제8조, 제29조, 제31조, 제32조, 제66조, 제68조 및 국회법 제84조, 제93조 참조), 기획재정부장관은 언제든지 기금의 관리 사항에 관한 재정정보 자료를 제출할 것을 요구할 수 있으며 나아가 기금의 신설, 통합, 폐지 등에 관한 사항은 기획재정부장관의 심사를 거쳐야 한다(국가재정법 제9조, 제14조 및 제15조 참조). 이외에도 청구법인은 매년 국회로부터 국정감사를 받고 있고(국정감사 및 조사에 관한 법률 제7조 제3호), 교육부 산하의 기타공공기관으로서 교육부에 대한 감사시 청구법인도 함께 감사를 받고 있다(감사원법제23조 및 제24조). 위와 같이 청구법인은 조직 구성, 업무 프로세스, 기금의 운용 등 조직과 업무 전반에 걸쳐 전적으로 교육부장관의 광범위한 결정 및 감독 권한 아래에 놓여 있고, 청구법인의 목적사업의 재원이 되는 기금의 운용과 관련하여 기획재정부장관의 일반적 감독 및 통제를 받고 있으며, 국회와 감사원 등으로부터 수시로 감사와 감독을 받고 있다. 이러한 점을 종합하여 볼 때 청구법인은 교육부가 사실상 운영하는 공공기관으로서 공적인 성격이 매우 강하고 목적사업인 쟁점융자사업을 영위하는 과정에서 대부분의 중요사항은 교육부장관이 결정하며, 그 재원의 운용에 대하여도 기획재정부장관과 국회 등의 감독과 감사를 거치고 있으므로 여기에 ‘수익 목적성’이 게재되어 있다고 보기는 어렵다 할 것이다. (

• 다) 국가가 직접적으로 통제하고 있는 쟁점융자사업의 재원이 되는 기금은 정부 출연금, 정부 차입금 및 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득 등으로 구성되어 있고(OOO 제18조 참조), 위 이자소득 등은 어디까지나 정부 출연금 및 차입금에서 비롯된 것이므로 결국 쟁점융자사업의 재원은 모두 국가로부터 나온 것이라 할 수 있다. 또한, 청구법인은 이 건 고지세액(OOO원)도 교육부장관 및 기획재정부장관으로부터 예산 변경을 승인받아 납부하였다. 즉 이 건 고지세액은 국가의 재정에서 납부된 것이므로 쟁점융자사업은 국가의 광범위한 개입 하에 있고 그 재원조차 모두 국가의 자금으로 이루어지고 있으므로 수익사업으로 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 쟁점융자사업을 수익사업으로 보는 처분청의 의견은 국가가 자신의 자금으로 청구법인을 통하여 수익사업인 사금융업을 한다는 오해를 불러일으키기에 충분하여 그 자체로 위법․부당함이 명백하다. (라) 청구법인은 비영리법인으로서 별도로 이익을 분배하거나 그 수익을 당해 법인이 향유하도록 하는 규정이 없다. 오히려 청구법인은 손실을 보전한 후 남은 이자소득 전액을 기금에 전입시켜 목적사업에 전액 사용하고 있다. 또한, 정부 차입으로 발생하는 지급이자와 쟁점융자사업으로 발생하는 수입이자와의 차액은 국고에서 보전될 뿐 아니라 정부차입금의 종류 및 이자율을 청구법인이 임의로 선택할 수 없으며 융자사업의 이자율 또한 교육부장관의 승인 대상이어서 수익에 대하여 청구법인에게 아무런 결정 권한이 없다고 할 수 있다. 이는 청구법인의 입장에서 볼 때 청구법인 스스로는 쟁점융자사업에 따른 위험을 부담하지 아니하는 것이라 할 수 있으므로, 쟁점융자사업은 수익성을 갖는다고 할 수 없다. (마) 청구법인은 쟁점융자사업을 영위함에 있어서 정부로부터 차입할 경우의 조달금리와 사학기관에 융자하는 대출금리를 완전히 동일하게 적용하고 있다. 즉 청구법인은 그동안 정부의 공공자금관리기금으로부터 7년 후 일시상환 및 고정금리 조건으로 분기별로 차입하고 있고 대출의 대상이 되는 잔여 재원을 차입할 때의 각 이자율을 가중평균한 이자율을 쟁점융자사업의 대출금리로 그대로 적용하고 있다. 따라서 조달금리와 대출금리가 같다는 사정은 청구법인에게 수익사업을 영위할 목적이 없었음을 보여주는 것이므로 쟁점융자사업이 수익성을 갖는다고 단정하기 어렵고, 무엇보다 청구법인이 쟁점융자사업의 영위를 통하여 수익을 의도하였다고 보기도 어려운 것이다. (바) OOO이 중소기업 등에게 지원하기 위하여 영위하는 중소기업구조고도화자금 대출사업이 수익성이 있는지 여부와 관련한 법원의 판례(대법원 2005.9.9. 선고 2003두12455 판결)에 비추어 쟁점융자사업은 법인의 지위, 기금의 성격, 대출금리 결정 방식, 조달금리와 대출금리의 차액 추이 및 정부의 손실보전 여부 등 모든 면에서 OOO의 대출사업과 동일하므로 위 판례의 결론은 이 건에 그대로 적용되어야 한다. 위 판례와 이 건을 비교하면 아래와 같은 점에서 동일하여 이 건에 그대로 원용할 수 있다. 먼저,OOO의 각 규정에 의하면 OOO은 그 조직 및 기구, 운영, 중소기업청장의 감독과 통제 등 공익적 성격이 강조되고 있는바, 청구법인 역시 사립학교의 교육환경을 위한 기금의 조성 및 융자 등에 관한 업무를 합리적으로 운영하기 위하여 OOO에 의하여 설립된 비영리법인으로서, 교육부장관은 재단의 업무를 감독하며 그에 필요한 검사 또는 명령을 할 수 있고 이사장을 비롯한 모든 이사와 감사는 교육부장관이 임명하며 기금 조성을 위한 자금을 차입할 때나 채권을 발행할 경우 교육부장관에게 보고하여야 하고 매 회계연도 개시 2월 안에 결산보고서와 사업보고서를 작성하고 감사의 의견서를 첨부하여 교육부장관에게 보고하여야 하는 등 OOO 관련 규정 등에 의하면 청구법인도 OOO과 마찬가지로 공익적 성격이 강조되고 있음을 알 수 있다. 또한, OOO의 대출사업의 재원이 되는 중소기업구조고도화자금은 OOO의 추진사업에 속하는 중소기업의 자동화 및 정보화의 지원, 기술개발의 지원 등과 OOO의 시설의 설치 및 운영 등의 사업을 위하여 사용되는 기금이고, 쟁점 융자사업의 재원이 되는 OOO은 OOO에 이바지하고자 설립된 OOO의 사업수행에 필요한 자금을 충당하기 위하여 동 재단에 설치하는 기금으로 두 기금은 모두 OOO과 청구법인이 각 추진하는 공익적 사업을 위하여 정부가 설치한 기금이고, OOO의 대출사업과 쟁점융자사업은 모두 각 기금의 사용과 관련되어 있으며 기금의 주된 운용대상 사업이라는 점에서 그 조성재원, 사용용도 및 기금의 성격상 서로 완전히 동일하다. 다음으로 OOO의 대출사업 금리를 살펴보면, 동 금리는 당해 공단이 기금수지의 동향, 조달금리의 변동 등 금리변경요인을 고려하여 대출금리의 변경을 내용으로 하는 융자취급요강을 작성한 후 이사회의 심의․의결을 거쳐 OOO의 승인을 받아 시행하는 방식으로 결정되고, 쟁점융자사업의 경우도 이자율 뿐 아니라 상환기간·연체이자율 등에 관한 사항 전반에 걸쳐 교육부장관의 승인을 받아 융자를 시행하고 있는바, OOO의 대출사업 및 쟁점융자사업의 채산성을 좌우하는 본질적 요소인 대출금리의 결정에 정부의 전적인 관여가 이루어지고 있고 두 법인 모두 사실상 재량의 여지가 주어지지 않는다는 점에서 완전히 동일하다. 다음으로 조달금리와 대출금리 차이 수준 및 손실 보전 여부의 동일성 측면에서 살펴보면, OOO은 1995년부터 중소기업구조고도화자금이 운용되면서 정부차입금이 아닌 사채 발행 등을 통하여 재원을 조달함에 따라 조달금리가 대출금리보다 높을 수밖에 없어 이차손실을 입게 되었고, 청구법인은 대출의 대상이 되는 잔여 재원 차입시 각 이자율을 가중평균한 것을 대출금리로 그대로 적용함으로써 궁극적으로 조달금리와 대출금리가 일치하여 금리 차이에 의한 수익을 기대할 수 없었으며 오히려 2007년부터 2010년까지는 조달금리 변동으로 손실이 발생하기도 하였다. 위와 같이 OOO은 1995년 이후 이차손실이 발생하여 정부의 이차보전출연금 등으로 보전하였고 청구법인 역시 차입금에서 발생하는 지급이자와 융자로 인하여 발생하는 수입이자 간의 차이로 인하여 손실이 발생한다면 국고에서 보전될 것이라는 점에서 다르지 않다. 따라서 OOO의 대출사업 및 쟁점융자사업은 기금수지의 동향, 조달금리의 변동 등에 따라 사업상 이익이 발생하는 시기도 있고 이와 반대로 손실이 발생하는 시기도 있어 이익구간과 손실구간이 혼재하고 손실구간에서 정부의 보조를 통하여 그 손해를 보전받는다는 점에서 완전히 동일하다 할 수 있다. 또한, 처분청은 위 대법원 판결은 ‘손실’이 발생한 사건이어서 ‘이자소득’이 발생한 이 건과 다르다는 의견이나, 청구법인은 과거 일정 시기(1994년부터 1997년까지)에 사채를 발행한 이외에 현재로서는 자체적인 채권을 발행하는 방법으로 자금을 조달하고 있지 아니하나 향후 사채를 발행하게 된다면 조달금리가 더 높아질 수밖에 없어 위 판결 사안과 마찬가지로 이차손실이 발생할 수밖에 없다. 청구법인이 정부차입금으로 자금을 조달할지, 사채를 발행하여 기금을 조성할지 여부는 감독 및 예산 심의 등을 통하여 사실상 교육부장관 및 기획재정부장관에 의하여 통제되고 있어서 이는 국가 입장에서 정부차입금으로 청구법인에게 자금을 대여할 것인지, 청구법인이 사채를 발행하게 한 후 (조달금리가 높아) 그로 인하여 발생한 손실을 정부보조금의 형태로 지급하여 줄 것인지를 결정하는 것과 하등 다를 바 없다. 즉 이는 정부가 임의로 선택한 조달 비용을 보조하는 방식의 형식상 차이에 불과한 것임에도 정부가 보조하는 형식의 이동(異同)에 따라 쟁점융자사업의 성격 자체가 수익사업인지 비수익사업인지 여부가 바뀐다고 보는 처분청의 견해는 명백히 부당하다. (사) 비영리법인이 영리법인과 동일한 사업을 영위하는 경우에 영리법인에만 법인세를 부과한다면 조세부담의 형평성을 잃게 될 뿐 아니라 양자 간의 공정한 경쟁을 저해함으로써 경제․사회질서를 문란하게 할 것이고 비영리법인이라는 이유만으로 사업내용 여하와 관계없이 법인세를 부과하지 않는다면 영리법인이 비영리법인의 형태를 차용하여 조세를 회피하는 것을 방지하기 어렵게 될 것이라는 비영리법인의 수익사업에 대하여 법인세를 부과하는 취지를 감안하여 볼 때, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 판단함에 있어서는 그 사업이 일반 영리법인이 영위하는 유사 사업과 경쟁관계에 있는지의 여부와 그 사업소득에 대한 비과세가 영리법인에 의하여 조세회피의 수단으로 악용될 여지는 없는지의 여부 등도 아울러 고려하여야 한다. 한편, 사학기관이 일반 사금융기관이 아니라 청구법인의 기금을 통하여 학교를 운영할 수밖에 없는 이유는 쟁점융자사업의 대출이자 율이 상대적으로 저렴하다는 점에 있다기보다는 OOO의 관련 규정상 사학기관이 사립학교의 기본재산을 담보로 대출받기 위해서는 관할청의 허가를 반드시 받아야 하고 학교가 보유한 재산 중 교지(校地)나 교사(校舍) 등 실질적으로 경제적 가치가 있는 재산은 아예 담보로 제공할 수조차 없어 일반 시중은행으로부터 신용대출만으로 자금을 융통하기에는 한계가 있기 때문이다. 이로 인하여 OOO 제21조에서 자금을 융자하는 경우에는 담보 없이 할 수 있다고 규정한 것이고, 청구법인은 위 법률에 따라 사학기관에 담보 없이 대출을 해줌으로써 공익적 관점에서 현실적인 문제에 대응하고 있다. 따라서 쟁점융자사업은 사업의 목적이나 대출금리의 결정방법 및 그 수준 등의 측면에서 뿐만 아니라 수익자의 범위를 사학기관으로 한정하고 있고 그 사학기관은 일반 금융기관이 아닌 쟁점융자사업에 따른 대출을 이용할 수밖에 없는 불가피한 사정까지 있다고 할 것이어서 쟁점융자사업이 예금은행 등의 금융사업과 경쟁관계에 있다고 볼 수 없고, 나아가 쟁점융자사업에서 생기는 소득에 대한 법인세 비 과세가 영리법인에 의하여 조세회피의 수단으로 이용될 가능성도 없다 할 것이므로 쟁점융자사업을 수익사업으로 보아 과세하여야 할 당위 내지 이유를 찾을 수 없는 것이다.

(2) 가사 쟁점융자사업을 수익사업이라고 가정한다 할지라도 쟁점 융자사업의 이자소득을 다시 OOO에 편입시키는 것 자체는 청구법인의 고유목적사업에 사용하는 것으로 보아야 하며, 청구법인은 실제로 쟁점융자사업의 이자소득을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 계상 후 그 전액을 기금으로 다시 편입시켰는바, 쟁점 융자사업에서 발생한 이자소득을 다시 융자사업의 재원이 되는 기금에 편입시키는 것이 수익사업을 위한 지출이라는 전제에 선 처분청의 이 사건 과세처분은 위법함이 명백하다. (가) 청구법인은 사업 수행에 필요한 자금에 충당하기 위하여 재단에 OOO을 설치하여 이를 운용하고 있다(OOO 제17조 및 제20조). 동 기금은 정부출연금, 정부차입금 등으로 구성되는데, 청구법인은 매년 기금의 자금수급계획을 수립하고 이를 금융기관에 예치하거나 국가 등이 발행하거나 채무이행을 보증하는 증권 또는 증권시장에 상장된 증권을 매입하는 등의 방법으로 운용하며 이를 다른 경비와 별도의 계정으로 설정하여 관리하고 있어 동 기금이 청구법인의 고유목적사업용 재산임은 부인할 수 없는 사실이고, 일반적으로 비영리법인이 고유목적사업용 재산을 조성하고 관리하는 것 자체를 수익사업이라고 할 수는 없으므로 기금 그 자체와 기금의 조성 및 관리 업무는 비수익사업의 영역에 속하는 것이다. (나) 사학재단법 제6조 제1호 는 ‘기금의 조성·운용 및 관리’를 청구법인의 주된 사업으로 규정하고 있고, 청구법인의 정관 제1조 역시 ‘사학기관의 교육환경개선을 위한 기금의 조성’을 청구법인의 목적사업으로 규정하고 있는바, 동 기금을 재원으로 하여 운영되는 쟁점융자사업의 성격을 처분청의 의견대로 기금 중 일부를 가져다가 별도의 수익사업에 사용하는 것이라고 본다 하더라도 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득을 다시 기금에 편입하는 사무 자체는 청구법인의 고유목적사업일 뿐 아니라 법인의 기타 모든 사업의 근간이 되는 기 금을 조성하는 업무로서 비수익사업으로 볼 수밖에 없다. 이와 반대로 동 기금을 원천으로 대출을 실행한 결과 이자수익이 발생하였으니 그 이자수익을 다시 기금에 편입시키는 것 역시 수익사업에 사용한 것으로 보아야 한다는 처분청의 논리에 따르면 기금 자체와 기금의 조성 및 관리 사무 역시 수익사업이 되는 것이고 이를 사업의 근간으로 하는 청구법인의 법적 성격 역시 영리법인이 되는 납득하기 어려운 결과를 초래할 소지가 크다 할 수 있다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점융자사업에서 소득세법에 정하는 이자소득이 발생하고 있고 법인세법 제3조 제3항 제2호 에서 이자소득이 발생하는 사업을 수익사업으로 규정하고 있어 쟁점융자사업은 법인세법상 수익사업에 해당한다. 청구법인이 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득에 대하여 매년 법인세 과세표준을 신고해 온 것은 쟁점융자사업이 법인세법상 수익사업임을 스스로 인정한 것이다. 청구법인은 법인세납세의무를 이행하면서 설립 후 현재까지 거액의 이자소득이 발생하여 이익잉여금으로 사내에 유보가 되었음에도 세법을 잘못 적용하여 매년 고액의 결손금이 발생한 것으로 세무조정하여 법인세를 신고하여 왔다. 또한, 정부가 100% 출연한 청구법인에 대하여 감사권 행사, 이사와 임원의 임명 및 사업방침의 결정권을 행사하는 것은 출연자로서의 정당한 권리에 해당하므로 이를 쟁점융자사업의 수익성을 부인하는 근거로 삼을 수는 없다. (가) 조세법령의 해석과 적용은 엄격하게 하여야 하고 원칙적으로 유추적용이나 확대해석은 허용되지 아니한다. 청구법인은 쟁점융자사업이 수익사업에 해당하지 아니한다고 주장하나, 법인세법 제3조 제3항 및 소득세법 제16조 에서 ‘금전 사용에 따른 대가 성격의 이자소득’을 과세소득인 ‘수익사업에서 생기는 소득’으로 규정하고 있어 청구법인이 사립학교에 시설자금 등으로 대여하고 원리금을 수취하는 쟁점융자사업에서 발생하는 이자소득은 과세소득인 ‘수익사업에서 발생하는 소득’에 해당한다. 또한, 법원은 법률에 의하여 설립된 공법인의 경우 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 설립 목적을 달성하기 위한 재원으로 사용된다 하여 함부로 그 수익성을 부정할 것은 아니라고 판단하고(대법원 2013.4.25. 선고 2011두17165 판결 참조) 있어 쟁점융자사업이 청구법인의 목적사업으로서 공익적 성격을 지닌다 하여 그 수익성을 부정할 수는 없다. 청구법인은 1989년경 사학재단법에 근거하여 OOO원의 정부출연금으로 설립되어 쟁점융자사업을 영위하고 있고 동 사업을 통하여 이자소득이 발생하였으나 소비하지 아니하고 사내에 유보한 결과 당초 정부출연금과 별도로 OOO원의 이익잉여금이 발생하기에 이르렀는데 이 거액의 이익잉여금을 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득이 아니라고 볼 수 없다. (나) 청구법인은 국가나 지방자치단체가 아니므로 쟁점융자사업으로 수취한 이자소득에 대하여 법인세 납세의무가 있다. 국가기관은 특별법에 따라 다양한 목적의 기금을 운용하고 있고 국가가 기금을 직접 운영하여 수취한 수입에 대하서는 법인세 납세의무가 없으므로 매사업연도마다 법인세과세표준을 신고하지 아니한다. 그러나 청구법인은 정부가 출연하여 설립된 법인에 해당하여 국가나 지방자치단체가 아닌 이상 기금에서 발생한 이자소득에 대하여 법인세 납세의무가 면제되지 아니하기 때문에 청구법인 스스로도 매사업연도마다 법인세를 신고하여 온 것이다. 국가기관이 운영하고 있는 기금의 예는 국민연금법에 의한 기금, 전기사업법에 의한 기금, 현재는 폐지되었으나 학술진흥 및 학자금대출 신용보증 등에 관한 법률에 의한 기금 등이 있는데, 국민연금법 제102조 에서 보건복지부장관이, 전기사업법 제52조 에서 산업자원부장관이, 학술진흥 및 학자금대출 신용보증 등에 관한 법률 제38조에서 교육인적자원부장관이 각각 기금을 관리 및 운영을 한다고 규정하고 있어 각 특별법에 기금운영의 주체가 국가임을 명시하여 법인세 납세의무를 면제하고 있다. 반면, 사학재단법 제20조 에서 기금운영․관리의 주체는 청구법인임을 명시를 하고 있어 청구법인은 쟁점융자사업에 발생한 이자소득에 대하여 법인세 납세의무가 있다. 따라서 청구법인이 관리 운용하는 기금에서 발생하는 이자소득은 법인세법 제2조 제3항 에 따른 비과세 대상이 아니다. (다) 일반적으로 영리 목적 유무를 떠나 법인의 설립은 주주나 출연자가 의도하는 목적사업을 수행하기 위하여 해당 법률에 근거하여 설립되고, 비록 법인의 운영은 경영자 등 대리인에게 위임한다 하더라도 법인의 중장기 사업계획, 임원 등 임명, 자금조달 방법, 중요한 사업방침 등은 주주총회의결 및 이사회의결 등을 통하여 주주로서의 권리, 출연자로서의 권리를 각 행사하여 주주와 출연자가 의도한 방향으로 운영될 수 있도록 하고 있다. 따라서 청구법인이 교육부장관의 일반적 관리, 감독 권한 아래에 놓여 있다거나 교육부장관이 청구법인의 이사장을 비롯한 모든 이사와 감사의 임명 권한을 가진다거나 기금의 운용 및 쟁점융자사업의 핵심사항 등에 관하여 정할 때마다 교육부장관의 승인을 얻도록 하고 있는 것은 정부가 청구법인에 대한 출연자로서의 권리를 행사하고 있는 것에 불과한 것이지 쟁점융자사업이 수익사업인지 여부를 판단하는 근거가 되지는 못한다. (라) 주식회사의 경우 법인의 활동으로 누적된 잉여금이 최종 주주들에게 배당 등을 통하여 귀속이 되고, 비영리재단법인의 경우는 영리법인과 달리 출연금과 잉여금을 배당할 수 없으며 청산해야 할 상황에 이르러 각 법률에 따라 국가 등에게 귀속된다. 청구법인은 쟁점융자사업에서 발생하는 이자소득이 배당으로 지급되지 아니하고 최종적으로 국가에 귀속되므로 수익성이 없다고 주장하나, 청구법인의 논리대로라면 모든 비영리재단법인의 소득은 종국적으로는 국가 등에 귀속되므로 비영리재단법인의 수익사업에서 발생하는 모든 소득에 대해서는 수익성이 없으므로 법인세를 과세할 수 없다는 논리가 성립한다. 따라서 청구법인이 설립일 이후 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득을 사내에 유보하고 배당을 하지 아니하였다는 사실만으로 쟁점융자사업이 수익성이 없다고 판단할 수는 없다. (마) 또한, 대부분의 비영리법인은 학술, 종교, 자선 등 공익적 목적 하에 설립되고 그 업무와 관련하여 주무관청의 관리감독을 받고 있으므로 청구법인이 공익적 목적 하에 설립되었다거나 쟁점융자사업과 관련하여 교육부 등의 관리·감독을 받는다는 사정은 쟁점융자사업이 수익사업인지 여부를 판단하는 기준이 될 수 없다. 대법원 판례도 ‘어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니다’라고 판시하고 있다(대법원 2005.9.9. 선고 2003두12455 판결, 대법원 1996.6.14. 선고 94누14435 판결 등 참조). (바) 청구법인이 이 건과 동일하다고 주장하는 판결(대법원 2005.9.9. 선고 2003두12455 판결)은 이 건에 원용할 수 없다. 동 판결은 비영리법인의 수익사업 여부의 판단에 대하여 언급하면서 ‘이차보전출연금’을 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분에 대하여 제기한 소송에 관한 것으로 고유목적사업준비금의 손금산입 가능 여부를 다투는 이 건과는 과세된 소득의 성격이 다르다. 청구법인이 원용하고 있는 위 판결은 중소기업구조고도화자금의 대출금리가 조달금리보다 현저히 낮아 매년 이자율 차이에 따른 거액의 이차손실이 발생하고 당해 손실분을 보전하기 위하여 정부의 출연금이 지급된 상황에서 당해 정부출연금이 과세소득에 해당되는지가 쟁점이 된 사안이다. 반면 이 건은 이 건 사업연도 동안 대출금리가 조달금리보다 높아 매년 쟁점융자사업의 이자수입에서 관련 제비용을 공제하고도 이익잉여금이 발생하여 기금의 규모가 지속적으로 확대되었

• 다. 또한, 위 대법원 판례 사안에서 OOO은 매년 발생한 거액의 이차손실 보전을 위하여 정부로부터 출연금을 지급받았으나, 청구법인은 이 건 과세기간 동안 정부로부터 이차손실 보전을 위한 출연금, 보조금 등을 지원받은 사실이 없다. 사학재단법 제28조 에 따라 ‘차입금 등으로 발생하는 지급이자와 융자로 인하여 발생하는 수입이자와의 차액은 국고에서 보전’하도록 되어 있어 만약 청구법인에게 이차손실이 발생하였다면 정부에서 출연금이 지원되었을 것이나 청구법인은 이 건 과세기간 동안 정부로부터 출연금, 보조금 등을 지원받은 사실이 없음을 알 수 있다. (사) 청구법인은 조달금리와 대출금리가 동일하다고 주장하나, 이는 사실이 아니고 이 건 과세기간 동안 대출금리가 조달금리보다 높았다. 이 사건 처분에 대한 과세전적부심사 당시 청구법인도 이 건 과세기간 동안 최대 0.94%에서 최소 0.28%의 마진을 보았다고 인정한 바 있다. 그렇기 때문에 청구법인은 사립학교 등에 자금을 저리로 대여하였으나 20여 년 동안 정부출연금과 차입금을 운영․관리하여 매년 발생한 이자수입에서 급여․일반관리비 등 실비를 공제하고도 남은 이자소득을 쟁점융자사업에 재투자하여 2015 사업연도말까지 발생한 누적 이익잉여금이 OOO원에 이르는 것이다. (아) 일반적으로 비영리법인이 수익사업을 영위한다 하더라도 수익사업에서 발생한 소득을 지정기부금 등으로 지출하였을 때는 손비로 인정하여 과세하지 아니한다. 예를 들어 장학사업을 하는 비영리법인이 장학사업의 재원을 모으기 위하여 부동산 임대사업이라는 수익사업을 영위하여 발생한 임대소득으로 경제적으로 불후한 학생들에게 장학금으로 지출하는 경우 수익사업에서 발생한 익금을 재원으로 일정범위내의 손금으로 인정된다. 그러나 청구법인은 융자사업으로 발생한 이자소득을 기부금으로 지출한 사실이 없을 뿐 아니라 수익사업에 재투자하여 오히려 융자사업의 규모를 확대해 왔다. (자) 가사 쟁점융자사업이 수익사업이 아닌 비수익사업인 고유목적사업에 해당한다 하더라도 청구법인은 쟁점융자사업으로 발생한 이자소득을 고유목적사업을 위하여 사용하지 아니하였다. 비영리법인이 법인세법 제29조 제1항 에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 경우 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우 당해 금액을 익금 산입해야 하는데(법인세법 제29조 제4항), 청구법인은 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득을 지출·사용한 것이 아니라 기금에 다시 편입하였고 이는 여전히 청구법인의 자산으로 남아 있다. 이와 관련하여 같은 법 시행령 제56조 제6항에서 비영리법인이 ‘고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 경우’를 각 호에서 열거하여 규정하고 있고, 여기에는 ‘고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액’(제1호), ‘특별법에 의하여 설립된 법인으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액’(제2호) 등이 해당하나, 이 건과 같이 융자사업에서 발생한 이자를 기금에 다시 편입하는 것은 위 시행령 제56조 제6항 각 호의 ‘고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 경우’ 어디에도 해당되지 아니한다.

(2) 쟁점융자사업은 법인세법 제3조 및 같은 법 시행령 제2조 제1항에 따라 수익사업에 해당하고 쟁점융자사업이 수익사업인 이상 같은 법 시행령 제56조 제5항에 의하여 고유목적사업준비금의 손금산입대상이 될 수 없으므로 처분청이 청구법인의 2011～2015사업연도 고유목적사업준비금 손금산입액에 대하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. (가) 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용할 목적으로 기금에 편입하였다 하더라도 그 고유목적사업이 법인세법상 수익사업에 해당되면 각 사업연도 소득금액 조정시 고유목적사업준비금 설정을 통한 손금산입을 할 수 없다. 즉 쟁점융자사업이 수익사업에 해당되면 청구법인의 고유목적사업은 수익사업이 되어 수익사업에 지출하기 위하여 설정한 ‘고유목적사업준비금’이 되므로 당연히 손금산입대상에 해당하지 아니한다. (나) 법인세법 제29조 제1항 에서 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 계상한 경우에 수익사업에서 발생한 소득의 일정 범위 내에서 손금에 산입하도록 정하고 있고, 같은 법 시행령 제56조 제5항에서 손금산입 가능한 고유목적사업은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 같은 법 시행령 제2조 제1항에 해당하는 수익사업 외의 사업이라고 열거되어 있으며 같은 법 시행령 제56조 제6항에서 고유목적사업에 지출 또는 사용에 대하여 규정하고 있는바, 청구법인은 수익사업에 해당하는 쟁점 융자사업에서 발생한 이자소득을 당해 사업연도 말에 이미 쟁점융자사업에 사용할 기금으로 설정하고 있고, 청구법인의 경우와 같이 쟁점융자사업에서 발생한 소득에 대하여 설정한 고유목적사업준비금을 사학시설 융자사업의 재원에 편입하여 대여한 경우가 고유목적사업준비금의 지출이나 사용에 해당한다고 보기도 어렵다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점융자사업이 수익사업에 해당하는지 여부

② 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득을 동 사업에 지출할 목적으로 OOO에 전입하는 것이 고유목적사업준비금 적립에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 제1조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "내국법인"이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

• 가. 민법 제32조 에 따라 설립된 법인
• 나. 사립학교법이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주·사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)
• 다. 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 제3조【과세소득의 범위】 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 에 따른 이자소득

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액(제4호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호부터 제3호까지의 소득금액을 합한 금액에서 그 결손금을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 제61조【준비금의 손금 계상 특례】 ① 내국법인이 조세특례제한법에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. (2) 소득세법 제16조【이자소득】 ① 이자소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 국내에서 받는 예금(적금·부금·예탁금 및 우편대체를 포함한다. 이하 같다)의 이자

10. 대통령령으로 정하는 직장공제회 초과반환금

12. 제1호부터 제11호까지의 소득과 유사한 소득으로서 금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것 (3) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】 ① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

8. 금융 및 보험 관련 서비스업 중 다음 각 목의 사업

• 가. 예금자보호법에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업
• 나. 농업협동조합의 구조개선에 관한 법률 및 수산업협동조합법에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
• 다. 새마을금고법에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
• 라. 금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업
• 마. 신용협동조합법에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
• 바. 산림조합법에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

12. 비영리법인(사립학교의 신축·증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 국세기본법 제13조 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

(4) 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다. 제37조【법인의 사무의 검사, 감독】 법인의 사무는 주무관청이 검사, 감독한다. 제38조【법인의 설립허가의 취소】 법인이 목적 이외의 사업을 하거나 설립허가의 조건에 위반하거나 기타 공익을 해하는 행위를 한 때에는 주무관청은 그 허가를 취소할 수 있다.

(5) 국가재정법 제5조【기금의 설치】 ① 기금은 국가가 특정한 목적을 위하여 특정한 자금을 신축적으로 운용할 필요가 있을 때에 한하여 법률로써 설치하되, 정부의 출연금 또는 법률에 따른 민간부담금을 재원으로 하는 기금은 별표2에 규정된 법률에 의하지 아니하고는 이를 설치할 수 없다.

② 제1항의 규정에 따른 기금은 세입세출예산에 의하지 아니하고 운용할 수 있다. (6) 한국사학진흥재단법 제1조【목적】 이 법은 한국사학진흥재단을 설립하여 사학기관의 교육환경 개선을 지원함으로써 사학교육 진흥에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조【법인】한국사학진흥재단(이하 “재단”이라 한다)은 법인으로 한다. 제4조【정관】 ① 재단의 정관에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

② 재단이 정관을 변경할 때에는 교육부장관의 인가를 받아야 한다. 제6조【사업】 ① 재단은 사학기관을 지원하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

2. 사학기관 경영개선을 위한 연수 및 조사·연구 사업 2의2. 학교 경영컨설팅 및 경영상담 지원사업

3. 관리·처분이 위탁된 사학기관의 재산 관리·처분

4. 교육부장관으로부터 위탁받은 사업

5. 다른 법률의 규정에 따라 재단이 시행할 수 있는 사업

6. 그 밖에 사학진흥 및 경영개선을 위하여 필요한 사업

② 제1항의 사업 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【사학진흥기금의 설치】 재단의 사업 수행에 필요한 자금에 충당하기 위하여 재단에 사학진흥기금(이하 “기금”이라 한다)을 설치한다. 제18조【기금의 조성】 ① 기금은 다음 각 호의 재원으로 조성한다.

3. 제26조에 따른 차입금

4. 법인·단체 또는 개인의 기부금

5. 제27조에 따라 채권을 발행하여 생긴 자금

6. 기금을 운용하여 생긴 자금 및 수익금

② 정부는 제1항 제1호의 출연금으로 1989년 3월 31일부터 매년 일정 금액을 예산에 계상하여야 한다. 제19조【기금의 사용】 기금은 다음 각 호의 사업을 위하여 사용한다.

1. 사학기관의 재산(토지 및 건물에 한한다)과 교육용 설비·기자재의 개수·보수 및 확충에 필요한 자금의 융자

2. 제1호 외의 자금으로서 사학기관의 교육환경 및 교육프로그램의 개선을 위하여 필요한 자금의 융자

3. 사학기관의 구조개선을 위하여 필요한 사업

4. 제1호에 따른 재산 확충을 위한 사업으로서 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 의 방식을 준용하여 추진하는 사업 4의2. 국가나 지방자치단체 또는 공공기관과 공동으로 추진하는 사 업으로서 사학기관의 학생을 위한 기숙사를 설치·운영하는 사업

5. 기금의 조성·운용 및 관리에 필요한 경비의 지출

6. 그 밖에 사학기관의 교육환경 및 경영 개선을 위하여 필요한 사업 제21조【자금의 융자】 ① 제19조 각 호에 따라 자금을 융자하는 경우에는 담보 없이 할 수 있다.

② 자금의 융자 대상·조건·방법 및 상환 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제23조【사업계획서 등의 제출】 재단은 매 회계연도가 시작되기 전까지 사업계획서와 세입·세출예산서를 작성하여 교육부장관에게 제출하여야 한다. 이를 변경하는 경우에도 또한 같다. 제24조【결산 등의 보고】 재단은 매 회계연도 시작 2개월 내에 결산보고서와 사업보고서를 작성하고 감사의 의견서를 첨부하여 교육부장관에게 보고하여야 한다. 제25조【잉여금의 처리】 재단은 매 회계연도 결산상의 잉여금이 있을 때에는 손실금을 보전하고, 보전하고도 남는 금액이 있을 때에는 기금으로 적립하여야 한다. 제26조【차입】 ① 재단은 기금을 조성하기 위하여 장기차입 또는 단기차입을 할 수 있다.

② 제1항에 따른 단기차입금은 해당 사업연도 내에 상환하여야 한다. 다만, 자금이 부족하여 상환할 수 없을 때에는 그 금액만 다시 차입할 수 있다.

③ 재단은 제1항 및 제2항에 따라 자금을 차입한 경우에는 이에 관한 사항을 교육부장관에게 보고하여야 한다. 제28조【이자차액의 보전】 차입금 등으로 발생하는 지급이자와 융자로 인하여 발생하는 수입이자와의 차액은 국고에서 보전한다. (7) 한국사학진흥재단법 시행령 제3조【기금의 운용ㆍ관리】 ① 재단은 매년 법 제18조의 규정에 의하여 조성된 사학진흥기금(이하 “기금”이라 한다)의 자금수급계획을 수립하고, 기금을 다음 각 호의 방법으로 운용ㆍ관리하여야 한다.

1. 금융기관(체신관서를 포함한다)에의 예치

2. 국가ㆍ지방자치단체 또는 금융기관이 직접 발행하거나 채무이행을 보증하는 증권의 매입

3. 증권시장에 상장된 증권의 매입

② 재단은 기금을 다른 경비와 별도의 계정을 설정하여 관리하여야 한다.

③ 재단은 기금의 원본을 감소하고자 할 때에는 교육부장관의 승인을 얻어야 한다.

④ 재단은 교육부장관의 승인을 얻어 기금운용수익금의 일부를 기금의 운용․관리 경비로 사용할 수 있다.

⑤ 재단은 연도별기금수급계획에 따른 기금의 융자 및 환수계획을 수립ㆍ시행하여야 한다. 제4조【자금의 융자대상ㆍ융자조건 및 방법】 ① 법 제21조 제2항에 따른 자금의 융자대상은 사학기관으로 한다.

② 재단은 제1항에 따른 사학기관의 재산(토지 및 건물에 한한다)과 교육용 설비ㆍ기자재의 개수ㆍ보수 등을 위한 자금을 융자하려는 경우에 그 융자금의 이자율ㆍ상환기간(거치기간을 포함한다)ㆍ연체이자율 등에 관한 사항은 미리 교육부장관의 승인을 받아 정하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 법인세법 제29조 및 같은 법 시행령 제56조에 따라 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득을 동 사업의 재원으로 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하였으나, 처분청은 쟁점융자사업이 수익사업에 해당하여 동 준비금은 손금산입대상에 해당되지 아니한다고 보아 이 건 법인세를 경정․고지한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점융자사업의 재원은 아래 <표1>과 같이 정부출연금, 쟁점융자사업에서 발생한 당기순이익 및 정부차입금으로 구성되어 있고, 청구법인이 동 사업의 재원으로 지출하기 위하여 손금산입한 사업연도별 고유목적사업준비금은 아래 <표2>와 같다. <표1> 쟁점융자사업의 재원(2015년 말) <표2> 사업연도별 고유목적사업준비금 설정 내역

(3) 청구법인은 1989.12.4. 특별법인 사학재단법에 따라 설립된 비영리법인으로서 정관상 기금의 조성 및 쟁점융자사업을 목적사업으로 정하고 있고 조직과 업무 및 기금의 운용 등에 관하여 정부의 통제와 감독을 받고 있으며, 쟁점융자사업은 수익을 목적으로 영위된 것이 아니라 공익적 목적으로 사용되므로 수익사업에 해당하지 아니한다고 주장하며 아래와 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다. (가) 청구법인의 ‘등기사항전부증명서’에는 아래와 같은 내용이 확인된다. (나) 청구법인의 ‘정관’에서 확인되는 청구법인의 설립목적과 사업내용은 다음과 같다. (다) 청구법인이 쟁점융자사업이 수익사업에 해당하는지 여부에 관하여 교육부에 의견을 요청하여 회신받은 검토의견서(2016.8.24. 교육부 사립대학제도과)의 주요 내용은 아래와 같다.

(4) 처분청은 쟁점융자사업에서 소득세법에 정하는 이자소득이 발생하고 있고 법인세법 제3조 제3항 제2호 에서 이자소득이 발생하는 사업을 수익사업으로 규정하고 있어 쟁점융자사업은 법인세법상 수익사업에 해당한다는 의견이며, 아래와 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다. (가) 처분청은 청구법인이 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득에 대하여 법인세 과세표준 신고의무를 이행하면서 설립 후 현재까지 세 법을 잘못 적용하여 거액의 이익잉여금이 사내에 유보되었음에도 매년 고액의 결손금이 발생한 것으로 세무조정하여 법인세를 신고하였다는 의견이며, 청구법인의 사업연도별 법인세 신고내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 사업연도별 법인세 신고내역 (나) 조사청은 이 건 고유목적사업준비금 손금산입과 관련하여 국세 청장에게 과세기준자문을 신청하였고 그 회신내용은 아래와 같다. (다) 사학재단법 제28조 에 의하면 ‘차입금 등으로 발생하는 지급이자와 융자로 인하여 발생하는 수입이자와의 차액은 국고에서 보전’하도록 되어 있는데, 청구법인이 홈페이지OOO에 게시한 경영공시자료에 의하면 청구법인은 최근 5년 동안 정부출연금 및 보조금을 지원받은 사실이 없는 것으로 나타난다.

(5) 그 밖에 청구법인은 OOO이 중소기업 등에게 지원하기 위하여 영위하는 중소기업구조고도화자금 대출사업이 수익성이 있는지 여부와 관련한 법원의 판례(대법원 2005.9.9. 선고 2003두12455 판결)에 비추어 쟁점융자사업은 법인의 지위, 기금의 성격, 대출금리 결정 방식, 조달금리와 대출금리의 차이 수준 및 정부의 손실보전 여부 등 모든 면에서 OOO의 대출사업과 그 성격이 동일하므로 위 판례의 결론이 이 건에도 동일하게 적용되어야 한다고 주장하고 있다. 한편, 처분청은 위 판례는 사업자체가 수익성이 있는지 또는 수익을 목적으로 영위한 것인지 여부에 대하여 사실판단을 한 사안으로 수익사업 여부는 목적사업과의 관련성을 고려할 것이 아니라고 명시하였고, 위 판례의 사실관계는 매년 거액의 이차손실이 발생하여 애초에 수익이 발생할 수 없는 구조라는 점에서 기금의 규모가 지속적으로 확대된 이 건과는 그 사실관계를 달리하므로 원용될 수 없다는 의견인바, 위 판례의 판결요지는 아래와 같다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인으로서 정관상 기금의 조성 및 쟁점융자사업을 목적사업으로 정하고 있고 조직과 업무 및 기금의 운용 등에 관하여 정부의 통제와 감독을 받고 있어 쟁점융자사업은 수익을 목적으로 영위된 것이 아니라 공익적 목적으로 사용되므로 수익사업에 해당하지 아니한다고 주장하나, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지 여부는 그 사업이 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 하면서 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 할 것이고, 법률에 의하여 설립된 공법인 등의 경우도 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 설립 목적을 달성하기 위한 재원으로 사용된다 하여 함부로 그 수익성을 부정할 것은 아니다 할 것(대법원 2013.4.26. 선고 2011두6394 판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점융자사업은 소득세법 제16조 에서 과세소득으로 규정하는 이자소득이 발생하고 있고 동 이자소득은 법인세법 제3조 제3항 제2호 에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득으로 열거하고 있는 일정한 수익사업에 해당되며, 같은 법 시행령 제2조 제1항 단서는 비영리내국법인의 수익사업에서 제외하는 사업을 명시하고 있는데 쟁점융자사업은 이에 포함되지 아니하는 점, 일반적으로 비영리내국법인은 학술․종교․자선 등 기타 영리가 아닌 공익적 목적 하에 설립되고 주무관청의 관리․감독을 받고 있으므로 어느 사업이 수익사업에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서 당해 법인의 설립목적 및 주무관청의 통제 및 관리를 받는다는 사정 등은 고려할 대상이 아닌 점, 쟁점융자사업은 객관적으로 보아 그 자체로 수익성을 가질 뿐 아니라 그 규모와 횟수 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있어 수익사업에 해당하는 것으로 보이고, 청구법인 스스로도 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득을 과세대상소득에 포함하여 법인세 과세표준을 신고한 것으로 확인되는 점, 법인세법 시행령 제56조 제5항 에서 “손금산입 가능한 고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 것으로서 수익사업 외의 사업으로 규정하고 있는 점, 또한, 같은 법 시행령 제6항 제2호에서 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영 위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액을 고유목적사 업에 지출 또는 사용한 것으로 본다고 규정하고 있는데, 청구법인은 특별법에 의하여 설립된 법인이기는 하나 제2조 제1항 제8호에서 규정하는 수익사업 외의 사업을 영위한다거나 쟁점융자사업에서 발생한 이자소득을 기금에 편입하는 행위 자체를 고유목적사업준비금 적립에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점융자사업을 수익사업으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점융자사업의 재원으로 지출하기 위하여 OOO으로 적립한 이자소득을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당하지 아니한다고 보아 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.