쟁점거래가 조특법 제105조 제1항 제5호 본문의 대통령령으로 정하는 농민에게 공급한 영세율 적용대상 거래인지

[주 문] OOO세무서장이 2016.9.23. 청구법인에게 한 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원의 부과처분은 이를 취소한

• 다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2000.7.1. 금융업 및 협동조합업을 사업목적으로 하여 OOO에 설립된 OOO의 분사무소로, 주사무소 설립일과 같은 날에 OOO에 설치되었다.
• 나. 청구법인은 2011년 제2기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)에게 <표1>과 같이 총 공급가액 OOO원의 가축용 사료(완전배합사료) 를 공급(이하 “쟁점거래”라 한다)한 후, 이를 영세율 적용대 상에 해당한 다 고 보 아 해 당 과세기간 별로 영세율세금계산서(이하 “쟁점 영세율세금계 산 서” 라 한다) 를 각각 교부하고 해당 과세기간에 대한 부가가 치세를 신고하였다.
• 다. 쟁점거래처 관할 OOO세무서장은 2013년에 환급 현장확인을 실시하여 쟁점거래처가 청구법인으로부터 영세율로 매입 한 가축용 사료를 OOO인 OOO에게 공급하고 영세율세금 계 산서를 발급한 사실을 확인한 후, 쟁점거래처가 농민이 아닌 자에게 부가가치세 과세대상인 원료 사료를 공급한 것은 영세율 적용대상이 아 니라고 보아 관련 부가가치세를 경정하고, 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 라. 처분청은 쟁점거래처가 농민 이외의 자에게 공급할 목적으로 가축용 사료를 매입한 것은 영세율 적용대상이 아니라고 보아 쟁점거래에 대해서 도 영세율 적용을 배제하여 2 016.9.23. 청구법인에게 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원, 2012 년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원을 각각 경정․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 쟁점거래는 쟁점거래처가농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세율 적용에 관한 특례규정(이하 “특례규정”이라 한다)상 “농민”으로서 가축용 사료를 공급받은 경우에 해당 하므로조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제105조 제1항 제5 호 본문의 규정에 따라 부가가치세 영세율 적용대상이다. 쟁점거래처는농업협동조합법제2조 제2호에 따라 설립된 조합 으 로 서 특례규정 제2조 제1항에 따라 조특법 제105조 제1항 제5호 본 문에 규정하는 대통령령으로 정하는 농민에 해당하는바, 관련 규정의 의미상 농민에 해당하는 자가 가축용 사료를 공급받으면 영세율 적용 대상이 되는 것이지 직접 사용하거나 소비할 것까지 요구하는 것은 아니고, 또한 쟁점거래 는 조특법 제105조 제1항 제5호 본문규정 이 적용되는 거래이므로 축산용 사료의 직접 공급처가 농민인지를 기준 으로 영세율 적용대상 여부를 판단하는 것이지 축산용 사료의 최종 공 급처가 농민인지를 기준으로 거 래 전(全)단계의 영세율 적용 여부를 결정해야 하는 것은 아니다(조특법 제105조 제1항 제5호 본문규정을 적 용해야 할 쟁점거래에 대해 괄호규정을 잘못 적용한 것이다).
• 나. 처분청 의견 청구법인과 쟁점거래처, OOO간 거래의 성격은 직접 사용 목적이 아닌 판매목적의 거래인바, 쟁점거래처가 제출한 확인서에 의 하면 OOO에 사료를 공급하기 위하여 청구법인으로부터 축산용 사료를 구매하였다고 진술한 바 있고, 쟁점거래처가 축산용 사료를 축산업에 직접 사용할 만한 시설이 없으며, 쟁점거래처의 사업목적, 그 간 사료 구매량 등을 고려할 때 구입 목적이 직접 사용이 아닌 판 매 목적의 구입임을 알 수 있으므로 쟁점거래를 영세율 적용대상으로 보 기 어렵다(처분청은 쟁점거래 사료가사료관리법에 따른 사료인 사실은 인정하였다). 쟁점거래는 청구법인과 쟁점거래처가 농민에게 사료를 공급하기 위한 중간 판매자인 거래로 조특법 제105조 제1항 제5호의 괄호규정이 적 용되는 것이 타당한 것이며, 따라서 청구법인과 쟁점거래처는 제1 차, 제2차 중간 판매자로 쟁점거래처와 OOO의 거래가 영세율 적용대상이 아니면 그 전 단계 거래도 영세율 적용이 배제되는 것은 당연한 것이고, 또한 쟁점거래처는 사업자등록증상 업종이 금융․일 반기타금융업(부업종 소매․사료)으로 축산업에 필요한 시설이나 장비 등을 갖추고 있는 사실이 확인되지 아니하므로 본점이 아닌 쟁점거래처의 경우 농민으로 보기도 어려워 쟁점거래를 영세율 적용대상으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점거래가 조특법 제105조 제1항 제5 호 본문의 대통령령으로 정하는 농민에게 공급하는 영세율 적용대상 거래인지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법, 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 마.사료관리법에 따른 사료(부가가치세법 제12조 에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 제외한다)

② 관할 세무서장은 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민에 해당하지 아니하는 자가 같은 호 라목 및 마목에 따른 축산업용 기자재 및 사료(이하 이 항에서 "축산업용 기자재 등"이라 한다)를 부정하게 부가가치세 영의 세율을 적용하여 공급받은 경우에는 그 축산업용 기자재등을 공급받은 자로부터 그 축산업용 기자재 등의 공급가액의 100분의 10에 해당하는 부가가치세액과 그 세액의 100분의 10에 해당하는 금액의 가산세를 추징한다.

(2) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세율 적용에 관한 특례규정 제2조【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 농민"이란 통계법제22조에 따라 통계청장이 고시하는 "한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)상의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "농민"이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다. "

1. 개인(농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조 제1항에 따라 농어업경영정보를 등록한 자만 해당한다) 2.농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 영농조 합법인과 농업회사법인. 다만, 법 제105조 제1항 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 경우만 해당한다. 4.농업협동조합법에 따른 조합 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다). 다만, 가축용 사료를 공급받거나 농작업 대행 또는 임대용으로 제3조 제3항에 따른 농업기계를 공급받는 경우만 해당한다.

5. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민에게 위탁하여 가축을 사 육(이하 이 호에서 “위탁사육”이라 한다)하거나 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급하여 가축을 사육(이하 이 호에서 “계약사육”이라 한다)하는 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림축산식품부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 계열화사업자가 위탁사육 또는 계약사육에 사용하기 위하여 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다. (3) 사료관리법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. "사료"란 축산법에 따른 가축이나 그 밖에 농림축산식품부장관이 정하여 고시하는 동물·어류 등(이하 "동물 등"이라 한다)에 영양이 되거나 그 건강유지 또는 성장에 필요한 것으로서 단미사료(單味飼料)·배합사료(配合飼料) 및 보조사료(補助飼料)를 말한다. 다만, 동물용 의약으로서 섭취하는 것을 제외한다. (4) 농업협동조합법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "조합"이란 지역조합과 품목조합을 말한다.

2. "지역조합"이란 이 법에 따라 설립된 지역농업협동조합과 지역축산업협동조합을 말한다.

3. "품목조합"이란 이 법에 따라 설립된 품목별·업종별 협동조합을 말한다.

4. "중앙회"란 이 법에 따라 설립된 농업협동조합중앙회를 말한다. 제3조【명칭】① 지역조합은 지역명을 붙이거나 지역의 특성을 나타내는 농업협동조합 또는 축산업협동조합의 명칭을, 품목조합은 지역명과 품목명 또는 업종명을 붙인 협동조합의 명칭을, 중앙회는 농업협동조합중앙회의 명칭을 각각 사용하여야 한다. 제4조【법인격 등】① 이 법에 따라 설립되는 조합과 중앙회는 각각 법인으로 한다.

② 조합과 중앙회의 주소는 그 주된 사무소의 소재지로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 가축용 사료의 거래 경위에 의하면, 쟁점거래는 당초 청구법인이 OOO로부터 가축용 사료를 공급받아 이를 다시 쟁점거래처에 공급하고, 쟁점거래처는 이를 OOO에 공급한 것으로 나타나며, 각 단계별 거래 과정에서 영세율세금계산서를 수수한 것으로 나타난다(쟁점거래처 및 OOO간의 거래에 대해서는 쟁점거래처 관할 세무서장이 영세율 적용 배제하여 부가가치세를 추징하였다).

(2) 청구법인의 법인등기부 등본에 의하면, 청구법인은 2000.7.1. 교육지원사업 및 농업경제사업, 축산경제사업, 상호금융사업 등을 사업목적으로 하여농업협동조합법에 따라 설립(OOO)에 설립된 OOO의 분사무소로서 주사무소와 동 일자에 설치된 것으로 나타난다. (3) 쟁점거래처의 법인등기부 등본 및 정관 등에 의하면, 쟁점거래처는 19 59.8.27. 조합원의 농업생산성을 높이고 조합원 생산 농산물의 판로 확대 및 유통원활화, 조합원에 대한 기술․자금․자재․정보 등을 제 공할 목적으로 설립된 OOO의 지소로 2003.3.10. OOO을 사업장으로 하여 설치된 것으로 나타나며(농업협동조합법에 따라 설립), 정관 제5조(사업의 종류) 제2호(경제사업) “바”목에 “위탁양축사업”을 사업의 종류로 열거하고 있는 것으로 나타난다.

(4) 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하면, 가축용 사료의 최초 공급자인 OOO는 사료의 제조, 판매 및 사료 보관 분석, 연구 및 사료원료구매를 위한 무역업, 사료의 보관 및 운송업 등을 영위하고 있는 것으로 나타나고, 최종 구매자인 OOO는농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따라 설립된 OOO으로 발효사료, 보조사료의 제조 및 판매를 주요 목적사업으로 하고 있는 것으로 나타난다. (5) 쟁점거래처의 사업장을 관할하는 OOO세무서의 조사담당공무원이 20 13년 6월 작성한 “쟁점거래처 환급현장확인 종결보고서”의 주요 내 용에 의하면, 쟁점거래처가 2011년 제2기부터 2013년 제1기(예정)까지의 부가가치세 과세기간 중 제조업체로서 OOO인 OOO에 공급한 총 OOO원(공급가액)의 TMR베이스사료(복합배양사료)가 가축용이 아닌 원료사료로 모든 거래단계에서 부가가치 세가 과세되는 과세대상 거래에 해당한다고 보아 영세율 적용을 배제 한 후, 동 사료의 매입처인 청구법인의 관할 관서인 처분청에 과세자료 통보한다고 하고 있다. 또한 쟁점거래처에 대한 환급현장확인시 쟁점거래처 대표자인 OOO가 2013년 5월 작성한 확인서에 의하면, 쟁점거래처가 2011년 제2기부터 2013년 제1기(예정)까지의 부가가치세 과세기간 중 부가가치세 과세 대상 품목인 TMR베이스사료를 청구법인으로부터 매입하면서 착오로 영세율 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 영세율 매입으로 신고한 사실이 있음을 확인한다고 기술하였다.

(6) 한 편, 처분청은 심판청구 관련 답변서에서 TMR베이스사료가 가 축용 사료에 해당한다고 보아 이를 쟁점으로 다투지 아니하였다. (7) 청구법인의 주요 세부 주장 및 관련 증빙의 제출은 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점거래처가 생물 재고자산을 보유하고 있고, 사료를 매입하여 직접 축산업에 종사하고 있다고 주장하며, 쟁점거래 처의 잔액시산표 및 사료매입내역표(세금계산서 첨부)를 제출하고 있 는바, 2013.6.30. 기준 잔액시산표상 재고자산의 생물자산(소비용생물자산-동물) 과목에 OOO원이 기재된 것으로 나타나고, 사료 매입내역표에는 2011년 제2기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세 과 세기간 중에 총 OOOkg의 배합사료를 OOO원에 매입한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 처분청이 쟁점거래처가 본점과 달리 지점사업장으로서 사업자등록상 업종이 축산업이 아니고, 본점과 영업활동의 독립성을 가진 별도의 법인이므로 특례규정상 축산업에 종사하는 농민에 해당하지 않는다고 판단한데 대해, 지점인 쟁점거래처가 실제 육우 위탁사육업에 종사하고 있고, 농민을 판단함에 있어 지점만이 아닌 본점 단위로 판단해야 한다고 주장하며 한국표준산업분류표와 쟁점거래처 본점의 2015사업연도 손익내역표 및 결산보고서를 제출하였는바, 한국표준산업분류표에 의하면 육우 사육업은 농업 중 축산업에 해당하는 소 사육업으로 구분되어 있고, 육우 사육업에 대해 쇠고기를 생산하기 위하여 육우를 사육하는 산업활동으로 젖소 이외의 기타 용도의 소 사육도 여기에 포함된다고 정의하고 있으며, 손익내역표에는 돼지나 한우 등 가축 판매 등 내역이 기재되어 있다. (다) 또한, 청구법인은 관련 규정상 농민 해당 여부는 개별 사업장 단위가 아니라 OOO이라는 법인 단위를 기준으로 판단하여야 하는바, OOO은농업협동조합법제4 조 제1항에 따른 법인으로 OOO지점과 그 외 지점, 그리고 본점은 모두 OOO이라는 하나의 법인 내의 영업소에 해당하고, 본점과 지점이 각각 별도로 등록된 사업장이라 할지라도 법인이라는 테두리 내에서는 하나의 법인격을 갖는 것이며, 따라서 쟁점거래처가 별도 사업장으로 등록했다고 할지라도 그 법인이 특례규정 제2조 제1항의 농민인지 여부는 본점 법인인 OOO을 기준으로 판단해야 한다는 주장이다. (라) 청구법인은 쟁점거래가 조특법 제105조 제1항 제5호의 괄호규 정(농업협동조합법, 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)이 아니라 본문(대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급)에 따라 영세율이 적용되는 것이므로, 후속거래의 결과 농민이 아닌 자에게 공급이 되었는지 여부와 상관없이 영세율 적용 대상으로 보아야 한다는 주장이다.

(8) 1997.6.26. 개정된 특례규정 제2조 제1항에서 농․축산․임․어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용대상 농민을 확대하면서 제5호에농업협동조합법에 의한 OOO 과 OOO(다만, 가축용 사료분에 한한다)를 신설하였는바, 그 개정이유에 대해조세감면규제법의 개정(1997.6.26. 법률 제15404호)으로 1997년 7월 1일부터 배합사료를 영세율로 구매할 수 있는 농가가 영세축산농가에서 모든 축산농가로 확대됨에 따라 그 적용대상을 기존에 영세율을 적용받고 있는 개인축산농민과 OOO이나 OOO 외에 축산농민으로 구성된 OOO과 생산자단체인 OOO 등으로 규정하기 위함이라고 하였고, 2009.2.4. 특례규정 제2조 제1항 제4호(구 제5호)를 개정하면서 단서에 대상 기자재를 확대 규정하였는바, 개정이유는 농·축산·어업의 발전과 자유무역협정 체결 등의 환경변화에 따라 농·축산·어업용 기자재 등의 지원을 확대할 필요가 있어, OOO의 OOO 사업에 필요한 농작업대행 또는 임대용 농기계를 부가가치세 영세율 적용대상으로, 농작물 지주대 및 수산물 선별기 등을 농·축산·어업용 기자재 부가가치세 환급대상으로 하여 농어민의 자금부담 경감과 농기계 운영의 효율성을 도모하고, 농업용 난방기에 계측기 부착을 의무화하여 면세유의 부정유통을 방지하는 한편, 그 밖에 현행 제도의 운영상 나타난 문제점을 개선·보완하기 위한 것이라고 설명하였다.

(9) 또한, 2010.2.18. 특례규정 제2조 제1항 제2호에 단서를 신설하면서농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 영농조합법인과 농업회사법인이 조특법 제105조 제1항 제5호 각 목의 어느 하나(사료관리법에 따른 사료 등)에 해당하는 것을 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 경우에만 농민으로 본다고 규정하였는바, 그 신설 취지는 OOO과 OOO이 구입하는 농업용 기자재 등에 대해서는 이를 다른 농민 등에게 판매하는 경우에도 영세율이 적용되는 문제가 있어 OOO 등이 농업용 기자재 등을 구입하여 직접 사용하거나 소비하는 경우만 영세율을 적용하도록 하여 현재 부가가치세가 부과되고 있는 다른 농업용 기자재 판매업자와의 과세형평을 제고하기 위한 것이라고 설명하였다.

(10) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 제105조 제1항 제5호에서 대통령령으로 정하는 농민 또는 임 업에 종사하는 자에게 농․축산업용 사료 를 공급하는 경우 영세율을 적용한다고 하면서 괄호에농업 협동조합법,엽연초생산협동조합법또는산림 조합법에 따 라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하 는 것을 포함한다고 규정하고 있는 것은 조합이나 중앙회를 통해 공급하는 부분도 추가적으로 영세율 적용대상에 포함시키기 위한 취지이지제한하기 위해 독립적․병렬적으로 규정한 것이라고 보기는 어려운 점, 조특법상 영세율 적용 대상 농민을 구체적으로 규정한 특례규정 제2조 제1항을 보면 제2호의 OOO과 OOO과는 달리 제4호의농업협동조합법 에 따른 조합 및 중앙회의 경우 농업용 기자재 등을 공급받아 직접 사용하거나 소비하여야 하는 전제가 없이 가축용 사료를 공급받거나 농작업 대행 또는 임대용으로 제3조 제3항 에 따른 농업기계를 공급받는 경우만을 규정하고 있어 같은 호의 대상인 쟁점거래처도 후행 공급거래에 상 관없이 농민에 해당한다고 봄이 문 언해석상 타당한 점 등에서 청구 법인이 쟁점거래처에게 공급한 가 축용 사료는 부가가치세 영세율 적용대상이라고 보이므로 처분청의 이 건 부과처분은 잘못이 있다 고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한