조특법 제66조 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제의 적용을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.6.21. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 근거하여 설립된 영농조합법인으로서 농산물의 재배 및 농산물 제품(김치)을 제조하고 있는바, 2015사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제66조에 근거한 영농조합법인에 대한 법인세 면제규정을 적용하여 2015사업연도 법인세 OOO을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 처분청에 대한 감사결과 청구법인이 조세특례제한법 제66조에 근거한 영농조합법인에 대한 법인세 면제신청을 하면서 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 것을 확인하여 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 OOO 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다. <표1> 청구법인의 조합원변동현황

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바, 조세특례제한법의 규정을 적용함에 있어서 법률에 근거한 면제요건이 모두 충족되는 경우에는 면제신청이 면제의 요건이라고 볼 수 없다. 그러므로 청구법인이 법인세 면제요건인 ‘영농조합법인’이라는 주체요건과 ‘식량작물재배업소득 외의 소득’이라는 대상요건을 모두 충족하였음에도 면제요건이 아닌 면제신청절차를 규정한 조세특례제한법 시행령의 조문을 면제요건으로 해석하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 농업경영체 등록확인서는 농업인 5인 이상으로 구성된 영농조합법인인 경우에 발급받을 수 있고, 영농조합법인이 농업인 5인 이상으로 구성되지 않으면 농업경영체 등록확인서를 발급받을 수 없다. 청구법인의 농업경영체 등록내역에 의하면 청구법인의 2015사업연도 기준 조합원은 대표이사 OOO, 배우자 OOO, 자녀 OOO, 장모 OOO, 처남 OOO으로 구성되어 있는바, OOO와 배우자인 OOO은 농업인으로 등록되어 있으나 그 외 3인은 농업인으로 등록되어 있지 않았다. 결국 청구법인은 2015사업연도에 농업경영체 등록요건을 충족하지 못하여 농업경영체 등록확인서를 발급받지 못하였는바, 처분청이 조세특례제한법 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)의 적용을 배제하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)의 적용을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 <별지 기재>
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 법인세 과세처분의 경위는 다음과 같다. (가)청구법인은 2012.6.21. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 근거하여 설립된 영농조합법인으로서 농산물의 재배 및 농산물 제품(김치)을 제조하는 사업자이다. (나) 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제66조에 근거한 영농조합법인에 대한 법인세 면제규정을 적용하여 2015사업연도 법인세를 OOO으로 신고ㆍ납부하였다. (다) 조사청이 처분청에 대한 감사결과 청구법인이 조세특례제한법 제66조에 근거한 영농조합법인에 대한 법인세 면제신청을 하면서 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 것을 확인하여 이를 처분청에 통보하였고, 처분청이 이에 따라 2015.9.28. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO을 고지할 것에 대해 과세예고통지하였다. (라) 청구법인은 이에 불복하여 OOO 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 처분청은 이를 불채택하였고 OOO 청구법인에게 위 세액을 경정ㆍ고지하였다.

(2) 조사청의 과세전적부심사결정서 등 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가)청구법인은 OOO에서 ‘OOO’이라는 상호로 설립되어 OOO’으로 상호를 변경하였고, OOO 현재의 사업장인 OOO으로 사업장을 이전하였다. (나)청구법인의 대표는 OOO에서 현재의 대표자 OOO로 변경되었고 주업종은 제조업(김치)이며, 청구법인의 조합원은 OOO에서 OOO으로 되어 있다. (다) 조사청이 청구법인에게 2015사업연도말 조합원 5인 중 OOO, OOO을 제외한 3인OOO이 농업인으로 기재된 농업경영체 등록확인서를 제출할 것을 요청하였으나, 청구법인은 위 3인이 농업인으로 등록된 농업경영체 등록확인서를 발급받지 못한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은청구법인이 법인세 면제요건인 ‘영농조합법인’이라는 주체요건과 ‘식량작물재배업소득 외의 소득’이라는 대상요건을 모두 충족하였음에도 면제요건이 아닌 면제신청절차를 규정한 조세특례제한법 시행령의 조문을 면제요건으로 해석하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법 제66조 및 같은법 시행령 제63조의 제7항에는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인이 과세표준신고서, 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 함께 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조에 따른 농어업경영체등록(변경등록)확인서를 제출하는 경우 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해 법인세를 면제하도록 규정되어 있고, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에는 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 등을 공동으로 하려는 농업인 등은 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있도록 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제13조 제5호에는 조합원으로서 농업인이 5명 미만이 된 후 1년 이내에 5명 이상이 되지 아니한 경우에는 조합법인은 해산하도록 규정되어 있는바, 청구법인의 2015사업연도 당시 등록된 조합원 중 3인OOO이 대표이사인 OOO와 친인척관계로 농업인이 아니므로 청구법인이 조합원 5인 이상이 농업인이여야 하는 농업경영체 등록요건을 충족하지 못한 점, 비농업인인 OOO이 모두 OOO 청구법인의 조합원으로 등록된 후 2015사업연도말까지 계속해서 조합원이었던 것으로 확인되므로 청구법인이 2014.9.18.부터 2015사업연도말까지 1년 이상 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조 및 같은 법 시행령 제13조 제5호에 근거한 농업인수 요건을 충족하지 못하여 조합법인의 해산사유에 해당하는 점 등에 비추어 처분청이 조세특례제한법 제66조의 적용을 배제하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지>

(1) 조세특례제한법 제66조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “식량작물재배업소득”이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제25211호로 개정되기 이전의 것) 제63조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조 제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. {1천200만원 ×조합원 수 ×(사업연도월수/12)}

⑦ 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 법인세를 면제받고자 하는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제25211호로 개정된 것) 제63조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ① 법 제66조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 범위의 금액”이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조 제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득금액을 말한다.

1. 곡물 및 기타 식량작물재배업(이하 이 조 및 제65조에서 “식량작물재배업”이라 한다) 외의 작물재배업에서 발생하는 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득금액 × {6억원 × 조합원 수 × (사업연도 월수 ÷ 12) ÷ 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 수입금액}

2. 작물재배업에서 발생하는 소득을 제외한 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액 {1천 200만원 × 조합원 수 × (사업연도 월수 ÷ 12)}

⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 “농어업경영체 등록확인서”라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다. 부칙<제25211호,2014.2.21> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농업인”이란 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호에 따른 농업인을 말한다.

2. “농업법인”이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

3. “농업경영체”란 농업인과 농업법인을 말한다. 제4조[농어업경영정보의 등록] ① 농어업·농어촌에 관련된 융자·보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체: 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지·축사·원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 제16조[영농조합법인 및 영어조합법인의 설립] ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 “농업생산자단체”라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다. 제17조[영농조합법인 및 영어조합법인의 조합원 등] ① 영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다.

② 농업인이 아닌 자로서 대통령령으로 정하는 자는 정관으로 정하는 바에 따라 영농조합법인에 출자하고 준조합원으로 가입할 수 있다. 이 경우 의결권은 행사하지 못한다.

③ 영농조합법인의 조합원 및 준조합원의 책임은 납입한 출자액을 한도로 한다.

④ 영농조합법인은 대통령령으로 정하는 농업생산자단체의 조합원 또는 준조합원으로 가입할 수 있다.

(5) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제2조[등록대상 농어업경영정보] ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 “법”이라 한다) 제4조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 구분에 따른 정보를 말한다.

1. 농업경영 관련 정보: 별표 1에 따른 정보 제13조[조합법인의 해산] 조합법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 해산한다.

5. 조합원이 5명 미만이 된 후 1년 이내에 5명 이상이 되지 아니한 경우(협동양식어업면허를 취득한 영어조합법인은 제외한다) [별표 1] 농업경영체의 등록대상 정보(제2조 제1항 제1호 관련)

1. 다음 각 목의 농업인에 관한 정보

• 가. 성명, 주소(주민등록지 또는 신고 거소지를 말한다)
• 나. 주민등록번호(외국인의 경우에는 외국인등록번호를 말한다. 이 하 이 표에서 같다)
• 다. 연락처, 영농 이력

2. 농업인과 같이 살고 있는 세대원에 관한 정보

3. 다음 각 목의 농업법인에 관한 정보

• 가. 법인 명칭, 법인 대표자의 성명
• 나. 법인등록번호, 사업자등록번호, 설립연도, 연락처, 소재지, 주요 사업
• 다. 대표자의 주소, 주민등록번호, 연락처
• 라. 조합원 또는 등기이사, 출자자 수 및 출자액

(6) 농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법 제3조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농업”이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. “농업인”이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.

3. “농업경영체”란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조 제3호에 따른 농업경영체를 말한다.

(7) 농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법 시행령 제3조[농업인의 기준] ① 법 제3조 제2호에서 “대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

1. 1천 제곱미터 이상의 농지(농어촌정비법 제98조에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람

2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람

3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람

4. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 제1항에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

5. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람