쟁점직무발명보상금이 가공자산에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부

--------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2001.8.8. 설립되어 OOO에서 자동차 부품(버스 차체용 바닥구조물과 측면구조물 등) 제조업 등을 영위하고 있는바, 발명자가 OOO(청구법인의 대표이사) 명의로 등록(등록일: 2013년 9월～2014년 6월, 출원자: 청구법인)된 자동차 관련 특허권 OOO을 2015.12.9. OOO에 평가의뢰하여 OOO원(이하 “쟁점직무발명보상금”이라 한다)으로 평가받아 2015.12.31. 쟁점평가액을 재무제표상 무형고정자산인 특허권 및 대표이사의 직무발명보상금으로 지급하는 것으로 처리하면서 대표이사에 대한 주임종단기대여금과 미수이자 합계액 OOO원과 상계하고 나머지 OOO원은 미지급금으로 계상하였다.
• 나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.3.2.부터 2 017.4.20.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인이 쟁점특허권의 실제 연구개발 수행자이고, 쟁점직무발명보상금 상당의 가공자산을 계상하여 대표이사에게 대여한 주임종단기대여금 및 미수이자 등을 상계하는 방법으로 사외유출한 것으로 보아 쟁점직무발명보상금 중 주임종단기대여금과 미수이자와 상계처리된 OOO원은 익금산입 및 대표이사에 대한 상여로 소득처분OOO하여 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2017.8.8. 청구법인에게 2015년 귀속 원천징수분 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 금융기관 및 협력사 등으로부터 재무구조 개선을 위한 추가 증자 등(회사의 담보가치 증대 및 부채비율 개선 등)을 요구받아 이를 이행하는 과정에서 막대한 자금이 지출되어 재무구조가 악화되는 등 경영부담이 가중되고 있는 상황이었는데, 쟁점이 되고 있는 가지급금은 증자대금 및 기타 업계관행상 증빙을 수취할 수 없는 비용 등이 누적되어 증가된 것으로 대표이사가 사적으로 유용한 사실이 없는 점, 쟁점직무발명보상금은 이와 같은 청구법인의 악화된 재무구조를 개선하기 위하여 직무발명보상규정에 따라 OOO의 평가를 거쳐 직무발명에 관여한 대표이사에게 보상을 하는 과정에서 특허권을 인식한 것이지 가공자산을 계상하거나 부당한 방법으로 조세를 회피할 의도가 있었던 것으로 보기 어려울 뿐만 아니라 실제 현금유출이 발생한 사실도 없어 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 것은 부당한 점, 청구법인의 대표이사는 국내 자동차 부분의 전문가로서 청구법인의 명의로 취득한 특허권의 대부분을 주관한 점 등에 비추어 쟁점직무발명보상금에 대하여 가공자산을 인수하는 방법으로 현금 등을 사외유출한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점특허권의 실질적인 발명자는 대표이사 개인이 아닌 인적․물적 시설을 갖춘 청구법인의 발명으로 보는 것이 타당한 점, 쟁점직무발명보상금은 발명진흥법에 따라 적법하게 지급된 것으로 보기 어려울 뿐만 아니라 그 금액 또한 단지 사업성 평가를 위한 용도로 작성된 평가금액에 불과하고 특허권의 가치를 산정하기 위한 정당한 감정가액으로 볼 수 없는 점, 청구법인이 쟁점특허권을 취득하기 위하여 지출한 경비는 각 사업연도 손익계산서 및 제조원가에 반영되어 손금처리되어 동 특허권의 취득비용을 무형고정자산인 개발비(특허권)로 인식할 수 없는 점 등에 비추어 대표이사에게 고액의 직무발명보상금을 지급하기 위한 수단에 불과한 가공자산에 해당한다 할 것이며, 이와 같은 가공자산에 의하여 생성된 자금을 대표이사에게 대여한 가지급금과 상계하였다면 이미 해당 금액은 사외유출된 것이고 달리 회수 여부가 객관적으로 입증할 만한 정황도 보이지 아니하므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 쟁점직무발명보상금이 가공자산에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제88조 (부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가) 청구법인의 주주 구성은 OOO으로 특수관계자 지분이 100%로 구성되어 있고, 청구법인이 2013년 7월부터 2015년 6월까지 아래 <표1> 내역과 같이 자동차와 관련하여 출원인을 ‘청구법인’으로, 발명자를 ‘대표이사’로 하여 지적재산권 OOO을 특허출원․등록하였다. (나) 청구법인은 2015.12.9. OOO로부터 쟁점특허권의 가치를 OOO원으로 평가한 사업성평가보고서를 수령하였고, 2 015.12.29. 쟁점특허권에 대한 권리를 대표이사가 청구법인에게 양도한 대가로 OOO원(쟁점직무발명보상금)을 현금 으로 지급하기로 약정하는 내용의 전용실시권 설정 계약서 및 OOO에 대한 정산협의서(대표이사의 기여도를 90%로 평가하고, 쟁점특허권부분은 쟁점직무발명보상금을 지급하는 것으로 정산하기로 협의하였다는 내용) 등을 작성하였다. (다) 청구법인은 2015.12.31. 아래 <표2> 내역과 같이 쟁점직무발명보상금을 쟁점특허권의 취득가액으로 하여 무형고정자산인 ‘특허권’으로 인식하고, 대표이사에게 기 대여하고 있던 주임 종단기대여금 OOO원과 인정이자 미수수익 OOO원과 상계처리 하 고, 잔액 OOO원은 미지급금으로 계상하였다.

(2) 쟁점직무발명보상금 등에 대한 조사청의 주요 조사내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2010.3.31. 법인 내부에 기업부설연구소 등을 설립하여 발명활동 등을 하면서 지출한 비용을 경상연구개발비로 기 비용처리한 사실이 법인세 신고시 제출한 손익계산서, 일반연구 및 인력개발비 명세서 등을 통하여 확인할 수 있는바, 쟁 점 특허권의 프로젝트별 비용으로 명확히 구분되어 있지는 않고, 경상연 구개 발비 명세서의 적요란에 쟁점특허권 발명과 관련된 프로젝트명이 일부 기재되어 있다. (나) 한편, 청구법인의 대표이사 는 쟁점특허권 발명과 관련하여 개인적으로 OOO원을 지출하였다고 주장하나, 이와 관련된 구체적인 지출근거 자료는 제출하지 못하고 있는바, 이와 관련하여 대표이사가 진술한 문답서 내용은 아래와 같다. (다) 청구법인의 대표이사가 청구법인 내 기술연구소 연구원으로부터 매주 보고 받고 결 재한 주간업무보고서를 보면, 대표이사가 개발과 관련하여 지시한 메모(손글씨)는 2건에 불과하고 나머지 대부분의 보고서 에는 연 구원들의 연구결과가 기재되어 있으며, 주간업무보고서의 일부내용과 보고 서를 예시하면 <표4>와 같다. (라) 청구법인의 직무발명보상금 규정에 대한 사내 규정집의 변경 내용은 아래 <표5>와 같다.

(3) 한편, 청구법인은 대표이사가 쟁점특허권의 실제 개발 등을 주도하였다고 주장하면서 발명메모 및 기업부설연구소 연 구원OOO의 업무노트 등을 증빙자료로 제출하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인은 법인내 부설연구소를 설립하는 등 인적․물적 설비를 투여하여 발명활동을 영위하였고 관련 경상연구개발비를 해당 사업연도 손금처리한 것으로 나타나고 있어 쟁점특허권의 개발을 청구법인이 주도적으로 수행한 것으로 나타나고 있는 반면, 대표이사가 쟁점특허권의 개발에 어느 정도 기여하였는지 여부 등을 확인할 만한 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점, 쟁점특허권의 특허권자는 청구법인으로 등록되어 있음에도 불구하고 마치 대표이사로부터 동 특허권을 양수하는 형식으로 양수도거래를 하고 쟁점직무발명보상금을 지급한 것으로 처리한 점, 쟁점직무발명보상금 산정경위를 살펴보면 발명진흥법등 관련 법령에서 규정한 적법절차에 따라 지급되었다고 인정할 만한 정황이 없을 뿐만 아니라, 쟁점특허권과 관련된 수익이 전무함에도 불구하고 OOO원에 상당하는 고액의 직무발명보상금을 지급한 것에 대하여 합리적인 사유가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점직무발명보상금은 가공자산에 해당하는 것으로 보이고 이와 같은 가공자산을 대표자에 대한 가지급금과 상계처리하여 사외유출되었으며 달리 회수가 객관적으로 예상할 수 있는 등의 특별한 사정도 없어 보이므로 처분청이 쟁점직무발명보상금과 관련하여 청구법인이 가공자산을 계상하는 방법으로 법인자산을 사외유출한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.