쟁점토지의 양도에 대하여 청구종중을 ‘법인으로 보는 단체’로 보지 아니하고, ‘1거주자’로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

--------------------------------------------------------------------------------- [주 문] OOO세무서장이 2017.7.31. 청구법인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. OOO(이하 “종중”이라 한다)은 2017.1.5. 주식회사 OOO에 [별지] 기재 OOO 외 12필지 10,569㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매대금 OOO에 양도하여 OOO의 양도소득(이하 “쟁점양도소득”이라 한다)이 발생하자, 2017.3.31. 처분청에 2017년 귀속 양도소득세 OOO(이하 “쟁점양도세”라 한다)을 예정신고․납부하였다.
• 나. 종중은 처분청에 법인으로 보는 단체(이하 “법인단체”라 한다)를 신청하여 2017.5.29. 승인(이하 승인 후의 종중을 “청구법인”이라 한다)을 받은 후에 쟁점양도소득을 청구법인의 손익에 산입하였으므로 거주자의 지위에서 신고·납부한 쟁점양도세는 환급하여야 한다는 취지로 2017.5.31. 처분청에 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 청구법인이 법인단체의 승인을 받기 전 소득세법상 거주자의 지위에서 쟁점토지를 양도하여 양도소득세 신고·납부의무가 있고 조세포탈의 우려도 있으므로 쟁점양도소득을 청구법인의 손익에 산입할 수 없다고 보아 2017.7.31. 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점양도소득을 법인의 손익에 산입하였으므로 거주자의 지위에서 신고․납부한 쟁점양도세는 환급하여야 한다.

(1) 법인단체의 승인을 받기 전 양도한 자산의 이익이라 하더라도 청구법인의 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하므로 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고, 조세포탈의 우려도 없으므로 쟁점양도소득을 청구법인의 손익에 산입하고 거주자의 지위에서 신고․납부한 쟁점양도세는 환급하여야 한다. (가) 처분청은 법인세법 시행령 제3조 제2항 의 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익은 법인설립절차 중 발생한 손익으로 해석되고 쟁점양도소득이 법인설립과 관련된 손익이 아니어서 산입할 수 없다는 의견이나 위 규정은 손익의 발생시기만을 요건으로 한다. (나) 쟁점토지 양도일은 2017.1.5.이고 청구법인이 법인단체의 승인을 받은 날은 2017.5.29.이어서 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하므로 쟁점양도소득을 법인의 최초사업연도 손익에 산입한 것은 정당하다.

(2) 처분청은 2015년 및 2016년 청구법인의 장부상 수입내역에 쟁점토지 매각대금 및 이자수입, 지장물보상 수입금액에 대한 회계처리가 없는 점을 들어 조세포탈의 우려가 있다고 하나, 쟁점토지 양도대금을 청구법인 명의의 은행계좌에 예치하여 관리하였고, 양도소득세 예정신고를 하였으므로 조세포탈의 우려가 있다고 볼 수 없다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점토지 양도 당시 거주자로 보는 단체의 지위에 있었으므로 법인세법을 적용할 수 없고, 쟁점토지의 양도대금에 대한 회계처리가 없었던 점, 지장물 보상비 등을 임의적으로 분배한 점 등에 비추어 조세포탈의 우려가 있으므로 청구법인의 손익에 산입할 수 없다. 따라서 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

(1) 쟁점토지의 양도는 소득세법에 따른 양도소득세 부과대상이다. (가) 법인세법 시행령제3조 제2항은 법인설립등기일 또는 법인단체 승인 전 법인설립절차 중 발생한 손익으로서 법적으로나 실질적으로 신설법인에 귀속되는 손익은 최초사업연도의 손액에 산입할 수 있도록 규정되어 있으나, 법인설립 이전의 인격이 다른 거주자의 개인소득을 포함시킬 수는 없다. (나) 청구법인은 법인단체로 승인을 받기 전에 거주자 지위에서 쟁점토지를 양도하였으므로 소득세법에 따라 양도소득세를 신고․납부하여야 한다.

(2) 청구법인은 쟁점토지 양도와 관련한 수입 및 이자수입을 은폐하고 나아가 재산의 분배를 원활하게 하려는 적극적인 행위로 사기나 그 밖의 부정한 행위가 있었던 것으로 판단된다. (가) 청구법인의 종친회 규약에는 예산 및 결산, 재산의 처분, 재산의 증감 등에 대하여 총회의 의결을 거치거나 보고하도록 규정되어 있고, 실제 매년 사소한 지출내역도 회계관련서류에 기록해오고 있으나 쟁점토지의 매각대금과 그에 따른 이자수입 및 지장물 보상 수입금액에 대하여는 회계기록 및 결산 보고가 없었다. (나) 2016.4.2. 청구법인 대표 OOO과 OOO이 작성한 쟁점토지 일부에 대한 ‘지장물보상비합의서’에는 지장물보상비 OOO이 종중의 재산에 속하는 것으로 작성되어 있으나 종중회계 처리내역이 없이 OOO에게 분배되었다. (다) 지장물보상비를 OOO이 직접 수령한 근거로 종중대표 OOO과 OOO이 농지사용계약서를 작성할 당시인 1995.4.1.에는 OOO이 청구법인의 대표가 아니다. (라) 양도소득세 신고시 제출한 ‘OOO 양도금액 계산내역’을 보면, 쟁점토지 일부OOO의 지장물보상비를 종중에서 수령한 것으로 보이나 이에 대한 회계처리 내역이 없다.

(3) 쟁점토지에 상당한 분은 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로 청구법인은 고정자산 처분으로 인하여 발생한 소득에 대하여 토지등매매차익에 대한 법인세 신고를 하여야 하나 신고가 없는 점은 조세포탈의 의도가 있는 것으로 판단된다. (가) 쟁점토지에 대한 지장물 보상내역에는 쟁점토지 일부OOO가 OOO에게 보상되었으며, 종중은 OOO에게 부동산을 임대하였다. (나) OOO 외 1필지의 수목에 대한 지장물보상비가 종중이 아닌 OOO에게 지급되었고, OOO 외 2필지의 수목에 대한 지장물보상비가 종중이 아닌 OOO에게 지급되었다. (다) 쟁점토지에 대한 분묘보상내역과 종중 회계기록에 의하면 청구법인이 관리하는 묘지는 2기에 불과하여 쟁점토지 전체를 선산으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 종중이 법인으로 보는 단체 승인 전에 토지를 양도하고 양도소득세를 신고․납부한 후 승인을 받고 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않는 경우 그 양도소득을 법인의 손익에 산입하여 동 양도소득세를 환급받을 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (2) 소득세법 제1조【납세의무】③ 법인격 없는 사단·재단 기타 단체중 국세기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제105조【양도소득과세표준 예정신고】① 제94조 제1항 각호에 규 정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월

(3) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】①비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.

⑦ 제2 항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의2를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (4) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】②법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일(국가균형발전특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제3조【사업연도의 개시일】① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조 제2호 다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다.

• 라. 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 처분청이 2017.5.21. 발급한 ‘법인으로 보는 단체의 승인여부통지서’에는 청구법인의 결성년월일이 1997.1.1.로 기재되어 있다. (나) 청구법인의 회계관련서류에는 쟁점토지의 양도와 관련된 수입지출 내역이 아래와 같이 기록되어 있다. (다) 청구법인은 쟁점토지를 양도하면서 아래와 같이 계약금, 중도금 및 잔금을 수령하였다. (라) 쟁점토지의 지장물 및 분묘에 대한 보상내역은 아래와 같다. (마) 청구법인 명의의 농협계좌를 보면, 쟁점토지의 양도대금 및 쟁점양도세 등이 입출금되고 있는 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용한 자산이 아니라는 의견 및 관련 자료를 제시하였으나 이 건 쟁점과는 관계가 없으므로 심리를 생략한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 법인세법 시행령 제3조 제2항 의 ‘최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익’를 ‘법인설립과정에서 발생한 손익’으로 해석해야 하고 조세포탈의 우려도 있으며 청구법인이 법인단체 승인 전 거주자의 지위에서 쟁점토지를 양도하여 소득세법에 따른 양도소득세 부과대상이므로 쟁점양도소득을 청구법인의 최초사업연도 손익에 산입할 수 없다는 의견이나, 법인세법 시행령 제3조 제2항 은 법인 설립등기 등으로 인하여 최초사업연도가 개시되기 전에 이미 사실상 사업을 개시하여 발생한 손익 또는 법인 설립과정에서 지출된 준비비용 등을 설립된 법인에 귀속시키지 못하는 문제점을 해결하기 위하여 규정된 것으로，법인을 최초로 설립하는 경우 뿐만 아니라 개인이 사업장을 운영하다가 법인으로 전환하는 경우 등 법인의 설립 전후 권리주체의 실체가 동일하고 조세포탈의 우려가 없다면 위 규정에 따라 사실상의 사업개시일 후에 발생한 손익을 법인의 최초사업연도 손익에 산입할 수 있다 할 것(대법원 2014.1.15. 선고 2013두19479 판결 같은 뜻)이고, 위 규정상 법인의 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익을 산입할 수 있기 위해서 ‘조세포탈의 우려가 없을 것’과 ‘최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않을 것’이라는 제한 외에 다른 요건을 요구하고 있지 아니하므로 ‘최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익’을 ‘법인설립과정에서 발생한 손익’으로만 해석하기는 어려운 점, 청구법인이 법인단체 승인 전에 쟁점토지를 양도하고 예정신고기한 내에 양도소득세를 신고․납부하였고, 양도대금을 계좌로 수취하여 OOO들에게 분배한 사실이 없으며, 쟁점토지 위의 일부 지장물에 대한 보상비를 OOO들이 수령하였으나 이는 실질 귀속자로서 한 것으로 볼 수 있고, 청구법인의 최초사업연도 결산 및 법인세 신고기한이 도래하지도 아니하였으므로 조세회피의 우려가 있다고 보기도 어려운 점, 청구법인은 법인단체의 승인 전에 쟁점토지를 양도하였으므로 당시에는 소득세법에 따른 양도소득세 납세의무가 확정되었다고 볼 수 있으나 그 후에도 납세의무자는 올바른 법적용을 구하며 경정청구 또는 조세쟁송을 제기할 수 있는 것이고, 법인세법 시행령 제3조 제2항 은 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익에 대하여 ‘조세포탈의 우려가 없을 것’과 ‘최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않을 것’이라는 요건을 갖춘 경우 납세의무자에게 소득세와 법인세 중 어떠한 것을 적용받을지에 관한 선택권을 주었다고 보이는 점 (위 대법원 판결 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점양도소득을 청구법인의 최초사업연도 손익에 산입할 수 있다고 할 것이다(조심 2017서4459, 2018.4.23. 같은 뜻임). 그렇다면, 쟁점양도소득에 대 하여는 소득세법이 아닌 법인세법을 적용하여야 하므로 청구법인이 소득세법을 적용하여 이미 신고․납부한 2017년 귀속 양도소득세는 환급하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 쟁점토지 내역