청구법인이 2012사업연도에 관계회사 간 매출액 합산으로 최초로 중소기업 범위를 벗어난 경우가 조특법 제10조 제1항 제3호 나목 2) “대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”에 해당하여 연구개발비의 15% 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2015전5789 / 조심2014중5711

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인(제조업/기타코발트화합물 외)은 2011사업연도(2011.7.1.～2012.6.30.)까지는 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따른 중소기업에 해당하였으나, 2012사업연도(2012.7.1.～2013.6.30.)부터 관계기업 합산규정에 따라 매출액이 OOO을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었다.
• 나. 2012～2014사업연도 법인세 신고시 청구법인은 연구인력개발비 세액공제와 관련하여 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제3호 나목 2) 가 규정을 적용하여 일반연구·인력개발비(이하 “연구개발비”라 한다)의 15%를 세액공제하였으나 이후 중소기업이 아닌 법인에도 적용되는 같은 호 가목(연평균발생액을 초과하는 금액의 40%)을 적용하여 수정신고를 하였고, 2017.2.7. 처분청에 연구개발비 세액공제를 당초 신고와 같이 공제율 15%를 적용하여 과다납부한 세액을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 “관계기업 기준위배로 중소기업에 해당하지 않게 될 경우에는 중소기업 유예기간의 적용을 받지 아니한다”는 이유로 2017.4.6. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.3. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목 2) 가 규정을 적용하여 연구개발비 15%를 세액공제 받을 수 있다. “조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목 2)”는 “대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우”에는 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 연구개발비의 15% 세액공제를 허용하고 있으며, 이의 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 제9조 제3항에서는 “대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”로 “같은 영 제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”를 들고 있는바, 청구법인은 이 중 “조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니한 경우”에 해당한다. 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 “중소기업에 해당하지 아니한 경우”라 함은 “중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”를 말하는데, 청구법인은 종전까지는 중소기업에 해당하였다가 2012사업연도부터 관계기업 합산규정(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호)의 적용에 따라 매출액이 OOO을 초과하였는바, “중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목”의 요건 불충족으로 인해 중소기업이 아니게 되었다는 점에 대해서는 처분청도 다툼이 없다. 결국 청구법인은 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목(관계기업 합산규정)의 개정사항이 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 부칙 제1조에 따라 2012.1.1.부터 시행됨에 따라 2011사업연도(2011.7.1.～2012.6.30.)부터 관계기업 합산매출액이 OOO원을 초과하게 되었고, 그 이후 2012.7.1.부터 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으므로 청구법인은 “조세특례제한법 시행령 제2조 제5항(위 규정에서 정한 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호의 요건 불충족)에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이다. 청구법인은 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목 2)(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우)의 위임에 따른 같은 법 시행령 제9조 제3항에서 정하는 경우(조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하는 경우”)에 해당하므로 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3개 과세연도(2012～2014사업연도)까지 연구개발비의 15% 세액공제를 적용받을 수 있다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2012.1.1.부터 조세특례제한법상 중소기업 및 중소기업 유예기간 적용기업에 해당하지 않는다. 청구법인은 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 단서에 따라 중소기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 위배되어 실질적 독립성 요건 불충족으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이고, 이는 조세특례제한법상 2012.1.1.부터 적용되는 규정이어서 청구법인은 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항(중소기업기본법 개정으로 인해 중소기업에 해당하지 아니하는 경우)에 해당하지 않으므로 중소기업 유예기간을 적용할 수 없으며, 따라서 유예기간을 전제로 하는 연구개발비의 15% 세액공제도 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 2012사업연도에 관계회사 간 매출액 합산으로 최초로 중소기업 범위를 벗어난 경우가 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 나목 2) “대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”에 해당하여 연구개발비의 15% 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25 2)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지:100분의 15

• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

(2) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, …을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제 <2000.12.29.> 3.실질적인 독립성이중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것.이 경우중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3.제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. [※시행일: 2012.1.1.제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단] 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ③ 법 제10조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우"란제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한경우를 말한다.

(3) 중소기업기본법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ①중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억 원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억 원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억 원 이상인 기업 2.소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식 등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령제2조 제2항을 준용한다.

1. 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족 다.관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조세특례제한법상 중소기업은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 정한 “실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것”이라는 요건을 충족하여야 하므로, 관계기업(지배·종속관계)에 속할 경우에는 관계기업 간 매출액 등을 합산하여 중소기업 이내 규모OOO를 유지하여야 하는데, 청구법인과 관계기업인 모기업 OOO의 연도별 매출액은 다음 <표1>과 같고, 2012사업연도 매출액을 관계기업 간 합산할 경우 OOO을 초과하게 되므로 “청구법인은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호의 요건을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다”는 점에 대해서는 처분청과 청구법인 간 다툼이 없다.

(2) 2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 중소기업기본법 시행령에서 제3조 제2호 다목을 신설하여 중소기업 해당여부 판단시 지배·종속관계에 있는 관계기업 간에는 매출액 등 규모를 합산하여 실질적으로 중소기업에 해당하는지 여부를 살피도록 하였고, 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 관계기업 간 규모 합산 규정(중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목)을 추가하여 2012.1.1.부터 시행하도록 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2012사업연도(2012.7.1.～2013.6.30.)부터 관계기업 합산규정에 따라 매출액이 1천억 원을 초과하여 조세특례제한법상 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 되었는데 이는 “조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우이므로 2012사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 연구개발비의 15%에 상당하는 세액공제를 적용할 수 있다”고 주장하나, “조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”라 함은 “중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우”를 말하고, 이는 2009.3.25. 중소기업기본법 시행령 개정으로 관계회사 제도가 신설되어 동 제도가 시행되고 있다는 전제하에 이후 중소기업기본법 시행령의 개정으로 관계회사 판정기준 등이 변경되는 경우에 개정된 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에 중소기업 유예 기간을 적용한다는 것이다(조심 2015전5789, 2016.5.17., 조심 2014중5711, 2015.2.2., 같은 뜻임). 그런데, 청구법인은 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제3조 제2호 다목의 개정에 따른 관계기업 기준 변경으로 비로소 새로이 중소기업에서 제외된 것이 아니라 2009.3.25. 중소기업기본법 시행령 개정으로 관계회사 제도가 신설되고 그에 따라 조세특례제한법 시행령이 개정되어 2012.1.1.부터 관계기업의 실질적 독립성 기준이 연구개발비 세액공제 대상인 중소기업 요건으로 추가(적용)됨으로써 중소기업에서 제외된 경우이므로 “조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우” 즉, “2012사업연도에 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하는 경우”에 해당하지 아니하는바, 처분청이 연구개발비에 15% 세액공제율을 적용하여 과다납부한 세액을 환급하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.