일정기간 임대하다가 철거한 후 신축한 경우, 기존건물의 취득금액과 철거비용을 토지의 자본적 지출로 볼 수 있는 지 여부

OOO세무서장이 2016.12.8. 청구법인에게 한 부가가치세 OOO원의 각 부과처분은 철거된 건물의 취득 및 철거와 관련한 매입세액을 공제하고, 위 건물에 대한 유형자산처분손실 및 철거비용을 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2000.2.26. 설립되어 위생용지의 제조 및 판매업을 영위하고 있는 법인사업자로서, 2014.3.6. OOO원(부가가치세 포함, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 일괄하여 취득하고, 위 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)에 대해 공급가액 OOO원의 매입세금계산서를 교부 받아 2014년 제1기 부가가치세 예정신고시 매입세액으로 공제하였다. 또한, 청구법인은 2015.4.28. OOO로부터 쟁점건물의 철거용역을 제공받고 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하여 2015년 제1기 부가가치세 확정신고시 매입세액으로 공제하였고, 2015.4.30. 쟁점건물의 철거와 관련하여 유형자산처분손실 OOO원을 계상하였다.
• 나. 처분청은 쟁점건물의 취득 및 철거와 관련한 부가가치세 매입세액을 토지의 자본적 지출로 보아 불공제, 쟁점건물과 관련한 유형자산처분손실 OOO원 등을 손금불산입하고, 다른 경정사항을 반영하여 2016.12.8. 청구법인에게 부가가치세 2014년 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.6. 이의신청을 거쳐 2017.6.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 청구법인이 취득시부터 쟁점건물의 철거를 계획하고 쟁점건물을 일시적으로 임대하였다는 의견이나, 청구법인은 2014년 1월 쟁점건물의 공장부분은 임대사업에 사용하고, 본관은 품질관리실로 사용하고자 공개입찰에 참여하였다. 청구법인은 쟁점건물을 낙찰받은 후 임대사업을 영위하기 위하여 사업자등록 변경을 통해 임대사업을 추가하였고, 쟁점건물을 OOO 업체에 임대하여 2과세기간 동안 임대업을 영위하였으며, 임대수입을 증가시키기 2014년 5월에 OOO를 임차인으로 추가하였다. 임대차계약 만료일이 일률적이라고 하여 쟁점건물의 철거가 계획되어 있었고, 쟁점건물의 임대를 일시적 임대라고 보는 것은 근거과세의 원칙에 어긋난다. 청구법인은 임대사업 등에 사용하고자 약OOO원을 지불하고 쟁점건물을 매입하였고, 실제로 임대사업 및 품질관리실 용도로 사용하였는바, 부동산임대 등을 통하여 수익 창출 목적으로 쟁점건물을 매입한 것이지 철거를 목적으로 건물을 매입한 것이 아니다. 임대차계약 만료일을 일률적으로 2014.11.30.로 정한 이유는 쟁점건물이 노후화되고 임대료가 낮아서 리모델링 등의 수행으로 좀 더 수익성 있는 임대사업 등을 영위하기 위한 것이었다. 또한, 실제 계약종료일이 OOO로 임대차계약 만료일과 실제 퇴거일이 다르고, 리모델링 및 관리상 편의에 따라 계약서 날짜를 정한 것이므로 쟁점건물 매입이 토지만을 사용할 목적으로 취득하였다는 처분청의 의견은 주관적 판단에 불과하다. 만약, 처분청의 의견대로 쟁점건물을 철거하고자 취득하였다면 임대기간 만료시에 바로 철거작업에 착수할 수 있도록 계획을 수립하고 철거작업을 하였어야 할 것이나, 청구법인은 2015년 3월에 철거공사를 계약하고 2015년 4월에 철거공사를 하였는바, 쟁점건물 취득 시에는 임대사업 등을 위하여 쟁점건물을 매입하였다가 취득 후 1년의 기간이 지난 뒤에 경영상의 환경변화 등에 따라 철거를 결정한 것이다. (2) 청구법인이 2015.1.13.까지 임대업을 수행하여 약 1년여 간 임대업을 영위하였음에도 불구하고 이를 일시적 임대라고 보는 것은 부당하다. 처분청은 청구법인의 적극적인 임대사업 행위가 없었다고 보았으나, 쟁점건물 취득 후 건물 노후화로 인한 리모델링 등을 계획하고 있었고, 이후에는 2015년 3월까지 리모델링을 할 것인지 또는 제품 보관창고 신축을 할 것인지를 결정해야 했으므로 새로운 임차인을 받을 수도 기존 임차인들과 계약연장도 할 수 없었던 상황이었다. 또한, 임대수입을 증가시키기 위하여 2014년 5월에 OOO를 임차인으로 추가한 것 자체가 임대업 등을 위한 적극적인 행위에 해당한다. 처분청은 쟁점건물의 취득가액이 ｢부가가치세법 시행령｣ 제80조 및 법인세법 기본통칙 23-31..1에 따라 토지의 자본적 지출에 해당한다는 의견이나, 쟁점건물은 ｢부가가치세법｣ 제38조 제1항 제1호 및 법인세법 기본통칙 23-31..2에 따라 자기의 사업을 위하여 사용되거나 사용할 재화에 해당하므로 수익적 지출에 해당한다. (3) 청구법인은 쟁점건물 일부를 품질관리실로 사용하였으나, 처분청은 품질관리실 설치계획 관련 서류가 제출되지 아니하였다고 하여 이를 인정하지 않고 있다. 그러나, 청구법인과 같은 중소기업의 경우 임원회의 등을 통해 상황에 맞게 회사를 운영하고 있어 관련 문서가 없는 것이므로 이를 근거로 청구법인이 쟁점건물을 철거목적으로 취득하였다고 단정할 수 없다. 처분청은 2010년 이전에 이미 기존 창고가 포화상태였으므로 청구법인이 창고 신축을 위하여 쟁점건물을 취득하였다는 의견이나, 쟁점건물 철거는 대내외 환경변화로 인한 것으로 취득 당시에는 철거목적이 없었다. 청구법인은 쟁점건물의 취득 이후 임대사업 활성화 방안을 모색하였으나 세월호 사건 등에 따른 불경기로 인하여 2014년 하반기 이후 제품재고가 증가하였고, 이에 따라 창고 신축이 불가피하게 되었다. 청구법인은 파지 및 펄프 등 원재료를 나대지에 보관하므로 제품보관을 위해서만 창고가 필요한데, OOO과 같이 2014년말 이후 제품 재고량이 상승하여 창고 신축이 불가피했음을 알 수 있다. 즉, 창고 신축 전 약 OOO의 제품을 보관할 수 있었는데, OOO와 같이 2014년 4분기부터 여유재고율이 감소하고 2015년 2월에는 여유재고율이 OOO로 감소하여 불가피하게 창고 신축이 결정되었던 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 건물 신축을 위해 쟁점부동산을 매입하고 건물 신축 전 쟁점건물을 일시적으로 임대하였는바, 쟁점건물의 취득금액과 철거비용은 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다. 청구법인은 쟁점건물의 취득 목적이 공장부분은 임대사업에 사용하고 본관은 품질관리실로 사용하기 위함이라고 주장하며 ‘OOO공개입찰 참여의 건’ 기안문서를 제출하였고, 임대차계약 만료일을 일률적으로 2014.11.30.로 정한 이유를 쟁점건물이 노후화되어 리모델링을 통해 수익성 있는 임대사업을 영위하기 위한 것이었다고 주장한다. 그러나, 청구법인은 쟁점건물에 대한 리모델링 계획, 견적 등 관련 서류를 제출하지 못하고 있고, ‘OOO 공개입찰 참여의 건’ 기안문서에도 리모델링에 의한 임대사업 계획은 확인되지 않는다. 청구법인이 본인의 주장을 뒷받침하는 근거자료를 제출하지 아니하는 상황에서 처분청에게 청구법인이 작성․보관하고 있는 서류를 과세근거로 제시하라고 하는 것은 논리에 맞지 않다. (2) 청구법인은 OOO으로부터 쟁점건물을 취득하였으므로 ｢상가건물임대차보호법｣ 제3조 제2항 에 따라 기존 임차인과의 임대차계약을 승계하였는바, 같은 법 제10조 제1항 각 호에서 규정하는 사유에 해당하지 않는다면 임차인에게는 기존 임대차계약의 만료일뿐만 아니라 같은 법 제10조 제2항에 따라 전체 임차기간을 5년까지 확대하여 쟁점건물을 임차할 권리가 있었다. 그러나, 청구법인은 기존 임차인과의 임대차기간을 변경하였는데, 이는 같은 법 제10조 제1항 제7호에 해당하기 때문인 것으로 보이므로 청구법인이 쟁점건물을 멸실하거나 재건축할 계획이었고, 계약 만료일을 2014.11.30.로 한 것은 임대차계약 해지통지일로부터 6개월 이상의 기간을 임차인에게 주고자 한 것으로 판단된다. 또한, 청구법인의 이의신청시 심리담당자가 유선으로 임차인들에게 확인한바, 계약 만료일을 2014.11.30.로 정한 것은 청구법인이 쟁점건물을 철거하고 건물울 신축할 예정이었기 때문인 것으로 나타난다. (3) 청구법인은 ‘OOO 공개입찰 참여의 건’ 기안문서에서 품질관리실 이전 사유를 품질관리실이 본사공장 1층에 위치하여 장소가 협소하고 근무시 소음 등으로 어려움이 있기 때문이라고 주장하나, 품질관리실 이전 사실을 확인할 수 있는 내부서류가 없고, 세무조사기간에는 쟁점건물이 이미 멸실된 상황이었다. (4) 청구법인은 신축한 창고가 제품만을 보관하기 위한 것이라고 주장하나, 제조업을 영위하는 청구법인은 자체 적정재고량을 산정하여 제품생산량을 조정할 수 있고, 특히, 특수관계에 있는 OOO에 2014년 기준 총매출액의 OOO를 거래하고 있어 우발적인 대량의 매출이 발생하지 않는바, 이는 쟁점건물을 철거하고 창고를 신축한 2015년에 제품재고량이 2014년보다 적어진 사실에서 확인할 수 있다. 따라서, 창고의 부족 등 경영상황의 변화로 인하여 쟁점건물을 철거하고 창고를 신축하였다는 청구법인의 주장은 합리성이 없다.

• 가. 쟁점 토지와 일괄취득한 건물을 일정기간 임대하다가 철거한 후 건물을 신축한 경우, 기존건물의 취득금액과 철거비용을 토지의 자본적 지출로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산·취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제66조【감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산】

② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조 제1항·제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.

제80조【토지에 관련된 매입세액】

① 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

(3) 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(4) 상가건물임대차보호법 제3조【대항력 등】

① 임대차는 그 등기가 없는 경우에도 임차인이 건물의 인도와 부가가치세법 제8조, 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 사업자등록을 신청하면 그 다음 날부터 제3자에 대하여 효력이 생긴다.

② 임차건물의 양수인(그 밖에 임대할 권리를 승계한 자를 포함한다)은 임대인의 지위를 승계한 것으로 본다. 제10조【계약갱신 요구 등】

① 임대인은 임차인이 임대차기간이 만료되기 6개월 전부터 1개월 전까지 사이에 계약갱신을 요구할 경우 정당한 사유 없이 거절하지 못한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 임차인이 3기의 차임액에 해당하는 금액에 이르도록 차임을 연체한 사실이 있는 경우

2. 임차인이 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 임차한 경우

3. 서로 합의하여 임대인이 임차인에게 상당한 보상을 제공한 경우

4. 임차인이 임대인의 동의 없이 목적 건물의 전부 또는 일부를 전대(轉貸)한 경우

5. 임차인이 임차한 건물의 전부 또는 일부를 고의나 중대한 과실로 파손한 경우

6. 임차한 건물의 전부 또는 일부가 멸실되어 임대차의 목적을 달성하지 못할 경우

7. 임대인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 목적 건물의 전부 또는 대부분을 철거하거나 재건축하기 위하여 목적 건물의 점유를 회복할 필요가 있는 경우

• 가. 임대차계약 체결 당시 공사시기 및 소요기간 등을 포함한 철거 또는 재건축 계획을 임차인에게 구체적으로 고지하고 그 계획에 따르는 경우
• 나. 건물이 노후·훼손 또는 일부 멸실되는 등 안전사고의 우려가 있는 경우
• 다. 다른 법령에 따라 철거 또는 재건축이 이루어지는 경우

8. 그 밖에 임차인이 임차인으로서의 의무를 현저히 위반하거나 임대차를 계속하기 어려운 중대한 사유가 있는 경우

② 임차인의 계약갱신요구권은 최초의 임대차기간을 포함한 전체 임대차기간이 5년을 초과하지 아니하는 범위에서만 행사할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2014.2.7. OOO과 체결한 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 쟁점부동산 양도에 대한 총 매매대금은 OOO이고, 청구법인은 기존 입주업체 OOO의 입주보증금 합계 OOO원을 OOO에 지급한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2014.3.5. 쟁점건물의 매입과 관련하여 OOO으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수수하였고, 2015.4.28. 쟁점건물 철거공사와 관련하여 OOO로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수수하였다. (다) 청구법인이 기존 입주업체[OOO] 및 OOO와 체결한 쟁점건물의 임대차 현황은 OOO과 같다. (라) 청구법인은 쟁점부동산의 취득 당시에는 쟁점건물을 철거할 예정이 아니었다고 주장하면서 ‘OOO보육센터 공개입찰 참여의 건’ 기안문서를 제출하였는바, 본 문서에는 쟁점부동산의 매입목적이 임대사업(공장부분)과 품질관리실 활용(본관)인 것으로 기재되어 있다. (마) 청구법인은 2014년 하반기 이후 제품재고가 증가하여 쟁점건물을 철거하고 창고를 신축하였다고 주장하면서 쟁점건물 철거공사 관련 기안문서를 제출하였는바, 본 문서에는 쟁점건물의 철거 이유가 2014년 하반기 이후 재고 증가로 창고 신축을 위한 것으로 기재되어 있다. (바) 청구법인은 쟁점건물 철거 후 가설건축물을 신축하여 창고로 사용하고 있는바, 2015.6.18. OOO에 가설건축물 축조신고를 하였고, 2015.7.9. 가설건축물축조 신고필증[경량철골구조(막구조), 건축면적 2,872㎡]을 교부받은 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 기존 입주업체와의 임대차계약 체결 당시 쟁점건물의 리모델링이 필요하여 계약 만료일을 2014.11.30.로 정하였다는 취지의 OOO의 확인서(2017.6.19.)를 제출하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물을 취득한 후 약 OOO간 임대하고, 기존 임차인들 외에 신규 임차인인 OOO에게 쟁점건물을 임대하는 등 쟁점건물을 실질적으로 임대사업에 사용한 사실이 확인되는 점, 청구법인이 쟁점건물을 매입하면서 기존 임차인과의 계약기간을 일률적으로 2014.11.30.로 변경하였으나, 청구법인의 주장과 같이 리모델링을 하기 위하여 계약기간을 변경하였고, 경영환경 등 상황의 변화로 인하여 쟁점건물을 철거하였을 개연성이 있다고 보이는 점, 청구법인의 ‘OOO 공개입찰 참여의 건’ 기안문서에 쟁점부동산의 매입목적이 임대사업(공장부분)과 품질관리실 활용(본관건물)으로 기재되어 있고, 청구법인의 쟁점건물 철거공사 관련 기안문서에 쟁점건물의 철거 이유가 2014년 하반기 이후 재고 증가로 인한 창고 신축으로 기재되어 있는 반면, 처분청은 위 문서들이 사후에 작성되었다거나 쟁점건물 취득 당시 철거가 예정되어 있었다는 객관적인 입증자료를 제시하지 못한 점, 청구법인이 영위한 부동산임대업과 제조업은 각각 별도의 사업 및 사업장에 해당하여 임대사업에 공하던 쟁점건물을 철거할 당시 쟁점건물을 폐업시 잔존재화로 보아 부가가치세를 과세할 수 있고, 쟁점건물을 폐업시 잔존재화로 보아 부가가치세를 과세하는 것이 임대수익에 대응되는 매입세액 공제 및 감가상각비를 적정하게 반영할 수 있어 더 합리적인 과세방법이라고 보이는 점 등에 비추어 쟁점건물을 폐업시 잔존재화로 보아 과세할 수 있음은 별론으로 하더라도, 쟁점건물의 취득금액과 철거비용을 토지의 자본적 지출로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.