[요지] 쟁점국가기관은 임대차계약에 있어 임대인의 지위에 있는 자에 불과하여 쟁점국가기관의 견해가 과세관청의 공적견해표명이라고 보기 어려운 점, 비록 임차료 체납으로 쟁점국가기관이 세금계산서를 발행하지 않았더라도 청구법인은 매입자발행세금계산서 거래사실 확인요청이 가능함에도 이러한 확인요청도 하지 않았던 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[요지] 쟁점국가기관은 임대차계약에 있어 임대인의 지위에 있는 자에 불과하여 쟁점국가기관의 견해가 과세관청의 공적견해표명이라고 보기 어려운 점, 비록 임차료 체납으로 쟁점국가기관이 세금계산서를 발행하지 않았더라도 청구법인은 매입자발행세금계산서 거래사실 확인요청이 가능함에도 이러한 확인요청도 하지 않았던 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 OOO으로부터 OOO과 운영건물(이하 “쟁점부두등”이라 한다)을 임차해서 사용하고 있으며, 당해 임대차계약과 관련하여 2016년 제2기에 임대인으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부(쟁점②) (가)청구법인이 국가기관인 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하고 이를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 과다 환급신고한 데에 그 의무해태를 탓할 수 없는 다음과 같은 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다 할 것이므로, 초과환급신고가산세의 부과는 전액 취소되어야 한다. (나) 첫째, 국가기관인 OOO이 공문형태의 납입고지서 송부 및 쟁점세금계산서의 발급을 통해 납세자인 청구법인에게 부가가치세 매입세액의 공제가 가능하다는 공적인 행위를 하였고, 국가기관의 언동이나 행위는 일응 적법한 것이라고 판단하는 것이 일반적인 사회통념이다. (다) 둘째, OOO의 부두임대료의 부과·징수가 사적인 계약이라기보다는 규정에 따라 임대료를 책정하는 등 사실상 공적인 부과·징수절차에 따라 이루어지고 있으며, OOO은 청구법인 입장에서 주요 거래업체인 동시에 국가기관에 해당하는바, 그 지위까지 고려할 때 청구법인은 해당 국가기관을 세금계산서 교부라는 견해표명을 신뢰할 수밖에 없으며, OOO의 세금계산서 발급을 일방적으로 기다릴 수밖에 없는 구조이다. (라) 셋째, 국가기관인 OOO조차 쟁점세금계산서의 발급시기를 명확하게 판단하지 못하여 쟁점세금계산서를 공급시기 이후 교부받을 수밖에 없었으므로 2016년 제2기에 쟁점세금계산서를 교부받은 데에 청구법인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이다.
(2) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 주장의 당부(쟁점②) (가) 청구법인은 OOO의 공적행위로 교부받은 쟁점세금계산서를 제출하여 매입세액 공제신청한 것은 국세기본법제48조 제1항에서 규정하는 ‘납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유’에 해당된다고 주장하고 있으나, OOO은 단순히 임대사업자의 위치에 있을 뿐 세금계산서 발급시기에 대해 공적권한을 부여받은 바 없고, 임대차계약서 내용에서도 세금계산서 발급시기 등에 대하여 통상의 임대차계약과 다르게 기재되어 있는 내용도 없어 OOO의 쟁점세금계산서 발급을 공적행위로 신뢰하고 환급을 신청한 행위는 세금계산서가산세 감면의 사유가 될 수 없다. (나) OOO의 특수성 때문에 처음부터 세금계산서 발급을 일반적 임대차계약과 다르게 발급해온 것이 아니라, 임차료가 체납되기 전까지는 세법에서 정하고 있는 공급시기에 정상적으로 세금계산서를 교부받아 왔다가 임차료 체납 이후 OOO이 부가가치세 예산을 별도로 편성하지 못해 교부하지 않았던 것이며, 청구법인은 부가가치세법 제34조의2 및 같은 법 시행령 제71조의2(구 조세특례제한법제126조의4 및 같은 법 시행령 제121조의4)에는 과세사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 재화 또는 용역의 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 관할세무서장의 확인을 받아 매입자발행 세금계산서를 발행할 수 있는 사업자 구제제도가 있음에도, 이러한 신청조차 하지 않는 등 ‘납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유’에 해당되지 않는다.
3. 심리 및 판단
(1) 쟁점세금계산서가 공급시기가 속한 과세기간 이후에 작성·교부되었다 하여 당해 매입세액 공제를 부인한 처분의 당부
(2) 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
(1) 부가가치세법 제16조[용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.
⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제29조[과세표준] ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우
(2) 부가가치세법 시행령 제29조[할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.
1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우
2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우 3.기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우
4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우
② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다. 2.사업자가 부동산 임대용역을 공급하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일
(3) 국세기본법 제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 청구법인의 쟁점부두 임차현황 및 세금계산서 수취현황 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점부두를 OOO으로부터 임차하여 사용하고 있으며,2016.10.10. 임대인인OOO에 OOO와 관련하여 당시까지 체납되어 있던 2014년부터 2016년까지의 쟁점부두 임차료 및 2011년부터 2015년까지의 사무동 건물 임차료를 청구법인의 출자사인 OOO 투자비에서 보전하는 방식으로 납부하였으며OOO, OOO은2016.10.10.을 작성일자로 하여 청구법인에 아래 <표1>과 같이 쟁점세금계산서를 발급하였다. (나) 청구법인은 2017.1.13. 부가가치세법 제49조에 따라 2016년도 제2기의 부가가치세 매출세액과 매입세액을 처분청에 확정신고 하고 그 차액인 OOO원의 환급신청하였고, 처분청은 부가가치세 환급 현장확인을 통해, 청구법인이2016.10.10.OOO에 쟁점부두 임차료를지급하고 발급받은쟁점세금계산서의 매입세액 중 OOO원이 부가가치세법 제34조 규정에 위반되게 발급되었다는 이유로 <표2>와 같이 2017.2.23. 매입세액 OOO원을 불공제하는 한편 초과환급신고가산세 OOO원을 적용하여 부가가치세 환급세액을 OOO원에서 OOO원으로 감액하는 경정처분을 하였다.
(2) 쟁점부두의 임차료 및 임차료 납부방법은 아래 <표3>과 같이 매1년 단위로 부과하되, 임차인의 신청이 있을 경우 연4회 이내에서 분할 납부토록 규정하고 있다. 이에 따라 OOO은 연도별로 임대료를 분할하여 부과하였다. 처분청은OOO의 부두 및 운영건물 임대차계약 내용에 있어 임대료가액 산정에 있어서만 항만시설사용료규정 등에 따라 책정한다는 규정이 일반 임대차계약과 다소 다를 뿐 그 외 임대차계약기간, 임차료 지급 등에 있어서는 일반임대차 계약과 동일하여 세금계산서 발급기준을 달리할 특수한 내용이 기재되어 있지 않다고 주장한다.
(3) 처분청이OOO의 세금계산서 발급현황을 검토한 결과, 청구법인이 임차료를 체납하기 전까지는 부가가치세법제16조에 따라 용역의 공급시기에 정상적으로 세금계산서를 발급하여 왔음이 확인되며, 부가가치세 환급현지확인시 OOO에서 제출한 다음 <표4>의 내부 검토보고서에서도 임차료가 체납되기 전까지는 용역의 공급시기에 세금계산서가 정상적으로 발급되었음이 확인된다.
(4) 처분청은 부가가치세 환급현지확인시 OOO이 임대료 부과내역을 공문 및 납입고지서를 통해 청구법인에게 통지하고 세금계산서를 발행하여 왔으나, 임대료가 체납된 후에는 세금계산서를 발행하지 못하였는데 이는 OOO이 쟁점부두 임대에 따른 부가가치세 납부를 임대료 수입으로 충당하고 있어 별도 예산편성을 하지 않고 있으며, 이에 따라 임대료가 체납되는 경우 정상적인 세금납부가 불가하여 매출세금계산서를 발급하지 못한 것으로 확인되며, 임대료가 체납된 후에 공문 및 납입고지서 등을 통해 지속적으로 납부 독촉을 하였으나, 청구법인은 건물 및 부두사용료를 체납한 상태로 국가시설물을 무단 사용 및 점유하고 있었음이 확인되었다.
(5) 청구법인은 임차료를 체납하기 전까지는 부가가치세법제16조에서 규정하는 용역의 공급시기에 정상적으로 매입세금계산서를 수취하여 왔으나, 임차료 체납 이후에는 공급시기에 세금계산서를 수취하지 못하였음에도 OOO에 세금계산서 발급을 요청하거나 처분청에부가가치세법제34조의2 및 같은 법 시행령 제71조의2(구 조세특례제한법 제126조의4 및 같은 법 시행령 제121조의4)에 따른 매입자발행세금계산서 거래사실 확인요청도 하지 않았다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대해 살펴보면, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며(대법원 1985.4.23. 선고 84누593 판결, 대법원1990.10.10. 선고 88누5280 판결, 같은 뜻임), 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다고 할 것이나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 하는 것인바(대법원 1995.6.16. 선고 94누12159 판결, 대법원 1996.1.23. 선고 95누13746 판결, 같은 뜻임), 과세처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 하기 위해서는 우선 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 할 것인데, 청구법인은OOO이 국가기관이고 우월적인 위치에서 쟁점부두임대료를 부과하고 있어 공적인 견해표명의 주체라고 주장하나, OOO은 임대차계약에 있어 임대인의 지위에 있는 자에 불과하고, 임대인이 국가기관이라는 이유만으로 공적견해 표명의 주체로 보기 어려우며, 청구법인이 OOO을 과세관청의 지위와 임무를 가지는 공적견해 표명의 주체로 판단할 객관적 사유가 없고,임차료가 체납되기 전까지는 부가가치세법에서 정하는 공급시기에 정상적으로 세금계산서를 발급받아 오다가2014년부터 임대료가 체납되어 세금계산서 발급이 중단된 바 있어 청구법인은 정상적인 세금계산서 교부시기를 알 수 있는 위치에 있다고 보여 공적견해를 신뢰하고 이를 따를 수밖에 없었다는 청구법인의 주장은신뢰하기 어려우며, 비록 임차료 체납으로 OOO이 세금계산서를 발행하지 않았더라도 청구법인은 매입자발행세금계산서 거래사실 확인요청이 가능함에도 이러한 확인요청도 하지 않았던 점 등에 비추어 볼 때처분청의 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 어긋난다고 볼 수는 없다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것인바(대법원 2008.10.23. 선고 2006두11750 판결, 같은 뜻임), 청구인과OOO 간에 체결된 임대차계약이 통상의 임대차계약과 구분되는 특약사항이 있는 특수한 계약도 아니며, OOO은 임대차계약 체결 이후 임차료가 체납되기 전까지는 부가가치세법에서 정하고 있는 공급시기에 정상적으로 세금계산서를 교부받아 오다가 임차료 체납 이후 부가가치세 납부 예산을 별도로 편성하지 못해 교부하지 않았던 사실이 확인되고, 청구법인은 부가가치세법제34조의2 및 같은 법 시행령 제71조의2 규정에 의해 OOO이 용역을 공급하고 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 용역의 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 관할세무서장의 확인을 받아 매입자발행 세금계산서를 발행할 수 있음에도 이러한 신청도 하지 않은 점 등에 비추어 볼 때부가가치세를 신고·납부하지 아니한 데에 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
4. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.