청구인이 기한 후에 종합소득세를 신고한 것으로 보아 중소기업특별세액감면 적용을 배제한 처분의 당부

OOO세무서장이 2016.12.23. 청구인에게 한 2012년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2012.8.31. OOO 토지 및 건물을 양도한 후 2012.10.30. 양도소득세 예정신고를 하였고, 2 012.12.10. 같은 동 OOO 토지 및 건물을 양도한 후 2013.2.12. 양도 소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 예정신고분에 대해 사업소득에 대한 종합소득세 신고 안내를 하였고, 청구인은 2013.11.30. 종합소득 세 신고를 하면서조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제7조에 규 정하는 중소기업에 대한 특별세액감면(OOO원으로 이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하였다.
• 다. 처분청은 국세청장의 종합감사에 따른 현지시정 요구에 의거, 쟁점감 면을 배제하여 2016.12.23. 청구인에게 2012년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2017.3.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청 구인은 2012년 중 OOO 소재 2채의 다세대주택을 신축하 여 양도하고 양도소득세 예정신고를 였으나, 2013년 11월 다세대주택의 양도로 인한 소득이 사업소득에 해당한다는 처분청 의 안내를 받고 2013.11.30. 종합소득세로 변경하여 신고하였다(OOO원 납부). 이처럼 청구인은 당초 양도소득에 대한 예정신고․납부 의무를 이행 하였고 이후 처분청의 안내에 따라 관련 양도소득금액을 사업소득금 액으로 변경하여 종합소득세를 신고·납부하였으며, 당초 처분청의 요 구대로 사업소득으로 수정신고가 이루어지지 않은 이유는 당초 양도소득으로 신고한 소득명세를 종합 소득세 신고서 양식에서 수정신고 사항으로 기술적인 표현을 할 수 없었기 때문이었 고, 2013년 11월 청구인의 종합소득세 신고는 당초 무신고한 사항에 대한 기한 후 신고가 아니라 소득구분 착오로 예정신고하였던 양도소득에 대하여 처분청의 신고 안내에 따라 수정신고한 것에 불과하므로 처분청이 쟁점감면을 배제하고 이 건 종합소득세를 부과한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 사업소득을 양도소득으로 잘못 판단한 것에 대한 책임은 전적으로 청구인에게 있는 것이므로, 종합소득세 신고기한이 지나 신고한 것은 기한 후 신고에 해당하고, 여기에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으 며, 청구인은 2010년부터 2012년까지 OOO 소 재 토지를 포함하여 총 18개의 필지를 취득하고 같은 기간 12개 필지를 양도하는 등 사업성을 갖추어 계속․반복적으로 부동산을 매매한 사 실이 있어 이 건 다세대주택의 양도로 인한 소득을 양도소득으로 잘못 알았다는 청구인의 주장은 인정하기 어렵다. 또한 청구인은 부동산매매업에서 발생한 소득을 양도소득으로 보아 예정신고한 것이 소득분류를 잘못한 것에 불과하므로 동 예정신고가 종합소득세 확정신고의 효력이 있다고 주장하고 있으나, 청구인이 주 장의 근거로 제시하는 질의회신 또는 심판례 등에서도 양도소득세 예정신고에 종합소득세 확정신고의 효력을 부여하고 있지 아니하고, 다만 경우에 따라 신고불성실가산세를 경감하도록 하고 있음을 확인할 수 있는바, 법정신고기한 내에 종합소득세 과세표준 신고서를 제출하지 않은 청구인은 ｢국세기본법｣ 제45조의3 제1항 에 따라 “법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자”에 해당하고, ｢조세특례제한법 ｣ 제128조(추계과세시 등의 감면배제) 제2항에서, “ ｢국세기본법｣ 제45조의3 에 따라 기한 후 신고를 하는 경우”에는 쟁점감면을 적용하지 않는다고 규정하고 있으므로 청구인이 종합소득세 확정신고 를 기한 내 이행하지 않은 것으로 보아 쟁점감면 적용을 배제한 것은 정 당하다

• 가. 쟁 점 청구인이 기한 후 종합소득세를 신고한 것으로 보아 중소기업특별세액감면 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 국세기본법 제45조 【수정신고】① 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세 표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1 항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) 제45조의3【기한 후 신고】① 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만,자산재평가법제15조에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 가. 작물재배업
• 나. 축산업
• 다. 어업
• 라. 광업
• 마. 제조업
• 바. 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다), 원료재생 및 환경복원업
• 사. 건설업

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업 등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30
• 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업 등을 경영하는 사업장: 100분의 5
• 마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10
• 바. 중기업의 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15 제128조【추계과세 시 등의 감면배제】②소득세법제80조 제1항 또는법인세법제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와국세기본법제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항ㆍ제3항, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조 의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 이 건 부동산의 양도와 관련하여 처분청에 제출한 양도소득세 예정신고서의 주요 내용은 <표1>과 같은바, 2012.10.30. 및 2 013.2.13. 2회에 걸쳐 양도소득세 예정신고를 하였고, OOO원을 납부 한 것으로 나타나며, 양도 일자별 양도부동산의 상세한 내역은 <표 2>와 같다. <표1> <표2> (2) 청구인이 처분청의 신고 안내에 따라 2013.11.30. 제출한 종합소득세 과세표준 신고 내역에 의하면, 기 예정신고한 양도소득을 주택신축판매업 관련 사업소득으로 변경하여 종합소득에 합산(OOO원)하였고, 이에 따라 산출된 세액(OOO원)에서 쟁점감면세액과 기 납부세액을 차감한 OOO원을 최종 납부세액으로 산정한 것으 로 나타난다.

(3) 국세청장이 2016.6.29. 처분청에 통보한 종합감사 결과 현지시정 사항에 의하면, 청구인이 이 건 다세대주택 등을 양도하고 양도소득 세 예정신고를 한 후, 처분청의 안내에 따라 종합소득세 과세표준 기한 후 신고를 하면서 쟁점감면을 적용한 것이조세특례제한법제128조에 위배된다 하여 청구인에게 수정신고를 권장하거나 즉시 경정조치하도록 통보한 것으로 나타난다. (4) 처분청은 청구인의 2013.11.30.자 종합소 득세 신고와 관련하여 사업소득 여부 및 신고불성실가산세 적 용 여부, 중소기업 여부 및 중소기업특별세액감면 대상 여부에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없고, 동 신고서 확인 결과 청구인이 기 납부세액(양도소득세)과 신고불성실가산세를 공제·적용하지 않아 청 구인에 대한 무납부 당 연경정·결의시 기납부세액 OOO원을 공제하고 신고불성실가산세 OOO원을 가산하여 고지세액을 산정하였다고 하고 있다.

(5) 국세청 차세대 시스템 조회자료에 의하면, 청구인은 2010년부터 2012년까지 총 30회에 걸쳐 부동산을 매매한 것으로 나타나고, 이 중 취득은 18회, 양도는 12회이며, 청구인은 동 매매에 대해 모두 양도소득으로 신고하였고, 처분청은 이에 대하여 사업소득으로 경정하거나 수정신고를 안내한 사실이 없이 모두 신고 시인한 것으로 나타난다. (6) 위 사실관계 및 관련 법률을 종합하여, 살피건대 청구인의 이 건 종 합소득세 신고가 당초 양도소득세 예정신고를 한 사항에 대하여 처분청이 감사지적에 의거 소득구분을 수정하여 신고하도록 안내함에 따라 이루어진 사실에서 법 소정의 기한 후 신고에 해당한다고 보기는 어려운 점, 처분청이 이전에도 청구인의 양도소득 세 신고사항 에 대하여 사업소득 으로 안내하거나 경정하지 않고 신고를 시인하였을 뿐 만 아니라 청구인 이 부동산매매업으로 사업자등록을 한 사실이 없어 청구인이 고의로 소득구분을 달리하여 종합소득세 신고를 누락하였다고 보기는 어려운 점, 소득구분의 착오로 종합소득세 신고를 하지 않은 경우 과세표준 확정신고의 예 외 규정을 준용하는 것이 합리적으로 보이는 점(조심 2014광2439, 2014.12.26. 외 다수 같은 뜻임) 등에서 청구인의 이 건 종 합소득세 신고는 과세표준 수정신고에 갈음한다고 하겠으므로 처분청이 쟁점감면을 배제하고 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이라 하 겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한