청구인은 쟁점법인의 주식을 48.4퍼센트 소유하여 소득세법제157조 제4항 제1호의 대주주 요건을 충족하였고, 2015년 소득세법 개정에 따라 중소기업의 주식을 대주주가 양도하는 경우에 적용세율이 10퍼센트에서 20퍼센트로 상향된 점, 부칙에서 2016.1.1. 이후 양도분부터 적용하도록 규정한 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 잘못이 없음
청구인은 쟁점법인의 주식을 48.4퍼센트 소유하여 소득세법제157조 제4항 제1호의 대주주 요건을 충족하였고, 2015년 소득세법 개정에 따라 중소기업의 주식을 대주주가 양도하는 경우에 적용세율이 10퍼센트에서 20퍼센트로 상향된 점, 부칙에서 2016.1.1. 이후 양도분부터 적용하도록 규정한 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 주식의 양도차익에 대한 과세범위를 정한 소득세법제94조 제1항 제3호에서 주권상장법인의 주식과 주권상장법인이 아닌 법인의 주식을 각각 가목과 나목으로 나누어 규정하였고, 같은 법 시행령 제157조 제4항은 주권상장법인의 대주주 범위(지분율 2% 이상 또는 시가총액 50억원 이상)를 정하고 있으므로, 이를 주권비상장법인의 주식에 그대로 적용할 수 없다.
(2) 소득세법제104조 제1항 제11호는 2015.12.15. 개정되어 중소기업 대주주의 주식양도세율이 10%에서 20%로 인상되었으나, 비상장 중소기업의 대주주 범위는 별도로 규정하지 않았다. 따라서, 개정된 규정을 주권상장법인과 주권비상장법인 모두에게 적용하는 것은 과세요건 명확주의에 위배되어 처분청의 이 건 처분은 부당하다.
(3) 2017.2.3. 소득세법 시행령 제167조의8 이 개정되어 주권상장법인과 주권비상장법인의 대주주 범위를 다르게 규정하고 있는바, 이러한 개정내용을 보더라도 개정 전 법령의 주권비상장법인의 대주주 요건이 불명확하였음을 알 수 있다.
(1) 소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 대주주를 “소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다)”로 규정함에 따라, 같은 법 제3장(거주자의 양도소득에 대한 납세의무) 전체에서 대주주는 같은 뜻으로 규정된 것이다.
(2) 따라서, 소득세법제104조 제1항 제11호 가목의 대주주 역시 같은 법 제94조에서 대통령령으로 위임한 대주주의 범위와 동일하므로, 쟁점주식의 양도소득 과세표준에 대하여 20%의 양도소득세율을 적용하여 과세한 처분은 적법하다.
(1) 소득세법(2016.1.19. 제13796호로 개정되기 전의 것) 제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항 에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.
2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주
⑥ 제4항 제2호에 따른 시가총액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.
2. 제1호외의 주식등의 경우에는 제165조 제4항의 규정에 의한 평가액
(1) OOO이 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당되고, 청구인이 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(2015.12.31.) 현재 OOO 주식의 48.4%를 소유한 점에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 쟁점주식의 양도․양수 계약서에 따르면, 청구인은 OOO쟁점주식 중OOO를 OOO에게 OOO에 양도하고, 나머지 OOO를 OOO에게 OOO에 양도하는 것으로 계약하였다. (3) 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목에서 주권상장법인이 아닌 법인의 주식을 양도하여 발생되는 소득에 대해서는 양도소득으로 과세하도록 정하였고, 같은 법 제104조 제1항 제11호 다목에서 중소기업의 주식을 대주주가 양도하는 경우에는 20%의 세율을 적용하도록 하였으며, 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주란 “법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인 및 그의 특수관계인이 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 합계액의 2% 이상을 소유한 경우(제1호) 또는 소유하고 있는 해당 법인의 주식 시가총액이 50억원 이상인 경우(제2호)에 해당 주주 1인 및 그의 특수관계인”으로 규정하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주의 범위를 규정하면서 같은 법 제3장(거주자의 양도소득에 대한 납세의무) 전체에서 동일한 뜻으로 해석되도록 정하였는바, 청구인은 OOO의 주식을 48.4% 소유하여 같은 법 시행령 제157조 제4항 제1호의 대주주 요건(지분율 2% 이상을 소유)을 충족하였고, 2015.12.15. 소득세법이 개정되어 중소기업의 주식을 대주주가 양도하는 경우에 적용되는 세율이 10%에서 20%로 증가되었으며, 그 부칙에서 해당 개정내용을 2016.1.1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하도록 정하였으므로 청구인이 2016.6.28. 양도한 쟁점주식에 대하여는 20%의 세율을 적용하는 것이 타당하다고 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점주식의 양도에 대하여 20%의 세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.