공통매입세액 안분계산시 2016.2.17. 개정된 「부가가치세법 시행령」 제81조 제1항을 소급적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 전라북도 OOO에 소재하며 도축업을 영위하고 있고, 판매목적으로 매입한 돼지·소의 도축, 가공 및 육류판매업 등의 면세사업(이하 “자가도축”이라 한 다)과 타인으로부터 위탁을 받아 도축·가공서비스를 제공하는 과세사업(이하 “위탁도축”이라 한다)을 겸영하고 있다. 청구법인은 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지의 과세기간 중에 발생한 고정자산 매입, 복리후생비, 수선비, 소모품비, 연료비, 폐기물 처리비, 전기료 등의 도축에 관련된 공통매입세액 OOO원(이하 “쟁점공통매입세액”이라 한다)을 과․면세 공급가액을 기준으로 안분계산하여 부가가치세를 신고하다가, 2016.10.26. 도축 두수를 기준으로 안분계산하여 위 과세기간의 부가가치세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 도축업을 영위하고 있는 사업자가 공통매입세액을 과세사업 및 면세사업에 관련된 도축의 두수를 기준으로 안분하여 계산할 수 있는 부가가치세법 시행규칙 제54조 제1항 은 2016.3.9. 신설되어 2016년 제1기 과세기간부터 적용하도록 규정하고 있다는 이유로 2016.11.25. 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 비록 부가가치세법 시행규칙 제54조 제1항 이 2016.3.9. 신설되었고 2016년 제1기 과세기간부터 적용하도록 규정하고 있다고 하나, 공통매입세액은 도축과정에서 발생한 매입세액으로 도축 두수에 비례하여 발생하고 있으므로 과․면세 공급가액을 기준으로 안분계산하는 것보다 면세(자가도축)․과세(위탁도축)사업에서 작업한 도축 두수를 기준으로 안분계산하는 것이 합리적이고 선결정례(조심 2008전33 2008.10.16., 국심 2006전1996 2006.11.1., 국심 1999구440 1999.12.30., 같은 뜻임)가 있음에도 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 도축업을 영위하는 사업자의 공통매입세액을 도축 두수에 따라 안분하여 계산하는 부가가치세법 시행규칙」 제54조 제1항 은 2016.3.9. 신설되었고 2016년 제1기 과세기간부터 적용하도록 명시적으로 규정하고 있는바, 청구법인의 경정청구 한 과세기간(2013년 제1기∼2015년 제2기)에 소급하여 적용할 법적인 근거가 없고, 법원은 이미 청구법인이 동일한 청구취지로 제기한 2010년 제1기～2012년 제2기 ‘부가가치세 경정청구 거부처분 취소소’에 대한 판결(광주고등법원 2015.7.6.선고 2015누221판결)에서 부가가치세 시행령 제61조 제1항, 제4항의 규정은 거기서 정하고 있는 안분계산방식과 순서에 구애됨이 없이 언제든지 다른 방식으로 공통매입세액을 안분할 수 있는 예시규정이라 볼 수 없으므로 동 규정에 따라 공통매입세액은 공급가액 비율로 안분계산하여야 한다고 판결한 바 있다(전심 조심 2013광4392, 2013.12.18.). 따라서, 청구주장은 이유가 없으며, 청구법인이 공제받지 못한 공통매입세액은 면세사업과 관련한 매입세액으로서 각 사업연도 법인세 소득금액 계산 시 이미 손금산입한바 있으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 2016.2.17. 개정된 부가가치세법 시행령 제81조 [공통매입세액 안분 계산]를 소급하여 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제40조[공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제81조[공통매입세액 안분 계산] (2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것)

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 공통매입세액×(해당과세기간의 면세공급가액/해당과세기간의총공급가액) 제81조[공통매입세액 안분 계산] (2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정된 것)

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 공통매입세액×(해당과세기간의 면세공급가액/해당과세기간의총공급가액) ※ 부칙 제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제33조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 제101조 제1항 제10호의 개정규정은 2016년 7월 1일부터 시행한다. 제2조[일반적 적용례] 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다. 제5조[공통매입세액 안분 계산에 관한 적용례] 제81조 제1항의 개정규정은 2016년 1월 1일 이후 개시하는 과세기간에 재화나 용역을 공급받는 분부터 적용한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제54조[공통매입세액 안분 계산] (2016.3.9. 기재부령 제546호로 개정 전)

① 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 법 제29조제8항에 따른 면세사업 등(이하 "면세사업등"이라 한다)에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업 등에 대한 수입금액으로 한다. 제54조[공통매입세액 안분 계산] (2016.3.9. 기재부령 제546호로 개정된 후)

① 영 제81조 제1항에 따른 "인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"란 도축업을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다. <신설 2016.3.9>

② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 법 제29조 제8항에 따른 면세사업등(이하 "면세사업 등"이라 한다)에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업 등에 대한 수입금액으로 한다. ※ 부칙 제1조[시행일] 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 제2조[일반적 적용례] 이 규칙은 이 규칙 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다. 제4조[공통매입세액 안분 계산에 관한 적용례] 제54조의 개정규정은 이 규칙 시행일이 속하는 과세기간에 대하여 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 타인의 요청에 의하여 돼지, 소를 OOO부터 시작하여 예냉실 보관까지 15단계의 공정을 거쳐 도축하여 주고 수수료를 받는 위탁도축사업은 부가가치세 과세사업이며, 타인으로부터 돼지, 소를 매수하여 15단계의 공정을 거쳐 도축하고 추가적인 해체작업 등을 통하여 생돈, 생우로 판매하는 자가도축 및 판매사업은 면세사업인데, 청구법인은 위탁도축사업과 자가도축 및 판매업을 겸영하고 있는 사업자이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 도축과정에서 발생한 공통매입세액은 도축의 두수에 비례하여 발생하고 있어 과세․면세 공급가액이 아니라 면세(자가도축)․과세(위탁도축)사업에서 작업한 각 도축 두수를 기준으로 안분계산하는 것이 합리적이고 2016.3.9. 관련 법령도 개정되었는바, 개정규정을 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지의 과세기간으로 소급하여 적용하여야 한다고 주장하나, 도축업을 영위하는 사업자의 공통매입세액을 도축 두수에 따라 안분하여 계산하는 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 은 2016.2.17. 신설되었고 부칙에서 2016년 제1기 과세기간부터 적용하도록 규정하고 있어 청구법인의 경정청구 과세기간(2013년 제1기∼2015년 제2기)에 소급하여 적용할 근거가 없는 점, 시행령 개정 전에 청구법인은 동일한 취지로 행정소송을 제기하였으나, 법원은 공통매입세액의 안분계산을 과세․면세 공급가액 비율로 하는 것이 적법하다고 판결한 점, 납세의무자에게 유리한 개정사항이라 하더라도 근거 없이 소급하여 적용할 경우 법적 안정성이 훼손될 우려가 있는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.