쟁점토지의 분양과 관련한 손익의 귀속시기를 청구법인이 수분양자에게 동 토지를 사용승낙한 날로 볼지 아니면 기반공사의 완료일로 볼지 여부 등

--------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1989년 ‘OOO이라는 명칭으로 설 립된 뒤 1999.1.1. 지방공기업법 및 전라북도의 조례에 의하여 지방공사로 전환된 후 OOO북도에서 택지분양 및 개발, 임대주택의 건설, 산업단지의 조성 등의 사업을 영위하고 있고, 2007.10.12. OOO주택공사와 'OOO도시'의 개발사업을 공동으로 시행 하되, 각 당사자가 스스로 필요한 사업비를 조달하여 담당구역을 개 발․준공한 후 각자의 손익비율을 동일하게 하도록 손익을 조정하는 특약을 포함하는 공동시행협약[이하 “이 건 협약(서)”라 하고 그 특약을 “쟁점특약”이라 한다]을 체결하였다. 한편 청구법인은 아래 <표1> 기재와 같이 2011.8.11.～2012.11.13. 기간 중 3회에 걸쳐 수분양자인 유한회사 OOO 등 3곳(이하 “쟁점수분양자”라 한다)에게 이 건 협약에 따른 개발사업의 담당구역 중 3곳의 토지(2014사업연도 기준으로 전체 담당토지의 면적 중 70.98%, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 사용승낙(이하 “쟁점사용승낙”이라 한다)을 하였고, <별지> 기재와 같이 2011․2012사업연도 중 각 사업연도별로 공사진행률에 의하여 손익을 인식하다가 2013사업연도 중 쟁점토지의 실제 사용승낙이 있는 것으로 보고 법인세 신고시 나머지 관련된 손익을 익금 및 손금에 산입하면서, 쟁점특약과 관련한 사업 비 정산금 추정액[이하 “쟁점정산금(추정액)”이라 한다]을 손금에 포함 하였다.
• 나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.2.15.～2016.3.27. 기간 중 법인세통합 조 사를 실시한 결과, 아래 <표2> 기재와 같이 쟁점토지와 관련한 손익의 귀속사업연도의 경우 청구법인이 당 초 신고한 2013사업연도가 아니라 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사업연도라는 이유로 2013사업연도의 법인세 신고에 포함한 당초 세무조정을 취소하고 관련된 손익을 2011․2012사업연도의 익금 및 손금으로 산입하되, 쟁점정산금 추정액의 경우 조사 당시 미확정된 부채성 충당금이라는 이유로 손금불산입하여야 한다고 보고 다른 조 사내역과 함께 법인세를 경정하도록 과세자료를 통보하자, 처분청 은 2016.11.29. 청구법인에게 법인세 합계 OOO)을 경정․고지 하였다. ※ 위 세무조정액은 이 건 과세처분 후 처분청이 직권경정한 금액(각 사업연도별 진행률 차이 조정)을 반영한 것임
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점사용승낙과 관련한 손익의 귀속시기는 쟁점수분양자가 쟁 점 토지를 실질적으로 사용가능한 날이 속한 2013사업연도로 보아야 한다. 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 단서에서 토지 등 상품 외의 자산을 양도하면서 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기 또는 그 자산의 인도를 하거나 상대방이 그 자산을 사용수익하는 경 우의 손익귀속시기를 이전등기일․인도일․사용수익일 중 빠른 날 이 속하는 사업연도로 하도록 규정하고 있으나, 같은 법 기본통칙 40-6 8… 4에서 사용수익의 약정이 없는 경우의 손익귀속시기를 자산양도 법인 의 사용승낙으로 인하여 매수인이 그 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날이 속하는 사업연도로 하도록 규정하고 있다. 또한 양수인이 양도인으로부터 매매목적물인 자산을 이용․관리 할 수 있도록 하는 승낙을 받았다 하더라도 이를 제한적인 목적에서 이용하도록 하는 것에 불과한 경우에는 양수인이 자산을 독자적으로 사용․수익할 수 있게 한 것이 아니므로 그 단순한 사용승낙시점을 ‘사용수익일’에 해당한다고 볼 수는 없다 할 것이다(서울고등법원 201 6.8.18. 선고 OOO 판결). 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사업연도에는 청구법인이 쟁점수분양자 중 농업진흥청을 제외한 나머지로부터 쟁점토지의 총 계약금액 중 일부를 회수하지 못한 점, 쟁점수분양자에게 쟁점토지에서 청사신축, 공공주택의 건설, 관련된 인․허가 등의 목적으로 사용승낙하였을 뿐 쟁점토지의 임대, 처분 등을 제한하였으므로 모든 사용․ 수익권을 양도한 것이 아닌 점 등을 볼 때 쟁점수분양자가 쟁점토지 를 제한적인 목적으로 이용하는 것에 불과하나, 2013사업연도에는 쟁점 토지가 포함된 쟁점토지에서의 도로, 수도 등 기반시설공사가 완료되어 매수인이 실질적으로 동 토지를 사용할 수 있게 되었으므로 쟁 점토지와 관련된 손익의 귀속사업연도는 그 ‘실질적인 사용수익일’ 이 속한 2013사업연도로 보아야 한다. 한편 쟁점토지의 총 분양대금에는 쟁점사용승낙일 이후인 2013 사 업연도에 준공되는 위 기반시설공사와 관련한 손익이 포함되어 있 으므로 그 나머지 손익의 귀속시기를 쟁점사용승낙일이 속한 2011 ․ 2012사업연도로 보더라도 동 기반시설공사와 관련한 손익의 귀속시기를 2013사업연도로 보아야 한다. (2) 설사 쟁점토지와 관련한 손익의 귀속시기를 2011․2012사업연 도로 보더라도 쟁점정산금 추정액을 손금산입하여야 한다. 첫째, 쟁점정산금은 쟁점토지와 관련한 수익과 직접 대응되는 비 용에 해당한다. 법인세법상 수익․비용은 수익이 확정되면 이에 대응하는 원 가, 비용 등을 산입하는 것이지 비용의 확정여부에 따라 수익의 인식시기가 달라지는 것이 아니고, 장차 수익에 대응하는 추가적인 비용의 지출이 예상되어 있다고 하더라도 수익과의 대응성이 인정 되고 합리적인 추정으로 산정된 비용이라면 미리 해당 사업연도의 손 금으로 산입할 수 있다 하겠다(대법원 2004.10.28. 선고 OOO 2015.12.16., 국세청 서면2팀-360, 2007.3.5 등). 쟁점토지를 포함한 개발사업은 하나의 시행자가 수행하기 어려운 현실을 고려하여 청구법인과 OOO공사가 공동시행하되, 어느 한 당사자가 지나친 손실 또는 이익이 발생할 위험을 회피하고자 동 개발사업의 준공 후 각자의 손익비율이 동일하도록 손익을 조정하도 록 한 것인바, 만약 대규모 토지를 공동으로 개발하는 사업의 경우에서 이러한 사업비정산과 관련한 특약이 없다면 사업성과의 불확실성으로 인하여 원만한 사업착수를 담보하기 어려운 점, 각 공사시행당사자 간의 과도한 경쟁 등으로 인하여 국가정책에 따라 지방으로 이전하는 공기업 또는 공공주택에 입주하는 국민에게 그 피해가 전가될 수 있 는 점, 사업비의 정산은 어느 공사시행당사자가 분양가액을 높게 책정하 여 분양이익이 크게 발생하는 경우에 부담하도록 함으로써 합리적이고 수익성 있는 분양가액을 확보하고 공사계약 이행의 질을 높이는데 매 우 중요한 점 등을 감안할 때 쟁점정산금은 분양수익과 직접 대응되는 비용에 해당한다고 보아야 한다. 둘째, 쟁점정산금은 합리적으로 추정되었다. 청구법인은 2011～2012사업연도 중 각 사업연도의 잔여분양수익 을 인식할 때 공시된 OOO공사의 분양수익내역 및 용지비 추정자료, 쟁점토지의 개발사업과 관련한 조성원가심의위원회의 심의자료, 입찰공고문 및 분담금 요청자료와 청구법인의 사업상의 경험 등 이용가능한 모든 정보에 근거하여 최선을 다하여 쟁점정산금을 추정하여 재무제표상의 충당부채로 인식하였고, 그 추정 후에도 매년 관련된 공사를 진행함에 따른 동 추정액의 변경내역을 반영하였다. 나아가 한국채택국제회계기준 제1037호 문단14에 의하면 충당부 채는 과거사건의 결과로 발생한 현재의 의무로서 그 의무를 이행하기 위하여 자원을 유출할 가능성이 매우 높고, 그 금액을 신뢰성 있게 추정할 수 있는 경우에 한하여 인식할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구법인의 감사보고서에서 개발이익금배분비용 등 충당부채의 경우 향후 지출에 대한 최선의 추정치를 설정하도록 한 것을 볼 때 쟁점 정산금 추정액은 외부감사인에 의하여 신뢰성 있는 것으로 인정받았 다 할 것이다. 한편 처분청은 설사 쟁점정산금 추정액이 합리적으로 추정된 것이라 할지라도 쟁점정산금의 경우 개발사업의 종료 후 한국토지주택 공사와의 상호검증을 통하여 지급의무가 확정되는 비용으로서 그 전 인 각 사업연도별 잔여분양수익 인식 당시에는 미확정된 비용에 해당 한다는 이유로 그 귀속시기가 도래하지 아니하였다는 의견이나, 위 판례 등에 의하면 수익과의 대응성이 있고 합리적인 추정으로 산정된 비용이라면 그 추정 당시에 미리 인식할 수 있는 점, 처분청이 쟁점 토지와 관련한 보상비 등 기타 조성비 등의 경우 쟁점정산금 추정액 과 동일하게 추정에 의하여 산정되어 미확정된 비용에 해당됨에도 이를 손금으로 인정한 점 등을 볼 때 쟁점정산금 추정액만을 미확정비용 이라는 이유로 손금불산입한 것은 일관성이 없어 부당하다. 또한 처분청은 손익의 귀속시기 판단에 있어 납세의무자가 기업회계기준에 따른 수익․비용의 대응과 관련한 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 법인세법상 손익의 권리․의무확정주의에 앞서 이를 예외적으로 인정할 수 있다는 점을 인정하면서도, 쟁점정산금 추정액 의 경우 장부상의 결산에 반영하지 아니하고 신고조정으로 익금과 손금 에 산입하였으므로 위 수익․비용의 대응과 관련한 관행이 적용되지 아 니 한다는 의견이나, 청구법인은 각 사업연도에 쟁점정산금 추정액을 분 양수익에 대응되는 원가로서 장부상의 결산에 반영(관련된 충당부채를 분양률에 따라 당기 비용, 나머지를 재고자산으로 계상)한 점, 청구 법인이 쟁점토지의 실질적인 사용승낙일이 포함된 것으로 본 2013 사업연도 중 관련된 잔여분양수익을 일시에 익금산입함과 더불어 이 에 대응되는 기타 조성비 등 및 쟁점정산금의 각 추정액을 손금산입한 점 등을 감안할 때 쟁점정산금 추정액은 기타 조성비 등의 추정액과 동일하게 수익․비용의 대응과 관련한 관행에 부합한다 할 것이다. 아울러 처분청은 2011․2012사업연도의 공사진행률이 진척되었음 에도 쟁점정산금 추정액이 동일하다는 이유로 동 추정액을 신뢰성 없다는 의견이나, 위 사업연도 중에는 그 추정을 위한 가정, 추정요소 등에 유의적인 변동이 없어서 각 추정액을 동일하게 본 것이다. 셋째, 쟁점정산금 추정액의 귀속시기를 2011․2012사업연도로 보 지 아니할 경우 청구법인에게 과도한 세부담이 발생한다. 만약 처분청의 의견과 같이 수익이 확정되었음에도 쟁점정산금 추정액이 확정되지 않았다는 이유로 쟁점토지 개발사업의 종료 후에 그 상당액을 손금에 산입하여야 한다면 그 종료 후에는 청구법인에게 다른 과세대상소득이 발생하지 아니할 가능성이 크므로 세무상 결손 이 발생하게 되나 계속하여 과세대상소득이 발생하지 아니할 경우에는 그 결손금을 공제받을 수 없으므로 청구법인으로서는 쟁점토지와 관 련 한 손익의 합계액에 대하여 최고 세율(25%)을 초과하는 실효세율 70 % 상당의 법인세를 부담하게 되므로 매우 불합리한 결과가 초래된다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점사용승낙과 관련한 손익의 귀속시기는 쟁점수분양자가 쟁 점토지를 실질적으로 사용․수익한 2011․2012사업연도이다. 쟁점토지는 청구법인이 쟁점수분양자에게 지방으로 이전하는 공공기관의 청사, 공동주택 등을 건설할 것을 전제로 분양한 것으로서 동 수분양자가 2013사업연도가 아니라 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사업연도 중에 해당 건설의 착공을 개시하였다. 한편 청구법인은 판례(서울고등법원 2016.8.18. 선고 OOO 판결)를 제시하면서 단순한 사용승낙시점의 경우 법인세법상 비용의 귀속시기로 보는 ‘사용수익일’에 해당되지 아니한다고 주장하나, 위 판례는 양도인이 토지를 계속 사용․수익하는 상태에서 양수인으 로 하여금 동 토지와 관련한 각종 인허가를 받을 수 있도록 편의를 제공 하기 위해 사용승낙을 해준 사례에 대한 것이므로 쟁점토지를 청구 법인이 아니라 양수인인 쟁점수분양자가 사용․수익하는 이 건에 적 용될 수는 없다 할 것이다. 또한 청구법인은 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사업연도에는 쟁점토지와 관련한 기반시설공사가 진행 중이었으므로 그 관련된 손익의 귀속시기를 동 공사의 완료일이 속한 2013사업연도로 보아야 한다고 주장하나, 위 기반시설공사는 청구법인이 개발사업시행자로서 설치하는 것이지 양수인인 쟁점수분양자에게 공급되는 것은 아니므로 동 공사의 완공여부는 쟁점토지와 관련한 손익의 귀속시기에 대한 판단과 무관하다(조심 2008중3880, 2010.12.06.). (2) 쟁점정산금 추정액을 손금산입할 수는 없다. 첫째, 쟁점정산금 추정액은 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사 업연도에 확정된 비용이 아니다. 해당 사업연도에 발생하지 아니하고 그 금액이 확정되지 아니한 비용을 손금에 산입하는 것은 세법에 위배되는바(조심 2014부4836, 2016.3.16.), 쟁점정산금은 청구법인과 OOO공사가 쟁점특약에 따라 각 담당구역의 개발․준공 후 상호 간의 검증을 거쳐 각자의 손익비율을 동일하게 조정하는 것이고, 법인세법에 따라 사용승 낙 일을 기준으로 손익을 인식하는 것은 진행기준에 따라 미인식한 손익 을 사용승낙일에 인식하는 것인바, 쟁점정산금이 합리적으로 추정된 것이라 할지라도 미확정되어 진행기준으로도 인식할 수 없는 쟁점정산금의 추정액을 쟁점사용승낙일에 인식할 수는 없다 할 것이다. 둘째, 쟁점정산금 추정액은 합리적으로 추정된 신뢰성 있는 금액이 아니다. 법인세법에서 손익의 귀속과 관련한 권리․의무확정주의와 더불어 거래유형별 또는 대금의 지급방법별로 귀속시기를 열거하고 있고, 이러한 규정은 다양한 거래유형을 예측하여 모든 손익의 귀속 을 정한 것이라 할 수는 없으므로 동 규정으로 손익의 귀속을 정하는 것 이 어려운 예외적인 경우에는 위 권리․의무확정주의에 반하지 아니하는 범위에서 일반적으로 공정․타당한 회계관행으로 인정되는 기업회계 기준으로 손익의 귀속을 정할 수 있고, 그렇게 하는 것이 국세기본법 제20조에 따른 기업회계기준의 존중 및 법인세법상의 동 기준 및 관행의 적용원칙에 부합하나(대법원 1992.10.23. 선고OOO 판결, 조심 2014부4836, 2016.3.16. 등), 이는 법인이 기업회계기준 및 관행을 계속 적용한 경우에만 해당된다 할 것이다. 청구법인은 심판결정례 등을 제시하면서 기업회계기준상 수익․비용의 대응원칙에 따라 쟁점정산금 추정액을 쟁점사용승낙일 현재의 분양수익에 대한 손금으로 산입할 수 있다고 주장하나, 동 심판결정 례 등은 모두 비용을 장부상의 결산에 반영한 것인데 반하여 쟁점토지와 관련한 분양수입 및 이에 대응하는 비용인 쟁점정산금 추정액의 경우 그 결산에 반영하지 되지 아니하고 신고조정으로 각각 손익에 산입한 이상 위 기업회계기준 및 관행의 적용원칙에 적용될 여지가 없다. 설사 쟁점정산금 추정액에 대하여 기업회계기준상의 수익․비용대응원칙을 적용할 수 있어서 신고조정으로 손금산입을 할 수 있다고 하더라도 동 추정액은 합리성 및 신뢰성이 있어야 할 것이다. 청 구 법인 은 입수할 수 있는 정보를 근거로 하여 최선을 다하여 쟁점정산금을 추정하였으므로 신뢰성 있는 금액이라고 주장하나, 쟁점정산금은 청 구법인과 한국토지주택공사의 각 손익률을 조정하는 것이므로 청구법인 뿐만 아니라 동 공사의 예상손익도 신뢰성 있는 자료를 근거로 추정되어야 하고 청구법인이 위 공사에게 쟁점정산금을 지급하여야 하는 것이라면 동 공사의 손익이 당초 예상보다 낮은 데에 기인할 것이므 로 그 요인이 동 공사에게 있다 할 것인바, 조사청이 조사 당시 청구법 인 소속의 총무회계부장인 OOO 등에 대하여 실시한 문답에서 OOO 는 위 공사로부터 쟁점정산금의 추정에 필요한 어떤 공식적인 자료도 제 공받지 아니한 채로 청구법인이 스스로 수집하거나 동 공사의 소속 직원으로부터 유선으로 확인한 자료만을 근거로 쟁점정산금을 추정 하였다고 진술한 점, 이 건 약정서에서 각 당사자의 비용을 산정함에 있어 직접인건비율 등을 OOO공사의 기준에 따르도록 규정하고 있음에도 쟁점정산금의 경우 당시 동 기준이 아니라 ‘2009년 전라북 도 전주․완산혁신도시조성 원가심의위원회의 심의자료’를 근거로 추정 된 점, 매년 쟁점토지의 공사가 진척됨에 따라 쟁점정산금 추정액도 증 가 하여야 함에도 청구법인의 감사보고서에 의하면 그 2011․2012사업 연 도분 추정치가 398억원 상당으로 동일(같은 기간의 공사진행률은 27.5% → 48.2%)한 반면에 전체 기간의 증가율이 큰 점(2011년 398억 원 → 2015년 1,160억원, 증가율 191%) 등을 감안할 때 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이고, 설사 입수가능한 정보를 근거로 하였다 고 하여 그 추정치의 합리성 및 신뢰성이 담보되는 것이 아니다. 한편 청구법인은 처분청이 기타 조성비 등을 손금으로 부인하지 아니한 것을 이유로 쟁점정산금 추정액도 동일하게 보아야 한다고 주장하나, 기타 조성비 등을 손금부인하지 아니한 것과 쟁점정산금 추정액을 손금으로 인정할지 여부는 서로 다른 사안이다. 요컨대 법인세법에 따라 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012 사업연도에 인식할 잔여분양수입에 대응하는 잔여분양원가는 예상되 는 원가의 총액에서 그 동안 진행기준을 적용하여 세무상 손금으로 인정받은 금액을 차감한 나머지만이 인정된다고 할 것이다.

• 가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점토지의 분양과 관련한 손익의 귀속시기를 청구법인이 수분양자에게 동 토지를 사용승낙한 날로 볼지 아니면 기반공사의 완료일로 볼지 여부

② (예비적 청구) 설사 위 사용승낙일을 그 귀속시기로 보더라도 청구법인이 관련된 공공택지분양사업의 준공 후 손익정산을 위하여 공동사업자에게 지급할 정산금을 그 준공 전의 사업연도의 손금으로 인정할지여부

• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조[기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산․부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령 제68조[자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] ①법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 상품(부동산을 제외한다)․제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매: 그 상품 등을 인도한 날

: 그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

(3) 국세기본법 제20조[기업회계의 존중] 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사․결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다. ※ 법인세법 기본통칙 40-68…4[사용수익 약정일이 없는 경우의 사용수익일] 영 제68조 제1항 제1호에서 규정하는 “사용수익일”이라 함은 당사자 간의 계약에 의하여 사용수익을 하기로 약정한 날을 말하는 것이나, 별도의 약정이 없는 경우에는 자산을 양도하는 법인의 사용승낙으로 인하여 매수인이 당해 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날을 말한다.

(4) 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1037호[충당부채, 우발부채 및 우발자산] 문단14 충당부채는 다음의 요건을 모두 충족하는 경우에 인식한다. (가) 과거사건의 결과로 현재의무(법적의무나 의제의무)가 존재한

• 다. (나) 해당 의무를 이행하기 위하여 경제적 효익이 있는 자원을 유출할 가능성이 높다. (다) 해당 의무를 이행하기 위하여 필요한 금액을 신뢰성 있게 추정할 수 있다. 위 요건을 충족하지 못할 경우에는 충당부채로 인식할 수 없다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 결의서 등의 심리자료를 보면 청구법인이 2007.10.12. OOO의 개발사업을 공동으로 시행하되, 각 당사자가 스스로 필요한 사업비를 조달하여 담당구역을 개발․준공한 후 각자의 손익비율을 동일하게 하도록 손 익을 조정하는 특약을 포함하는 이 건 협약을 체결한 후 2011.8.11.～2012.11.13. 기간 중 3회에 걸쳐 수분양자인 쟁점수분양자에게 이 건 협약에 따른 개발사업의 담당구역 중 쟁점토지에 대한 쟁점사용승낙 을 하였고, 2011․2012사업연도 중 각 사업연도별로 공사진행률에 의하 여 손익을 인식하다가 2013사업연도 중 쟁점토지의 실제 사용승낙이 있 는 것으로 보고 법인세 신고시 나머지 관련된 손익을 익금 및 손금에 산 입 하면서, 쟁점특약과 관련한 쟁점정산금 추정액을 손금에 포함하였으나, 조사청이 법인세통합조사를 실시한 결과, 쟁점토지와 관련한 손익의 귀속사업연도의 경우 청구법인이 당초 신고한 2013사업연도가 아니 라 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사업연도라는 이유로 2013사업연도 의 법인세 신고에 포함한 당초 세무조정을 취소하고 관련된 손익을 2011 ․ 2012사업연도의 익금 및 손금으로 산입하되, 쟁점정산금 추정액의 경 우 조사 당시 미확정된 부채성 충당금이라는 이유로 손금불산입하여야 한다고 보고 다른 조사내역과 함께 법인세를 경정하도록 과세자료를 통보하자, 처분청이 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 이 건 협약을 보면, 청구법인이 전체 면적 중 도시용지(사업단위가 ‘도시부1․2’인 것)의 경우 38.2%, OOO’인 것)의 경우 28.8%를 담당하고, 각 당사자가 담당구역의 공사에 필요한 사업비를 조달하여 집행하되 최종 4단계 구간의 준공 후 각자의 손익률이 서로 다를 경우 손익비율이 같도록 그 차이를 정산하는 쟁점특약이 포함된 것으로 나타나고, 2013.1.31. 그 1단계 구간이 준공되었으며, 조사청의 조사 당시 3단계 구간이 준 공되었고, 마지막 4단계 구간은 2016.12.31. 준공예정이었다. (나) 청구법인의 쟁점토지 등과 관련한 손익의 신고 내역을 보면 청구법인이 쟁점토지를 포함하여 이 건 협약에 따른 개발공사와 관련 한 손익 중 분양계약의 체결분에 한하여 공사진행률로 인식하고, 쟁점사 용 승낙분(위 토지)의 경우 2013사업연도 법인세 신고시 인식(손금에 산 입 한 비용의 경우 이후 사업연도에 공사진행률에 따른 비용을 손금불산 입)하였으며, 2013사업연도 법인세 신고내역에 의하면 아래 <표4> 기재와 같이 전체 개발공사와 관련한 잔여분양수익OOO원, 동 수 익 상당액에 아래 <표5> 기재와 같은 원가율을 적용하여 산출한 대응원 가 OOO억원을 각각 익금과 손금에 산입하였고, 원가율의 산정시 쟁점 정산금과 기타 원가를 구분하여 추정한 것으로 나타난다. OOO (다) 처분청은 아래와 같은 쟁점수분양자의 쟁점토지 사용내역을 근거로 쟁점토지의 실질적인 사용일을 2013사업연도가 아니라 2011․2012사업연도로 보았다. 1) 유한회사 OOO홈페이지의 주택사업분야 사이트를 보 면 동 법인이 OOO혁신도시에서 시행하는 공동주택의 건설을 2011.12.1.부터 시행하는 것으로 나타난다. OOO도시에 착공’ 제목의 언론기사를 보면 지방행정연수원이 같은 날 청사 건설의 착공을 한 것으로 나타난다.

3. 2015.3.4. 게재된 ‘OOO3개 소속기관 3월 이전, 전북시대 개막’ 제목의 언론기사를 보면 농촌진흥청 소속의 국립식량과학원의 청사 건설이 2012년 3월 착공된 것으로 나타난다. (라) 처분청은 조사청이 조사 당시 청구법인의 소속 직원을 상대 로 작성한 아래의 문답 내용을 근거로 쟁점정산금 추정액이 합리성 또는 신뢰성을 갖추지 못한 것으로 보았다.

1. 총무회계부장 OOO에 대한 것을 보면 OOO는 청구법인이 한국토지주택공사의 분양금액 및 용지비․조성비, 간접비 등의 각 추정액에 대하여 어떤 자료를 근거로 하였는지를 묻는 조사청의 질문 에 대하여, 쟁점정산금 추정액을 산출하기 위하여 위 공사에게 수차례 위와 관련한 자료의 제공을 요청하였으나 입수할 수가 없었는바, 분 양 금액 및 용지비․조성비의 경우 청구법인이 수집한 자료와 담당자들 의 의견을 반영하여 산정하였고, 간접비의 경우 위 공사와 동일하게 용 지비․조성비의 추정액에 ‘2009년도OOO혁신도시조성 원가심의위원회의 심의자료’에 기재된 조성원가산출표의 일반관리비 요율 2.8%와 금융비용율 2.99%를 적용하여 산정하였다고 진술한 것으로 나타난다.

2. 보상판매부장 OOO에 대한 것을 보면 OOO은 위 OOO에 대한 조사청의 질문과 같은 취지의 질문에 대하여 분양금액의 경우 위 공사가 OOO에 제출한 자료 상의 금액, 용지비․조성비의 경 우 위 조성원가심의위원회의 자료, 사업계획서, 각종 회의자료 등을 근거 로 하여 각각 추정하였고, 후자의 경우 위 공사 소속의 담당자로부터 유 선으로 확인한 지출액 또는 지출 추정액 등으로 상호 대사한다고 진술한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 청구법인이 쟁점수분양자에게 각각 발송한 쟁점토지사용승낙 서 등을 보면 청구법인은 쟁점수분양자의 요청을 받은 후 쟁점사용승낙 일에 동 수분양자 중 유한회사 OOO에게 ‘공동주택의 착공 및 관련된 인․허가’, 지방행정연수원에게 ‘청사 착공’, 농촌진흥청에게 ‘공사착공 및 시공 관련 업무’의 용도로 각각 쟁점토지의 사용승인을 한 것으로 나타난다. (나) 이 건 협약서를 보면 제6조 제2항에서 ‘전체 손익률에서 시행 자별 손익률을 차감한 금액을 각 시행자별 총 비용과 곱하여 산출하 는 방법’으로 쟁점정산금을 산정하고, 같은 조 제5항에서 손익정산의 시 기는 이 건 협약에 따른 사업의 준공인가일로부터 6개월 이내로 하며, 같은 조 제6항에서 공동시행자(청구법인과 OOO건설) 간의 손익 검증은 위 사업의 연도별 수입․지출결산서를 기준으로 하되, 각 시행자의 요청이 있을 경우 공동시행자가 합의한 공인회계사에게 손익의 검증을 의뢰할 수 있다고 규정한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2013사업연도말 현재의 쟁점정산금OOO억원 상당 을 아래 <표6> 기재와 같이 추정하였고, 이 중 공급금액의 경우 2013년 12월말 기준으로 국회 교육위원회 OOO의원에게 제출한 ‘전북혁신 도시 분양실적’상의 분양대상금액을 근거로 하였고, 투자금액 중 용 지 비․조성비의 경우 2009년 9월 작성된 OOO 원가심의 위원회의 심의자료’ 및 같은 해 4월 작성된 ‘한국산업관계원 조성원가 산정용역보고서’의 산출방법 및 배부기준에 따라 청구법인과 한국토 지 주택공사의 해당 금액을 별도로 산정한 다음, 그 이후에 위 공사 소 속의 보상담당자의 의견, 2013년 위 공사의 입찰공고문 및 분담금 요청자료, 설계변경 협의자료를 토대로 추가변경분을 추정하였으며, 일반 관리비의 경우 각 시행자별 용지비․조성비 추정액의 합계액에 위 조 성원가심의위원회의 심의자료에 기재된 일반관리비 요율을 적용 하여 산출하였고, 자본비용 중 청구법인 것의 경우 청구법인의 미상 환 차입금에 예상금리를 곱하여 산정하였고, 위 공사 것의 경우 청구법 인의 자본비용비율(자본비용/투자금액)에 위 공사의 투자금액을 곱하여 산정하였다고 주장하면서, 2014년 9월말 현재의 혁신도시부지 분양현 황 (표), 위 조성원가심의위원회의 심의자료, 위 공사의 입찰공고문, 입찰 금 요청자료 및 용지비 추정자료를 제출하였다. OOO (라) 청구법인의 2013사업연도 감사보고서 중 일부를 보면 충당부 채와 관련한 주석에서 청구법인이 한국채택국제회계기준 제1037호 문단14에 따라 충당부채를 인식하고 있고, 충당부채의 금액에 대한 최선의 추정치로서 관련된 사건과 상황에 대한 불확실성을 고려하며, 개발사업과 관련하여 개발부담금 또는 개발이익금의 배분비용 등이 발생할 수 있을 경우 그 의무의 이행에 소요되는 지출에 대한 최선의 추정치, 관련된 공사와 관련하여 보상금, 하자보수비, 특별수선비 등 이 발생할 수 있을 경우에는 당기말 현재의 추정치를 각각 충당부채로 설정하는 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 주위적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 분양과 관련한 손익의 귀속시기를 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012 사업연도가 아니라 그 기반시설이 완공된 2013사업연도로 보아야 한다고 주장하나, 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호에서 상품 등 외 의 자산 양도의 경우로서 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이 전등기를 하거나 그 자산을 인도하거나 상대방이 그 자산을 사용수 익하는 경우에는 그 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 그 손익의 귀속사업연도로 한다고 규정하고 있고, 이를 적용함 에 있어서 달리 예외를 규정하고 있지 아니한바, 처분청이 제출한 유한 회사 한백종합건설 홈페이지의 주택사업분야 사이트 출력물 등의 심 리자료를 보면 청구법인이 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사업연도 중 유한회사 한백종합건설 등 쟁점수분양자에게 쟁점토지의 사용승인 을 하였을 뿐만 아니라 동 수분양자가 같은 사업연도에 청사의 건축 등으로 동 토지를 사용한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점 토지의 사용승인일은 2011․2012사업연도로 보는 것이 타당하므로 처분청에서 청구법인이 법인세 신고시 2013사업연도에 쟁점토지와 관련한 손익을 귀속시킨 것을 부인하고 그 손익을 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사업연도에 귀속시켜 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 예비적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 국회 교육위원회 소속 의원에게 제출한 ‘OOO도시 분양실적’상의 분양대상금액, OOO도시조성 원가심의위원회가 작성한 용지비, 조성비 등의 원가자료 등의 입수할 수 있는 모든 자료를 근거로 산정한 쟁점정산금 추정액을 쟁점사용승낙일이 속한 2011․2012사업연도의 쟁점토지와 관련한 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 법인세법 제40조 제1항에서 ‘각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있 고, 이 건 협약서를 보면 쟁점정산금은 원칙적으로 이 건 협약서에 따라 계약당사자인 청구법인과 OOO공사가 관련된 공사의 준공 후 에 양측의 손익을 검증하여 확정되는 것인바, 청구법인이 추정한 쟁점정산금이 확정된 수준으로 신뢰성․객관성이 있는지가 검증된 것 으로 보기 어렵고 달리 이를 입증할 증빙자료가 제시되지 아니한 이 상 쟁점정산금 추정액을 그대로 쟁점사용승낙일이 속한 사업연도의 손금 으로 인정하기는 무리가 있으므로 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.