[요지] 청구법인을 중앙행정기관의 장으로 보기 어려운 점, △△△△원은 관세법 시행규칙 제37조 제2항 제21호에 감면대상기관으로 규정되어 있는 반면, ○○○○센터는 규정되어 있지 않는 점, 주 설립 목적을 감안할 때 청구법인을 ‘시험소ㆍ연구소’로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점물품을 학술연구용품 감면대상으로 보기 어렵고, 수입신고수리전 세액심사를 거쳤다는 사실만으로 과세관청의 견해표명이 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 반하는 것으로 보기 어려움
[참조결정] 조심2016관0234
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 관세법에서 “시험소·연구소”의 범위를 규정하고 있지 않으므로, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정한 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 ‘시험소·연구소 등’에 해당 여부는 사실관계를 토대로 법조항의 합목적성에 비추어 판단하여야 하고, 실제 시험·연구 사무를 수행하고 있는 쟁점사용기관은 감면대상기관인 “시험소·연구소”에 해당한다. (가) 청구법인은 지방자치단체로서 소속기관인 쟁점사용기관의 시험·연구 사무를 수행하는 데에 필요한 수요물자를 조달하기 위하여 조달청장과 구매계약을 체결하고 쟁점물품을 수입하면서, 관세법 제90조 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호 규정에 의하여 중앙행정기관의 장의 자격으로 학술연구용품 관세감면을 신청하였다. (나) 관세법제90조 제1항 제1호에서 국가기관, 지방자치단체 및 기획재정부령으로 정하는 기관에서 사용할 학술연구용 등은 관세를 감면할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호(같은 법 제90조 제1항 제2호의 위임규정이다)에서 ‘기획재정부령으로 정하는 기관’에 대해 “정부조직법 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소” 등을 규정하고 있으나, ‘시험소ㆍ연구소의 범위’에 대해서는 관세법상 별도의 규정이 없으며 관세청장이 유권해석한 바도 없다. ‘시험소ㆍ연구소’의 범위와 관련하여 학술진흥법 시행령 제2조에서 “연구기관이란 해당 연구 분야에서 3년 이상 연구한 경력이 있는 연구전담요원 3명 이상을 상시 확보하고, 연구시설을 갖춘 국내외 연구기관을 말한다”고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행규칙 제39조 제1항 제1호에서 정한 “지방자치단체의 조례에 따라 설치된 기관이 운영하는 시험소, 연구소 등”은 부가가치세를 면제하는데, 국세청장은 이와 관련하여 여러 차례에 걸쳐 “국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 시험소·연구소의 의미는 기관의 명칭이 시험소·연구소로 직제 되어 있는 기관뿐만 아니라 시험소·연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험·연구를 관장하게 되어 있고, 시험·연구장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하고 있으면 부가가치세법 시행규칙에서 규정하는 시험소·연구소에 해당한다”고 회신한 바 있다. (다) 쟁점사용기관은 지방자치단체의 직속기관으로서 해당 지방자치단체의 조례에서 시험·연구사무를 그 소관사무로 규정하고 있고, 실제 다음과 같이 시험·연구사무를 수행하고 있다. 첫째, 쟁점사용기관을 비롯한 농업기술센터는 농촌진흥법 제7조 제2항 제2호에 따라 농촌진흥청장의 농촌진흥사업 중 연구개발 사업에 공동연구기관으로 참여하고 있는데, 이에 관한 대표적인 연구개발 사업은 토양검정이고, 토양검정이라 함은 “과학적 근거에 의한 작물의 시비량을 결정하기 위하여 포장에서 채취한 토양시료를 대상으로 유효양분함량 또는 석회소요량을 측정하는 분석작업”을 말한다. 둘째, 농업기술센터는 중앙농촌진흥기관(농촌진흥청)이나 광역농촌진흥기관(농업기술원)이 수행하기 어려운 관내 농업분야의 시험·연구사무를 담당하고 있는데, 각 지방자치단체의 조례에서 규정한 시험·연구와 관련된 대표적인 사무는 청구법인들이 소재하는 지역의 특성을 고려하여 지역특화작목을 육성 및 개발, 신품종 육성 및 지역적응시험, 신·구 품종 간 특성비교, 안전생산 기술개발 등 관내에서 생산되는 농산물의 수확량을 증가시키거나 품질경쟁력을 향상시키기 위한 시험·연구 활동과 화학비료·화학농약을 대체하는 친환경 자재의 활용률을 증가시킬 것으로 기대되는 지역토착 유용미생물 시험·연구 활동이다. (라) 쟁점사용기관은 매년 국비, 도비, 시·군비 및 지역발전특별회계를 토대로 하여 편성된 전체 예산 중 약 7%～12%를 시험ㆍ연구 사무에 배정하여 농업과학 분야에서 요구되는 신기술을 연구·개발하고, 새로운 소득 작목을 발굴·육성하여 관내 농업현장에 제공함으로써 과학 영농을 실현하고 있다. 또한, 시험ㆍ연구 사무와 관련하여 전문인력을 배치하고 있는데, 농촌진흥법 제31조에서 농촌진흥사업에 종사하게 하기 위하여 “연구직공무원과 지도직공무원”을 두도록 규정하고 있고, 쟁점사용기관은 지방 연구직 및 지도직공무원의 임용 등에 관한 규정 제4조의2에 따라 ‘지방직 공무원’을 임용하였으며, 이들은 지방공무원법 제4조 제2항에 의하여 “연구·지도 또는 특수기술 직렬 공무원”으로 분류되는 자로서 농촌진흥사업을 수행하는 데에 필요한 전문지식과 자격을 갖추고 있다. 특히 1998.8.31. 이후 농업기술센터가 시·군의 직속기관으로 전환되고, 기초지방자치단체 단위에서 요구되는 관내 특화작물의 시험·연구사업을 농촌진흥청 또는 농업기술원에서 수행하기에 적합하지 아니하였으므로 각 농업기술센터에 소속된 농촌지도사가 농업연구사로서의 사무를 동시에 수행하고 있다. (마) 쟁점사용기관은 종합검정실, 친환경농업관리실, 친환경축산관리실, 쌀품질분석실, 병해충진단실 등을 갖추고 있고, 시험·검정실에는 토양(중금속분석 포함)·수질·잔류농약분석·식물체 분해·액비의 성분 및 부숙도 등 여러 분석시험을 위한 장비가 장치되어 있는데, 이러한 장비는 주로 물질 분석을 위한 분석화학 분야의 ‘기기분석시험’ 목적의 장비로서 여러 지역특화연구에 필요한 시험·분석이 가능하며, 시험·연구시설에서 도출된 기초자료는 지역특성에 맞는 시험연구사업의 자료로 활용될 수 있다. (바) 대표적으로 쟁점사용기관을 비롯한 농업기술센터는 농업자원 정밀분석을 위해 종합검정실을 운영하고 있는데, 종합검정실은 농업자원 정밀분석 진단 확대로 소비자 맞춤형 안전농산물의 생산을 뒷받침하기 위하여 설치된 시설로서 2015년 농업진흥청 자료에 의하면 약 155개의 시·군 단위의 농업기술센터에서 종합검정실을 운영하고 있고, 전국 농업기술센터의 정밀검정실적은 아래 <표1>과 같이 615,498점에 달하며, 동 시험·분석의 결과는 토양환경정보시스템에 등록되어 작물재배 적지, 농경지 화학성, 토양 특성, 정밀농업기후도, 생물상 분포, 농업환경 변동정보 등 농업환경의 보전, 농산물 안전 생산에 이용된다. <표1> 2015년 분석항목별 정밀검정 실적 (단위: 점) 구 분 계 토양 식물체 중금속 퇴비 가축분뇨 액비 수질 잔류 농약 기타 전년(A) 595,845 517,960 4,655 25,716 583 28,305 4,670 10,889 3,067 실적(B) 615,498 549,734 4,019 25,727 300 20,761 4,311 8,557 2,080 전년대비 (B/A) 103% 106% 86% 100% 51% 73% 92% 79% 68% 결국 쟁점사용기관은 토양종합검정 등 시험·분석·연구를 수행하는 기관으로서 일반적인 시험소ㆍ연구소에 부합하는 업무를 수행하고 있는바, 관세청 유권해석 내용의 일부를 받아들여 쟁점사용기관이 ‘연구소’의 범위에는 해당하지 않는다고 하더라도 ‘시험소’의 범위에는 명확하게 포함된다고 볼 수 있으므로 “지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소”의 범위에는 포함된다.
(2) 처분청 답변내용은 다음과 같이 이유 없고, 이 건 처분은 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배되므로 취소되어야 한다. (가) 처분청은 농업기술원은 시험·연구사업을 소관사무의 하나로 분장하였고, 그 주요 설립목적이 학술연구용품 감면대상기관에 부합하지만 청구법인들은 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 분장한다고만 규정하였으므로 이에 해당하지 않는다는 의견이나, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항에서 청구법인들의 소관사무를 농촌지도사업·농민교육훈련사업 “등”으로 규정하였는바, 농업기술원은 그 설치단위가 도·특별자치도이고, 청구법인들은 특별시·광역시·특별자치시 및 시·군으로 설치단위에 차이가 있을 뿐 농업기술원에서 수행하는 시험·연구사업은 농촌지도사업·농민교육훈련과 더불어 수행하는 사무 중 하나에 불과하고, 관세법령상 ‘시험소·연구소’ 해당 여부를 해당 기관의 주된 설립목적을 기준으로 판단하도록 한 규정이 없다. 이러한 사실을 고려하여 2016.12.30. 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항 내지 제2항이 개정되면서 농업기술원의 설립목적이 “농업·농업인·농촌에 관한 지역적인 연구개발사업·농촌지도사업·교육훈련사업 및 국제협력사업을 분장하기 위함”으로, 농업기술센터 또한 농업기술원과 동일하게 “지방자치단체의 연구개발사업·농촌지도사업·교육훈련사업 및 국제협력사업을 분장하기 위함”으로 변경되었다. (나) 또한, 쟁점사용기관은 농업기술센터가 학술연구용품감면 대상기관이 아니라는 2000.7.29.자 재정기획부장관의 유권해석 이후, 관련 법령에 따라 농촌진흥청과 공동연구사업 등을 수행하기 위해 시험·연구장비를 본격적으로 구입한 사정변경이 있었고, 실제로 교육 또는 학술연구를 수행하여 학술의 진흥, 연구개발의 촉진 및 과학기술의 진흥에 기여하고 있으므로 학술연구용품 감면대상기관에 해당한다. (다) 감면물품은 수입신고시 서류제출 대상이고 관세법 제38조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제8조 제1항에서 수입신고수리 전에 감면의 적정여부를 심사하도록 규정하고 있는데, 처분청은 관세청장이 “농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관에 해당하지 않는다”고 회신한 사실을 알고 있었음에도 불구하고 지난 수년간 농업기술센터가 학술연구용품 감면세 적용대상으로 수입신고한 쟁점물품 등을 수입신고수리전 세액심사과정(이하 “사전세액심사”라 한다)을 거쳐 신고수리하였다. 이는 관세청장의 유권해석에도 불구하고 동일한 농업기술센터에 대해 국세청장이 여러 차례에 걸쳐 “시험소·연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험·연구를 관장하게 되어 있으며 시험·연구 장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하고 있으면 부가가치세법 시행규칙에서 규정하는 시험소·연구소에 해당한다”고 상이한 해석을 내린 것과 실제 쟁점사용기관을 비롯한 다수의 농업기술센터에서 시험·연구사무를 수행하기 위해 해당 물품을 수입한다는 사실을 확인하였기 때문이다. 최근 5년간 전국 농업기술센터가 수입신고한 건에 대한 학술연구용품 감면실적이 78%에 달하는바, 농업기술센터에 대하여 수년 간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 사전세액심사를 하는 때에 관세청장의 유권해석을 근거로 학술연구용품감면 적용을 배제할 수 있음을 알면서도 그러하지 아니한 것은 농업기술센터를 학술연구용품 감면대상기관으로 보아 과세하지 않겠다는 묵시적 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있다 할 수 있으므로 비과세 관행이 성립되었다 보아야 하며, 이를 신뢰한 쟁점사용기관에게 귀책사유가 없음에도 불구하고 처분청이 이에 반하는 처분을 함으로써 청구법인의 이익이 침해되었으므로 이 건 처분은 위법·부당하다.
3. 심리 및 판단
① 지방자치단체가 소속기관인 농업기술센터에서 사용할 물품을 대신 수입하였을 경우 관세법 제90조에 따라 학술연구용품 감면을 적용할 수 있는지 여부
② 이 건 처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
(1) 이 건 처분경위는 다음과 같다. (가)쟁점사용기관은 2015.11.14. 내부적으로 OOO지역 OOO 신품종 벼 현장 적용 연구 등을 위하여 근적외선 분광분석기 구입 및 운영계획을 수립OOO하였는데, 쟁점물품의 구매는 청구법인OOO이 하고, 그 운영은 쟁점사용기관(기술개발과)에서 하기로 하였다. (나)청구법인은 쟁점물품의 수입을 위하여 청구법인 명의로 조달사업에 관한 법률에 따라 조달청장과 조달계약을 체결하였고, 관세법 시행규칙 제37조 제1항 제2호에 따라 OOO으로부터 추천을 받았으며, 2015.11.26. 수입신고번호 OOO호로 쟁점물품을 수입신고하면서 관세법 제90조 제1항 제2호에 따른 학술연구용품 감면신청을 하였다. (다) 쟁점물품의감면신청서상 ‘감면신청인’은 청구법인(OOO)으로, ‘사용(설치)장소’는 쟁점사용기관(OOO)으로, ‘감면분납부호’는 “OOO”(제90조 제1항 제2호: 감면대상기관이 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관)로 기재되어 있다. (라) 한편, 청구법인의 대리인OOO은 2015.8.20. 관세청장에게 관세법 제90조 제1항 제2호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정한 “지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소·연구소”의 범위 및 같은 법 제90조 제1항 제1호의 학술연구용·실험실습용 및 과학기술연구용에서 그 용도의 범위, 농업기술센터가 같은 법 제90조에서 규정한 감면대상 기관에 해당하지 않는 경우 기(旣) 감면처리된 건에 대해 신의성실원칙에 의거 추징하지 아니하는지 여부 등을 질의OOO하였다. (마) 관세청장은 2015.12.10. 위 질의에 대하여 “기획재정부 및 관세청에서 일관되게 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관에 해당하지 않는다고 회신하였고, 농업기술센터는 관세법 시행규칙 제37조 제2항 제21호에 지정되어 있는 농업기술원과는 달리, 일부 농업개발시험연구를 수행하나 주 업무가 농촌지도사업, 농민교육훈련사업 등을 하는 기관으로서 별다른 사정변경이 없으므로 학술연구용품감면 감면대상기관이 아니며, 비록 국세청에서 농업기술센터가 부가가치세 면제대상기관이라고 회신한 사례가 다수 있으나 부가가치세법 시행령 제51조에서 과학용 등으로 수입하는 재화의 부가가치세가 면세되는 범위를 ‘관세가 감면되는 것으로 한정하여 적용한다’고 규정하고 있고, 관세청에서 일관되게 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 회신하였으므로 신의성실원칙에 위배된다고 할 수 없다”고 회신OOO하였다. (바) 처분청은 2016.1.15. 관세청장에게 농업기술센터가 관세법 제90조 제1항 제1호의 ‘지방자치단체’에 해당하는지 여부에 대하여 질의하였고, 관세청장은 2016.6.24. 처분청에 “농업기술센터의 학술연구용품감면 대상기관 여부는 같은 법 제90조 제1항 제1호의 지방자치단체 해당 여부가 아닌 제2호에 명시된 기관 해당 여부로 판단함이 적정하고, 기존 유권해석에서 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관이 아님을 일관되게 회신하였으며, 감면대상기관으로 판단할 별다른 사정변경이 없으므로 학술연구용품감면 대상기관으로 볼 수 없다”고 회신OOO하였다. (사) 처분청은 2016.10.20. 청구법인이 적용받은 학술연구용품 관세감면을 배제하고 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.3. 심판청구를 제기하였다.
(2) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 농업기술센터는 과거 농촌지도소가 지방자치법 시행에 따라 기관명이 변경된 것으로, 농촌진흥법 제3조에서 지방자치단체는 해당 지역의 농촌진흥사업을 수행하기 위하여 지방자치법 제113조에 따른 직속기관으로 지방농촌진흥기관을 둘 수 있도록 규정하고 있고, 지방자치법 제113조에서 지방자치단체의 조례로 교육훈련기관, 시험연구기관, 소방기관 등을 직속기관으로 설치할 수 있도록 규정하고 있으며, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에서는 농사에 관한 지역적인 시험연구사업·농촌지도사업·농민교육훈련에 관한 사업을 분장하기 위하여 도지사·특별자치도지사 소속으로 농업기술원을, 지역별 특화작목에 관한 시험·연구를 행하기 위하여 농업기술원장 소속으로 특화작목시험장을, 같은 조 제2항에서 지방자치단체의 농촌지도사업·농민교육훈련사업 등을 분장하게 하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 농업기술센터를 두도록 규정하고 있으며, 각 지방자치단체에서는 조례로 농업기술센터를 설치하고 있다. (나) 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에 따라 도지사·특별자치도지사 소속으로 설치된 농업기술원은 관세법 시행규칙 제37조 제2항 제21호에 감면대상기관으로 규정되어 있는 반면, 같은 규정 제16조 제2항에 따라 시·군에 설치된 농업기술센터는 관세법 시행규칙 제37조 제2항에 감면대상기관으로 규정되지 않았다. 두 기관의 설치근거 등을 비교하면 아래 <표2>와 같다. <표2> 농업기술원과 농업기술센터 비교 구 분 농업기술원 농업기술센터 설치근거 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항 분장사무 지역적인 시험연구사업·농촌지도사업·농민교육훈련 농촌지도사업·농민교육훈련사업 등 설치단위 도·특별자치도 특별시·광역시·특별자치시·시·군 감면기관 지정 여부 관세법 시행규칙 제37조 제2항 제21호에 규정 관세법 시행규칙 제37조 제2항에 규정되지 않음 그 외 수행업무 지역별 특화작목 시험·연구를 위한 특화작목시험장 설치 토양검정·친환경농산물 인증 및 기타 시험·연구 등 (다) 한편, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항은 2016.12.30. 대통령령 제27713호로 개정시 농업기술센터의 사업에 “연구개발사업”을 포함하는 것으로 개정되었다. <표3> 개정 전/후 지자체 정원 등에 관한 규정 2016.12.30. 대통령령 제27713호로 개정되기 전의 것 2016.12.30. 대통령령 제27713호로 개정된 것 제16조[지방농촌진흥기구] ② 지방자치단체의 농촌지도사업·농민교육훈련사업 등을 분장하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 농업기술센터를 둘 수 있으며,(이하 생략) 제16조[지방농촌진흥기구] ② 지방자치단체의 연구개발사업·농촌지도사업·농민교육훈련사업 및 국제협력사업을 분장하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 농업기술센터를 둘 수 있으며,(이하 생략) (라) 다수의 지방자치단체의 조례에서 농업기술센터의 소관사무에 시험·연구사무를 분장하였고, 시험·연구사무를 소관사무에 분장하지 않았거나 “그 밖에 연구사업”으로만 분장한 지방자치단체도 확인되며, 쟁점사용기관의 경우 OOO 행정기구 설치 조례 제16조 제7호에서 “농업개발에 관한 시험연구 및 농촌지도에 관한 사항”을 규정하고 있다. (마) 쟁점사용기관의 2014년부터 2016년까지 시험·연구사업 관련 예산 배정 현황은 전체 예산의 6.6～11.5%이고, 예산 배정기준 및 근거자료는 제출되지 않았다. (바) 쟁점사용기관의 시험·연구인력 및 보유하고 있는 시험·연구장비의 수량(종)은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점사용기관의 인력 및 연구실, 보유 장비 현황 (단위: 명, 개소, 개) 연구인원(정원) 연구인원(현원) 시험연구실 보유장비 5 5 4 10 (사) 농업진흥청에서 2015년 발표한 “2015년 시·군센터 종합검정실 운영 결과”는 아래 <표5>와 같다. OOO (아) 재정경제부장관은 2000.7.29. 농업기술센터는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 연구소에 해당하지 아니한다고 유권해석OOO하였고, 관세청장은 일관되게 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 유권해석OOO하였으며, 재무부장관은 유사기관인 농촌진흥원 및 OOO이 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 유권해석OOO하였다. (자) 국세청장은 “국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 ‘시험소·연구소’의 의미는 기관의 명칭이 시험소·연구소로 직제되어 있는 기관뿐만 아니라 시험소·연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험·연구를 관장하게 되어 있고, 시험연구장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하고 있으면 부가가치세법 시행규칙에서 규정하는 ‘시험소·연구소’에 해당”한다고 유권해석OOO하였고, 관세청장은 2001.11.23. 국세청장의 위와 같은 유권해석을 통보한 날인 2000.2.3. 이후 관세감면 신청이 있는 건에 대하여는 관세가 경감되는 분만큼 부가가치세를 감면처리하도록 산하세관에 지시OOO하였으며, 국세청장은 2008.10.31. 및 2009.6.15. 농업기술센터가 수입한 외자기기에 대하여 “지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 기관이 토양 및 잔류 농약분석을 위하여 필요한 장비를 직접 수입하여 사용하는 경우 그 수입하는 장비에 대하여는 같은 시행규칙 제12조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제”된다고 유권해석OOO하였다. (차) 2011년부터 2015년까지 전국 농업기술센터가 수입한 동일품목번호의 물품 중 학술연구용품 감면 적용을 신청한 비율은 전체 수입건수 대비 78%인데, 이 중 관세법 제90조 제1항 제1호(국가기관·지방자치단체)를 적용하여 감면 적용을 신청한 비율은 전체 수입건수 대비 54%로, 같은 항 제2호(시험소·연구소)를 적용하여 감면 적용을 신청한 비율은 전체 수입건수 대비 24%로, 학술연구용품 감면이 아닌 다른 감면조항을 적용한 비율은 전체 수입건수 대비 14%로, 감면 적용 신청없이 일반수입물품으로 수입한 비율은 전체 수입건수 대비 7%로 나타난다. <표6> 최근 5년간 전국 농업기술센터 감면적용 현황 (단위: 개) 구 분 2011년 2012년 2013년 2014년 2015년 전체 업체 건수 업체 건수 업체 건수 업체 건수 업체 건수 업체 건수 학술연구 감면(A) 1호 23 52 29 61 37 90 28 75 23 55 140 333 2호 24 51 13 32 9 16 15 46 61 145 소계 47 103 42 93 46 106 28 75 38 101 201 478 A/D 80% 82% 76% 77% 100% 100% 80% 87% 86% 94% 74% 78% 기타감면 (B)
• 8 15 4 15 3 6 15 36 B/D 14% 12% 7% 12% 9% 7% 6% 6% 일반수입 (C)
• 4 7 9 13 4 5 6 7 50 93 C/D 7% 6% 16% 11% 11% 6% 14% 6% 18% 15% 합 계(D) 59 125 55 121 46 106 35 86 44 108 271 616 (카)관세법 시행규칙 제37조 제2항 제1호 후단에서 시험소·연구소 등 “이들 기관에서 사용하기 위하여 중앙행정기관의 장이 수입하는 경우를 포함한다”고 규정하고 있고, 정부조직법 제2조 제1항에서 중앙행정기관의 설치와 직무범위는 법률로 정하도록 규정하고 있으며, 중앙행정기관은 이 법과 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 “부·처 및 청”으로 한다고 규정하고 있으며, 지방자치단체의 장을 중앙행정기관의 장으로 규정한 법령은 확인되지 않는다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 관세법 시행규칙 제37조 제2항 제1호 후단의 “이들 기관(시험소·연구소 등)에서 사용하기 위하여 중앙행정기관의 장이 수입하는 경우를 포함한다”는 규정을 근거로 쟁점사용기관에서 사용하기 위하여 청구법인이 수입하는 쟁점물품이 관세법 제90조 제1항 제2호의 감면대상기관에서 수입하는 경우에 해당하고, 학술연구용품 감면대상에 포함된다고 주장하나, 정부조직법상 중앙행정기관은 “부·처 및 청”으로 규정하고 있고, 지방자치단체의 장을 중앙행정기관의 장으로 볼 근거규정이 없으므로 지방자치단체의 장인 청구법인이 감면신청한 쟁점물품에 대하여 관세감면을 적용하기 어려운 점, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에 따라 설치된 농업기술원은 관세법 시행규칙 제37조 제2항 제21호에 감면대상기관으로 규정되어 있는 반면, 같은 규정 제16조 제2항에 따라 설치된 농업기술센터는 관세법 시행규칙 제37조 제2항에 규정되지 않은 점, 설립 목적이 주로 농촌지도사업, 농업인 교육 등인 농업기술센터는 같은 시행규칙 제37조 제2항 제1호의 ‘지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소·연구소’ 등으로 보기 어려운 점, 농업기술센터가 부가가치세 면제대상기관에 해당한다는 국세청장의 유권해석을 관세법에 따른 관세감면 대상기관에 그대로 적용하기 어렵고 기획재정부(구 재정경제부) 및 관세청에서 일관되게 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 유권해석한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점물품을 학술연구용품감면 대상이 아니라고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다OOO
(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 세관장이 다수의 농업기술센터가 관세감면 적용을 신청한 물품들에 대하여 사전세액심사를 실시하였음에도 관세감면을 적용하여 수입신고수리하였다는 이유만으로 농업기술센터가 학술연구용품감면 대상기관이라거나 쟁점물품에 대해 비과세하겠다는 과세관청의 암묵적 또는 명시적 견해표명이 있었다고 보기 어려운 점, 동일 또는 유사물품에 대해 다른 감면조항을 적용하여 수입통관하거나 감면 적용 신청을 하지 않고 일반수입통관한 농업기술센터가 상당하여 비과세 관행이 성립되었다고 보기도 어려운 점, 다수의 농업기술센터가 관세법 제90조 제1항 제2호(시험소·연구소)가 아닌 같은 항 제1호(국가기관·지방자치단체)를 적용하여 감면신청한 점 등에 비추어 이 건 과세처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙을 위배하였다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 관세법제131조와 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 관세법 제5조[법 해석의 기준과 소급과세의 금지] ② 이 법의 해석이나 관세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다. 제6조[신의성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세관공무원이 그 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제38조[신고납부] ② 세관장은 납세신고를 받으면 수입신고서에 기재된 사항과 이 법에 따른 확인사항 등을 심사하되, 신고한 세액에 대하여는 수입신고를 수리한 후에 심사한다. 다만, 신고한 세액에 대하여 관세채권을 확보하기가 곤란하거나, 수입신고를 수리한 후 세액심사를 하는 것이 적당하지 아니하다고 인정하여 기획재정부령으로 정하는 물품의 경우에는 수입신고를 수리하기 전에 이를 심사한다. 제90조[학술연구용품의 감면세] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다.
1. 국가기관, 지방자치단체 및 기획재정부령으로 정하는 기관에서 사용할 학술연구용품·교육용품 및 실험실습용품으로서 기획재정부령으로 정하는 물품
2. 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품 중 기획재정부령으로 정하는 물품
② 제1항에 따라 관세를 감면하는 경우 그 감면율은 기획재정부령으로 정한다.
(2) 관세법 시행령 제112조[관세감면신청] ① 법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 따라 관세를 감면받으려는 자는 해당 물품의 수입신고 수리 전에 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 세관장에게 제출하여야 한다. 다만, 관세청장이 정하는 경우에는 감면신청을 간이한 방법으로 하게 할 수 있다.
1. 감면을 받고자 하는 자의 주소·성명 및 상호
2. 사업의 종류(업종에 따라 감면하는 경우에는 구체적으로 기재하여야 한다)
3. 품명·규격·수량·가격·용도와 설치 및 사용장소
4. 감면의 법적 근거
5. 기타 참고사항
(3) 관세법 시행규칙 제37조[관세가 감면되는 학술연구용품] ① 법 제90조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 관세가 감면되는 물품은 다음 각호와 같다.
1. 표본, 참고품, 도서, 음반, 녹음된 테이프, 녹화된 슬라이드, 촬영된 필름, 시험지, 시약류, 그 밖에 이와 유사한 물품 및 자료
2. 다음 각목의 1에 해당하는 것으로서 국내에서 제작하기 곤란한 것 중 당해 물품의 생산에 관한 업무를 담당하는 중앙행정기관의 장 또는 그가 지정하는 자가 추천하는 물품
3. 부분품(제2호의 규정에 의한 기기의 부분품을 제외하며, 법 제90조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 학술연구용 등에 직접 사용되는 것에 한한다)·원재료 및 견품
② 법 제90조 제1항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 기관”이란 다음 각 호와 같다.
1. 정부조직법 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소·연구소·공공도서관·동물원·식물원 및 전시관(이들 기관에서 사용하기 위하여 중앙행정기관의 장이 수입하는 경우를 포함한다) 21.지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정에 의하여 설치된 농업기술원
⑤ 법 제90조 제2항의 규정에 의한 관세의 감면율은 100분의 80으로 한다.(이하 생략) (4)수입통관 사무처리에 관한 고시 제15조[수입신고시 제출서류] ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종이서류를 제출하여야 한다.
4. 법 제38조 제2항 단서에 따른 사전세액심사 대상물품. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 물품은 제외한다. 제22조[심사방법] ① 수입과의 심사자는 다음 각 호의 사항을 심사한다.
4. 사전세액심사 대상물품의 품목분류, 세율, 과세가격, 세액, 감면·분납신청의 적정여부
9. 법령에 따른 감면신청서 및 세율적용추천서의 구비여부
(5) 부가가치세법 제27조[재화의 수입에 대한 면세] 다음 각 호에 해당하는 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
3. 학술연구단체, 교육기관, 한국교육방송공사법에 따른 한국교육방송공사 또는 문화단체가 과학용·교육용·문화용으로 수입하는 재화로서 대통령령으로 정하는 것
(6) 부가가치세법 시행령 제51조[과학용 등으로 수입하는 재화로서 면세하는 것의 범위] 법 제27조 제3호에 따른 과학용·교육용·문화용으로 수입하는 재화는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화로 한다. 이 경우 제1호부터 제5호까지의 재화는 관세가 감면되는 것으로 한정하여 적용하되, 관세가 경감되는 경우에는 경감되는 부분으로 한정하여 적용한다.
1. 학교(서울대학교병원 설치법에 따라 설립된 서울대학교병원과 국립대학병원 설치법에 따라 설립된 국립대학병원을 포함한다), 박물관 또는 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 시설에서 진열하는 표본 및 참고품·교육용의 촬영된 필름, 슬라이드, 레코드, 테이프 또는 그 밖에 이와 유사한 매개체와 이러한 시설에서 사용되는 물품
(7) 부가가치세법 시행규칙 제39조[면세하는 과학용 등의 수입 재화와 관련한 과학용 시설 등의 범위] ① 영 제51조 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 시설”이란 다음 각 호의 시설을 말한다.
1. 정부조직법 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 따라 설치된 기관이 운영하는 시험소, 연구소, 공공직업훈련원, 공공도서관, 동물원, 식물원 및 전시관
(8) 정부조직법 제2조[중앙행정기관의 설치와 조직 등] ① 중앙행정기관의 설치와 직무범위는 법률로 정한다.
② 중앙행정기관은 이 법과 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 부·처 및 청으로 한다.
(9) 지방자치법 제2조[지방자치단체의 종류] ① 지방자치단체는 다음의 두 가지 종류로 구분한다.
1. 특별시, 광역시, 특별자치시, 도, 특별자치도
2. 시, 군, 구 제113조[직속기관] 지방자치단체는 그 소관 사무의 범위 안에서 필요하면 대통령령이나 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방자치단체의 조례로 자치경찰기관(제주특별자치도에 한한다), 소방기관, 교육훈련기관, 보건진료기관, 시험연구기관 및 중소기업지도기관 등을 직속기관으로 설치할 수 있다.
(10) 지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정(2016.12.30. 대통령령 제27713호로 개정되기 전의 것) 제16조[지방농촌진흥기구] ① 농사에 관한지역적인 시험연구사업·농촌지도사업·농민교육훈련에 관한 사업을 분장하기 위하여 도지사·특별자치도지사 소속으로 농업기술원을 두며, 지역별 특화작목에 관한 시험·연구를 행하기 위하여 농업기술원장 소속으로 특화작목시험장을 둘 수 있다.
② 지방자치단체의 농촌지도사업·농민교육훈련사업 등을 분장하게 하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 농업기술센터를 둘 수 있으며, 농업기술센터의 사무를 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 지역에 지소를 둘 수 있다.
(11) 지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정(2016.12.30. 대통령령 제27713호로 개정된 것) 제16조[지방농촌진흥기구] ① 농업·농업인·농촌에 관한 지역적인 연구개발사업·농촌지도사업·농민교육훈련 및 국제협력사업을 분장하기 위하여 도지사·특별자치도지사 소속으로 농업기술원을 두며, 지역별 특화작목에 관한 시험·연구를 행하기 위하여 농업기술원장 소속으로 특화작목시험장을 둘 수 있다.
② 지방자치단체의 연구개발사업·농촌지도사업·교육훈련사업 및 국제협력사업을 분장하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 농업기술센터를 둘 수 있으며, 농업기술센터의 사무를 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 지역에 지소를 둘 수 있다.
(12) OOO시 행정기구 설치 조례 제14조[설치] ① 지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정 제16조에 따라 농촌지도사업·농민교육훈련사업·농업특화사업 등을 관장하기 위하여 시에 농업기술센터(이하 “센터”라 한다)를 설치한다. 제16조[소관사무] 소장은 다음의 사무를 관장한다.
1. 농촌지도사업 종합계획 수립 및 조정
2. 농민후계자 및 전업농 육성지도
3. 농촌생활 개선사업 및 농업경영 개선·지도
4. 시설원예·채소·과수·화훼·특용·약용·식량작물 재배기술지도
5. 지역특화작물에 대한 기술개발
6. 농민교육 및 지도
7. 농업개발에 관한 시험연구 및 농촌지도에 관한 사항
8. 식물원 조성 및 관리에 관한 사항
(13) 농촌진흥법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “농촌진흥사업”이란 농촌진흥청장과 지방자치단체의 장이 수행하는 농업·농업인·농촌과 관련된 과학기술의 연구개발, 농촌지도, 교육훈련 및 국제협력사업을 말한다.
2. “연구개발사업”이란 농업·농업인·농촌과 관련된 과학기술을 연구·개발하여 새로운 이론과 지식 등 성과를 창출하는 사업으로서 다음 각 목의 업무를 수행하는 사업을 말한다.(각 목 생략)
3. “농촌지도사업”이란 연구개발 성과의 보급과 농업경영체의 경영혁신을 통하여 농업의 경쟁력을 높이고 농촌자원을 효율적으로 활용하는 사업으로서 다음 각 목의 업무를 수행하는 사업을 말한다.(각 목 생략)
4. “교육훈련사업”이란 농촌진흥사업에 종사하는 공무원과 농업인 등의 역량개발을 지원하여 경쟁력 있는 전문 인력으로 양성하는 사업으로서 다음 각 목의 업무를 수행하는 사업을 말한다.
② 제1항에 따른 공동연구사업은 분야별 연구과제를 선정하여 다음 각 호의 기관이나 단체·농업인 등과 협약을 맺어 실시한다. 이 경우 법인이 아닌 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표와 협약을 맺을 수 있다.
2. 지방농촌진흥기관 제26조[농촌진흥사업 연구ㆍ조사] ① 농촌진흥청장은 농촌진흥사업의 실시를 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 지방자치단체의 장으로 하여금 연구 또는 조사 업무를 하게 할 수 있다.
② 지방자치단체의 장은 제1항에 따른 연구 또는 조사와 관련하여 농촌진흥청장으로부터 필요한 자료의 제출 등을 요청받은 경우 특별한 사유가 없으면 이에 따라야 한다. 제31조[연구직ㆍ지도직 공무원 등] ① 농촌진흥사업에 종사하게 하기 위하여 연구직공무원과 지도직공무원을 둔다.
(14) 학술진흥법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “학술”이란 학문의 이론과 방법을 탐구하여 지식을 생산·발전시키고, 그 생산·발전된 지식을 발표하며 전달하는 학문의 모든 분야 및 과정을 말한다.
3. “연구기관”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다.
(15) 학술진흥법 시행령 제2조[연구기관의 기준] 학술진흥법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제3호 라목의 “연구 인력·시설 등이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 연구기관”이란 해당 연구 분야에서 3년 이상 연구한 경력이 있는 연구전담요원 3명 이상을 상시 확보하고, 연구시설을 갖춘 국내외 연구기관을 말한다.