개인사업자가 산업단지 내의 부동산을 취득하여 감면을 받은 후, 사업양수도로 설립한 법인에게 해당 부동산을 유예기간 내에 양도한 경우 이를 매각으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2014지1234 / 조심2015지1130 / 조심2016지0333

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2011.9.16. 및 2012.4.3. OOO산업단지 내의 OOO공장용지 8,252.1㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상의 건축물 2,642.5㎡(이하 “이 건 건물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 각 취득하고, 처분청으로부터 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따라 ‘산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축하려는 자가 취득하는 부동산’으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구인이 이 건 부동산을 취득하고 유예기간(2년) 내에 사업양수도방식으로 설립한 OOO주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)에게 양도하였으므로 ‘해당 용도로 직접 사용된 기간이 2년 미만인 상태에서 매각’한 것으로 보아 2016.8.5. 청구인에게 이 건 부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 개인사업자인 청구인이 조세특례제한법제32조에 의하여 사업의 포괄적인 양수도계약에 의거 이 건 법인으로 전환함에 따라 이 건 법인은 이 건 부동산뿐만 아니라 기타의 자산과 부채 및 종업원을 그대로 승계받고 청구인과 동일 업종의 제품을 제조하고 있는 점, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제39조 및 같은 법 시행령 제49조에서 산업단지 내 입주기업의 처분과 관련하여 산업용지의 처분제한 규정을 두고 있으나 현물출자 또는 사업의 포괄적인 양도의 경우 산업용지의 처분제한규정에서 제외하고 있는 점 등으로 보아 이 건 부동산의 양도를 취득세 감면의 유예기간 내 추징요건인 매각으로 보는 것은 부당하다. 또한, 법인의 합병과 분할의 경우 합병대가 및 분할대가를 받지만 모든 권리와 의무가 승계되므로 매각으로 보지 않는바(조심 2016지333, 2016.6.20., 조심 2014지1234, 2015.4.21., 지방세운영-3352, 2013.12.13.), 사업의 포괄적인 양도계약에 따라 부동산을 이전하면서 주식의 교부가 있었다 하여 해당 부동산의 이전을 매각으로 보아 감면된 취득세를 추징하면 지방세기본법 제20조 제1항의 ‘이 법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’는 규정에 위배된다 할 것이며, 지방세특례제한법제78조 제4항은 입주업체에 취득세를 감면하여 지방산업단지의 활성화를 위함이고 같은 조 제5항은 토지취득 후 3년 이내에 산업단지 목적에 맞는 공장을 신축하여 2년 이상 제품을 제조하여야 취득세가 감면된다는 것으로서 이는 해당 부동산을 취득하여 실질적으로 직접 사업을 영위하면 감면하지만 형식적 또는 투기 목적으로 취득을 하면 감면분을 추징하겠다는 데에 입법취지가 것이므로 청구인의 경우 이러한 입법취지 등에 위반되지 않음에도 감면된 취득세를 추징하는 것은 과세형평과 해당 조항의 입법취지 등에 비추어 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 이 건 부동산을 이 건 법인에게 사업양수도한 2012.8.31. 당시의 지방세특례제한법제78조 제5항 제2호는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있을 뿐 정당한 사유 등에 대한 내용은 규정하고 있지 않은 점, 개인사업자인 청구인이 이 건 법인을 설립하여 이 건 부동산을 양도하였다 하더라도 개인과 법인은 별개의 권리주체이고 일반적으로 발기인 또는 신주 인수인이 회사에 사업양수도를 하면 회사는 이들에게 주식을 발행 교부하게 되는데 사업양수도와 주식의 교부는 서로 대가관계에 있으므로 사업양수도의 유상성이 인정된다 할 것인바(조심 2015지1130, 2015.11.2.), 청구인이 사업양수도 방식에 따라 이 건 법인에게 이 건 부동산의 소유권을 이전하면서 이 건 법인의 출자지분 50%로 주식을 교부받은 것이 주주명부에서 나타나는 점으로 볼 때, 청구인은 이 건 부동산을 감면 유예기간 내에 매각하였다고 봄이 타당하므로 청구인에게 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 개인사업자가 산업단지 내의 부동산을 취득하여 감면을 받은 후, 사업양수도로 설립한 법인에게 해당 부동산을 유예기간 내에 양도한 경우 이를 매각으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 일부 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지

2. 감면 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2012년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지에서 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제39조(산업용지 등의 처분제한 등) ① 산업시설구역등의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지(공유지분을 처분하려는 때에는 해당 공유지분을 말한다) 또는 공장등을 관리기관에 양도하여야 한다.

③ 산업시설구역등의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 제15조 제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 또는 제15조 제2항에 따른 사업개시의 신고 후 제1항 제1호에 따라 대통령령으로 정하는 기간이 지나 그 소유하는 산업용지 또는 공장등을 처분하려는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리기관에 신고하여야 한다. 다만, 산업용지 또는 공장등을 입주기업체 또는 같은 업종(제33조 제5항 제2호에 따른 입주대상업종을 말한다)을 운영하려는 자에게 처분하려는 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2016.12.29. 대통령령 제27027호로 일부개정되기 전의 것) 제49조(산업용지의 처분제한) ① 법 제39조제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제3항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 입주기업체가 분양받은 산업용지 및 공장등의 소유권(법인인 경우에는 출자총액 또는 발행주식의 100분의 50 이상을 소유하는 것을 말한다. 이하 같다)을 이전하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

1. 상속 또는 법인의 분할ㆍ합병으로 소유권을 이전하는 경우

2. 법인에 대한 현물출자로 인한 소유권의 이전으로서 당초에 입주기업체가 법인에 현물출자하여 출자총액 또는 발행주식 총수의 100분의 50 이상을 소유하게 되는 경우 2의2. 입주기업체와 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조제7항에 따른 신탁업자(관리기관과 입주계약을 체결한 자만 해당한다) 간 신탁계약을 통하여 소유권을 이전하는 경우

3. 법 제28조의2에 따라 설립된 지식산업센터의 소유권을 이전하는 경우

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2016.12.29. 대통령령 제27027호로 일부개정된 것) 제49조(산업용지의 처분제한) ① 법 제39조 제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제3항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 입주기업체가 분양받은 산업용지 및 공장등의 소유권을 이전하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 1.～3. (생략)

4. 입주기업체(법인인 입주기업체는 제외한다. 이하 이 호에서 같다)가 다음 각 목의 모두에 해당하는 경우

• 가. 입주기업체가 발기인이 되어 법인을 설립할 것
• 나. 입주기업체가 가목에 따른 법인에 입주기업체의 순자산가액(가목에 따른 법인설립일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다) 이상을 출자할 것
• 다. 입주기업체가 가목에 따른 법인 설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에 산업용지 및 공장등 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도할 것
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구인은2011.9.16.OOO산업단지 주식회사로부터 OOO일반산업단지 내의 산업시설용지인 이 건 토지를 OOO에 취득하고, 2012.4.3. 이 건 토지상에 이 건 건물을 신축(취득)하였다. (나) 청구인은 2012.8.31 본점을 OOO목적사업을 선박·원자력·해양발전설비 및 부품제조업 등, 대표이사를 청구인으로 하여 2012.8.24. 설립된 이 건 법인과 청구인이 운영하는 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 이 건 법인에게 포괄적으로 양도양수하는 계약을 체결하였는바 그 계약서상의 주요 내용은 다음과 같다. <사업양도양수계약서> 갑: OOO(청구인) 을: OOO주식회사 대표이사 OOO(이 건 법인) 제1조(목적) 본 계약은 갑이 운영하고 있는 회사의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 을이 포괄적으로 양수함으로써 부가가치세법 제6조 제6항의 규정에 의한 사업양도를 하고, 조세특례제한법 제32조에 의한 양도소득세 이월과세와 동법 제119조·제120조에 의한 등록세·취득세 면제를 받는 법인전환을 함에 그 목적이 있다. 제2조(사업승계) 사업양도양수일 현재 갑과 거래중인 모든 거래처는 을이 인수하여 계속 거래를 보장하며 갑이 기왕에 제조판매한 제품이 사업양수일 이후 반품될 경우에는 을이 책임하에 인수처리토록 한다. 제3조(양도양수 부채 및 기준일) 을은 2012.8.31.을 양도양수기준일로 하여 동일 현재의 갑의 장부상 자산총액과 부채총액을 인수하기로 한다. 제4조(양도양수가액) 양도양수가액은 제3조의 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액으로 하되 다음과 같이 수정평가한다.

① 토지, 건물, 기계기구는 감정가액으로 수정평가한다.

② ①항을 제외한 자산과 부채는 기업회계기준에 따른 장부가액으로 한다. 제5조(종업원 인계) 을은 갑의 전 종업원을 신규채용에 의하여 전원인수, 계속근무케함은 물론 사업양수일 이후 퇴직자가 발생할 경우에는 종전 갑의 사업에서 근무하던 근속년수를 통산인정하여 퇴직금을 지급하기로 한다. 제6조(양도양수대금의 지급) 양도양수대금은 제4조에서 정한 방법에 의하여 계산된 금액을 지급하되 구체적인 지급방법과 지급기일은 갑과 을이 별도의 약정서에 의하여 정하기로 한다. (다) 사업자등록증 및 등기사항전부증명서상에 나타난 청구인과 이 건 법인의 비교 현황은 다음과 같으며, 이 건 법인의 2012.8.23. 현재 주주명부상 청구인은 이 건 법인의 발행주식 50%를 소유하고 있는 것으로 나타난다. <청구인 및 이 건 법인 현황> (라) 등기사항전부증명서에 의하면 이 건 토지는 2013.1.10. OOO산업단지 주식회사로부터 매매(2011.2.23.)를 원인으로 이 건 법인으로 소유권이전등기 되었고, 이 건 건물은 2012.6.12. 청구인 앞으로 소유권보존등기된 후 2012.9.19. 사업양수도(2012.8.31.)를 원인으로 이 건 법인 앞으로 소유권이전등기가 경료되었다.

(2) 지방세특례제한법령에서 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하면서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 등을 하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. (3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,청구인이 이 건 부동산을 감면 유예기간 내에 이 건 법인에게 사업양수도를 원인으로 양도한 사실이 사업양수도계약서 등에서 확인되는 점, 개인사업자인 청구인과 이 건 법인의 목적사업이 동일하다 하더라도 개인과 법인은 별개의 권리 주체이므로 양자를 동일시하여 이 건 법인의 이 건 부동산에 대한 사용을 청구인의 계속 사용으로 보기는 어려운 점, 양도의 방식이 조세특례제한법상의 취득세 등이 감면되는 포괄적인 사업양수도라 하더라도 이를 지방세특례제한법 제78조 제5항에서 추징요건인 매각에서 제외하고 있지는 아니한 점, 청구인이 포괄적인 사업양수도계약을 체결하여 이 건 법인에게 이 건 부동산을 매각한 것은 기업의 내부적인 의사결정이라 이를 정당한 사유로 보기는 어려운 점, 또한 청구인은 사업의 포괄양수도는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법령에서 산업용지의 처분제한제외대상으로 규정하고 있으므로 양도가 아니라고 주장하나 사업의 포괄양수도는 청구인이 이 건 부동산을 매각한 후인 2016.12.26. 법령이 개정됨에 따라 비로소 처분제한제외대상으로 규정되어 이 건에 적용하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.