지식산업센터용인 쟁점토지를 신탁등기한 것을 추징대상인 매각 등으로 보아 취득세를 부과한 처분의 당부

[참조결정] 조심2014지1363 / 조심2016지0896

[주 문] OOO구청장이 2016.3.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.3.11. OOO등 3개 필지의 토지 6,420.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상의 건축물 3,006.64㎡(이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO주식회사로부터 취득하고, 같은 날 처분청에 지방세특례제한법(2014.5.28. 법률 제12686호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터를 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등의 50%를 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2014.3.11. 쟁점부동산의 소유권을 신탁을 원인으로 하여 OOO주식회사 명의로 이전등기하자, 취득일부터 5년 이내에 쟁점부동산을 매각·증여한 것으로 보아 2016.3.10. 청구법인에게 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.6.7. 이의신청을 거쳐 2016.10.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산의 소유권을 신탁법에 의한 신탁을 원인으로 하여 OOO주식회사에게 이전등기하였으나, 그 실질이 지식산업센터를 건축하기 위한 자금의 조달, 분양자 보호, 투명한 자금 등의 확보 등 원활한 사업추진을 위한 것이므로 쟁점부동산을 신탁회사에게 매각 또는 증여(유상 또는 무상양도)한 것으로 볼 수 없고, 지방세특례제한법상 추징사유는 유예기간 내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양하는 경우 등으로 규정하고 있고, 신탁하는 경우에는 추징한다는 규정이 없으므로 지식산업센터 건축을 위하여 신탁한 행위를 매각·증여한 것으로 보는 것은 부당하며, 또한, 청구법인이 위탁자의 지위에서 이 건 지식산업센터를 건축하여 분양한 것이므로 쟁점부동산을 매각·증여한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부동산 신탁에 있어 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 소유권이 수탁자에게 이전되는 것이지 위탁자와의 내부관계에 있어 소유권이 위탁자에게 유보되는 것은 아니라 할 것(대법원 2011.2.10. 선고 2010다84246 판결, 같은 뜻임)이고, 지방세특례제한법제58조의2 제1항에서 “직접 사용”한다고 함은 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 해당 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 부동산을 그 업무 자체에 직접 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제58조의2 제1항 제1호 나목의 “매각ㆍ증여”의 의미는 “유상 또는 무상으로 소유권이 이전”되는 경우를 의미하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것(대법원 2015.3.25. 선고 2014두43097 판결, 같은 뜻임)이다. 청구법인은 2014.3.11. OOO주식회사로부터 쟁점부동산을 취득하고 지식산업센터를 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 감면받았으나, 같은 날 신탁을 원인으로 쟁점부동산의 소유권을 신탁회사로 이전등기하였고, 신탁회사 명의로 지식산업센터를 신축하여 분양한 사실이 확인되며, 이는 신탁법상 신탁목적을 위해 그 재산권을 관리·처분하는 것에 해당하므로 이를 매각·증여한 것으로 보아 처분청이 기 감면한 취득세를 추징한 처분은 정당하다. 청구법인은 지식산업센터의 설립승인을 받지 아니한 상태에서 2014.3.11. 쟁점부동산을 취득하고 같은 날 OOO주식회사에 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 하였는바, 청구법인은 신탁으로 소유권을 이전한 후인 2014.4.8. 쟁점토지에 대한 지식산업센터의 최초 설립승인자인 주식회사 OOO로부터 지식산업센터 설립승인자의(등록번호: OOO) 지위를 양도받아 비로소 지식산업센터 설립 변경승인을 받았으나, 2014.5.9. OOO주식회사에게 지식산업센터 설립승인을 받은 자의 지위를 양도하였으므로 그 이후에는 더 이상 지식산업센터 설립승인을 받은 자가 아니라 할 것이고, 따라서 양수인인 OOO주식회사가 쟁점토지상에 지식산업센터의 설립승인을 받은 자(등록번호: OOO)가 되고, OOO주식회사가 이러한 지위에서 2016.5.9. 완공한 지식산업센터용 건축물 등을 직접 분양한 것이므로 청구법인이 위탁자의 지위에서 지식산업센터용 건축물을 건축하고 분양한 것이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점부동산을 신탁등기하자, 매각·증여한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2011.8.31. 시행 및 시행대행업 등을 목적사업으로 하여 설립된 것으로 확인된다. (나) 처분청이 주식회사 OOO에게 보낸 지식산업센터 설립승인 처리통지 문서(지역경제과-21262, 2010.8.9.)에 의하면, 주식회사 OOO는 쟁점토지상에 지식산업센터의 설립 승인을 받은 것으로 나타난다. (다) 양도인 주식회사 OOO, 양수인 청구법인 사이에 2014.2.23. 체결된 지식산업센터 설립 승인 및 양도·양수계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점토지상의 지식산업센터 설립승인 및 건축허가권 등 일체를 양수한 사실이 나타난다. (라) 처분청이 청구법인에게 보낸 건축관계자(건축주) 변경신고처리 알림 문서(건축과-4961, 2014.2.28.)에 의하면, 쟁점토지상에 신축될 건축주가 주식회사 OOO에서 청구법인으로 변경된 사실이 확인된다. (마) 매도자 OOO주식회사, 매수자 청구법인 사이에 2014.3.7. 체결된 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점토지를 OOO에 쟁점건축물을 OOO에 매수한 사실이 나타난다. (바) 청구법인은 2014.3.11. OOO등 3개 필지의 토지 6,420.2㎡ 및 그 지상의 건축물 3,006.64㎡(쟁점부동산)을 OOO주식회사로부터 취득하고, 같은 날 처분청에 지방세특례제한법 제58조의2 제1항에 따른 지식산업센터를 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등의 50%를 감면받았다. (사) 청구법인은 2014.3.11. OOO주식회사와 관리형 토지신탁계약을 체결하고 쟁점부동산의 소유권을 수탁자에게 이전하였으며 계약의 주요내용은 다음과 같이 기재되어 있다. (아) 처분청이 청구법인에게 보낸 건축관계자(건축주) 변경신고 처리 알림 문서(건축과-6611, 2014.3.18.)에 의하면, 쟁점토지상에 신축될 건축물의 건축주가 청구법인에서 OOO주식회사로 변경된 사실이 확인된다. (자) 처분청이 청구법인에게 보낸 지식산업센터 신설 변경승인 통지 문서(지역경제과-15375, 2014.4.8.)에 의하면, 쟁점토지상에 신축될 지식산업센터의 설립 승인 변경사항으로 당초 주식회사 OOO에서 청구법인으로 변경된 것으로 기재되어 있다. (차) 처분청은 2014.5.9. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제10조 제2호 및 제28조의2 제1항, 같은 법 시행규칙 제24조 제1항에 따라 OOO주식회사에게 쟁점토지상에 지식산업센터를 신설하는 주체의 변경(청구법인→OOO주식회사)을 승인하는 통지(지역경제과-20032, 2014.5.9.)를 하였다. (카) 처분청은 쟁점부동산의 취득일 현재 쟁점토지에 신축될 지식산업센터 설립승인자의 명의가 청구법인으로 변경되지 아니한 사실을 확인하고, 청구법인이 취득세 등의 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 쟁점부동산에 대하여 기 감면한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 2014.4.15. 청구법인에게 부과·고지하였다. (타) 청구법인은 위의 처분에 불복하여 2014.6.24. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 쟁점부동산은 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 결정(조심 2014지1363, 2015.9.3.)하였다. (파) 처분청은 청구법인이 취득일부터 5년 이내에 쟁점부동산을 매각·증여하여 추징사유가 발생한 것으로 보아 2016.3.10. 청구법인에게 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다. (하) 처분청은 2016.5.9. 아래와 같이 쟁점토지상에 지식산업센터용 건축물의 사용승인(건축과-11999, 2016.5.9.)을 하였다. (거) OOO주식회사는 2016.5.20. 쟁점토지상에 지식산업센터용 건축물 신축하여 취득하고 처분청으로부터 취득세 등 OOO을 감면받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제58조의2 제1항에서산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하되, 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 나목에서 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우를 규정하고 있다. 위 규정의 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하는 경우란 취득자가 부동산을 지식산업센터용 건축물의 신축·증축용으로 사용할 것을 포기하여 유상으로 매각 또는 무상으로 증여하는 것을 의미하는 것으로서, 위탁자가 채무 등을 담보하기 위하여 해당 부동산을 신탁법에 따른 신탁등기를 통하여 수탁자에게 이전하고 그 후에도 계속하여 지식산업센터용 건축물의 신축·증축용으로 사용하고 있는 경우에는 지방세법 제9조 제3항에서 신탁등기가 병행되는 신탁재산의 취득에 대하여 취득세 등을 비과세하도록 규정하여 신탁제도를 장려하고 있고, 지식산업센터용 건축물의 신축·증축용 부동산에 대한 취득세 감면 규정의 입법 취지, 위 추징 규정의 문언 및 신탁의 법적 성격 등에 비추어 이에 해당하는 것으로 볼 수 없다 할 것(조심 2016지896, 2017.1.5. 등 다수, 같은 뜻임)이다. 청구법인은 2014.3.11. 지식산업센터용 건축물을 신축하기 위하여 쟁점부동산을 취득하고 취득세 등을 감면받은 후 2014.3.11. 쟁점부동산의 소유권을 OOO주식회사에게 이전등기한 사실이 확인되나, 청구법인과 OOO주식회사 등의 사이에 2014.3.11. 체결된 신탁계약서에 의하면 수탁자인 OOO주식회사가 쟁점토지상에 지식산업센터를 신축하여 이를 처분하는 등의 방법으로 자산을 운용하여 수익자에게 신탁이익을 지급하는 데 그 목적이 있고, 지식산업센터용 건축물의 건축을 위한 자금 조달의 책임은 청구법인에게 있는 것으로 확인되며, 청구법인이 OOO주식회사로부터 쟁점토지의 대금을 지급받은 사실 등은 나타나지 아니하는 만큼 청구법인이 신탁계약에 따라 쟁점부동산의 소유권을 OOO주식회사에게 이전등기하였다 하더라도 유상으로 매각하거나 무상으로 증여한 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 지방세법 제9조[비과세] ③ 신탁(신탁법에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다.

1. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

2. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

3. 수탁자가 변경되어 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

(2) 지방세특례제한법(2014.5.28. 법률 제12686호로 개정되기 전의 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제58조의2[지식산업센터 등에 대한 감면] ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

(3) 서울특별시 시세 감면조례(2010.12.31. 전부개정된 것) 제12조[지식산업센터 등에 대한 감면] ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니한 경우 또는 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 같은 항 제2호에 따른 사업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제13조[공장설립 등의 승인] ① 공장건축면적이 500제곱미터 이상인 공장의 신설·증설 또는 업종변경(이하 "공장설립 등"이라 한다)을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 승인을 받아야 하며, 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 제28조의2[지식산업센터의 설립 등] ① 지식산업센터의 설립승인, 인·허가등의 의제, 설립등의 승인에 대한 특례, 처리기준의 고시등, 설립등의 승인취소, 건축허가, 사용승인, 제조시설설치승인, 제조시설설치승인의 취소 및 협의에 관하여는 제13조, 제13조의2부터 제13조의5까지, 제14조, 제14조의2부터 제14조의4까지 및 제18조를 준용한다.

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제19조[공장설립 등의 승인절차] ① 공장설립 등의 승인 또는 그 변경승인을 받으려는 자는 공장설립승인신청서에 산업통상자원부령으로 정하는 서류를 첨부하여 시장·군수 또는 구청장에게 제출하여야 한다.

② 시장·군수 또는 구청장은 제1항에 따른 공장설립등의 승인신청 또는 변경승인신청을 받은 경우에는 그 신청이 법·이 영, 그 밖에 관계 법령에 적합한지를 검토하여 승인 여부를 결정하여야 한다.

③ 시장·군수 또는 구청장은 제2항에 따라 공장설립 등의 승인 또는 변경승인을 한 경우에는 신청인에게 공장설립 등의 승인서 또는 변경승인서를 교부하여야 한다.

⑤ 공장설립승인신청은 공장건설을 위한 건축허가신청 또는 건축신고 전에 하여야 한다.

⑥ 시장·군수 또는 구청장은 법 제13조 제1항에 따라 공장설립등의 승인을 할 때 필요한 세부적인 기준을 정하여 이를 고시할 수 있다. 제36조[지식산업센터의 설립승인 등] ① 법 제28조의2에 따른 지식산업센터의 설립승인절차, 진입로에 대한 사도개설허가기준, 지식산업센터 설립 등의 협의, 지식산업센터 입주자의 제조시설설치승인과 그 취소사유 및 지식산업센터의 설립승인취소사유에 관하여는 제19조, 제19조의2, 제19조의5부터 제19조의7까지의 규정과 법 제13조의5를 준용한다.

(6) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙 제6조[공장설립 등의 승인신청 등] ① 공장설립등에 대한 승인을 받으려는 자는 별지 제5호서식의 공장설립등의 승인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 시장·군수 또는 구청장에게 제출하여야 한다.

1. 별지 제2호의2서식의 사업계획서

2. 제7조의3에 따른 서류(법 제13조의2 제1항 각 호에 따른 인·허가등의 의제를 받으려는 경우만 해당한다)

3. 타인 소유의 토지 및 건축물(기존 건축물이 있는 경우만 해당한다)을 사용하는 경우에는 그 사용권을 증명할 수 있는 서류

② 제1항에 따른 신청을 받은 시장·군수 또는 구청장은 전자정부법 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 토지 또는 건물(기존 건축물이 있는 경우만 해당한다)의 등기사항증명서를 확인하여야 한다.

③ 시장·군수 또는 구청장은 제1항에 따른 공장설립등의 승인신청을 받으면 그 신청을 받은 날부터 2일 이내에 민원사무처리에 관한 법률 시행령 제36조에 따른 실무종합심의회를 개최하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등 토지 관련 법령의 기준·요건 등을 충족하는지를 종합적으로 검토하여 그 신청을 받은 날부터 20일(공장설립등의 승인신청내용의 전부가 시장·군수 또는 구청장의 권한에 속하는 경우에는 14일, 제1항 제2호에 따른 의제처리가 필요하지 아니한 경우에는 7일) 이내에 승인 여부를 결정하고 신청인에게 별지 제5호서식의 공장설립등의 승인서를 발급하여야 한다.

④ 제1항에 따라 이전승인신청을 받은 시장·군수 또는 구청장은 이전하기 전 지역의 공장소재지를 관할하는 시장·군수 또는 구청장에게 기존 공장의 정상등록 여부를 확인한 후 이전승인을 하여야 한다. 산업단지의 관리기관이 법 제20조 제7항에 따라 이전승인이 의제되는 입주계약을 체결하는 경우에도 또한 같다. 제24조[지식산업센터의 설립승인신청서 등] ① 법 제28조의2 제1항에 따른 지식산업센터의 설립승인 및 설립승인사항 변경 등에 관하여는 제6조 및 제7조를 준용한다. 다만, 지식산업센터의 설립승인신청서·설립변경승인신청서·설립승인서 및 설립변경승인서는 별지 제19호서식과 같다.