창업중소기업이 토지를 취득한 후 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2010.11.9. OOO를 취득하고 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 및 제120조 제3항에 따라 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 감면을 신청하여 취득세 및 등록세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득가액OOO을 2016.6.17. 청구법인에 부과‧고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.4. 이의신청을 거쳐 2016.10.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법제119조 제3항 단서 및 제120조 제3항 단서에서 창업중소기업 등이 사업용 재산을 취득하고 그 날부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용‧처분하는 경우 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있는데, 이는 납세의무자가 악의적으로 법규를 이용하여 정당한 사유도 없이 직접 사용하지 않거나 다른 목적으로 사용‧처분하는 행위를 제재하기 위한 것인바, 청구법인은 2010.11.9. 쟁점토지를 취득한 후 장기간 소송을 통하여 2014.8.8. 완전한 소유권을 회복하였고, 법원의 확정판결OOO와 ‘건축물의 설계 표준계약’을 각 체결하고 2015.8.7. 처분청으로부터 건축허가를 득하는 등 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 적극적이고 진지한 노력을 다하였으며, 심판청구일 현재까지 공사착공에 이르지 못한 것은 쟁점토지의 소유권확보를 위하여 노력한 청구법인의 주주이자 사내이사인 OOO의 사망(2014.9.11.)과 쟁점토지의 소유권을 회복하는 과정 중 종전 사내이사 OOO이 쟁점토지를 담보로 제공하고 받은 부당한 대출금 등을 상환하고 소송비용 등을 지급하는 데 많은 자금이 투입되어 그로 인하여 공사비용 등을 마련하기 위하여 추가 투자처를 확보하는 데 시간이 필요하였기 때문인바, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간(2년) 내에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2010.11.9. 쟁점토지를 취득한 후 OOO에 소유권이 이전된 2012.5.25.까지 약 18개월 동안 해당 사업에 직접 사용하였다고 볼 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하였고, 위 소유권이전등기에 대한 말소소송 확정판결로 청구법인의 명의로 이전된 2014.8.8.부터 1년이 경과한 2015.8.7. 건축허가를 받았으며, 2016.8.4. 쟁점토지에 대한 현장확인일 현재 취득 당시와 동일한 임야 상태로서 공사착공이 이루어지지 않은 것으로 확인되는 이상, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 주주이자 쟁점토지 관련 소송의 원고인 OOO과 소송비용의 지급, 추가 투자처 확보, 설계변경 등으로 인하여 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 주장하나, 이는 법령 또는 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유에 해당하지 않고 청구법인의 내부적 사정에 불과한 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 창업중소기업이 토지를 취득한 후 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것) 제119조[등록세의 면제 등] ③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대해서는 등록세를 면제한다.다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는면제받은 세액을 추징한다. 1.창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기 제120조[취득세의 면제 등] ③창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는면제받은 세액을 추징한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 OOO으로 이전하였고, 2014.9.26. 상호를 OOO으로 변경하였으며, 청구법인의 임원에 관한 사항은 아래 <표>와 같다. (나) 청구법인은 2010.11.9. 쟁점토지를 취득하고 조세특례제한법제119조 제3항 및 제120조 제3항에 따른 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 감면을 신청하여 취득세 및 등록세를 면제받았다. (다) OOO하였고 2014.6.17. 확정되었다. (라) 청구법인은 OOO을 하였으며, 피고들이 이에 항소하자 법원은 피고들의 항소를 모두 기각하였고 2014.8.7. 확정되었다. (마) 쟁점토지 중 OOO의 등기사항전부증명서에 의하면, 동 토지는 2010.11.9. 매매를 원인으로 2010.11.9. 청구법인으로, 2012.5.25. 매매를 원인으로 2012.5.25. OOO으로 순차적으로 소유권이전등기되었다가 2013.10.16. 확정판결을 원인으로 2012.5.25.자 소유권이전등기는 2014.8.8. 말소된 것으로 확인된다. (바) 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 주장하며 제출한 증빙에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

1. 청구법인과 OOO에 제공하는 것으로 나타난다.

2. 청구법인과 OOO에 제공하는 것으로 나타난다.

3. 청구법인은 2015.8.7. 쟁점토지 소재지에 공장(연면적 6,180.06㎡)을 신축하기로 하는 건축허가를 받았다. (사) 한편, 처분청의 담당공무원이 2016.8.4. 쟁점토지에 대하여 현황조사를 실시하고 작성한 출장보고서에 의하면, 출장일 현재 OOO 토지는 취득 당시의 자연림 상태로 방치된 것으로 조사되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세 및 등록세를 면제하되 다만, 취득일(등기일)부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 여기서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하고자 정상적인 노력을 다했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 여부 등을 참작하여 사안별로 구체적‧개별적으로 판단하여야 할 것이다. (나) 청구법인은 OOO으로 이전등기되어 이를 말소등기하는 과정에 많은 시간이 소요되었고, 청구법인의 주주이자 쟁점토지 관련 소송의 원고인 OOO에 소유권이 이전되기 전까지 약 18개월 동안 해당 사업에 직접 사용하였다고 볼 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 쟁점토지가 청구법인의 명의로 다시 이전된 2014.8.8.부터 심리일 현재까지 건축허가 외에 취득 당시와 동일한 임야 상태로 유지되고 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.