산업단지에서 이 건 토지를 취득하였다가 유예기간 내에 산업단지 관리기관 매각한 경우 취득세 등의 추징대상인지 여부

[주 문] OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2010.10.18. 산업단지관리기관인 OOO를 취득하고 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항에 따라 ‘산업용건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산’으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.
• 나. 처분청은 이후에도 청구법인이 2011년도 및 2012년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 보유하고 있는 이 건 토지에 대하여 지방세법 제276조 제1항에 따라 재산세 등을 감면하였으나, 2016년 6월 감면 부동산에 대한 이용실태 조사 결과, 청구법인이 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 유예기간 내인 2013.3.29. 관리기관에 양도한 사실을 확인하고 2016.8.9. 및 2016.9.8. 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같이 재산세 등 OOO을 각 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.8.23. 및 2016.10.3. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2010.10.18. 이 건 토지를 취득하여 취득세 등을 감면받았으나 회사경영악화로 산업용건축물 등을 신축하지 못하고 있는 상태에서 관리기관이 2013.3.29. 환매하였다. 지방세법제276조 제1항 단서에서 ① 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용건축물 등에 직접 사용하지 아니하는 경우(이하 “단서전단”이라 한다) 또는 ② 그 사용일로부터 2년 이상 산업용건축물 등에 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우(이하 “단서후단”이라 한다)에는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있으므로 단서전단과 단서후단을 구분하여 판단하여야 하는바, 유예기간 이내에 매각이 이루어진 이 건 토지는 단서후단의 적용대상에 해당한다. 비록 감면된 이 건 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하였다하더라도 이 건 토지 취득일부터 3년(유예기간) 내에 관리기관이 환매하였으므로 감면받은 취득세 등의 추징사유에 해당하지 아니하여 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법제276조 제1항의 추징 규정은 단서전단 또는 단서후단 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세 등을 추징할 수 있는 것이고, 청구법인이 3년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적 사유가 아닌 경영 악화로 인한 투자여력의 제한이라는 사유는 정당한 사유로 인정할 수 없어 추징규정의 단서전단에 해당되어 굳이 단서후단의 경우까지 판단할 필요는 없다고 하겠다. 설령, 단서후단까지 판단한다 하더라도 ‘당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다’는 규정은 해당 부동산을 유예기간 내에 직접 사용을 개시하였으나 2년 이상 사용하지 아니하고 산업단지관리기관 등이 환매하는 경우를 의미하는 것으로 청구법인의 경우와 같이 취득일로부터 3년 이내 직접 사용을 개시하지 않은 경우에는 이에 해당되지 않으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 산업단지에서 이 건 토지를 취득하였다가 유예기간 내에 산업단지관리기관에 매각한 경우 취득세 등의 추징대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제276조(산업단지 등에 대한 감면) ①산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역, 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지 및 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제17조의2에 따라 지정된 신기술창업집적지역에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2011.3.30. 법률 제10491호로 일부개정되기 전의 것) 제39조(산업용지 등의 처분제한 등) ① 산업시설구역의 산업용지 또는 공장등을 소유하고 있는 입주기업체가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 산업용지(공유지분을 처분하려는 때에는 해당 공유지분을 말한다) 또는 공장등을 관리기관에 양도하여야 한다.

1. 제15조 제1항에 따른 공장설립등의 완료신고 전 또는 신고 후 10년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지 및 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우

2. 제15조 제2항에 따른 사업개시의 신고 전 또는 신고 후 제1호에 따라 대통령령으로 정하는 기간이 지나기 전에 분양받은 산업용지(분양받은 자로부터 제2항에 따라 양도받거나 법원의 판결, 상속 등의 사유로 소유권을 취득한 산업용지 및 제39조의2 제2항 제1호에 따라 분할된 산업용지를 포함한다)를 처분(해당 산업용지의 공유지분을 처분하는 경우를 포함한다)하려는 경우 또는 공장등을 처분하려는 경우

⑤ 제1항 및 제2항에 따른 산업용지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액으로 하고, 공장등의 양도가격은 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가업자의 시가 감정액을 고려하여 결정할 수 있다.(단서 생략)

⑦ 유관기관이 매수한 산업용지 및 공장등의 매각가격·매각절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2010.7.13. 대통령령 제22273호로 일부개정된 것) 제49조(산업용지의 처분제한) ① 법 제39조 제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제3항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 입주기업체가 분양받은 산업용지 및 공장등의 소유권(법인인 경우에는 출자총액 또는 발행주식의 100분의 50 이상을 소유하는 것을 말한다. 이하 같다)을 이전하는 것을 말한다. (단서 생략)

② 법 제39조 제1항ㆍ제2항 및 제43조 제1항에 따라 입주기업체가 산업용지 또는 공장등을 처분하려면 처분신청서에 지식경제부령으로 정하는 서류를 첨부하여 관리기관에 제출하여야 한다.

⑥ 법 제39조 제1항 제1호 및 제39조의2 제4항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 5년을 말한다.

(4) 민법 제590조(환매의 의의) ① 매도인이 매매계약과 동시에 환매할 권리를 보류한 때에는 그 영수한 대금 및 매수인이 부담한 매매비용을 반환하고 그 목적물을 환매할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2007.10.24. OOO에 대하여 아래와 같이 입주계약(분양)을 체결하였다. (나) 관리기관은 2008년 10월(날짜 미상) 청구법인의 신청에 따라 사업규모의 축소를 이유로 부지면적을 9,917㎡(BL16-②)에서 3,354.3㎡로, 건축면적을 7,000㎡에서 2,000㎡로 조정하는 것으로 하여 입주계약을 변경하였으며, 청구법인은 2010.10.18. 이 건 토지를 취득하였다. (다) 관리기관은 2012.8.14. 및 2012.12.10. 두 차례에 걸쳐 청구법인에게 이 건 토지에 건축물 착공을 이행할 것을 권고하였다. (라) 청구법인은 관리기관에 2012.12.26. 경영악화 등을 이유로 산업시설용지 재매각을 요청하고, 2013.1.11. 처분가격을 OOO에 재분양하였는바, 이 건 토지가 나대지 상태에서 관리기관에 양도된 것에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (마) 등기사항전부증명서에 의하면 이 건 토지는 2010.10.28. 매매(2008.12.1.)를 원인으로 청구법인 앞으로 소유권이전등기되었다가 2013.4.1. 매매(2013.3.29.)를 원인으로 관리기관으로 소유권이전등기되었으며, 2013.5.28. 매매(2013.3.29.)를 원인으로 OOO 주식회사 앞으로 소유권이전등기되었는바, 별도의 환매특약등기는 되어 있지 않은 것으로 나타난다.

(2) 지방세법 제276조 제1항에 따라 ‘산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산’으로 하여 취득세 등을 감면받은 후 직접 사용을 개시하지 아니하고 매각한 경우에 기 감면된 취득세 등이 추징되지 않으려면 단서전단에 따라 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있거나 단서후단에 따라 사용을 개시하였지만 관리기관에 환매한 경우 등에 해당되어야 할 것이다. 환매는 매도인이 매매계약과 동시에 환매할 권리를 보류한 때에는 그 영수한 대금 및 매수인이 부담한 매매비용을 반환하고 그 목적물을 매수할 수 있는 것으로서, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제39조 등에서 입주기업체가 분양받은 산업용지를 처분하려는 경우에는 관리기관에 양도하도록 하고 있고 그에 따른 양도가격도 당초의 분양가격 등으로 하는 등 그 처분에 제한을 두고 있으므로 일반 매매와 달리 취급하여야 할 것으로 보이는 점, 이와 같이 분양계약서에서 관리기관이 환매할 권리를 보류하고 있음에 따라 환매사유가 발생하여 관리기관이 당해 토지를 환매한 경우에는 당초 매수인은 해당 토지를 더 이상 목적사업에 직접 사용할 의무가 소멸되었다 할 것인 점 등에 비추어 ‘환매’는 단서후단에만 한정적으로 적용될 것이 아니라 단서전단의 직접사용하지 못한 정당한 사유로도 인정될 수 있다 할 것이다. 따라서, 이 건 토지가 사용이 개시되어 환매된 경우에는 해당되지 않는다 하더라도 관리기관의 환매로 인하여 청구법인이 이 건 토지를 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.