학교법인이 부동산을 취득하여 취득세를 면제 받은 후 당초 매매계약 조건에 따라 매도인이 무상사용하다 명도한 것에 대하여 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2014지0597

[주 문] OOO2016.6.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.11.13. OOO대 1,677㎡ 및 그 지상 건축물 1,031.465㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 OOO(이하 “매도법인”이라 한다)로부터 유상으로 취득하고, 학교를 경영하는 자가 해당사업에 사용하기 위하여 취득한 것으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2016.3.24. 쟁점부동산에 대한 사용실태를 확인한 결과, 매도법인이 사무실 및 물류창고 등으로 무상사용하고 있는 사실을 확인하고 면제된 취득세의 추징대상으로 보아 2016.6.10. 청구법인에게 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 과세하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 취득세를 면제한 쟁점부동산에 대해 지방세특례제한법 제41조 제1항 제3호에서 규정한 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”에 해당된다고 하여 면제된 취득세 등을 추징하였는바, 청구법인이 매도법인과 체결한 쟁점부동산의 매매계약서 및 명도합의서에서 1년 이내로 매도법인의 사업장 이전을 위한 준비기간을 주기로 합의되어 청구법인이 바로 사용할 수 없었고, 매도법인이 무상으로 사용하다 1년 이내인 2016년 9월에 철수하였으며, 2016.10.7. 이사회의 의결에 따라 의과학센터 건립(연면적 약 1,400평, 지상 5층, 지하 2층)을 위하여 철거공사를 진행하고 있음에도, 처분청이 취득 후 5개월이 경과되지 않은 2016.3.4. 현장출장을 하여 매도법인이 사용중이라는 이유만으로 기 면제한 취득세 등을 추징대상으로 본 처분은 위 감면규정을 부당하게 유추·확대해석한 것으로서 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제41조 제1항 제2호에서 정한 정당한 사유 및 유예기간이란 쟁점부동산을 해당사업에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 쟁점부동산을 해당사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 해당사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 취득자가 그 자체의 사정이나 수익상의 문제 등으로 취득한 부동산을 해당사업에 직접 사용하는 것이 지연된 경우(대법원 2003.12.12. 선고, 2003두9978 판결, 같은 뜻임)는 이에 해당하지 않는다고 할 것이므로 유보기간이 남아 있는 상태에서 취득세를 추징하는 것이 부당하다는 주장은 이유 없고, 더구나, 쟁점부동산의 취득 당시 취득일부터 1년 이내의 기간 동안 매도법인이 무상으로 임시사용하기로 하는 명도합의를 통해 매도법인이 계속하여 사용하기로 되어 있는 점, 처분청 담당공무원의 출장결과보고서에서도 취득 당시부터 매도법인이 사무실과 물류창고 등으로 계속하여 사용하고 있는 것이 입증되고 있는 이상, 이는 지방세특례제한법 제41조 제1항 제3호에서 정한 다른 용도로 사용하는 경우에 해당된다 하겠으므로 유예기간이 경과하지 않은 시점에서 처분청이 취득세 등을 부과한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 학교법인이 부동산을 취득하여 취득세를 면제 받은 후 당초 매매계약 조건에 따라 매도인이 무상사용하다 명도한 것에 대하여 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제42조 제1항에 따른 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우 2.정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접사용하지 아니하는 경우 3.해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인이 2015.10.28. 매도법인과 체결한 쟁점부동산의 매매계약서를 보면, 2015.11.13. 잔금 수령을 하고 부동산의 인도일은 1년 후인 2016.11.13.로 한다고 기재되어 있다. (나) 쟁점부동산의 매매와 관련하여 2015.11.13. 체결된 명도합의서(인증서 등부 2015년 OOO)를 보면, 청구법인은 매도법인에게 사용료(보증금 및 임대료) 없이 합의일로부터 1년 이내의 기간 동안 임시 사용을 허가하고, 그 사용기간 이전에 완전 명도하는 것으로 되어 있다. (다) 처분청 담당공무원이 2016.3.24. 쟁점부동산의 사용실태 확인을 위해 현지출장을 실시하고 보고한 출장결과보고서를 보면, 쟁점부동산이 매도법인의 사무실과 물류창고 등으로 사용중인 것으로 되어 있다. (라) 매도법인이 2016.4.8. 작성한 확인서를 보면, 쟁점부동산의 매매조건으로 약 1년 이내에 당사의 물류창고를 물색하여 이전할 때까지만 무상으로 사용하는 조건을 제시하였고, 그 조건이 아니면 당사에서는 물류창고를 당장 이전할 수 없었기에 매매를 할 수 없다고 제시한 사실이 있으며, 회사 사정상 여의치 않아 몇 개월의 시간이 더 필요할 것으로 사료된다고 되어 있다. (마) 매도법인이 2016.8.23. 청구법인에게 보낸 문서를 보면, 쟁점부동산에 소재한 매도법인의 OOO영업을 2016.9.30.까지 운영하고, 철거를 최대한 빨리 진행하겠다고 통보한 것으로 나타난다. (바) 매도법인이 쟁점부동산에 신고된 유통전문판매업 및 식품운반법을 2016.9.30. 각 폐업한 사실이 처분청이 발급한 ‘영업의 폐업신고 사실증명원’에서 확인된다. (사) 청구법인이 2016.10.3. 촬영한 쟁점부동산의 건물사진을 보면, 공실 상태인 것으로 나타난다. (아) 청구법인의 2016.10.7. 이사회 회의록(2016년도 제5차)을 보면, 매도법인이 2016년 9월말까지 쟁점부동산에서 철수함에 따른 마스터플랜 계획에 따라 지상 건물 및 창고를 2016년 10월까지 철거하고 가칭 ‘의과학센터’(지상 5층, 지하 2층)를 건축하는 계획을 승인한 것으로 되어 있다. (자) 청구법인이 2016.11.2. 작성한 내부보고서와 철거공사도급계약서 및 현장사진을 보면, 쟁점부동산에 의과학센터 신축을 위한 건물철거공사 도급계약(계약금액 OOO)을 체결하고, 심리일 현재 철거공사가 진행중인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제41조 제1항에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 및 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제한 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 의과학센터 건립을 목적으로 쟁점부동산을 매입하고자 물류센터로 사용중인 매도법인이 다른 물류센터를 확보하는 1년 이내의 기간 동안 무상으로 사용하다 명도하는 조건을 받아들여 매매계약을 체결한 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 1년 이내인 2016.9.30. 매도법인이 물류센터를 페업하고 명도한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 2016.10.7. 이사회를 개최하여 쟁점부동산에 의과학센터 건립의 추진을 승인하였고, 2016.11.2. 지상 건물 철거용역계약을 체결하여 철거중인 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 매도법인과의 매매조건에 따라 무상으로 일시 사용하도록 하였다가 1년 이내에 명도를 받고 유예기간 내에 직접 사용하고자 정상적인 노력과 추진을 기울이고 있는 것으로 볼 수 있다 하겠으므로, 처분청이 유예기간 내에 다른 용도에 사용한 것으로 보아 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2014지597, 2014.10.27., 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.