이 건 취득세 등의 부과처분이 부과제척기간이 경과된 후에 한 처분으로 부당하다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2013지1051 / 조심2013지0640 / 조심2013지0781

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2008.2.29. OOO소재 토지 4,113㎡ 중 4,113분의 2,046.5 지분(이하 “이 건 제①토지”라 한다)및 건축물 5,389.41㎡ 중 5,389.41분의 2,681.6016 지분(이하 “이 건 제①건축물”이라 한다)을 취득하고, 2008.3.17. 처분청에 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 및 등록세를 면제받았다.
• 나. 청구법인은 2008.10.17. 이 건 제①토지상에 건축물 1,013.45㎡(이하 “이 건 제②건축물”이라 하고, 이 건 제①건축물과 합하여 “이 건 건축물”이라 한다)를 증축하여 사용승인을 받고, 2008.10.27. 처분청에 지방세법 제282조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 및 등록세를 면제받았다.
• 다. 처분청은 2008.11.6. 청구법인에게 이 건 건축물 중 사무실로 사용하는 141.7㎡에 대하여 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO및 등록세 등 OOO을 부과·고지하였다.
• 라. 청구법인은 2010.3.12. 이 건 건축물 중 공장으로 사용하는 370.91㎡에 대하여, 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO및 등록세 등 OOO을 신고·납부하였고, 같은 날 이 건 건축물 중 공장으로 사용되는 331.85㎡에 대하여 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO및 등록세 등 OOO을 신고·납부하였다.
• 마. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물 등을 기업부설연구소용에 직접 사용하는 것으로 하여 취득세와 등록세를 각각 면제받았으나 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받은 면적은 이 건 건축물 중 일부인 319.78㎡인 사실을 확인하고, 인정받지 못한 면적(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득세 등의 추징대상으로 보아, 2016.1.11. 청구법인에게 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적 중 첨단업종으로 사용한 면적은 표준세율을 적용하고, 첨단업종 외의 업종에 사용한 면적은 지방세법 제138조에 따른 대도시 전입 후 5년 이내에 취득하는 부동산으로 중과세율을 적용하여 산출한 아래 <표1>의 취득세 등을 부과·고지하였다. <표1> 취득세 및 등록세 부과·고지 내용 (단위: 원)
• 바. 처분청은 2016.5.13. 이 건 건축물 등의 일부면적에 대한 취득세 등의 부과처분을 부과제척기간이 경과된 후에 한 처분으로 보아 취득세 등 OOO을 환급하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.10. 이의신청을 거쳐 2016.8.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 부분인 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 부과제척기간은 취득일부터 4년이 경과한 시점부터 기산되어야 한다고 주장하나, 조세심판원은 2014.12.31. 청구법인과 동일한 사례의 경우를 결정하면서 연구소로 인정받지 못한 면적에 대하여 연구소를 설치한 후 4년 이내에 면제된 취득세 등을 추징한 사례(조심 2013지1051)가 있는바, 이 건 건축물 중 청구법인이 2009.4.7. 기업부설연구소로 인정받은 310.78㎡ 외의 면적인 쟁점부동산은 기업부설연구소로 인정을 받은 2009.4.7. 추징사유가 발생한 것으로 보아야 할 것이고 이 건 취득세 등의 부과처분은 이로부터 5년이 경과된 후에 한 처분으로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 기업부설연구소용 부동산에 대하여는 ① 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우(이하 “추징사유①”이라 한다)와 ② 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 경우(이하 “추징사유②”라 한다)에 기면제한 취득세 및 등록세의 추징사유가 발생하는 것이라 하겠고, 추징사유②의 경우 4년의 유예기간이 경과하기 전까지는 연구소로 인정을 받을 가능성이 있으므로 연구소로 인정받지 아니하고 4년의 유예기간이 경과함으로써 비로소 추징사유에 해당되는 것(조심 2013지640, 2014.1.22., 조심 2013지781, 2014.11.5., 같은 뜻임)이라 할 것인바, 청구법인이 2009.4.7. 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 부분에 대하여 4년의 유예기간이 경과하지 아니한 이상 추징사유②에는 해당되지 아니하므로 기업부설연구소로 인정받지 못한 시점에 이 건 처분에 대한 추징사유가 발생하여 부과제척기간이 경과하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 청구법인의 경우 2008.2.29. 이 건 제①건축물 등과 2008.10.17. 이 건 제②건축물을 기업부설연구소로 직접 사용하는 부동산의 취득으로 하여 취득세와 등록세를 전액 면제받았으나, 이 건 건축물 중 일부는 취득일부터 4년의 기간이 경과할 때까지 기업부설연구소로 인정받지 못하였으므로 취득일부터 4년이 경과한 시점에 추징사유가 발생한 것이며, 처분청은 이 건 건축물 등의 일부인 쟁점부동산에 대하여 추징사유발생일부터 5년 이내인 2016.1.11. 이 건 과세처분을 하였으므로 이 건 취득세 등의 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 취득세 등의 부과처분이 부과제척기간이 경과된 후에 한 처분으로 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2008.2.29. OOO소재 토지 4,113㎡ 중 4,113분의 2,046.5 지분(이 건 제①토지) 및 건축물 5,389.41㎡ 중 5,389.41분의 2,681.6016 지분(이 건 제①건축물)을 취득하고, 2008.3.17. 처분청에 지방세법제282조에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 취득세 및 등록세를 면제받았다. (나) 청구법인은 2008.10.17. 이 건 제①토지상에 건축물 1,013.45㎡(이 건 제②건축물)를 증축하여 사용승인 받고, 2008.10.27. 처분청에 지방세법 제282조에 의한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 취득세 및 등록세를 면제받았다. (다) 처분청은 2008.11.6. 청구법인에게 이 건 건축물 중 사무실로 사용하는 141.7㎡에 대하여 표준세율을 적용하여 취득세 등 OOO및 등록세 등 OOO을 부과·고지하였다. (라) 청구법인은 2010.3.12. 이 건 건축물 중 공장으로 사용하는 370.91㎡에 대하여, 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO및 등록세 등 OOO을 신고·납부하였고, 같은 날 이 건 건축물 중 공장으로 사용되는 331.85㎡에 대하여 표준세율을 적용하여 취득세 등 OOO및 등록세 등 OOO을 신고·납부하였다. (마) 처분청은 이 건 건축물 등을 기업부설연구소용에 직접 사용하는 것으로 하여 취득세와 등록세를 각각 면제받았으나, OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받은 면적은 그 일부인 319.78㎡인 사실을 확인하고, 인정받지 못한 면적인 쟁점부동산은 취득세 등의 추징대상으로 보아 2016.1.11. 청구법인에게 위 <표1>의 취득세 등을 부과·고지하였다. (바) 처분청이 2016.2.5. 발행한 건축물대장에 의하면, 이 건 건축물은 지하 1층, 지상 3층의 건축물로서 연면적은 3,473㎥이고, 용도는 교육연구시설(연구소) 및 공장으로 기재되어 있으며, 변동사항에는 2008.4.3. 344.1㎥를 부분철거를 하였고, 2008.9.16. 209.84㎥를 부분철거 하였으며, 기존연면적을 4,835.47㎥에서 2,375.92㎥로 분리하였고, 2008.10.17. 증축으로 인하여 사용승인을 받은 것으로 나타난다. (사) OOO이 2009.4.7. 청구법인에게 보낸 기업부설연구소 변경신고에 따른 수리결과 통보 문서(연구소지원팀-2009112295)에 의하면, 연구소 명칭은 주식회사 OOO부설연구소로, 소재지는 OOO3층으로, 건물형태는 분리구역 319.78㎥로 기재되어 있다. (아) 등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 건축물의 소유권은 2008.3.17. 청구법인 명의로 이전등기되었고, 2013.9.29. 매매를 원인으로 2013.11.26. OOO명의로 이전등기된 사실이 나타난다. (자) 청구법인은 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 인정받은 면적 외의 부분은 취득 당시부터 공장과 사무실로 사용하였다고 주장하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제228조에서 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다. 지방세법 제30조의4 제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없고, 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다고 규정하면서 그 제3호에서 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제14조의2 제1항에서 법 제30조의4 제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 1에 해당하는 날을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날을 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 다음 각 호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다고 규정하면서 그 제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날을 규정하고 있다. 지방세법 제120조 제1항에서 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다. 지방세법 제282조 및 같은 법 시행령 제228조 규정의 문언 내용과 체계, 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하려는 위 법률 조항의 입법 취지를 실현하기 위해서는 기업부설연구소의 설치가 필수적인 점 등에 비추어 보면, 위 시행령 조항은 위 법률 조항 본문에 따라 취득세 등이 면제되기 위한 사후적 요건으로서의 기업부설연구소 설치와 그 인적·물적 시설 기준 등을 정한 것으로 봄이 타당하므로 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하였다고 하더라도 위 시행령 조항에서 정한 기업부설연구소를 설치하지 못한 경우에는 처음부터 위 법률 조항 본문에 따른 취득세 등의 면제대상에서 제외되어 원칙대로 과세되는 것이고, 이때의 부과처분은 면제된 취득세 등을 새로운 부과처분의 형태로 추징하는 위 법률 조항 단서에 의한 추징처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라고 할 것(대법원 2013.11.28. 선고 2011두27551 판결, 같은 뜻임)이며, 기업부설연구소용 부동산을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 4년 이내에 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 경우에는 4년의 유예기간이 경과하기 전까지는 연구소로 인정을 받을 가능성이 있으므로 4년의 유예기간이 경과할 때에 비로소 과세사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2013지640, 2014.1.22., 조심 2013지781, 2014.11.5., 같은 뜻임)이다. 청구법인은 2008.2.29. 등에 이 건 건축물 등을 취득하고 지방세법 시행령 제228조에 따른 기업부설연구소에 사용하는 조건으로 취득세 등을 면제받았으나, 이 중 319.78㎡만 2009.4.7. 기업부설연구소로 인정을 받은 사실이 OOO이 발행한 인증서 등에 의하여 확인되고, 나머지 면적인 쟁점부동산은 기업부설연구소로 인정받은 사실이 없으므로 쟁점부동산은 취득일부터 4년이 경과한 시점에 과세사유가 발생하였으며, 부과제척기간은 과세사유발생일부터 30일이 경과한 시점부터 기산되어야 할 것으로 보는 것이 타당한 점, 처분청은 위 기산일부터 5년 이내인 2016.1.11. 이 건 취득세 등을 과세한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 과세처분을 부과제척기간이 경과된 후에 한 것으로 보기는 어려우므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것) 제30조의4[부과의 제척기간] ① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세 또는 법인세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 주민세 소득세할 또는 법인세할을 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년 제120조[신고 및 납부] ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. 제121조[부족세액의 추징 및 가산세] ① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세 제150조의2[신고 및 납부] ① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. 제282조[기업부설연구소용 부동산에 대한 면제] 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 제14조의2[제척기간의 기산일] ① 법 제30조의4 제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 1에 해당하는 날을 말한다.

1. 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날. 이 경우 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고납부기한에 포함되지 아니한다.

2. 제1호의 규정에 의한 지방세외의 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무 성립일

② 다음 각 호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날 제228조[기업부설연구소] 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.