[요지]
① 청구법인은 지점(병원) 설치와 함께 임대용으로 사용하고자 쟁점①부동산을 취득하였고, 또 다른 지점(노인복지시설)을 설치하면서 임대용으로 쟁점③부동산을 취득한 것이므로 이는 지점 설치에 따른 부동산 취득으로 보기 어려움. ② 쟁점②부동산은 청구법인 부속병원의 인사노무팀, 총무팀, 재무경리팀, 홍보마케팅팀 및 기획예산실이 사용하고 있는 점 등에 비추어 의과대학 등의 부속병원에 직접 사용되는 부분으로 보이므로 해당 부분은 취득세 면제대상인 학교용 부동산으로 보임. ③ 청구법인은 종전의 건축물대장상 공용면적을 기준으로 감면 면적과 과세 면적을 안분하여야 한다고 주장하나, 처분청에서는 해당 부동산에 대한 임대차계약서에 기재되어 있는 공용면적을 임대용 부동산의 면적으로 보아 취득세 감면대상에서 제외한 점 등에 비추어 감면대상에서 제외된 임대용 부동산의 공용면적이 잘못 산정되었다고 보기 어려움.
[참조결정] 조심2008지1049
[주 문] OOO이 2015.12.17. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 일부 거부처분은 1.OOO소재 OOO건축물104,633.65㎡ 및 부속토지 14,363㎡ 중 청구법인이 임대용으로 사용하고있는 건축물 12,089.1㎡ 및 부속토지를 취득세의 중과세율 적용대상이 아닌 것으로 하고, 2.OOO소재 노인복지시설용 건축물 71,254.49㎡및 부속토지 29,838.4㎡ 중 청구법인이 임대용으로 사용하는 건축물 22,760.06㎥ 및 부속토지를 취득세의 중과세율 적용대상이 아닌 것으로 하며, 3.OOO소재 OOO건축물104,633.65㎡ 및 부속토지 14,363㎡ 중 청구법인이 병원의 인사노무팀, 총무팀 등으로 사용하는 건축물 308.38㎡ 및 그 부속토지를 취득세 등의 면제대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,
4. 나머지 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 2014.5.2. OOO소재 OOO건축물 104,633.65㎡ 및 부속토지 14,363㎡(이하 “이 건 제1부동산”이라 한다)를 재단법인 OOO(이하 “유지재단”이라 한다)으로부터 증여받아 취득하고, 2014.6.18. 처분청에 취득세등을 신고하면서 이 건 제1부동산 중 병원으로 사용하는 건축물 93,309.98㎡ 및 그 부속토지에 대하여는 지방세특례제한법(2014.5.28. 법률 제12686호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항에 따른 학교등이 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세등을 면제받았으며, 나머지 건축물 11,323.67㎡ 및 부속토지에 대하여는 지방세법 제13조 제2항에 따른 대도시에서 지점 또는 분사무소 설치에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 제1부동산은 증여자인 유지재단이 의료업과 임대업으로 사용하고 있던 부동산으로 의료사업장은 인적·물적 설비를 모두 갖추어 의료업으로 직접 사용하였고, 임대사업장은 별도의 인적설비 없이 임대하여 증여자가 아닌 임차인이 사용하고 있었으며, 청구법인은 2014.6.27. OOO의과대학의 부속병원을 갖추기 위하여 증여자가 운영하고 있던 OOO의 인적·물적설비 모두를 2014.9.1. 포괄 승계하여 의료업을 개시하였고, 수익용 기본재산에 해당하는 임대사업장 부분은 인가조건에 따라 2014.7.24. 분할등기 후 2015년 1월에 임대를 개시하였다.
(2) 이 건 제2부동산은 2014.6.16. 증여 당시 증여자가 노인복지사업에 사용하고 있었고, 임대사업은 준비 중에 있었으며, 청구법인은 이 건 제2부동산을 OOO인수설립일인 2014.9.1.에 승계하지 않고, 주무관청인 교육부의 노인복지사업 승인이 2014년 12월경에 이루어짐에 따라 2015년 1월 승계하여 무료노인복지사업OOO, 유료노인복지시설OOO, 임대업OOO에 사용하고 있다.
(3) 이 건 제1부동산은 2014.8.1. 이전에는 청구법인이 아닌 증여자가 증여자의 책임과 계산으로 의료업 등을 직접 운영하였고 직원들 또한 증여자의 직원이었으며, 청구법인은 2014.8.31. 이전에는 의료업 등의 사업을 영위하지 않았고, OOO와 관련된 직원이 없었으므로 청구법인이 이 건 제1·2부동산을 취득할 당시에는 지방세법상 지점등의 등의 필수요건인 인적설비가 없었다.
(4) 증여계약서에 의하면 이 건 제1부동산인 OOO부동산은 OOO대학교 편입에 대한 교육부의 허가승인 후에 인도하는 것으로 되어 있고, 이 건 제2부동산인 OOO부동산은 OOO대학교 편입에 대한 교육부 인가가 반려될 경우 본 계약을 해제할 수 있는 상황에서 증여받은 부동산과 관련된 사업인 의료업, 노인복지사업 및 임대업을 영위하기 위하여 인적·물적설비를 갖추고 사무소등을 설치한다는 것은 상식적으로 맞지 않을 뿐만 아니라 합리적인 의사결정이라고 할 수 없으며, 청구법인은 교육부의 OOO대학교 인수설립인가일인 2014.6.27. 이후 OOO대학교의 2014년 2학기 개교일인 2014.9.1.에 맞추어서 OOO의 사업과 직원을 승계하여 2014.9.1. 이전에는 증여자의 책임과 계산으로 모든 사업이 영위되었으며 직원 또한 증여자의 피고용인이었다.
(5) 대도시 내에서 지점등의 설치 이전에 취득하는 부동산은 지점 등의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산만 중과세율 적용대상이고, 청구법인은 이 건 제1·2부동산을 취득한 이후에 지점 사무소등을 설치한 것이 명백하므로 청구법인이 직접 사용하지 아니하고 임차인이 사용하고 있는 임대면적은 취득세 중과대상이 아님에도 불구하고, 이 건 제1·2부동산 중 임대한 면적에 대하여 중과세율을 적용하여 취득세 등을 과세한 처분은 부당하다.
(6) 처분청은 이 건 제1부동산인 OOO용 부동산과 관련하여 OOO의 행정업무를 지원하는 지원부서(인사노무팀, 총무팀, 재무경리팀, 홍보마케팅팀, 전략기획팀 및 기획예산실)가 사용하는 부동산을 학교용 및 의료업에 직접 사용되는 것이 아닌 것으로 보아 지원부서가 사용하는 사무실 면적에 대하여 학교용 및 의료업에 대한 감면을 배제하고 중과세율을 적용하였는바, OOO지원부서가 사용하는 면적은 학교용 및 의료업에 직접 사용되는 것으로 보아야 하므로 처분청이 위 면적에 대하여 학교용에 대한 감면을 배제하고 수익사업으로 분류하여 중과세율을 적용한 것은 부당하다.
(7) 청구법인은 이 건 제1부동산을 교육부로부터 OOO대학교의 설립인가조건에 의거 2014.7.23. 일반건축물을 집합건축물로 변경하고 2014.7.24. 부속병원과 수익용 기본재산으로 분할등기하였으며, 이는 일반건축물에서 집합건축물로의 공부상 형식적인 변동일 뿐 전용부분이나 공용부분의 실제 사용현황은 전혀 변동이 없는바, 분할변경 전후의 의료업 사용면적과 기타 사용면적은 변동 없이 동일하여야 함에도 불구하고 처분청은 단지 등기부등본과 건축물대장의 형식이 변경되었다는 사유만으로 공용부분의 안분계산을 실제사용현황에 맞지 않는 방법을 적용하여 재계산하여 부당하다.
(1) 관계 법령을 종합하면 취득세 중과세 요건인 지점·분사무소에 설치에 따른 부동산 등기에 있어서 “지점·분사무소”라 함은 법인세법·부가가치세법·소득세법의 규정에 의하여 등록대상 사업장으로서 형식적 요건으로서 사업자등록을 마친 사업장이어야 하는 것은 아니고, 실질적 요건으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하여지는 장소를 말하며, "인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하여지는 장소"라 함은 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 시설을 갖추고, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말하고, 여기에서 말하는 "인적 설비"란 당해 법인의 지휘ㆍ감독하에 인원이 상주하는 것을 뜻할 뿐이고 그 고용형식이 당해 법인에 직속하는 형태를 요구하는 것은 아니라고 해석함이 상당하다고 할 것(감심 2004-2, 2004.1.20., 같은 뜻임)이다.
(2) 청구법인의 경우, ① 청구법인이 증여자인 유지재단으로부터 이 건 제1부동산과 이 건 제2부동산을 증여받은 목적이 의과대학부속병원 설립에 있고, 이 건 제1·2부동산을 증여받아 소유권이전등기와 함께 교육부에 대학교설립인가를 신청한 점, ② 이 건 제1부동산을 취득하면서 수익시설에 대하여 취득세등을 중과세로 신고·납부한 사실이 있는 점, ③ 청구법인의 직원이 청구법인은 유지재단으로부터 이 건 제1·제2부동산을 증여로 취득하면서 동시에 지점(인적·물적설비)을 모두 승계한 사실을 인정하는 내용의 확인서를 작성한 사실이 있는 점, ④ 청구법인이 2014.6.19. 이 건 제1부동산 중 수익시설의 임대사업을 위한 지점의 사업자등록을 한 점, ⑤ 종전과 같이 유지재단의 OOO지점에서 이 건 제1·2부동산이 증여와 동시에 청구법인의 본·지점 역할인 OOO대학교 설립 및 복합 메디컬타운 수익시설의 임대차 업무 등을 대행하여 처리한 점, ⑥ 이 건 제1·2부동산을 무상증여와 동시에 유지재단의 인적·물적설비를 포괄승계받아 실제로 청구법인으로 운영했으나, 운영주체를 유지재단에서 청구법인으로 전환하기까지 관련 기관의 인허가 절차 등에 따라 증여일 이후에 학교설립 및 노인복지시설 설치신고가 이루어질 수 밖에 없었던 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 무상증여와 동시에 인적설비 및 물적설비를 승계하였으므로 이 건 제1·제2부동산의 수익시설(임대사업장)은 지방세법 제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따라 “법인 또는 사무소 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득”에 해당하여 취득세 중과세 대상에 해당된다 할 것이다.
(3) 청구법인은 OOO의 지원(행정)부서는 학교용 및 의료업에 해당되므로 중과세대상이 아니라고 주장하나, 청구법인은 이 건 제1부동산을 증여로 취득한 시점부터 일부면적을 병원 지점의 사무실로 사용한 사실이 있고, 수익시설에 대한 임대차 업무 등을 대행하는 등 사실상 지점용 사무실로 사용하였으므로 지점(분사무소)으로 보아 취득세 중과세율을 적용한 것은 잘못이 없다 할 것이다.
(4) 일반건축물에서 집합건축물로 변경등기한 것과 관련하여 공용부분면적 안분계산을 실제 사용현황의 고려 없이 재계산한 것은 부당하다고 주장하나, 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제1조 및 제1조의2에서 1동의 건물 중 구조상 구분된 여러 개의 부분이 독립한 건물로서 사용될 수 있거나 법률에서 정하는 방식으로 여러 개의 건물부분으로 이용상 구분이 되는 경우에는 그 건물부분은 법에서 정하는 바에 따라 각각 소유권의 목적으로 할 수 있고, 집합건물은 구분소유권의 목적이 되는 “전유부분”과 전유부분 외의 건물부분으로 여러 개의 전유부분으로 통하는 복도, 계단, 그 밖에 구조상 전원 또는 일부의 공용에 제공되어 구분소유권의 목적으로 할 수 없는 “공용부분”으로 나누고 있으며, 같은 법 제10조에서 “공용부분”은 구분소유자 전원의 공유에 속하며 다만, 일부의 구분소유자만이 공용하도록 제공되는 것임이 명백한 공용부분은 그들 구분소유자의 공유에 속하고, 제12조에서 각 공유자의 지분은 그가 가지는 전유부분의 면적비율에 따르며 일부공용부분으로서 면적이 있는 것은 그 공용부분을 공용하는 구분소유자의 전유부분의 면적비율에 따라 배분하여 그 면적을 각 구분소유자의 전유부분 면적에 포함하도록 되어 있는바, 청구법인의 경우, ① 제시한 사례(지방세심사 2006-254, 2006.6.27., 지방세심사 98-178, 1998.11.28., 대법원 1997.4.11. 선고 97누1426 판결)는 집합건축물이 아닌 일반건축물에 공용면적이 있는 경우 전용면적을 기준으로 안분하는 사례로 이 건과 같이 각 호별로 공용부분이 등재된 집합건축물과는 다른 내용으로 적용할 수 없는 사례인 점, ② 청구법인(지점명칭: OOO)과 유지재단(지점명칭: OOO)간 체결된 부동산임대차계약서에서도 임대면적을 청구법인이 주장하는 사실상 면적(11,323.67㎡)이 아닌 집합건축물대장상의 면적 12,089.1㎡(전용면적 5,216.69㎡, 공용면적 6,872.41㎡)로 기재한 사실이 있는 점, ③ 청구법인은 주장과 달리 각 사업장별 공용부분에 대하여 구분 또는 구획하여 해당 사업장에서 배타적으로 사용하지 않고 부속병원과 장례식장 등 수익시설의 이용자가 주차장 및 계단실 등 공용 면적 부분에 대하여 제한 없이 이용하고 있는 점 등을 종합하여 보면 부속병원 및 수익시설부분에 대한 면적계산은 집합건축물대장에 표시된 전용면적과 공용면적의 합계면적으로 산정함이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 쟁점①·③부동산은 지점 설치에 따른 부동산이나 청구법인이 직접 사용하지 아니하고 임대한 부동산이므로 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
(2) 쟁점②부동산은 학교용 부동산에 해당하므로 취득세 등이 면제되어야 한다는 청구주장의 당부
(3) 쟁점①·③부동산의 공용면적 산정이 부당하다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가)청구법인은 1994.9.14. OOO을 주사무소로 하고 OOO설치·경영을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 2011.12.15. OOO로 주사무소를 이전하였고, 2014.9.1. 목적사업에 OOO대학교를 추가하였으며, 2015.1.9. 주사무소를 OOO로 이전등기하였다. (나) 청구법인은 2014.5.2. 유지재단으로부터 이 건 제1부동산을 증여받는 계약을 체결하였고, 그 주요내용은 아래와 같다. 본 증여 계약은 재단법인 OOO(이하 “갑”)과 학교법인 OOO(이하 “을”) 사이에 상호 신의와 성실의 원칙에 입각하여 다음과 같이 체결한다. 제1조(목적) 본 계약은 “갑”의 산하에 있는 OOO을 “을”의 산하로 무상증여하는 것과 관련하여 상호간의 이해를 공동으로 확인하는 것을 목적으로 한다. 제3조(증여 대상 및 절차) 증여의 대상은 OOO의 자산일체를 말하여 “갑”은 “을”의 OOO대학교 편입에 대한 교육부 허가 승인 후에 OOO을 “을”에게 인도한다. 제5조(수증자의 의무) “을”은 본 계약의 목적달성을 위하여 아래의 사항을 승계하여 유지한다.
(1) OOO이념 승계
(2) OOO고용 인력 및 근로조건 승계 (다) 청구법인은 2014.6.16. 유지재단으로부터 이 건 제2부동산을 증여받는 계약을 체결하였고, 그 주요내용은 아래와 같다. 본 증여 계약은 재단법인 OOO(이하 “갑”)과 학교법인 OOO(이하 “을”)사이에 상호 신의와 성실의 원칙에 입각하여 다음과 같이 체결한다. 제1조(목적) 본 계약은 “갑”의 산하에 있는 OOO를 “을”의 산하로 무상증여하는 것과 관련하여 상호간의 이해를 공동으로 확인하는 것을 목적으로 한다. 제3조(증여 대상 및 절차) 증여의 대상은 OOO의 자산일체를 말하며, “갑”은 2014.6.18.부로 OOO를 “을”에게 인도한다. 단, “갑”과 “을”의 협의를 통해 인도일자를 변경할 수 있다. 제4조(증여대상의 용도) “을”은 “갑”에게 무상으로 증여받은 OOO를 “을”의 산하의 학교에 재정지원위한 수익용 기본재산으로 활용하여야 한다. 제8조(계약해제) “을”이 OOO대학교 편입에 대한 교육부 인가가 반려될 경우본 계약을 해제할 수 있다. (라) 청구법인은 2014.5.2. OOO소재 OOO 건축물 104,633.65㎡ 및 그 부속토지 14,363㎡(이 건 제1부동산)를 유지재단으로부터 증여받아 취득하고, 2014.6.18. 처분청에 취득세등을 신고하면서 이 건 제1부동산 중 병원으로 사용하는 건축물 93,309.98㎡ 및 그 부속토지에 대하여는 지방세특례제한법 제41조 제1항에 따른 학교등이 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세등을 면제받았으며, 나머지 건축물 11,323.67㎡ 및 그 부속토지에 대하여는 지방세법 제13조 제2항에 따른 대도시에서 지점 또는 분사무소 설치에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO신고·납부하였다. (마) 청구법인은 2014.6.16. OOO등에 소재하는 노인복지시설용 건축물 71,254.49㎡ 및 그 부속토지 29,838.4㎡(이 건 제2부동산)를 유지재단으로부터 증여받아 취득하고, 2014.6.18. 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다. (바) 청구법인은 2014.7.9. 법인명을 OOO개업년월일을 2014.6.19., 사업장소재지를 OOO으로, 업태를 부동산업, 종목을 임대업으로 하여 사업자등록한 사실이 나타난다. (사) OOO세무서장이 2014.8.28. 청구법인에게 발행한 사업자등록증에 의하면, 법인명(단체명)은 OOO대학교 OOO으로, 개업연월일은 2014.9.1.로, 사업장소재지는 OOO로, 업태는 보건업, 부동산업으로, 종목은 종합병원 비거주용건물 임대로 기재되어 있다. (아) 교육부장관이 2014.6.27. 청구법인에게 보낸 OOO대학교 설립 인가 문서(사립대학제도과-5223)에 의하면, 귀 법인이 제출한 대학설립 인가 신청에 대하여 고등교육법 제4조에 따라 붙임과 같이 인가하오니 향후 학사 운영에 차질이 없도록 개교(2014.9.1.) 준비에 만전을 기하여 주시기 바란다고 기재되어 있고, 아래와 같은 대학교 설립 인가서가 첨부되어 있다. (자) OOO이 2014.9.1. OOO등에게 보낸 의료기관허가사항 변경허가 신청 처리 알림 문서(보건정책과-22354)에 의하면, OOO에서 우리 시에 제출한 의료기관 개설허가사항 변경허가 신청에 대하여 의료법 시행규칙 제28조의1의 규정에 의하여 다음과 같이 변경허가 처리하였기에 알려드리니 업무에 참고하시기 바란다고 기재되어 있다. (차) OOO이 2015.9.1. 발행한 건강보험사업장(단위사업장) 적용 통보서에 의하면, 사업장관리번호는 OOO로, 가입자수는 705명으로, 사업장명은 OOO으로, 적용일자는 2014.9.1.로, 귀 사업장은 국민건강보험법 제6조의 규정에 의거 건강보험적용사업장으로 지정되었음을 통보한다고 기재되어 있다. (카) OOO세무서장이 2015.1.21. 발행한 사업자등록증에 의하면, 법인명(단체명)은 OOO로, 개업년월일은 2015.1.21.로, 사업장소재지는 OOO로, 업태는 부동산업으로, 종목은 임대업으로 기재되어 있다. (타) 임대인 OOO임차인 OOO을) 사이에 2014.12.22. 체결된 부동산임대차계약서에 의하면 다음과 같이 기재되어 있다. (파) 임대인 OOO임차인 OOO을) 사이에 2014.12.22. 체결된 부동산임대차계약서에 의하면 다음과 같이 기재되어 있다. (하) OOO이 2015.1.15. 발행한 노인복지시설 설치신고필증에 의하면, 시설명은 OOO으로, 소재지는 OOO로, 시설의 종류는 노인요양시설로, 설치자는 OOO으로, 입소인원은 48명으로 나타난다. (거) OOO이 2015.1.21. 발행한 노인복지시설 설치신고필증에 의하면, 시설명은 OOO로, 소재지는 OOO로, 시설의 종류는 노인복지주택으로, 설치자는 OOO으로, 입소인원은 264세대로 나타난다. (너) OOO이 2015.1.20. 유지재단 대표자 등에게 보낸 노인주거복지시설 폐지신고 수리통보 문서(노인장애인복지과-3276)에 의하면, 유지재단이 운영하는 OOO는 2015.1.20. 소유권 변경으로 폐지된 것으로 나타난다. (더) 청구법인은 2015.1.21. 상호(법인명)를 OOO으로, 개업년월일을 2015.1.21.로, 사업장 소재지를 OOO1층 일부, 2층 일부)로 하여 사업자등록을 하였다. (러) 청구법인은 2015.1.21. 상호를 OOO로, 개업년월일을 2015.1.21.,로, 업태를 서비스·부동산업으로, 종목을 실버타운·임대업 등으로 하여 사업자등록을 하였다. (머) 청구법인이 2015.4.1. 처분청에 제출한 지점(분사무소) 설치 현황 등 사실관계확인서에 의하면, 유지재단은 OOO및 노인복지시설 신축 부동산을 청구법인에게 증여하는 시점까지 분사무소로 사용하였고, 청구법인은 유지재단으로부터 OOO및 노인복지시설 신축 부동산을 증여로 취득하면서 동시에 지점(인적·물적설비)을 모두 승계하였다고 기재되어 있다. (버) 청구법인은 2015.10.9. 이 건 제1부동산의 취득세등의 과세표준을 법인장부상 가액으로 신고하였으나 시가표준액이 적용되어야 하고, 이 건 제1부동산 중 임대하고 있는 부분의 건축물 11,323.67㎡ 및 부속토지는 중과세율 적용대상이 아니라고 주장하며 경정청구를 하였으며, 2015.10.23. 이 건 제2부동산의 취득세 등의 과세표준을 법인장부상 가액으로 신고하였으나 시가표준액이 적용되어야 하고, 이 건 제2부동산 중 요양시설로 사용하는 건물축 2,598.08㎡ 및 그 부속토지는 취득세등이 면제되어야 하며, 노인주거복지시설로 사용하는 건축물 49,712.82㎥ 및 그 부속토지는 취득세등의 50%가 감면되어야 한다고 주장하며 경정청구를 하였다. (서) OOO은 2015년 11월 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하고, 이 건 제1부동산의 취득세 등의 과세표준은 시가표준액이 적용되어야 하며, 이 건 제1부동산 중 임대하고 있는 건축물 12,089.1㎡ 및 그 부속토지(쟁점①부동산)는 지점을 설치한 후에 취득한 부동산으로 중과세율 적용대상이고, 청구법인이 당초 병원용으로 신고한 병원의 인사노무팀, 총무팀, 재무경리팀, 홍보마케팅팀 및 기획예산실이 사용하는 건축물 면적 308.38㎡ 및 그 부속토지(쟁점②부동산)는 학교용 및 의료업에 직접 사용되지 아니하여 취득세등의 감면대상에 해당하지 아니하고 중과세율 적용대상이며, 이 건 제2부동산의 취득세등의 과세표준은 시가표준액이 적용되어야 하고, 이 건 제2부동산 중 요양시설로 사용하는 건물축 2,598.08㎡ 및 그 부속토지는 취득세 등이 면제되어야 하며, 노인주거복지시설로 사용하는 건축물 49,712.82㎥ 및 그 부속토지는 취득세등의 50% 감면대상이고, 수익시설로 사용하는 건축물 22.760.06㎥ 및 그 부속토지(쟁점③부동산)는 지점을 설치한 후에 취득한 부동산으로 중과세율 적용대상이라고 처분청에 통보하였다. (어) 처분청은 2015.12.17. 이 건 제1부동산의 취득세등의 과세표준을 시가표준액으로 적용하고, 이 건 제1부동산 중 임대하고 있는 건축물 12,089.1㎡ 및 부속토지(쟁점①부동산) 및 청구법인이 당초 병원용으로 신고한 병원의 인사노무팀, 총무팀 등이 사용하는 건축물 면적 308.38㎡ 및 그 부속토지(쟁점②부동산)는 중과세율 적용하는 것으로 하여, 청구법인이 신고한 이 건 제1동산에 대한 취득세등의 일부를 경정하고 취득세등 OOO을 환급하는 것으로 하여 경정청구 결과를 통지하였다. (저) 처분청은 2015.12.17. 이 건 제2부동산의 취득세등의 과세표준을 시가표준액으로 적용하고, 이 건 제2부동산 중 무료·유료 노인복지시설 사용되는 건축물 및 부속토지는 취득세등을 감면하며, 수익시설로 사용하는 건축물 면적은 22,760.06㎥ 및 부속토지(쟁점③부동산)는 중과세율을 적용하는 것으로 하여 청구법인이 신고한 이 건 제2부동산에 대한 취득세등의 일부를 경정하고, 취득세 등 OOO을 환급하는 것으로 하여 경정청구 결과를 통지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 지방세법(2014.5.20. 법률 제12602호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다고 규정하면서 그 제1호에서 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 안전행정부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다. 같은 법 시행규칙 제6조에서 영 제27조 제3항 전단에서 "안전행정부령으로 정하는 사무소 또는 사업장"이란 법인세법 제111조·부가가치세법 제8조 또는 소득세법 제168조에 따른 등록대상 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. 따라서, 대도시에서 지점 또는 분사무소를 설치하기 이전에 취득한 부동산은 지점 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산만 위 규정에 의하여 취득세 중과세율 적용대상에 해당하고, 그러하지 아니하고 임대용으로 사용하는 부동산은 취득세 중과세율 적용대상으로 보기 어렵다 할 것(조심 2008지1049, 2010.6.23. 등 다수, 같은 뜻임)이다. 청구법인과 유지재단 사이에 체결된 증여계약서에 의하면 청구법인은 2014.5.2. 이 건 제1부동산을, 2014.6.16. 이 건 제2부동산을 유지재단으로부터 증여받아 취득하고, 이 건 제1부동산에 소재한 고용 인력등을 승계하는 것으로 확인되고, 2014.7.9. 이 건 제2부동산에, 2014.8.28. 이 건 제1부동산에 각 사업자등록을 하였음이 사업자등록증 등에 의하여 확인되므로 청구법인은 이 건 제1·2부동산을 취득한 이후에 지점을 설치한 것으로 보이는 점, 이 건 제1·2부동산 중 일부인 쟁점①·③부동산은 청구법인이 취득하여 임대용으로 사용한 사실이 부동산임대차계약서 등에 의하여 확인되는 점 등에 비추어, 쟁점①·③부동산은 청구법인이 지점 설치 이전에 취득한 부동산으로서 지점 용도로 직접 사용하지 아니하고 임대용으로 사용하여 취득세 중과세율 적용대상이 아닌 것으로 보이므로 처분청이 쟁점①·③부동산을 중과세율 적용대상으로 본 것은 잘못이 있다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제41조 제1항에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제42조 제1항에 따른 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제하되 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 수익사업에 사용하는 경우를 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제2호에서 "수익사업"이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말하되 다만, 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 이 건 제1부동산 중 일부인 쟁점②부동산은 청구법인 부속병원의 인사노무팀, 총무팀, 재무경리팀, 홍보마케팅팀 및 기획예산실이 사용하는 면적으로 확인되고, 처분청도 이를 인정하고 있으므로 쟁점②부동산은 학교용 부동산에 해당하여 취득세 등의 면제대상으로 보는 것이 타당하다. 따라서, 처분청이 쟁점②부동산을 취득세 등의 면제대상이 아닌 것으로 본 것은 잘못이 있다고 판단된다.
(4) 다음으로, 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점①·③부동산의 공용면적 산정이 부당하다고 주장하나, 임대차계약서에 의하면 이 건 제1부동산의 임대면적(쟁점①부동산)이 12,089.1㎡(전용 6,872.41㎡, 공용 5,216,69㎡)로 기재되어 있고, 이 건 제2부동산의 임대면적(쟁점③부동산)이 22,760.06㎡인 것으로 확인되므로 처분청이 동 면적을 공용면적을 포함한 임대면적으로 산정한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항, 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령등
(1) 지방세법(2014.5.20. 법률 제12602호로 개정되기 전의 것) 제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다. 제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ① 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 1천분의 20(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.
1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우 (2)지방세법 시행령(2014.7.18. 대통령령 제25485호로 개정되기 전의 것) 제20조[취득의 시기 등] ① 무상승계취득의 경우에는 그 계약일(상속 또는 유증으로 인한 취득의 경우에는 상속 또는 유증 개시일을 말한다)에 취득한 것으로 본다. 다만, 해당 취득물건을 등기·등록하지 아니하고 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등으로 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다. 제26조[대도시 법인 중과세의 예외] ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 업종"이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.
1. 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제2호에 따른 사회기반시설사업(같은 법 제2조 제8호에 따른 부대사업을 포함한다)
2. 한국은행법 및 한국수출입은행법에 따른 은행업
3. 해외건설촉진법에 따라 신고된 해외건설업(해당 연도에 해외건설 실적이 있는 경우로서 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산만 해당한다) 및 주택법 제9조에 따라 국토교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 부동산만 해당한다)
4. 전기통신사업법 제5조에 따른 전기통신사업
9. 의료법 제3조에 따른 의료업 제27조[대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준] ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 안전행정부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입은 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.
(3) 지방세법 시행규칙(2014.8.8. 안전행정부령 제88호로 개정되기 전의 것) 제6조[사무소 등의 범위] 영 제27조 제3항 전단에서 "안전행정부령으로 정하는 사무소 또는 사업장"이란 법인세법 제111조·부가가치세법 제8조 또는 소득세법 제168조에 따른 등록대상 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.
1. 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소
2. 물품의 보관만을 하는 보관창고
3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장 (4)지방세특례제한법(2014.5.28. 법률 제12686호로 개정되기 전의 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "수익사업"이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다. 제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ① 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제42조 제1항에 따른 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(5) 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제1조[건물의 구분소유] 1동의 건물 중 구조상 구분된 여러 개의 부분이 독립한 건물로서 사용될 수 있을 때에는 그 각 부분은 이 법에서 정하는 바에 따라 각각 소유권의 목적으로 할 수 있다. 제1조의2[상가건물의 구분소유] ① 1동의 건물이 다음 각 호에 해당하는 방식으로 여러 개의 건물부분으로 이용상 구분된 경우에 그 건물부분(이하 "구분점포"라 한다)은 이 법에서 정하는 바에 따라 각각 소유권의 목적으로 할 수 있다.
1. 구분점포의 용도가 건축법 제2조 제2항 제7호의 판매시설 및 같은 항 제8호의 운수시설(집배송시설은 제외한다)일 것
2. 1동의 건물 중 구분점포를 포함하여 제1호의 판매시설 및 운수시설(이하 "판매시설등"이라 한다)의 용도에 해당하는 바닥면적의 합계가 1천제곱미터 이상일 것
3. 경계를 명확하게 알아볼 수 있는 표지를 바닥에 견고하게 설치할 것
4. 구분점포별로 부여된 건물번호표지를 견고하게 붙일 것 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "구분소유권"이란 제1조 또는 제1조의2에 규정된 건물부분[제3조 제2항 및 제3항에 따라 공용부분(共用部分)으로 된 것은 제외한다]을 목적으로 하는 소유권을 말한다.
2. "구분소유자"란 구분소유권을 가지는 자를 말한다.
3. "전유부분"(專有部分)이란 구분소유권의 목적인 건물부분을 말한다.
4. "공용부분"이란 전유부분 외의 건물부분, 전유부분에 속하지 아니하는 건물의 부속물 및 제3조 제2항 및 제3항에 따라 공용부분으로 된 부속의 건물을 말한다.
5. "건물의 대지"란 전유부분이 속하는 1동의 건물이 있는 토지 및 제4조에 따라 건물의 대지로 된 토지를 말한다.
6. "대지사용권"이란 구분소유자가 전유부분을 소유하기 위하여 건물의 대지에 대하여 가지는 권리를 말한다. 제3조[공용부분] ① 여러 개의 전유부분으로 통하는 복도, 계단, 그 밖에 구조상 구분소유자 전원 또는 일부의 공용(共用)에 제공되는 건물부분은 구분소유권의 목적으로 할 수 없다.
② 제1조 또는 제1조의2에 규정된 건물부분과 부속의 건물은 규약으로써 공용부분으로 정할 수 있다.
③ 제1조 또는 제1조의2에 규정된 건물부분의 전부 또는 부속건물을 소유하는 자는 공정증서(公正證書)로써 제2항의 규약에 상응하는 것을 정할 수 있다.
④ 제2항과 제3항의 경우에는 공용부분이라는 취지를 등기하여야 한다. 제10조[공용부분의 귀속 등] ① 공용부분은 구분소유자 전원의 공유에 속한다. 다만, 일부의 구분소유자만이 공용하도록 제공되는 것임이 명백한 공용부분(이하 "일부공용부분"이라 한다)은 그들 구분소유자의 공유에 속한다.
② 제1항의 공유에 관하여는 제11조부터 제18조까지의 규정에 따른다. 다만, 제12조, 제17조에 규정한 사항에 관하여는 규약으로써 달리 정할 수 있다. 제11조[공유자의 사용권] 각 공유자는 공용부분을 그 용도에 따라 사용할 수 있다. 제12조[공유자의 지분권] ① 각 공유자의 지분은 그가 가지는 전유부분의 면적 비율에 따른다.
② 제1항의 경우 일부공용부분으로서 면적이 있는 것은 그 공용부분을 공용하는 구분소유자의 전유부분의 면적 비율에 따라 배분하여 그 면적을 각 구분소유자의 전유부분 면적에 포함한다. 제13조[전유부분과 공용부분에 대한 지분의 일체성] ① 공용부분에 대한 공유자의 지분은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따른다.
② 공유자는 그가 가지는 전유부분과 분리하여 공용부분에 대한 지분을 처분할 수 없다.
③ 공용부분에 관한 물권의 득실변경(得失變更)은 등기가 필요하지 아니하다. 제14조[일부공용부분의 관리] 일부공용부분의 관리에 관한 사항 중 구분소유자 전원에게 이해관계가 있는 사항과 제29조 제2항의 규약으로써 정한 사항은 구분소유자 전원의 집회결의로써 결정하고, 그 밖의 사항은 그것을 공용하는 구분소유자만의 집회결의로써 결정한다. 제15조[공용부분의 변경] ① 공용부분의 변경에 관한 사항은 관리단집회에서 구분소유자의 4분의 3 이상 및 의결권의 4분의 3 이상의 결의로써 결정한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제38조제1항에 따른 통상의 집회결의로써 결정할 수 있다.
1. 공용부분의 개량을 위한 것으로서 지나치게 많은 비용이 드는 것이 아닐 경우
2. 관광진흥법 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 휴양 콘도미니엄업의 운영을 위한 휴양 콘도미니엄의 공용부분 변경에 관한 사항인 경우