[요지] 청구법인이 지방으로 이전하게 됨에 따라 그 청사로 사용하고자 이 건 부동산을 취득하였고, 취득 당시 이전계획에서 임차청사를 사용하기로 되어 있었다 하더라도 이는 경미한 사항에 불과하고 이후 그 계획마저 청사를 매입하는 것으로 변경하였으므로 이 건 감면요건을 충족하지 못하였다고 보기는 어려움.
[요지] 청구법인이 지방으로 이전하게 됨에 따라 그 청사로 사용하고자 이 건 부동산을 취득하였고, 취득 당시 이전계획에서 임차청사를 사용하기로 되어 있었다 하더라도 이는 경미한 사항에 불과하고 이후 그 계획마저 청사를 매입하는 것으로 변경하였으므로 이 건 감면요건을 충족하지 못하였다고 보기는 어려움.
[주 문] OOO2016.3.2. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 2009.5.1.한국장학재단 설립 등에 관한 법률에 따라 설립된 비영리공익법인으로서 2011.7.29. 공공기관 지방이전계획 승인을 받은 후 2014.12.31. OOO외 5필지토지 3,033.0㎡ 및 건물 13,111.98㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를매매로 취득하고, 2015.1.2. 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법 제81조(이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면)① 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조 제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 "이전공공기관"이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.
(2) 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제1조(목적) 이 법은 국가균형발전 특별법 제18조의 규정에 따른 공공기관 지방이전 시책 등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관 등을 수용하는 혁신도시의 건설을 위하여 필요한 사항과 해당 공공기관 및 그 소속 직원에 대한 지원에 관한 사항을 규정함으로써 공공기관의 지방이전을 촉진하고 국가균형발전과 국가경쟁력 강화에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조(정의)이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "공공기관"이라 함은 국가균형발전 특별법 제2조 제9호의 기관을 말한다.
2. "이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조 제1항 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 기관을 말한다. 제4조(이전공공기관 지방이전계획의 수립)① 이전공공기관의 장은 다음 각 호의 사항을 포함하는 지방이전계획을 수립하여야 한다.
1. 이전의 규모 및 범위에 관한 사항
2. 이전시기에 관한 사항
3. 이전비용의 조달 방안에 관한 사항
4. 그 밖에 대통령령이 정하는 사항
② 제1항의 규정에 따른 지방이전계획은 수도권에 있는 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직을 지방으로 이전하는 것을 목적으로 수립되어야 한다.
③ 이전공공기관의 장은 제1항의 규정에 따라 지방이전계획을 수립한 때에는 그 계획을 소관 행정기관의 장에게 제출하여야 한다. 그 계획을 변경하는 경우에도 또한 같다.
④ 소관 행정기관의 장은 제3항의 규정에 따라 제출된 지방이전계획을 검토ㆍ조정하여 국토교통부장관에게 제출하여야 하며, 국토교통부장관은 국가균형발전 특별법 제22조에 따른 지역발전위원회의 심의를 거쳐 승인하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 지역발전위원회의 심의를 거치지 아니한다.
(3) 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령 제2조(이전공공기관) 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호에서 "대통령령이 정하는 기관"이란 법 제2조 제1호의 공공기관 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공공기관을 말한다. (단서 생략)
1. 국가균형발전 특별법 제18조에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관.
2. 국무회의의 심의를 거쳐 혁신도시로 이전하는 중앙행정기관
3. 법 제29조 단서에 따라 개별이전이 인정된 중앙행정기관
(1) 청구법인은2009.2.6.한국장학재단 설립 등에관한 법률이 공포(제9415호)됨에 따라 2009.5.1. 법인설립등기를 하였다.
(2) 청구법인의 공공기관 지방이전계획에 따른 청사이전 등과 관련하여 추진된 내역은 다음과 같다.
(3) 국토해양부장관이 2011.7.29. 통보한 OOO등 6개 이전공공기관 지방이전계획 변경승인’(기획총괄과-1337호) 문서중 청구법인에 대한 <특별 부대조건> 내용은 다음과 같다.
○ 종전 부동산은 잔류기능·규모, 재원 부족 및 타 이전기관과의 지분공유 상황 등을 고려하여 매각조치
○ 청사신축 계획에 대하여는 현재 자체 재원이 부족하므로 임차청사 이전 대상이나, 다만, 소관부처 책임하에 종전부동산 매각대금·일반회계 지원 등 자체 재원확보방안을 검토중이므로, 재원조달계획 확정시 청사신축 등으로 추후 별도 변경승인 추진
(4) 청구법인이 2015.5.13. 교육부장관에게 제출한 지방이전계획 변경(안) 수정본 내용 중 이 건 부동산의 취득과 관련한 부분을 보면, 다음과 같이 되어 있다.
○ OOO청사 매각에 따라 “수익사업특별회계”의 장학사업 재원 마련 목적 달성을 위해 대체 부동산 매입 필요
○ 2013년 8월 국가정책조정회의 결정에 따라 청사 신축 재원 미반영시 대구광역시로 임차 이전이 결정되었으나, 이전 인원을 수용할 수 있는 적합한 임차 건물을 확보할 수 없어 이전 추진을 위해 건물 매입을 검토
• 대구광역시로부터 3개 건물을 추천 받아 임차 가능여부를 검토하였으나 협상과정에서 건물주 사정으로 결렬
• 대구광역시 소재 건물 면적 상위 40개를 대상으로 임차 가능여부 확인결과 임차 건물 추가 확보 어려움
○ 장학사업 재원 마련 및 임차건물 확보가 어려운 상황을 고려하여 기존 보유 OOO청사 매각자금과 관련한 “수익사업특별회계”로 이 건 부동산OOO을 매입
(5) 국토교통부장관이 2015.6.12. 청구법인에게 통보한 지방이전계획 변경승인 내용을 보면, 다음과 같이 되어 있다. 구 분 당 초 변 경 이전 인원 222명 316명(증 94명) 이전 시설 이전 부지 19,224㎡ 3,033㎡ 이전 청사 10,498㎡ 13,103㎡ 청사 확보방안 임차 매입 이전 비용 OOO억원 OOO억원(감 OOO억원) 이전 시기 2012년 12월 2015년 11월
(6) 청구법인이 이 건 부동산 취득과 관련하여 2015.8.26. 국토교통부장관에게 질의한데 대하여 2015.11.16. 회신한 내용을 보면, 다음과 같이 되어 있다. 질의 내용 회신 내용 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에 따른이전계획 승인은 반드시 변경사힝이 발생하기 전에 국토교통부장관의 승인을 받아야 하는지 기관의 사정이나 부득이한 사유가 있을 경우 변경사항 발생 이후에도 승인요청은 가능하나. 지방이전사업의 적정성 확보를 위해서는 사전에 승인받는 것이 바람직하다고 사료됨 청사확보방법 변경(임차→매입) 승인이 위 같은 법 제4조에 의한 승인에 해당하는지 귀 기관의 청사 확보방법 변경에 대한 우리 부의 승인은 같은 법 제4조에 따른 변경승인에 해당함을 알려드림
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제81조 제1항에서 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조 제2호에 따른 이전공공기관이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 제정 취지가 국가균형발전 특별법 제18조의 규정에 따른 공공기관 지방이전 시책 등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관에 대한 세제지원을 통하여 공공기관의 원활한 지방이전을 촉진하고 국가균형발전과 국가경쟁력 강화를 제고하는데 있다고 할 것인바, 이전공공기관이 지방세특례제한법의 규정에 따른 취득세를 면제받기 위하여는 먼저 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아야 할 것으로, 청구법인은 청사에 사용할 목적으로 이사건 부동산을 취득하기 전인 2010.1.22. 및 2011.7.29.공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제4조 제4항에 따라 국가균형발전 특별법제22조에 따른 지역발전위원회의 심의를 거쳐 국토해양부장관(현 국토교통부장관)으로부터 지방이전계획 승인을 받은 점, 2011.8.8.재원조달 확정시 청사 신축 등에 대하여 추후 별도 승인을 받는 것으로 하여 그 변경승인을 받은 점, 청사 매입 재원을 마련하여 2014.12.31. 이 사건 부동산을 매입한 후 2015.5.13. 지방이전계획 변경(안)을 제출하여 2015.6.12. 국토교통부장관으로부터 변경승인을 받은 일련의 추진과정 등에 비추어 이 사건 부동산은 청구법인이 당초부터 사실상국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득한것으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인의 취득세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.