창업벤처중소기업으로 확인받은 개인사업자가 법인으로 전환한 후 동 법인이 개인사업자의 잔존 감면기가 내에 사업용 재산을 취득한 경우 취득세 감면을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.1.30. 설립되어 2013.2.4. OOO를 취득하고, 조세특례제한법제120조 제3항에 따라 ‘창업벤처중소기업이 취득하는 사업용 재산’으로 감면을 신청하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 조세특례제한법제6조 제6항 제2호의 ‘거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립한 경우’에 해당하므로 창업이 아니라고 보아 2015.10.12. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가액 OOO을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.11.13. 이의신청을 거쳐 2016.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 원칙적으로 개인사업자와 법인사업자는 각각 별개의 권리주체이므로 개인사업자의 권리를 법인사업자가 승계할 수는 없지만, 조세특례를 규정하고 있는 조세특례제한법 등에서 특별히 그 예외를 규정하였다면 이와 같은 일반적인 원칙에도 불구하고 법인사업자가 개인사업자의 잔존 감면기간을 승계할 수 있는 것으로, 조세특례제한법제120조 제5항에서 제32조의 규정에 따른 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산의 취득・등기에 대하여는 취득세 와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은 법 제32조 제4항 및 제31조 제4항에서 개인사업자가 감면기간이 경과하기 전에 사업양수도방법 등에 의하여 법인으로 전환하는 경우 법인전환으로 설립된 법인은 개인사업자의 잔존 감면기간에 대하여 조세특례제한법제6조의 창업중소기업 등에 대한 감면을 적용받을 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제6조에서 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업을 창업벤처중소기업이라 규정하고, 같은 법 제119조 제3항에서 창업중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 창업일로 본다고 규정하고 있는 점을 종합하여 볼 때, 개인사업자가 법인으로 전환하였다고 하더라도 개인사업자의 창업일부터 3년 이내에 벤처기업확인을 받은 경우라면 잔존 감면기간 내에는 창업벤처중소기업으로 보아 취득세 면제대상이라 할 것이다. 청구법인의 경우 개인사업자 OOO는 벤처기업확인을 받은 후, 청구법인을 설립하여 벤처기업확인을 받은 날부터 4년 이내에 이 건 부동산을 취득하였는바, 만약 개인사업자가 법인전환하기 전에 이 건 부동산을 취득하였다면 개인사업자는 당연히 창업벤처중소기업에 해당하여 취득세를 감면받았을 것이었으므로 처분청의 주장과 같이 조세특례제한법상의 요건을 갖춘 법인전환을 하여도 감면을 받을 수 없다는 사실을 인지하였다면 개인사업자는 이 건 부동산을 먼저 취득하고, 그 후에 법인으로 전환했을 것이나, 창업벤처기업이 법인전환 후에 사업용 재산을 취득한 경우에 처분청은 감면할 수 있다는 의견이었고, 문리적인 법 해석에 의해서도 감면대상자에 해당한다고 판단하여 먼저 법인전환하고 이 건 부동산을 취득한 것이어서 청구법인의 이 건 부동산 취득은 감면대상에 해당함에도 처분청이 청구법인을 조세특례제한법상의 창업에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제120조 제5항에서 동법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도‧양수의 방법에 따라 법인으로 전환하여 그 법인이 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로 이와 같이 설립되는 법인에 대하여는 제31조 제4항(창업벤처중소기업 세액감면을 받는 내국인이 같은 법 제6조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제31조 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 남은 감면기간에 대하여 동법 제6조를 적용받을 수 있다)에 따라 같은 법제6조 제2항을 적용받을 수 있고, 같은 법 제6조 제2항에서 창업벤처중소기업의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면받을 수 있다고 규정하고 있는바, 여기까지 살펴보면 조세특례제한법제6조 제2항에 따른 창업벤처중소기업 감면을 받은 내국인이 소득세 및 법인세의 감면기간 내에조세특례제한법제32조에 따른 법인전환을 한 경우 개인의 감면기간을 법인에게까지 적용하고 있음을 알 수 있다. 그러나, 첫째, 조세특례제한법 제6조 제2항에서 규정된 내용은 소득세 및 법인세에만 국한되는 것으로 취득세까지 적용될 것은 아니며, 둘째, 조세특례제한법 제31조 제4항에서 규정된 내용 역시 법인으로 전환되기 전에 창업벤처중소기업으로 감면을 받는 개인에 한정된 것일 뿐 이 건과 같이 개인일 때 감면받지 아니하고 법인 전환 후 감면받은 경우까지 해당되는 것은 아니며, 셋째, 청구법인이 조세특례제한법32조에 따라 법인전환하였고, 같은 법 제6조에 따라 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인 받은 ‘창업벤처중소기업’에 해당하여 취득세 감면대상이라는 주장은 개인사업자와 법인을 동일한 권리주체로 볼 때 가능한 해석인데, 개인사업자가 법인으로 전환하고 그 개인사업자의 창업 후 3년 이내에 벤처기업확인을 받았다 하더라도 개인사업자와 법인은 각각 별개의 권리주체인바, 개인사업자에서 전환한 법인이 당초 개인사업자의 취득세 등의 감면기간 내에 사업용 재산을 취득한 경우에 대하여도 감면하도록 조세특례제한법제6조 및 제120조에서 달리 규정하고 있지 아니한 이상, 이 건 부동산은 취득세 감면대상으로 보기는 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업벤처중소기업으로 확인받은 개인사업자가 법인으로 전환한 후 동법인이 개인사업자의 잔존 감면기간 내에 사업용 재산을 취득한 경우 취득세 감면을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정된 것) 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2015년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조·제64조 또는 제121조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조·제64조 또는 제121조를 적용받을 수 있다. 다만, 제121조는 제1항에 따른 통합 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다. 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 제119조(등록면허세의 면제 등) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다.

1. 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업의 법인설립 등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다] 제120조(취득세의 면제 등) ③ 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 제121조(재산세의 감면) 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용하는 사업용 재산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 5년간 재산세(지방세법 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업용고정자산”이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도․양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실들이 확인된다. (가) 청구법인의 OOO는 개인사업자로서 2010.9.3. 상호를 OOO, 업태 및 종목을 제조도소매 및 측정․계측장비로 하여 사업을 개시하여 2012.6.15. 기술신용보증기금으로부터 벤처기업확인을 받아 운영하다가 2013.1.31. 폐업한 사실이 사업자등록증 및 벤처기업확인서에 나타난다. (나) 청구법인은 2013.1.30. 본점소재지를 이 건 부동산으로 하여 설립되어, 업태 및 종목을 제조도소매 및 측정․계측장비로 하여 사업을 개시하였으며, 개인사업자 OOO의 자산과 부채 등 제반 권리의무를 양도 양수한다’는 내용의 포괄양도양수계약을 체결하였다. (다) 청구법인은 창업벤처기업이었던 개인사업자의 잔존 감면기간 내인 2013.2.4. 이 건 부동산을 OOO으로부터 벤처기업 법인전환에 따른 벤처기업확인을 받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제6조, 제31조, 제32조 및 제120조를 종합하면 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산은 취득세를 면제하되, 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우는 창업으로 보지 아니하고, 이와 같이 설립된 법인은 거주자의 남은 감면기간에 소득세 및 재산세 등의 감면을 적용받을 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인이 대표이사인 OOO의 개인사업을 2013.1.31. 포괄양수도 방식으로 승계한 사실이 확인되므로 조세법규의 엄격해석 원칙에 따르면 청구법인의 설립은 창업에 해당하지 않아 청구법인을 조세특례제한법제6조에 따른 창업벤처중소기업으로 보기 어려운 점, 창업벤처중소기업인 개인사업자가 법인으로 전환하고 그 개인사업자의 잔존 감면기간 내에 전환된 법인이 사업용 재산을 취득하였다 하더라도 개인사업자와 법인은 각각 별개의 권리주체이므로 개인사업자에게 적용하여야 할 감면규정을 법인에게 그대로 적용하기는 어렵고, 청구법인 주장과 같이 계속적으로 감면을 받기 위해서는 조세특례제한법 제31조 제4항에서 ‘소득세 및 재산세 감면을 규정한 제6조․제64조 및 제121조에 따른 감면기간이 지나기 전에 법인전환한 경우 남은 감면기간에 대하여 감면을 적용받을 수 있다’와 같은 명시적 규정을 두어야 하는데, 창업중소기업에 대한 취득세 감면을 규정한 같은 법 제120조 제3항에 대해서는 법인 전환 후라도 잔여 감면기간에 대하여 감면할 수 있다는 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.