쟁점부동산을 기업부설연구소가 아닌 본점의 사업용 부동산으로 보아 감면을 배제한 후 취득세를 중과세한 처분의 당부

[참조결정] 조심2014지0379 / 조심2013지0484

[주 문] OOO구청장이 2015.8.10. 청구법인에게 한취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(가산세 포함)의 부과처분은 1.OOO외 1필지상의 건축물 3,979.4㎡ 중 추징대상으로 본 연구소 전용면적878.12㎡의 316.48㎡(지하 2층 198.66㎡, 지상 1층 117.82㎡)와 해당 공용면적 부분에 대한 취득세 등의 부과처분은 이를 취소하고,

2. 위 1.의 878.12㎡ 중 나머지 561.64㎡(지하 2층 78.3㎡, 지상 1층 54.7㎡, 지상 5층 428.64㎡)와 해당 공용면적 부분은 지방세법제13조 제1항의 중과세율을 적용하지 아니하는 것으로 하여 취득세 등을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.4.13. OOO외 1필지상에 지하 2층, 지상 5층 규모의 건축물 3,979.4㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축한 후, 기업부설연구소로 사용할 면적인 3,136.56㎡(78.8%)는 지방세특례제한법제46조 제1항에 따라 처분청으로부터 취득세 등을 면제받고, 나머지 면적인 842.84㎡(21.2%)에 대하여는 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하였다. 나.OOO과 처분청은 2015.4.9. 이 건 건축물에 대한 현지확인조사를 통해 청구법인이 면제부분 중 연구소 전용면적 878.12㎡(지하 2층 자료실 276.96㎡, 지상 1층 세미나실 및 다용도실 172.52㎡, 지상 5층 강당 428.64㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)와 동 면적에 해당하는 공용부분 면적을 기업부설연구소가 아닌 본점의 사업용 부동산으로 사용하고 있는 것으로 보아 2015.8.10. 청구법인에게 해당 가격인 OOO을 과세표준으로 하고 지방세법제13조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2015.11.3. 이의신청을 거쳐 2016.3.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 주위적 청구 청구법인은 신축한 이 건 건축물을 기업부설연구소(지상 4층 제외)로 인정받아 용도에 맞게 사용하고 있고, 쟁점건축물 역시 연구자료 보관, 연구개발 세미나 개최 등 기업부설연구소의 고유목적으로 사용하고 있으며, 폐기자료 보관(지하 2층), 바둑대회 개최(지상 1층), 주주총회 개최(지상 5층) 등 임시적으로 사용한 면적은 쟁점건축물878.12㎡ 중 지하 2층 자료실B 78.3㎡, 지상 1층 세미나실A 164.16㎡ 중 54.7㎡, 지상 5층 강당 428.64㎡ 등 561.64㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)이고, 나머지 316.48㎡는 기업부설연구소가 아닌 다른 용도로 사용한 적이 없다. 임시적으로 사용한 쟁점면적 중 지하 2층 자료실B 78.3㎡의 경우, 지상 4층을 일시 사용하였던 영업부서가 2014.5.13. 이 건 건축물에서 철수하는 과정에서 발생된 폐기자료 및 잔여물품 등을 일시적으로 보관하였던 것일 뿐, 상시적으로 물품을 보관한 것은 아니고, 지상 1층 세미나실A의 일부인 54.7㎡, 지상 5층 강당(심포지움룸) 428.64㎡ 역시 일시적으로 바둑리그 행사 및 주주총회 등의 공간으로 활용되었을 뿐임에도 쟁점건축물을 기업부설연구소에 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.

(2) 예비적 청구 설사, 청구법인이 쟁점건축물을 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도에 사용한 것으로 본다 하더라도 이를 본점의 사업용 부동산으로 단정하여 취득세 등을 중과세할 수는 없고, 쟁점부동산을 사실상 어떤 용도로 사용하였는지를 살펴보아 일반세율 또는 중과세율 중 어떤 세율을 적용할지 여부를 판단하는 것이 타당하다 할 것인바, 본점사업용 부동산에 대한 중과세율 적용과 관련하여지방세법제13조 제1항에서 “과밀억제권역 안에서 대통령령이 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우”에 취득세를 중과세하도록 규정하고 있으므로 쟁점건축물이 ‘본점의 사업용 부동산’으로 사용한 사실이 없다면 중과세율을 적용할 수는 없다 할 것이고, 이와 관련하여 조세심판원(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임)에서는 취득세 중과세대상이 되는 본점용 부동산에 해당되는지 여부를 판단함에 있어서 ‘본점’이란 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 본점에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 타당한 것으로 하여 ‘본점 사업용 부동산’을 판단하기 위한 기준을 제시하고 있으며, 청구법인의 경우 회사의 경영에 관한 중추적 의사결정 기능은 모두 OOO에 소재한 본사 건물 및 별관에서 수행하고 있고, 기업부설연구소로 사용하고 있는 이 건 건축물에는 기술개발을 위한 연구부서만이 있을 뿐 회사의 경영활동에 필수적인 업무를 수행하는 어떠한 부서도 입주하지 아니하고 있으며, 쟁점건축물 또한 회사의 경영과는 전혀 무관한 영업부서의 폐기자료 보관과 외부의 바둑행사 등에 임시적으로 활용되었다 할 것임에도 쟁점건축물을 본점의 사업용 부동산으로 보아 취득세 등을 중과세하는 것은 부당하므로 일반과세를 하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 취득세 면제대상이 되는 기업부설연구소용 부동산이 되기 위해서는 원칙적으로 해당 공간이 독립된 연구시설로서 소속 연구원이 이를 배타적으로 사용할 수 있는 공간이어야 할 것이고, 다만, 회의실이나 제품전시실이 독립된 연구시설은 아니라고 하더라도 연구원들만의 회의장소로 전용되고 있다거나 제품전시실이 연구결과를 전시하고 연구개발 활동의 비전을 제시하기 위하여 사용되는 등 연구목적으로만 전용되는 공간이라면 이와 같은 시설은 연구시설의 부대시설로서 취득세가 면제되는 기업부설연구소에 해당될 수 있다(조심 2013지484, 2013.12.16., 같은 뜻임)할 것이나, 청구법인의 경우 쟁점부동산 지하 2층은 폐기자재 적치, 서고, 영업상품 적치, 본사 관련 물품, 문서보관 및 폐사무용품 보관창고 등으로 사용하고 있고, 지상 1층의 세미나실 및 다용도실에는 바둑대회용 바둑 등이 비치되어 있었으며, 지상 5층의 강당은 주주총회 개최 등으로 사용한 사실을 처분청의 출장조사를 통해 확인하였으므로 쟁점부동산을 기업부설연구소에 종사하는 연구원들만이 전용으로 사용하는 공간으로 보기는 어렵다 하겠으며, 청구법인의 서울사무소에는 법인의 중추적인 의사결정 기능을 하는 기획관리본부, 개발마케팅본부, 영업본부 등 본점의 부서들과 연구소로 조직이 구성이 되어 있어 본점과 연구소가 실질적으로 하나의 권역 내에 존재하며 쟁점부동산을 연구소가 아닌 사실상 본점으로 사용하고 있는 이상 쟁점부동산을 본점의 사업용 부동산으로 보아 처분청이 취득세 등을 중과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점건축물을 기업부설연구소가 아니라 본점의 사업용 부동산으로 보아 감면을 배제한 후 취득세 등을 중과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 본점을 OOO목적사업을 의약품, 의약외품, 의료용구의 소분 및 가공업, 원료의약품, 식품, 식품첨가물, 청량음료, 건강식품 및 판매업 등으로 하여 1960.10.17. 설립되었다. <표1> 청구법인 현황 (나)청구법인은 OOO외 1필지상에 아래 <표2>와 같이 지하 2층, 지상 5층 규모의 ‘교육연구시설 및 제2종근린생활시설(제조업소)’ 3,979.4㎡를 신축하여 2011.4.13. 처분청으로부터 사용승인을 받았다. <표2> 이 건 건축물(3,979.4㎡) 신축 현황 층별 구조 용도 면적(㎡) 지하 2층 철근콘크리트조 교육연구시설(전기실, 기계실) 652.62 지하 1층 철근콘크리트조 주차장 696.66 1층 철근콘크리트조 교육연구시설(연구소) 480.44 2층 철근콘크리트조 교육연구시설(연구소) 538.51 3층 철근콘크리트조 교육연구시설(연구소) 538.51 4층 철근콘크리트조 교육연구시설(연구소) 278.60 철근콘크리트조 제2종근린생활시설(제조업소) 257.63 5층 철근콘크리트조 교육연구시설(연구소) 536.23 (다) 청구법인은 2011.4.13. 신축한 이 건 건축물(3,979.4㎡) 중 지상 4층(536.23㎡)을 제외한 3,443.17㎡에 대하여 2012.3.26. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 등의 규정에 따라 아래 <표3>과 같이 OOO으로부터 기업부설연구소 변경 인정(제19931275호)을 받았다. <표3> 이 건 건축물의 기업부설연구소 인정서(발췌) (라)청구법인은 경영관리본부, 영업본부, 생산본부, 신제품개발실 및 중앙연구소 등의 조직을 갖추고 있으며, 청구법인의 본사와 기업부설연구소인 이 건 건축물과는 약 6m의 도로를 사이에 두고 마주보며 위치하고 있다. <표4> 청구법인의 본점 조직도(2017.1.1. 현재) (마) 처분청은 2015.4.9. 이 건 건축물에 대한 현지확인 조사를 통해지하 2층 자료실 276.96㎡, 지상 1층 세미나실 172.52㎡, 지상 5층 강당 428.64㎡ 등 쟁점건축물 878.12㎡(전용면적)를 기업부설연구소 외의 용도로 사용하고 있는 사실을 확인하였다. <표5> 처분청이 확인한 이 건 건축물 사용현황 내역 (바) 청구법인은 쟁점건축물을 기업부설연구소로 사용하면서 일시적·임시적으로 물품보관, 바둑대회 개최 등의 용도로 사용하였다고 주장하며 아래 <표6>과 같이 쟁점건축물 사용현황을 제출하였다. <표6> 쟁점건축물 사용현황 (사)청구법인은 지상 1층 세미나실 및 지상 5층 강당을 신약개발 등을 위한 세미나와 학술대회 개최 등의 용도로 사용하였다고 주장하며 아래 <표7>과 같은 사용내역을 제출하고 있으나, 위 시설에 대한 사용관리대장을 별도로 비치하고 있지는 아니한 것으로 조사되었다. <표7> 지상 1층 세미나실, 지상 5층 강당(심포지움룸) 사용내역 (아) 재단법인 OOO에서 청구법인에 발송한 OOO개최 요청의 건(한기 15-30-11, 2015.1.15.)’에 의하면, OOO를 2015.1.27.(화) OOO본사에서 개최한다는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다. (자) 처분청과 청구법인이 제출한 쟁점건축물의 지하 2층 및 지상 1층의 평면도 및 현장사진 등에 의하면, 지하 2층 자료실A(74.76㎡)와 C(68.4㎡)는 연구소의 자료 등이 문서고에 비치되어 있으며, 자료실B(78.3㎡)에는 연구부서의 자료뿐만 아니라 지상 4층에 소재하였던 본사 영업부서의 폐기서류 및 물품 등이 보관되어 있는 것으로 나타나며, 지상 1층 세미나실A(164.16㎡)의 경우 A-1·2·3으로 이루어져 있고 그 중 A-3(54.7㎡)에서 여자바둑리그를 개최한 것으로 나타난다. < 쟁점건축물의 지하 2층 및 지상 1층의 평면도 > (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저쟁점건축물을 기업부설연구소가 아닌 용도로 사용한 것으로 본 처분의 당부에 대하여 살피건대, 지방세특례제한법제46조 제1항 및 같은 법 시행령 제23조 제1항에서 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 쟁점건축물 878.12㎡ 중 쟁점면적 561.64㎡(지하 2층 자료실B 78.3㎡, 지상 1층 세미나실A-3 54.7㎡ 및 5층 강당 428.64㎡)는 청구법인이 이를 기업부설연구소의 고유목적에 사용하면서 임시적으로 영업부서의 물품 및 폐기문서 등을 보관하고 바둑대회와 주주총회 등을 각 1회씩 개최한 사실이 확인되고 있으므로 쟁점면적 561.64㎡와 그에 따른 공용면적 부분은 기업부설연구소의 고유 목적이 아닌 다른 용도로 사용한 경우로 보는 것이 타당하다 할 것이어서 처분청이 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다만, 쟁점건축물 878.12㎡ 중 쟁점면적 561.64㎡을 제외한 나머지 316.48㎡와 그에 따른 공용면적 부분은 처분청이 기업부설연구소 외에 다른 용도로 사용하였다는 구체적인 과세근거를 제출하지 아니하므로 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 기업부설연구소가 아닌 다른 용도로 사용하고 있는 쟁점면적 561.64㎡(지하 2층 자료실B 78.3㎡, 지상 1층 세미나실A-3 54.7㎡ 및 5층 강당 428.64㎡)를 본점의 사업용 부동산으로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 대하여 살피건대, 지방세법제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조에서수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역안에서 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산에 대하여는 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 이에 따라 취득세의 중과세대상이 되는 대도시내 본점 사업용 부동산에 해당하는지 여부는 법인의 본점으로서의 기능을 수행하는 장소로 사용되는지 여부를 기준으로 판단하여야 하는 것으로 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용하고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말한다 할 것인바, 청구법인이 기업부설연구소로 인정받아 사용하던쟁점면적 561.64㎡를 한시적으로 영업부서의폐기서류 및 물품 등을 보관하고 재단법인 OOO의 요청 등으로 인하여 OOO와 주주총회를 각 1회 개최하였다 하여 이를 본점의 사업용 부동산으로 사용하였다고 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점면적 561.64㎡와 그에 따른 공용면적 부분에 대하여 지방세법제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제4항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령

(1) 지방세법(2012.12.27. 법률 제10416호로 개정되기 이전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 1천분의 20(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령 제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법(2012.12.27. 법률 제10417호로 개정되기 이전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지면제한다.다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이연구소를 폐쇄하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령 (2012.12.21. 대통령령 제24247호로 개정되기 이전의 것) 제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.

② 법 제46조 제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서"란 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 기업부설연구소 또는 기업의 연구개발전담부서를 말한다.