이전 공공기관인 청구법이의 출자금 증가에 따른 등기가「지방세특례제한법」제81조 제2항의 등록면허세 면제 대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조 제2호에 따른 이전공공기관으로서 2013.10.30. 자본금 OOO을 증자하고, 자본증가 등기(이하 “이 건 법인등기”라 한다)를 하면서 지방세법제28조에 따라 산출한 등록면허세 OOO 지방교육세 OOO 합계 OOO(이하 “이 건 등록면허세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부한 후, 2016.1.8. 이 건 법인등기는 지방세특례제한법 제81조 제2항에 따라 등록면허세가 면제되는 법인등기이므로 이 건 등록면허세 등은 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.3.2. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에 따라 지방으로 이전이 확정된 이전공공기관으로서 이 건 법인등기에 따른 등록면허세는 지방세특례제한법제81조 제2항에 따라 면제 대상에 해당함에도 처분청이 아무런 근거 없이 같은 조 제1항의 규정을 부당하게 결부하여 공공기관의 지방이전에 따른 법인등기에 대하여만 등록면허세가 면제되고, 지방이전을 하기 전에 출자한 출자금 등에 대한 법인등기는 등록면허세 면제대상이 아니라고 본 처분청의 해석은 잘못된 것이다. 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제4조에서는 이전공공기관 지방이전계획 등의 수립에 관한 규정을 두고 있고, 같은 법 제5조에서는 이전공공기관이 이전하는 지역의 시·도지사는 이전공공기관이 이전하는 지역의 시장·군수가 이전하여 오는 이전공공기관의 의견을 들어 해당 이전공공기관 및 그 소속 직원에 대한 지원사항을 포함하는 이전지원계획을 수립하도록 하고 있다. 따라서, 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에서 규정한 이전공공기관이라 함은 지방으로 이전하여야만 해당되는 것이 아니라 이전하기 전의 공공기관도 포함한다고 해석하여야 하고, 이러한 이전공공기관의 개념은 지방세특례제한법에서도 그대로 적용되어야 한다. 지방세특례제한법제81조 제2항에서는 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015.12.31.까지 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있는바, 법인등기의 범위는 지방세법제28조 제1항 제6호에 규정되어 있고, 이 법인등기에는 자본증가 또는 출자증가에 따른 법인등기를 포함하는 것으로 규정하고 있으며, 지방세특례제한법제81조 제2항에 ‘이전공공기관의 법인등기’라고 규정하여 증자등기 등에 대한 등록면허세도 감면 적용 대상에 해당한다고 보아야 할 것이다. 또한, 구 지방세법제274조의2에서는 “그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제”하는 것으로 규정되어 있었으나, 종전 규정을 개정하면서 현행 규정으로 문구를 변경한 것은 의도를 가지고 개정한 것으로 해석하여야 하고, 이 건과 유사한 감면 취지를 지닌 지방세특례제한법제79조 제2항에서는 “대도시에 등기되어 있는 법인이 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다”고 규정하여, 감면의 취지가 비슷함에도 조문을 명백히 다르게 규정한 사실로 보아 이 건 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 법인등기의 원인이 무엇인지와 무관하게 등록면허세를 면제한다는 규정으로 해석하는 것이 타당하다. 그리고, 지방세특례제한법제81조의 명칭이 “이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면”이라고 되어 있는바, 지방이전에 대한 감면이라는 것은 지방이전과 관련하여 병행되는 등기에 대한 감면으로 제한적으로 해석되는 것이 아니라, 중앙과 지방의 균형성장을 위하여 공공기관이 지방으로 이전하기로 결정한 것 자체에 대하여 세제상 혜택을 부여한다는 의미로 해석되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제81조는 이전공공기관 등의 지방이전에 따른 지방세를 감면하기 위하여 신설된 것이고, 제1항에서 지방이전과 관련되어 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로 제2항 역시 이전공공기관의 지방이전과 관련된 법인등기에 대하여 등록면허세를 면제한다고 보는 것이 합리적인 해석이라고 할 것이며, 지방세특례제한법이 신설되기 전에 이전공공기관의 지방이전에 따른 지방세 감면을 규정한 구지방세법제274조의2에서 지방이전에 따른 법인등기에 대하여만 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 공공기관의 지방이전과 관계없는 출자금에 대한 등기는지방세특례제한법제81조 제2항의 등록면허세 면제 대상에 해당되지 않는다고 할 것이므로 처분청이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이전공공기관인 청구법인의 출자금 증가에 따른 등기가 지방세특례제한법제81조 제2항의 등록면허세 면제 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 일부개정된 것) 제81조【공공기관 지방이전에 대한 감면】①공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제2조 제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 “이전공공기관”이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

② 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.

(2) 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제274조의2【공공기관 지방이전에 따른 감면】공공기관 지방이전에 따른혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제2조 제2호의 규정에 따른이전 공공기관이 같은 법 제4조의 규정에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획승인을 얻어 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2007.12.14. 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제4조 제4항 규정에 따라 건설교통부장관(현재의 국토교통부장관)으로부터 지방이전계획의 승인(혁신도시총괄팀-2321)을 받은 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제2조 제2호에 의한 이전공공기관에 해당한다.

(2) 청구법인은 2013.10.30. 납입총액금을 금 OOO에서 금 OOO으로 변경함에 따라 OOO의 자본증가 등기를 위한 등록면허세 OOO 등 합계 OOO을 신고·납부하였다.

(3) 청구법인은 2014년 9월 주사무소를 OOO으로 이전하고, 2014.10.10. 이전등기를 하였다. (4)지방세특례제한법제81조 제1항에서 국토교통부장관으로부터지방이전계획을 승인받은 이전공공기관이 이전할 목적으로 취득하는부동산에 대하여는 2015.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고,제2항에서 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015.12.31.까지등록면허세를 면제한다고 규정하고 있으며, 2011.1.1.지방세기본법,지방세법,지방세특례제한법으로 개편되기 전의 구지방세법제274조의2는 이전공공기관이 국토교통부장관의 지방이전계획승인을 얻어이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를면제하고,그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다고 규정하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 지방세부과·징수의 특례를 규정하여 특정 납세자에게 조세혜택을 부여하는 지방세특례제한법령은 그 입법취지 등을 고려하여 엄격하게 적용하는 것이 조세형평의 원칙에 부합한다고 보이는 점,지방세특례제한법의 각 조항을 종합하여 보면, 공공기관이 하는 모든 등기에 대하여등록면허세를 면제하는 것이 아니라 공공목적의 수행을 위하여 필요한등기에 한하여 등록면허세를 면제 또는 경감하고 있는 점, 수도권에 소재하는 본점 또는 주사무소를 지방으로 이전하는 법인에 대하여 지방세 경감을 규정한지방세특례제한법제79조 제2항의 경우에도 법인의 지방이전에 따른 등기에 대하여만 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있는 점,지방세특례제한법제81조 제1항에서 이전공공기관이이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있는 것을 보아 제2항에서 등록면허세가 면제되는 법인등기도 공공기관의 지방이전과 직접 또는 간접적인 관계가 있는 법인등기로 보는 것이 합리적인 점,지방세특례제한법제81조가 최초로 시행(2011.1.1.)되기 이전 규정인 구지방세법제274조의2는국토의 균형발전을 위하여본점 또는 주사무소를 수도권에서 지방으로 이전하는공공기관이 본점용 부동산 등을 취득하는 경우 또는 지방이전에 따라주사무소 등의 변경등기를 하는 경우 지방세 감면혜택을 부여하고자신설한 것인 점 등에 비추어청구법인의 지방이전과 관계가 없는이 건등기는지방세특례제한법제81조 제2항의 법인등기에 해당되지않는다고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 등록면허세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.