합병법인이 피합병법인을 합병하여 취득하게 된 주식에 대하여 과점주주의 취득세 납세의무가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.12.28. OOO의 발행주식 60,000주에서 54,000주(90%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 피합병법인을 합병하면서 취득한 쟁점주식에 대하여 구지방세법제7조 제5항에 따라 과점주주가 되었으나 간주취득세를 신고·납부하지 않은 사실을 확인하고, 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액에 과점주주 비율(90%)을 곱하여 산출한 가액을 과세표준으로 하여 같은 법 제15조 제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO을 2015.12.1. 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 피합병법인과 합병을 통하여 이 건 법인의 쟁점주식을 취득하였고 간주취득세 세율은지방세법제15조 제2항에 따라 중과기준세율(2%)이 적용되어야 하지만, 이 건은 합병으로 인한 취득에 해당되어 같은 조 제1항 규정에 따라 중과기준세율을 뺀 세율을 적용하여야 하고 그 결과 취득세는 면제되므로 이 건 취득세 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 구지방세법제15조 제1항에서법인세법제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 부동산과 부동산외 취득(선박, 차량, 입목, 회원권 등)의 경우 같은 법 제11조 및 제12조의 세율에서 중과세율(2%)을 뺀 세율을 적용하여 세액을 산출하도록 규정하고 있고, 과점주주의 취득은 같은 법 제15조 제2항에서 중과기준세율을 적용하도록 규정하면서 법인의 합병으로 인한 과점주주의 취득세율을 별도로 규정하고 있지 아니하므로 청구법인을 이 건 법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 합병법인이 피합병법인을 합병하여 취득하게 된 주식에 대하여 과점주주의 취득세 납세의무가 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1)지방세법(2013.1.1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다. 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다. 3.법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우는 그러하지 아니하다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다. 3.제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다. (2)조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제120조(취득세의 면제 등) ② 대통령령으로 정하는합병에 따라 양수하는 재산의 취득에 대하여는지방세법제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다.다만, 해당 재산이지방세법제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제116조(지방세 면제) ⑦ 법 제120조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서“대통령령으로 정하는 합병”이란 합병일 현재 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 합병일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이가장 큰 경우만 해당한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한법인 간의 합병을 말한다. 이경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 경우에는 해당 합병을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2012.12.28. 피합병법인을 흡수합병하면서 피합병법인이 소유한 이 건 법인의 발행주식 60,000주에서 54,000주(90%)를 취득한 사실이 나타난다. (나) 이 건 법인은 2013.1.4. OOO에 흡수합병되어 해산된 것으로 나타난다. (다) 처분청은 청구법인이 피합병법인을 합병하면서 취득한 이 건 법인의 주식(54,000주, 90%)에 대하여 과점주주 취득세 납세의무가 있는 것으로 보아, 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액에 과점주주 비율(90%)을 곱하여 산출한 가액을 과세표준으로 하여 구지방세법제15조 제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO을 2015.12.1. 부과·고지하였다. (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구지방세법제15조 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하면서 그 제3호는 법인의 합병으로 인한 취득을 규정하고 있는바, 위 규정에서 합병으로 인한 취득은 합병법인이 합병으로 인하여 취득하는 것을 의미하는 것으로 보는 것이 타당하고 청구법인은 이 건 법인의 쟁점주식을 합병을 하여 취득한 것이 아니므로 위 규정의 세율 특례를 적용할 수 없다고 보는 것이 타당한 점,조세특례제한법제120조 제2항에서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는지방세법제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점주식을 합병에 따라 취득한 것이 아니어서 해당세율의 적용대상이 아니므로 결국 취득세 등의 면제대상으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인을 이 건 법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.