[요지]
① 청구법인이 이 건 등록면허세 중 2012.5.18. 이전에 신고한 등록면허세는 경정청구기간을 경과한 부적법한 청궁 해당하므로 처분청의 경정청구 거부처분에 따른 이 건 심판청구도 부적법한 심판청구에 해당되고, ②지방세특례제한법제81조 제2항은 이전 공공기관이 하는 모든 등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 것이 아니라 공공기관의 지방이전과 직접 또는 간접적인 관계가 있는 법인등기에 한하여 감면규정을 적용하는 것이 합리적이라 할 것이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분을 잘못이 없음
[주 문] OOO에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에관한 특별법에 따라 원주혁신도시로 이전이 확정된 이전공공기관으로서 이 건 등기에 따른 등록면허세는지방세특례제한법제81조 제2항에 따라 면제되어야 할 것임에도 처분청은 같은 조 제1항의 규정을부당하게 결부시켜 지방이전을 하기 전에 출자한 자본금 등에 대한 법인등기는 등록면허세 면제대상이 아니라고 보아 이 건 등록세등의경정청구를 거부하였던바, 이는 이전공공기관에 대한 세제혜택을 명시한지방세특례제한법제81조 제2항을 부당하게 해석한 것이므로 취소되어야 한다.
(2) 처분청은지방세특례제한법제81조 제2항을 좁게 해석하는 것이 세법해석의 일반원칙인 엄격해석의 원칙에 부합하는 것처럼 주장하고 있으나,지방세특례제한법제81조 제2항은 이전공공기관의 법인등기에 대해서 등록면허세를 면제한다고 적시하고 있는바, 이를 문언에따라 충실하게 해석하는 것이 조세법률 엄격해석의 원칙에 부합한다고할 것이고,지방세특례제한법제81조의 표제를 ‘이전공공기관등 지방이전에 대한 감면’으로 규정한 것은 공공기관이 지방으로 이전하는 경우받을 수 있는특례가 해당 조문에 규정되어 있음을 밝히기 위한 것이지표제를 통하여해당 조문의 해석 범위를 제한하는 것으로볼 수 없으며,실제로 다른조항을 보더라도지방세특례제한법제6조의경우 그 표제가‘자경농민의 농지 등에 대한감면’이나 제4항은 자경농민과 관련이 없는귀농인에 대한 취득세 감면을 규정하고 있고, 이와유사한 내용이지방세특례제한법에서 많이 나타나고 있는바, 처분청이지방세특례제한법제81조 표제에만 집착하여 공공기관의 지방이전과관련이 없는이 건 등기는지방세특례제한법제81조 제2항의 법인등기에 해당되지않는다고 보아 이 건 등록면허세의 경정청구를 거부한처분은 부당하다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 등록면허세 중 2012.5.18. 이전에 신고·납부한 세액에 대한심판청구가 적법한 심판청구에 해당되는지 여부
② 이전공공기관인 청구법인의 출자금 증가에 따른 등기가지방세특례제한법제81조 제2항의 등록면허세 면제 대상에 해당하는지 여부
(1) 지방세기본법(2010.3.31. 법률 제10219호로 개정된 것) 제51조【경정 등의 청구】① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년(지방세법에 따른 결정또는 경정이 있는 경우에는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구 기간을말한다) 이내에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따라결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
(2) 지방세기본법(2015.5.18. 법률 제13293호로 개정된 것) 제51조【경정 등의 청구】① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초 신고및수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따라결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 부칙 제1조【시행일】이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제115조 제1항ㆍ제2항 및 제140조 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항ㆍ제6항의 개정규정은 2016년1월 1일부터 시행한다. 제9조【경정 등의 청구에 관한 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 기간이 경과하지 아니한 결정 또는 경정의 청구에 관하여는 제51조의 개정규정을 적용한다.
(3) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제81조【공공기관 지방이전에 대한 감면】①공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제2조 제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 “이전공공기관”이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는날부터 5년간 면제하고 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.
② 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다.
(4) 구 지방세법((2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것) 제274조의2【공공기관 지방이전에 따른 감면】공공기관 지방이전에 따른혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법제2조 제2호의 규정에 따른이전 공공기관이 같은 법 제4조의 규정에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획승인을 얻어 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 광물의 안정적 수급을 도모하여 국민경제발전에 기여함을 목적으로 1967.6.5. 설립된 공공기관으로서 2007.12.17.공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법에 따라국토교통부장관(건설교통부장관, 국토해양부장관)으로부터 본점을 OOO로 이전하는 지방이전계획을 승인받았다. (나) 청구법인은 이전공공기관으로 지정된 날부터 실제로 본점을OOO를 관할하는 처분청에게 <표1>과 같이 신고·납부하였다. (다) 청구법인은 2015.12.11. 이 건 등기는지방세특례제한법제81조 제2항의 법인등기에 해당하므로 이 건 등록면허세는 면제 대상이라는 취지로 등록면허세 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.1.19. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 구지방세기본법(2010.3.31. 법률 제10219호로 개정된 것, 이하 같다) 제51조 제1항에서 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에최초 신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체장에게청구할 수 있다고 규정하고 있고, 2015.5.18. 법률 제13293호로 개정된지방세기본법제51조 제1항은 경정청구의 기한을 당초 3년에서 5년으로 연장하면서 부칙 제9조에서 이 법 시행 당시 종전의규정에 따른기간이 경과하지 아니한 결정 또는 경정의 청구에 관하여는제51조의 개정 규정을 적용한다고 규정하고 있는바, 이 건 등록면허세중 2012.5.18. 이전에 신고한 등록면허세 등은 개정 전 규정인 구지방세기본법제51조 제1항의 규정을 따라야 할 것이다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 이 건 등록면허세 중 2012.5.18. 이전에 신고한 등록면허세에 대하여 경정청구를 하고자 하였다면 구지방세기본법제51조 제1항에 따라 그 신고일(법정신고기한)부터 3년 이내인 2015.5.18. 이전에 하였어야 하나, 청구법인은 당해 등록면허세에 대하여 2015.12.11. 처분청에경청청구를 하였고, 이는 청구기간을 경과한 부적법한 청구에 해당하므로 처분청의 경정청구 거부처분에 따른 이 건 심판청구도 부적법한 심판청구에 해당된다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제81조 제1항에서 국토교통부장관으로부터지방이전계획을 승인받은 이전공공기관이 이전할 목적으로 취득하는부동산에 대하여는 2015.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고,제2항에서 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 2015.12.31.까지등록면허세를 면제한다고 규정하고 있으며, 2011.1.1.지방세기본법,지방세법,지방세특례제한법으로 개편되기 전의 구지방세법제274조의2는 이전공공기관이 국토교통부장관의 지방이전계획승인을 얻어이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를면제하고,그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 지방세부과·징수의 특례를 규정하여 특정 납세자에게 조세혜택을 부여하는 지방세특례제한법령은 그 입법취지 등을 고려하여 엄격하게 적용하는 것이 조세형평의 원칙에 부합한다고 보이는 점,지방세특례제한법의 각 조항을 종합하여 보면, 공공기관이 하는 모든 등기에 대하여등록면허세를 면제하는 것이 아니라 공공목적의 수행을 위하여 필요한등기에 한하여 등록면허세를 면제 또는 경감하고 있는 점, 수도권에 소재하는 본점 또는 주사무소를 지방으로 이전하는 법인에 대하여 지방세 경감을 규정한지방세특례제한법제79조 제2항의 경우에도 법인의 지방이전에 따른 등기에 대하여만 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있는 점,지방세특례제한법제81조 제1항에서 이전공공기관이이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있는 것을 보아 제2항에서 등록면허세가 면제되는 법인등기도 공공기관의 지방이전과 직접 또는 간접적인 관계가 있는 법인등기로 보는 것이 합리적인 점,지방세특례제한법제81조가 최초로 시행(2011.1.1.)되기 이전 규정인 구지방세법제274조의2는국토의 균형발전을 위하여본점 또는 주사무소를 수도권에서 지방으로 이전하는공공기관이 본점용 부동산 등을 취득하는 경우 또는 지방이전에 따라주사무소 등의 변경등기를 하는 경우 지방세 감면혜택을 부여하고자신설한 것인 점 등에 비추어청구법인의 지방이전과 아무런 관계가 없는이 건등기는지방세특례제한법제81조 제2항의 법인등기에 해당되지않는다고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 등록면허세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구이거나 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호·제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.