① 이 건 부동산은 물류시설로서 취득세 및 재산세 감면대상인 산업용 건축물에 해당한다는 청구주장의 당부 ② 이 건 부동산 취득 후, 유예기간이 경과하기 전에 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2013.6.21. OOO를 분양으로 취득하고, 2014.3.20. 이 건 토지상에 건축물 2,164.91㎡(이하 “이 건 건물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축한 후, 처분청으로부터 지방세특례제한법제78조 제4항에 따른 ‘산업단지 안에서 산업용 건축물을 신축하는 자가 취득하는 부동산’으로 하여 각 취득에 대한 취득세 등을 감면받았으며, 처분청은 2014년도 및 2015년도 재산세 과세기준일 현재 청구법인이 소유하고 있는 이 건 부동산에 대하여 재산세 등을 감면하였다.
• 나. 처분청은 2015.8.15. 청구법인에 대한 세무조사 결과, 청구법인이 이 건 부동산을 산업용 건축물 등의 용도가 아닌 도매업에 사용한다고 보아 2015.11.17. 및 2015.12.4. 기 감면한 재산세 등OOO을 아래 <표1>, <표2>와 같이 청구법인에게 각 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 스텐레스 파이프 등 철강재를 수입하여 이 건 부동산에 적재·보관하였다가 수요자의 주문을 받아 판매하는 무역업체로서 이 건 부동산을 취득하여 수입 철강재를 보관·관리하는 용도로 사용하고 있는바, 이 건 부동산은 지방세특례제한법 시행령제29조 제2호, 산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률 시행령제6조 제5항 제3호, 산업입지 및 개발에 관한 법률제2조 제7호, 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제2조 제1호 각 목에서 규정하고 있는 화물의 운송·보관·하역을 위한 물류시설로서 취득세 등이 감면되는 산업용 건축물에 해당함에도 처분청이 청구법인의 국세 신고를 위한 세무신고서나 세무장부에 기재된 업태, 종목, 업종코드, 매출액 등 형식적 기재내용만으로 청구법인이 이 건 부동산을 산업용 건축물 등의 용도가 아닌 다른 용도(도매업)로 사용하는 경우로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 실질과세의 원칙에 위배된다.

(2) 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호 및 제2호에 의하면 산업단지 내의 토지를 취득하여 산업용 건축물을 건축하지 아니하고 다른 용도로 사용하더라도 3년이 경과한 뒤 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년이 경과하였는지 여부에 따라 추징여부를 결정하여야 하는바, 이 건 부동산은 취득일부터 유예기간이 경과하지 않았고, 단지 현재 제조용 공장으로 사용할 여건이 미비하여 물류시설로 사용하고 있을 뿐 장차 제조용 공장으로 사용할 계획을 갖고 있으므로 처분청이 유예기간이 경과하기 전에 이 건 부동산에 대하여 취득세를 부과한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제78조 제4항에서 산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제29조 제1호에서 산업용 건축물의 범위를 산업입지 및 개발에 관한 법률제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물과 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령제6조 제5항에 따른 창고업, 화물터미널 또는 그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업 등으로 규정하고 있으며,산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제2조 제1호에서 “공장”이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장을 말한다고 하고 있고, 같은 법 시행령 제2조에서 공장의 범위를통계법제22조에 따라 통계청장이 고시하는 표준산업분류에 따른 제조업으로 하고, 제조시설 및 시험생산시설, 제조시설의 관리·지정, 종업원의 복지후생을 위하여 당해 공장부지안에 설치하는 부대시설, 관계법령에 의하여 설치가 의무화된 시설 및 위 각 시설이 설치된 공장부지를 포함된다고 규정하고 있으며, 산업입지 및 개발에 관한 법률제2조 제7호 및물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제2조 제1호에서 "물류시설"이란 화물의 운송·보관·하역을 위한 시설과 이에 관련된 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등의 활동을 위한 시설, 물류의 공동화·자동화 및 정보화를 위한 시설, 위 각 시설이 모여 있는 물류터미널이라고 규정하고 있다. 이 건의 경우, 청구법인은 이 건 토지를 취득하여 공장용 건축물을 신축하면서 ‘금속조립구조재 제조업’으로 산업단지 입주계약 및 공장등록을 한 사실이 있음에도, 2014년 1·2기분 및 2015년 1기분 부가가치세 예정 및 확정신고와 법인세 과세표준 및 세액신고에서 주업종 코드를 ‘514292(1차금속제품 도매업)’로 신고하여 왔고, 손익계산서에도 상품 및 용역 매출 외에 제조업 매출이 없는 것으로 기재되어 있음은 물론, 이 건 건물 내부에는 호이스트가 설치되어 있을 뿐, 제조활동에 필요한 기계장치로 보이는 설비가 없이 단순히 철강재 등이 사업장에 적재되어 있는 점에 비추어 이 건 부동산을 제조업으로 사용한다고 볼 수 없으며, 미음산업단지 관리기본계획에 따르면 이 건 부동산이 위치한 산업시설용지의 입주업종이 제조업으로 제한되어 있고, 입주계약서의 추가약정에서도 계약서 및 공장설립 사업계획서상의 업종(제조업)을 영위하여야 하며, 여러 가지 산업활동을 복합적으로 영위할 경우에는 제조업의 부가가치 비중이 가장 커야 한다고 기재되어 있는데 반해 청구법인이 영위했다고 주장하는 물류업은 입주대상업종에 해당되지도 않을 뿐더러, 청구법인은 OOO으로 사업자등록(도매업)이 되어 있는 이 건 부동산 소재 사업장밖에 없는 사실 등에 비추어 보면 이 건 부동산을 철강재를 수요자의 주문에 맞추어 직접 판매하는 장소로 사용하여 왔던 것으로 보이는바, 청구법인은 이 건 부동산을 당초 취득목적인 제조업에 직접 사용하지 아니하였음은 물론, 물류시설을 설치·운영하는 사업에 사용하였다고 보기도 어려우며, 단지 철강재 판매업을 영위하는 데 사용한 것으로 봄이 타당하므로 이 건 부동산을 산업용 건축물 등의 용도가 아닌 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 이 건 부동산은 물류시설로서 취득세 및 재산세 감면대상인 산업용 건축물에 해당한다는 청구주장의 당부

② 이 건 부동산 취득 후, 유예기간이 경과하기 전에 취득세 등을 추징한 처분의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 등기사항전부증명서 등에 의하면 청구법인은 2000.7.26. 본점을 OOO으로, 목적을 철강도소매업, 기계류 도소매업, 수출입업, 수출입알선 및 중개업, 산업기계 제조 및 도소매업 등으로 하여 설립하여 2000.8.1. 사업을 개시하였고, 2014.5.21. 이 건 부동산을 지점소재지로 하여 변경등기를 하였다. (나) 청구법인은 2011.4.18. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제38조에 따라 부산진해경제자유구역청장(관리기관)과 입주형태를 분양으로, 업종을 금속조립구조재제조업(25113)으로, 생산품을 철구조물로, 부지용도를 공장건축으로 하여 OOO 내 입주계약을 체결하였는바, 입주계약서 상의 추가약정 제1항에 의하면 미음산업단지 입주 시 반드시 본 계약서 및 공장설립 사업계획서상의 업종(제조업)을 영위하여야 하며, 여러 가지 산업활동을 복합적으로 영위할 경우에는 제조업의 부가가치 비중이 가장 커야 한다고 기재되어 있고,OOO에 따르면 청구법인이 취득한 이 건 토지는 산업시설구역내의 토지로서건축할 건축물의범위와 입주대상 업종을 아래와 같이 제조업으로 제한하고 있다. (다) 청구법인은 2011.4.20.OOO와 산업시설용지인 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하고, 2013.12.31. 매매대금을 완납하여 이 건 토지를 취득(분양)한 후, 이 건 토지상에 2013.7.25. 건축허가를 받아 2013.10.17. 착공하여 2014.3.20. 이 건 건물을 신축(취득)하였는바, 건축물대장상의 이 건 건물 현황은 다음과 같다. (라) 청구법인은 2014.6.10. 이 건 부동산을 소재지로 하여 공장등록을 하였는바, 공장등록증명서상에 공장의 업종(분류번호)은 금속 조립구조재 제조업(25113)으로, 제조시설면적은 1,856.93㎡로 기재되어 있고, 청구법인이 제출한 이 건 부동산 현황 사진에 의하면 이 건 부동산 내부는 철강재가 적재되어 있으며, 호이스트 외에는 제조와 관련된 기계장치 등은 설치되어 있지 않은 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 2014년도 및 2015년도의 법인세 과세표준 및 세액신고서와 부가가치세 신고서 등에 의하면 업태를 도매로, 종목은 무역철강 또는 상품중개업으로, 주업종코드는 514292(1차 금속제품 도매업) 등으로 기재되어 있고, 2014.12.31. 현재 대차대조표 상에는 재고자산(상품)만 있을 뿐 유형자산 중 기계장치 내역은 없으며, 손익계산서(2014.1.1.～2014.12.31.)상 총 매출액은 상품매출과 기타(용역)매출로만 이루어져 있다.

(2) 지방세특례제한법 제78조 제4항에서 산업단지 등에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 또는 다른 용도로 사용하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 취득세 등의 감면대상인 산업용 건축물은 산업입지 및 개발에 관한 법령에 따른 제조업을 영위하기 위한 공장이거나 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법령에 따른 창고업 또는 물류시설을 설치 및 운영하는 사업 등에 사용되는 부동산 등이어야 할 것인바, 제조업 영위와 관련하여 청구법인의 손익계산서 등에서 제품매출이 전혀 나타나지 않는 점, 재무상태표 상의 유형자산 내역에 생산시설에 해당되는 기계장치 내역이 없고, 이 건 부동산의 현황사진 등에서 제조시설이 없이 철강재만 적재되어 있는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 제조업을 영위하기 위한 공장 등으로 사용하고 있다고 보기 어렵고, 물류사업 등의 영위와 관련하여서도, 물류정책기본법상의 ‘물류사업’이라 함은 화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 것으로 정의하고 있으나, 청구법인은 이 건 부동산을 철강재 등의 판매를 위한 창고시설로 활용하고 있어 이 건 부동산은 자가물류시설에 불과할 뿐 ‘물류사업’의 요건인 유상성이 없는 점(창고업 또한 유상성을 전제하고 있음) 등에 비추어 이 건 부동산은 취득세 및 재산세 등이 감면되는 물류시설 등으로 사용된다고 보기 어렵다.

(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 감면된 산업용 건축물 등에 대한 추징요건이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우로서, 이와 같이 직접 사용의 유예기간 동안 사업자가 그의 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 전혀 사용을 하지 않고 있는 상태라 하여도 이 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다 할 것인바, 이 건의 경우, 이 건 부동산의 입주계약서 등에서 제조업을 영위하도록 하고 있는 점, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하여 공장등록(금속조립구조재제조업)을 한 것으로 보아 청구법인은 이 건 부동산에서 제조업을 영위하기 위하여 취득한 것으로 보이는 점, 본격적인 제조활동을 영위하기 전에 이 건 부동산을 활용하기 위하여 창고 등으로 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 건 부동산 취득일부터 유예기간인 3년이 경과하지 아니한 상태에서 이 건 부동산을 해당용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.