청구법인이 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 쟁점부동산을 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.6.30. OOO에 취득하고, 위 건축물 281.09㎡ 중 39.6㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여는 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등 을 면제받았다.
• 나. 처분청은 OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 기업부설연구소 인정이 취소된 것은 벤처기업 유효기간(2013.5.15.～2015.5.14.)의 연장 실수로 인한 연구소 유지의 기본인력(벤처기업 2명, 일반기업 3명) 미달 때문이고, 이는 단순히 행정 절차 실수로 인한 기업부설연구소 인정의 취소일 뿐 기업부설연구소를 폐쇄한 것이 아니며, 기업부설연구소 인정을 재신청을 하여 현재는 기업부설연구소로 다시 인정(2015.10.20.)되었고, 기업부설연구소 인정이 취소된 기간에도 기업부설연구소는 실질적으로 운영되고 있었으므로 처분청이 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 2014.6.30. 쟁점부동산을 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하였다 하더라도 연구소를 설치한 후 4년 이내인 2015.7.10. 청구법인의 기업부설연구소가 요건미달로 인정이 취소된 것이 확인되므로 쟁점부동산에 대하여 감면받은 취득세 등의 추징요건이 성립한 것이고, 청구법인이 단순한 행정실수를 한 것이고, 2015.10.20. 다시 기업부설연구소의 인정을 받았다 하더라도 이를 달리 볼 것은 아니므로 처분청이 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 쟁점부동산을 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) OOO를 소재지로 하여 기업부설연구소의 인정을 받은 것으로 나타난다. (나) OOO로 변경되었고, 연구전담요원은 3명으로 기재되어 있다. (다) OOO이고, 연구전담요원은 2명이며, 건물형태는 독립공간 39.6㎡로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2014.6.30.OOO에 취득하고, 위 건축물 281.09㎡ 중 39.6㎡(쟁점부동산)에대하여는 지방세특례제한법 제46조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다. (마) OOO이 2015.3.15. 청구법인에게 보낸 벤처기업 유효기간 종료에 따른 기업부설연구소 인정취소 예정 안내 문서에는 벤처기업 유효기간이 종료된 때에는 일반 중소기업 인정요건(중기업 5명이상, 소기업 3명 이상)을 충족하여야만 기업부설연구소 인정 효력이 지속될 수 있고, 따라서, 귀 사는 벤처기업 인정요건이 만료되는 2015.5.14.까지 아래의 방법 중 한가지를 선택하여 변경 신고 또는 자진 취소 등을 하여 주시기 바란다고 기재되어 있다. (바) OOO이 2015.7.10. 청구법인에게 보낸 기업부설연구소 취소 통보 문서에는 본 회에 신고된 귀 사의 기업부설연구소는 인정이 취소되었음을 알려드린다고 기재되어 있다. (사) OOO이 2013.5.15. 발행한 청구법인의 벤처기업 확인서에 의하면, 청구법인은 2013.5.15.부터 2015.5.14.까지를 유효기간으로 하여 벤처기업으로 확인받았음이 확인된다. (아) OOO이 2015.9.10. 발행한 청구법인의 벤처기업 확인서에 의하면, 청구법인은 2015.9.10.부터 2017.9.9.까지를 유효기간으로 하여 벤처기업으로 확인받았음이 확인된다. (자) OOO로, 신고연월일이 2015.10.14.로, 유효기간이 벤처기업만료일(2017.9.9.까지)로 기재되어 있다. (차) 처분청은 쟁점부동산에 설치된 청구법인 기업부설연구소의 정이 2015.7.10. 취소된 사실을 확인하고, 청구법인이 기 감면받은쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 된 것으로 보아 2015.11.10.취득세 등 합계 OOO을 청구법인에게 부과·고지하였다. (카) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하여 기업부설연구소로 계속 사용하였다고 주장하고 있고, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도 등으로 사용하였다는 입증서류 등을 제출한 사실은 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 감면받은 쟁점부동산에 대한 취득세 등이 추징대상이 되었다는 의견이나, 지방세특례제한법 제46조에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제23조 제1항에서 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으며, 위 규정에서 연구소를 폐쇄하거나의 의미는 연구소의 시설을 없애거나 그 기능을 정지하여 더 이상 연구소 용도로 사용하지 아니한 것을 의미하고, 다른 용도로 사용하는 경우란 해당 부동산을 실질적으로 연구소 외의 용도로 사용하는 것을 의미한다 할 것인바, 청구법인은 2014.6.30. 쟁점부동산을 취득한 후 2014.7.3.OOO으로부터 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소의 인정을 받았고, OOO으로부터 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소의 인정을 받은 것이 청구법인의 기업부설연구소 인정서 등에 의하여 확인되는 점, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 제1항 제1호 등에 의하면 기업부설연구소의 연구전담요원의 수로 소기업은 3명, 벤처기업은 2명으로 규정하고 있고, 청구법인의 기업부설연구소 인정이 취소된 것은 청구법인이 벤처기업 확인기간이 종료됨에 따라 기업부설연구소 인력요건이 미달됨에 따른 것이므로 청구법인이 기업부설연구소를 폐쇄하거나 쟁점부동산을 연구소 외의 용도로 사용하여 기업부설연구소의 인정이 취소된 것은 아닌 점, 청구법인은 인력요건 미달로 2015.7.10. 기업부설연구소의 인정이 취소되었으나, 2015.10.20. 다시 OOO으로부터 기업부설연구소의 인정을 받은 것으로 나타나므로 청구법인의 기업부설연구소는 인정이 취소된 기간에도 인력 및 시설이 계속 유지되어 폐쇄된 상태는 아니었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 기업부설연구소의 인정이 취소된 기간에도 쟁점부동산을 사실상 기업부설연구소용으로 계속 사용하였다고 주장하나, 처분청은 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소가 사실상 폐쇄되었다는 입증 서류를 제출한바 없는 점, 청구법인이 기업부설연구소를 사실상 폐쇄한 사실 등이 나타나지 아니한 상황에서 청구법인 기업부설연구소의 인정이 취소된 사실만으로 추징요건인 연구소를 폐쇄하거나 연구소 외의 용도로 사용하였다고 보기 어려운 점, 청구법인은 2014.6.30. 쟁점부동산을 취득한 후 4년 이내인 2015.10.20. OOO으로부터 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소의 재인정을 받은 사실이 나타나므로 쟁점부동산은 2015.10.20. 이후 다시 취득세 등의 감면요건을 충족하게 된 점 등에 비추어, 청구법인이 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 폐쇄하거나 쟁점부동산을 연구소 외의 용도로 사용한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.