[요지] 청구법인은 쟁점건축물을 취득한 후 임대 등 다른 용도에 사용하지 아니한 상태에서 그 취득일부터 4년 이내에 기업부설연구소로 인정받았고, 이 건 건축물의 일부를 기업부설연구소로 사용한 것으로 보임. 다만, 디자인 품평실 등이 쟁점건축물에 소재하는지 아니면 이미 기업부설연구소로 인정받은 부분에 소재하는지 여부가 명확하지 아니하므로 처분청이 이를 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점건축물의 취득세 면제 여부를 결정하는 것이 타당함.
[요지] 청구법인은 쟁점건축물을 취득한 후 임대 등 다른 용도에 사용하지 아니한 상태에서 그 취득일부터 4년 이내에 기업부설연구소로 인정받았고, 이 건 건축물의 일부를 기업부설연구소로 사용한 것으로 보임. 다만, 디자인 품평실 등이 쟁점건축물에 소재하는지 아니면 이미 기업부설연구소로 인정받은 부분에 소재하는지 여부가 명확하지 아니하므로 처분청이 이를 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점건축물의 취득세 면제 여부를 결정하는 것이 타당함.
[주 문] OOO 소재 건축물 31,696.39㎡ 중 청구법인이 기업부설연구소로 사용하고 있는 1층 및 2층 1,573.41㎡를 취득세 면제 대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점건축물을 취득한 후부터 현재까지 다른 용도로 사용하지 아니하고 기업부설연구소인 디자인 품평실 등으로 사용하다가 그 취득일(2013.4.26.)부터 4년 이내인 2015.8.24. 미래창조과학부장관으로부터 기업부설연구소로 인정받았으므로 쟁점건축물은지방세특례제한법제46조 제1항의 기업부설연구소용 부동산으로서 취득세 면제대상임에도 처분청이 청구법인의 취득세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(2) 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 임대하다가 그 후 용도를 변경하여 기업부설연구소로 사용하고 있으므로 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되지 않는다는 의견이나, 청구법인은 쟁점건축물을 취득한 후, 다른 용도에 사용하지 아니하고 기업부설연구소인 디자인 품평실 등으로 사용하였으며, 이와 같은 사실은 청구법인이 제출한 디자인 품평실 등의 사용현황 등에서 명백하게 입증되고 있으므로 쟁점건축물을 임대하다가 기업부설연구소로 전용한 것이라는 처분청의 의견은 사실과 다르다.
(2) 설령, 청구법인이 쟁점건축물을 다른 용도로 사용하지 아니하고 디자인 품평실 등으로 사용하였다고 하더라도 이는 기업부설연구소의 필수적인 시설에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 쟁점건축물을 다른 용도로 사용하지 아니하고 기업부설연구소용 부동산으로 직접 사용하였다고 하더라도 이에 대하여는 청구법인이 명백하고 객관적인 자료로 입증하여야 하나, 청구법인이 제출한 쟁점건축물의 사용 현황 관련 자료는 청구법인이 언제든지 임의로 만들 수 있는 자료로서 그대로 신뢰하기 어렵다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제46조【연구개발 지원을 위한 감면】① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
(2) 지방세특례제한법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24297호로 개정된 것) 제23조【기업부설연구소】① 법 제46조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.
(3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조【특정연구개발사업의 추진】① 미래창조과학부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
2. 연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서
(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】① 법 제14조 제1항 제2호에서 “연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. (이하 생략)
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료의 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2013.4.26. OOO으로부터 이 건 건축물의 지하 2층․지상 1층부터 8층까지 13,006.32㎡를 기업부설연구소로 인정받았으며, 처분청은 기업부설연구소로 인정받은 면적에 대하여 취득세를 면제하였다. (나) 청구법인이 이 건 건축물에 대한 취득세 신고를 하면서 제출한 이 건 부동산의 사용현황(예정)은 ＜표1＞과 같다. (다) 청구법인은 이 건 건축물 중 기업부설연구소용 부동산에 해당하는 13,006.32㎡만 취득세가 면제되고 나머지 18,690.07㎡는 그 사용현황에 관계없이 취득세 과세대상이므로, 취득세 과세대상인 건축물에 대하여는 그 사용현황에 관계없이 임대용 부동산으로 신고한 것일 뿐 쟁점건축물은 임대 등 다른 용도로 사용하지 아니하고 디자인 품평실 등으로 사용하였다고 주장한다. (라) 청구법인은 ＜표1＞의 지상 1․2층 중 당초 기업부설연구소로 승인받지 아니한 1,573.41㎡(쟁점건축물)에 대하여 2015.8.24. 기업부설연구소용 부동산으로 승인받았고, 현재 기업부설연구소인 디자인 품평실 등으로 사용하고 있는 것으로 보인다. (마) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인은 2013년 10월부터 현재까지 쟁점건축물에서 740여 차례의 디자인 품평회 등을 개최한 것으로 나타나나, 처분청은 청구법인이 제출한 자료는 청구법인의 내부 자료로서 청구법인이 쟁점건축물을 다른 용도에 사용하지 아니하고 기업부설연구소로 사용하였다는 사실을 입증할만한 객관적인 자료로 보기 어렵다는 입장이다. (바) 우리 원 조사담당자가 처분청의 주민세 재산분 과세대장 등을 통해 확인한 이 건 건축물의 입주(임차)업체 및 그 사용 면적은 아래 ＜표2＞와 같고, 처분청의 취득세 담당공무원은 2016.7.28. 우리 원 조사담당자와의 통화에서 ＜표2＞에 기재된 업체 외 다른 업체가 이 건 건축물을 임차한 사실은 없는 것으로 보인다고 답변하였다. (사) ＜표1＞에는 청구법인이 이 건 건축물의 1층 1,535.60㎡를 임대하는 것으로 기재되어 있는 반면 ＜표2＞에는 1층을 임대한 사실이 없는 것으로 나타나나, 처분청의 주민세 재산분 과세대장 및 취득세 담당공무원의 의견을 종합해 볼 때, 청구법인이 이 건 건축물의 1층을 임대한 사실은 없는 것으로 보인다. (2)지방세특례제한법제46조 제1항에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제23조 제1항은 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건축물을 임대하지 않고 디자인 품평실 등으로 사용한 것으로보이므로 그 후 쟁점건축물을 기업부설연구소로 인정받았다고 하여 이를 임대용 부동산의 전용이라고 보기는 어려운 점, 청구법인이 제출한 자료 및 현재의 사용현황 등으로 보아 2013.6.19. 이 건 건축물 중 13,006.32㎡를 기업부설연구소로 인정받을 당시 1층과 2층을 기업부설연구소로 인정받지 못하였을 뿐 쟁점건축물을 다른 용도에 사용하지 아니하고 디자인 품평실 등으로 사용하였다는 청구법인의 주장은 어느 정도 설득력이 있다고 보이는 점, 청구법인은 기업부설연구소로 사용하기 위하여 이 건 건축물을 신축하였고 이 건 건축물의 취득일부터 4년 이내에 쟁점건축물을 기업부설연구소용 부동산으로 인정받은 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점건축물을 취득한 후 계속하여 기업부설연구소로 사용한 것으로 보이므로 쟁점건축물을 취득세 면제대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세 기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.