비영리법인이 신축한 청소년수련원 내의 구내식당 등을 제3자에게 임대한 경우, 임대목적물이「지방세특례제한법」제21조 제1항의 ‘직접 사용’에 해당하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.3.2. OOO을 신축하고,청소년활동진흥법제13조에 따라 처분청에 이 건 수련원을 청소년수련시설로 등록하였고, 2012.4.13.지방세특례제한법제21조 제2항에 따라 이 건 수련원이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 취득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 이에 2012.4.16. 감면결정을 하였다가, 2015년 5월부터 7월까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 감면받은 OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 임대부분을 제3자에게 임대한 것에 대하여지방세특례제한법제94조(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 일반적 추징규정을 적용하여 취득세 등을 부과하였으나, 청구법인은 당초 이 건 수련원 신축 후 같은 법 제21조(2012.3.21. 법률 제11397호로 개정된 것, 이하 같다) 제2항의 ‘비영리법인이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당하는 것으로 하여 취득세 등을 감면받았고, 관련 법령의 취지에 부합하게 관리·운영하고 있을 뿐만 아니라,지방세특례제한법제178조(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것, 이하 같다)에서 감면된 취득세의 추징요건으로 “이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 첫째, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 둘째, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”로 규정하고, 같은 법 제2조(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것, 이하 같다) 제8호에서 "직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다“고 규정하고 있는바, 특별히 감면된 취득세의 추징 요건을 규정하고 있는 경우를 제외하고는 원칙적으로 추징 대상에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 청구법인의 경우처럼 취득세 면제에 대해서는 ‘직접 사용’에 대한 요건이 없는 같은 법 제21조 제2항(재산세 경감에 대해서는 ‘직접 사용’ 요건이 있음)에 따라 감면을 받은 경우에는 ‘직접 사용’의 요건 충족 대상이 아니다. 더불어, 임대부분은 수련시설에 필수적인 시설로 청구법인이 직접 운영할 경우 인건비 등의 초과지출이 예상되어 예산절감과 양질의 급식 등을 제공할 목적으로 외부업체에 위탁 운영하고 있으나, 엄격하게 관리하고 있고, 청소년수련원의 위치상 외부인은 이용할 수 없으며, 이용요금도 실비변상적인 범위 내에서 저렴하게 책정하는 등 실질적으로 청소년수련원의 설치 목적에 부합하게 운영되고 있으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 실질과세의 원칙과 조세법률주의 원칙에 반하여 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제21조 제2항에서 “청소년활동진흥법에 따라 청소년수련시설의 설치허가를 받은 비영리법인이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31까지 취득세를 면제한다”고 규정하고, 같은 법 제178조 제1호에서 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다”고 규정하고 있으며,지방세특례제한법제2조 제8호에서 “직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다”고 규정하고 있는바, 조세법령상 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이고 취득세 감면을 규정한 다른 조항과 달리 위 제21조에서는 별도의 추징규정을 두고 있지 아니하였으며,지방세특례제한법상 직접 사용에 대한 감면규정을 적용할 경우에는 해당 부동산의 소유자가 사용하도록 명시한 점을 볼 때, 청구법인이 임대부분을 임대하고 있는 이상 일반적인 추징규정인 같은 법 제178조에 따라 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 적법한 법적용이라고 할 것이므로 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 비영리법인이 신축한 청소년수련원 내의 구내식당 등을 제3자에게 임대한 경우, 임대목적물이지방세특례제한법제21조 제1항의 ‘직접 사용’에 해당하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제6조【정의】취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

(2) 지방세법 시행령 제22조【비영리사업자의 범위】법 제11조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"란 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 2.초·중등교육법및고등교육법에 따른 학교,경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 평생교육법에 따른 교육시설을 운영하는 평생교육단체

(3) 지방세특례제한법 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.(2014.1.1. 신설) 제21조【청소년단체 등에 대한 감면】① 다음 각 호의 법인 또는 단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 같은 법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 1.스카우트활동 육성에 관한 법률에 따른 스카우트주관단체 2.한국청소년연맹 육성에 관한 법률에 따른 한국청소년연맹 3.한국해양소년단연맹 육성에 관한 법률에 따른 한국해양소년단연맹

4. 제1호부터 제3호까지의 단체 등과 유사한 청소년단체로서 대통령령으로 정하는 단체

② 청소년활동진흥법에 따라 청소년수련시설의 설치허가를 받은 비영리법인이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 시설에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다. 제178조【감면된 취득세의 추징】부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.(2014. 1.1. 신설)

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 제94조【감면된 취득세의 추징】부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.(위 제178조 신설 전)

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(4) 청소년활동진흥법 제10조【청소년활동시설의 종류】청소년활동시설의 종류는 다음 각 호와 같다.

1. 청소년수련시설

• 나. 청소년수련원: 숙박기능을 갖춘 생활관과 다양한 수련거리를 실시할 수 있는 각종 시설과 설비를 갖춘 종합수련시설 제13조【수련시설의 등록】① 수련시설은 이를 운영하기 전에 당해 시설의 소재지를 관할하는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 여성가족부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세근거에 의하여 확인되는 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청이 청구법인에게 보낸 ‘지방세 감면신청 처리결과 통지(2012.4.16.)’를 보면, 청구법인의 2012.4.13.자 이 건 수련원에 대한 취득세 감면 신청에 대하여 감면 결정을 하면서, 단서로지방세특례제한법제94조에서 규정하는 추징 사유가 발생하면 자진신고·납부하여야 하고, 그렇지 않을 경우 가산세를 포함하여 직권과세할 수 있음을 고지한 것으로 나타나며, 첨부된 ‘취득세 비과세(감면) 통지서(2012.4.16.)’에 는, 처분청은 청구법인의 감면 신청에 대하여지방세특례제한법제21조 제2항을 근거로 ‘청소년수련시설 설치허가를 받은 비영리법인의 청소년수련시설용 부동산’이라는 이유로 감면을 결정하면서, “비과세(감면) 후 고유목적 외 사용, 미보유 등 감면 요건 미충족시 비과세(감면) 세액이 추징됩니다”라고 기재되어 있다. (나) OOO에 따르면, 청구법인은 2012.8.13. 청구외 OOO에 이 건 수련원의 임대부분을 2012.8.1.부터 2013.1.31.까지 임대하는 것으로 임대차계약을 체결하였고, 이후 2016.1.31.까지 계속 임대하는 것으로 계약을 갱신한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 제시한 증빙의 내용은 다음과 같다. (가) ‘취득세 비과세(감면) 통지서(처분청, 2012.4.16.)’에 의하면, 처분청은 청구법인의 2012.4.13.자 이 건 수련원의 신축에 대한 취득세 감면 신청에 대하여지방세특례제한법제21조 제2항을 근거로 ‘청소년수련시설 설치허가를 받은 비영리법인의 청소년수련시설용 부동산’이라는 이유로 감면 결정을 한 것으로 나타난다. (나) 청소년수련시설등록증(처분청, 2012.4.24.)에 의하면, 청구법인이 청소년활동진흥법제13조(수련시설의 등록)에 따라 이 건 수련원을 청소년수련시설로 등록한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 이 건 수련원을 취득(신축)한 것에 대하여지방세특례제한법제21조 제2항에 따라 취득세를 면제받았으나, 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전후의 같은 법 제94조 및 제178조 제1호에서 “이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다”고 규정하고 있어 이 규정은 일반적인 추징 요건이라고 할 수 있는데, 청구법인이 당초 위 제21조 제2항 전단에 따라 취득세를 감면받았음에도 불구하고 이 규정에는 다른 조항과 달리 별도의 추징요건을 두고 있지 아니한바, 청구법인의 이 건 수련원의 경우에는 일반적인 추징 규정인제178조 제1항을 적용하는 것이 타당한 것으로 볼 수 있을 뿐만 아니라, 위 제12175호로 개정된 같은 법 제2조에서 “직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다”고 규정하고 있고, 처분청이 2012년도에 이 건 수련원 취득에 대한 취득세 감면 결정을 하면서 청구법인에게 위 제94조에 따른 추징 사유, 즉 고유목적 외 사용 등의 사유가 발생하면 자진신고·납부하여야 하고 그렇지 아니할 경우 직권으로 과세할 수 있음을 안내한바, 청구법인이 이 건 과세대상인 임대부분에 대해서는 당초 목적이 아니라 수익사업에 사용하는 것으로 볼 수 있는 한, 처분청이 청구법인에게 임대부분에 대하여 이 건 취득세 등을 부과·고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.