보호예수기간이 종료된 주식을 개정된 「소득세법」 시행일 이후 양도한 경우 개정된 세율을 적용하여 양도소득세를 과세처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 주식회사 OOO의 대주주로서, 2015.12.15. 의무보호예수기간이 종료되는 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2016년 1월 양도하면서 중소기업 대주주에 대한 주식 양도소득세율을 기존 10%에서 20%로 상향한 개정소득세법(2016.1.1. 시행, 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것, 이하 “개정소득세법”이라 한다) 제104조 제1항 제11호 다목을 적용하여 양도소득세를 신고하였다가, 2016.8.1. 경과규정을 담고 있는 부칙 제12조가 불합리하다는 이유로 청구인에게 개정소득세법이 적용될 수 없다는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2016.1.1. 이후 양도하는 중소기업 대주주의 주식이 그 전에 보호예수기간이 종료된 경우에는 개정소득세법제104조 제1항 제11호 다목에 따른 양도소득세율 20%가 적용되어야 한다는 이유로 2016.10.4. 거부처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.14. 심판 청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 중소기업 대주주의 주식 양도소득세율을 20%로 상향한 개정 소득세법은 그 적용시기에 관하여 부칙 제12조에서 “한국예탁결제원이 법 시행일 현재 관련 법률에 따라 의무적으로 보호예수 중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우에는 제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따 른다.”라고 규정하여 보호예수기간 종료일로부터 6개월 이내 처분하는 경우에는 주식 양도소득세율 10%를 종전과 같이 적용하도록 하고 있는바, 개정소득세법이 부칙 제12조를 둔 취지는 상향조정되는 주식 양도소득세율을 그대로 적용하게 될 때 법 시행일 현재 의무보호 예수기간이 종료되지 않은 주식을 보유한 주주의 경우 자기의 책임이 아닌 법률에 의한 양도 제한 때문에 예상하지 못한 세율 적용상의 불 이익을 받게 되는 불합리를 시정하고 납세자의 신뢰를 보호하기 위함에 있다. 처분청은 위 부칙 제12조의 규정을 문언 그대로만 해석하여 의무보호예수기간이 법 시행일 이후에 종료된 경우에만 기존 규정에 의한 양도소득세율 10%가 적용된다고 보아 이 건 거부처분을 하였으나, 이와 같은 해석은 동 부칙 규정을 기계적으로 해석한 것으로서 입법취지에 부합하지 않고 헌법상 재산권, 평등권을 침해하고 조세공평주의에 위반된다. 개정소득세법부칙 제12조는 의무보호예수기간이 종료된 주식을 처분하는데 필요한 일반적인 기간을 6개월로 법정하고 있는바, 법률이 정한 의무보호예수기간으로 인하여 주식을 처분하지 못한 점에서는 법 시행 ‘이후’ 동 기간이 종료된 사람이나 법 시행 ‘이전’ 동 기간이 종료된 사람이나 모두 동일함에도 주식 양도소득세율을 다르게 적용하는 것은 헌법상 평등원칙과 세법상 조세공평주의에 위반된다. 또한 청구인과 같이 법 시행일(2016.1.1.)이 얼마 남지 않은 상태에서 의무보호예수기간이 종료(2015.12.15.)한 경우 청구인에게는 단 15일의 처분기한만 인정되는데 반하여, 개정소득세법시행일 이후 그 기간이 종료된 사람은 6개월의 처분기한이 인정되는 점에서도 헌법상 재산권(처분권한)에 대한 침해가 있다고 보아야 한다. 따라서 법 시행일 이전에 보호예수기간이 종료되더라도 6개월 이내에 주식을 처분하면 종전 세율 10%를 적용할 수 있다는 취지의 새로운 부칙규정을 신설하거나, 처분청의 목적론적 해석에 의하여 종전 세율 10%를 적용할 수 있도록 인정하여야 할 것이므로 이 건 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 의무보호예수제도란 주가급락으로 인한 소액투자자 보호와 같은 일 정한 정책적 목적달성을 위한 관련 규정에 따른 특정사유의 발생시 최대주주 등은 자신이 보유하는 주식을 일정기간 동안 의무적으로 보유하여야 하는 경우로 주식의 전매금지를 확보하기 위해 예탁결제원에 증권 등을 일정기간 동안(최소 6개월) 의무적으로 예치하는 것인바, 청구인이 주장하는 양도인의 권리 보호와 신뢰보호의 취지가 아닌 소액투자자 보호와 같은 정책적인 목적에 따른 제도이므로 청구주장은 받아들일 수 없다. 청구인은 법적안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서의 목적론적 해석은 불가피 하다고 주장하나, 이는 실질과세원칙의 대전제인 조세법률주의의 기본원리인 엄격해석원칙을 침해하는 것으로서 조세법률주의가 준수되어야만 법적안정성 및 납세자의 재산권 보호가 이루어질 것이므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 중소기업의 대주주가 보호예수기간이 종료된 주식을 개정된소득 세법시행일 이후 양도한 경우 개정된 양도소득세율을 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 부칙 <법률 제13558호, 2015.12.15.> 제1조【시행일】이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제84조 및 제156조의7의 개정규정은 2016년 7월 1일부터 시행하고, 제12조, 제14조, 제21조, 제73조, 제80조, 제145조의3, 제155조의6, 제164조 및 제170조의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 제12조【중소기업 주식양도세율 조정에 따른 경과조치】자본시장과 금융투자업에 관한 법률제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원이 법 시행일 현재자본시장과 금융투자업에 관한 법률,채무자 회생 및파산에 관한 법률에 따라 의무적으로 보호예수중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우 에는 제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(2) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것) 제104조【양도소득세의 세율】① (생 략)

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 청구인은 2015.12.15. 의무보호예수기간이 종료되는 쟁점주식을 2016년 1월 양도하면서 중소기업 대주주에 대한 주식 양도소득세율을 기존 10%에서 20%로 상향한 개정소득세법제104조 제1항 제11호 다목을 적용하여 양도소득세를 신고하였다가 청구인에게 개정소득세법이 적용될 수 없다는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2016.1.1. 이후 양도하는 중소기업 대주주의 주식이 2016.1.1. 전에 보호예수기간이 종료된 경우에는 개정소득세법제104조 제1항 제11호 다목에 따른 양도소득세율 20%가 적용되어야 한다는 이유로 이 건 거부처분을 한 사실이 나타난다.

(2) 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 1997.10.24 선고 97누4173 판결, 같은 뜻임)인바, 의무보호예수기간이 종료된 쟁점주식의 양도소득세율 적용과 관련하여 국세청 예규는 2016.1.1. 이후 양도하는 중소기업 대주주의 주식으로 2016.1.1. 전에 보호예수기간이 종료된 경우에는 개정된 양도소득세율이 적용되는 것으로 해석하고 있다(사전-2016-법령해석재산-0435).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 중소기업 대주주에 대한 주식 양도소득세율을 종전 10%에서 20%로 상향한 개정소득세법제104조의 경과규정을 담고 있는 부칙 제12조가 헌법상 재산권, 평등권을 침해하고 조세공평주의에 위반된다고 주장하나, 조세심판청구의 대상은 구체적인 처분이국세기본법또는 세법에 위반되는지 여부에 대한 것일 뿐 과세근거 법규가 헌법에 위반되는지 여부는 우리 원에 위헌심사권이 없어 원칙적으로 심판대상에 해당되지 아니하는 점, 개정소득세법제104조 제1항 제11호 다목은 종전 규정과 달리 중소기업의 대주주가 해당 주식을 양도하는 경우에는 양도 세율을 20%로 규정하고 같은 법 부칙 제12조에서 개정법 시행일 현재 의무보호예수 중인 중소기업 주식을 의무보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우에만 종전의 규정에 따른다고 규정하였다 하여 평등권 침해 내지 조세공평주의 위반의 문제가 있다고 보이지는 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점주식 양도에 개정소득세법제104조 제1항 제11호 다목에 따른 양도소득세율 20%가 적용되어야 한다는 이유로 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.