쟁점건물 매수시 부담한 부가가치세 매입세액이 공제대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 토지 2,891.2㎡ 및 건물 가동 1,178㎡, 나동 972㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 다동 1,047.14㎡를 OOO으로부터 OOO에 매수하고, 쟁점건물분 및 철거비용에 대한 부가가치세를 전액 매입세액공제하는 것으로 하여 2015년 제1기분 부가가치세 조기환급신고를 하였고, 처분청은 청구인의 신고내용대로 환급결정하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 OOO 쟁점건물을 철거하고 건물을 신축하고 있다는 사실을 확인하고, 쟁점건물의 매수가액 및 철거비용에 대한 부가가치세를 토지 관련 매입세액으로 판단하여 매입세액 불공제하고 OOO 청구인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 쟁점건물 매수할 당시 가동과 다동은 임대 중이었고, 쟁점건물(나동)은 공실인 상황이었는데, 당초에는 쟁점건물이 노후화된 건물(1985년 신축)이어서 수선하여 공장(도금업)으로 사용하기로 계획을 세우고, OOO 잔금청산 및 소유권이전등기 후 쟁점건물을 포함한 3개 동에 화재보험에 가입하고, 세척기계 등 일부를 설치하고, OOO부터 작업을 진행하였으나 발암물질인 석면에의 노출, 오폐수관 노후, 건물붕괴 가능성 등 쟁점건물이 예상보다 훨씬 노후화된 사실을 뒤늦게 발견하였고, 쟁점건물이 오염방지시설인 스크레바, 세정탑, 휀, 모터등의 무게를 감담할 수 없다고 판단하여 작업을 중단한 후 쟁점건물을 철거하고 새 건물을 신축을 하게 된 것이다. 처분청은 소유권이전등기OOO부터 철거신고OOO까지 20일의 짧은 기간 내에 실행된 점을 들어 쟁점건물을 신축목적으로 취득한 것으로 단정하였으나, 쟁점건물의 수선에 대한 견적은 통상 4∼5일, 신축비용에 대한 견적은 2∼3일이면 가능하여 철거신고까지 많은 시간을 요하지 아니하고, 초음파세척기는 운반과 설치가 어렵지 않아 소유권이전등기 후 작업 시작 및 작업 중단하는데 별다른 문제점이 없었으며 처음부터 쟁점건물을 신축하기로 하였다면 쟁점건물에 대한 화재보험에는 가입하지 않았을 것이다. 청구인은 쟁점건물을 신축목적으로 매수한 것이 아니라 쟁점건물을 매수한 이후에 쟁점건물이 공장용도에 사용하지 못할 정도로 노후화된 사실을 알고 부득이하게 신축 한 것이므로 쟁점건물에 대한 매입가액 및 철거비용에 대한 매입세액은 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 공장이전 계획은 쟁점건물의 신축여부와 관계없이 공장이전시 당연히 수립해야 해야 하는 것으로, 쟁점건물의 신고필증 발행일은 OOO로 소유권이전일인 OOO로부터 20일 정도되는 기간은 공장 이전, 사업에 사용, 석면검출, 리모델링 계획 및 견적, 철거계획수립 및 철거업체 선정, 철거신고 등을 모두 처리하기에 불가능한 기간으로 보이고, 쟁점건물과 동일자에 동일구조․공법으로 건축된 가동과 다동은 별다른 문제가 없었는데, 쟁점건물만 더 노후되었다는 주장은 근거가 없으며, 고액의 부동산을 거래하면서 사전에 부동산의 하자여부를 점검하는 것은 당연한 것인데, 당초 수리해서 사용하려다가 갑자기 쟁점건물을 철거하고 고액을 들여 새 건물을 신축했다는 청구주장을 신뢰할 수 없고, 당시 쟁점건물에서 일정기간 작업을 진행하였다는 청구주장 또한 아무런 근거나 증빙의 제시가 없다. 청구인은 쟁점건물에 대한 화재보험을 가입하였다고 하나, 일반적으로 부동산담보대출시에는 건물을 화재보험에 가입하고 보험증권을 대출기관에 제출해야하는 것으로, 청구인은 잔금청산일인 OOO 쟁점건물을 포함한 공장건물 및 토지를 공동담보로 하여 OOO에서 대출을 받은 사실이 있어 화재보험 가입은 쟁점건물의 사용목적이 아닌 담보대출 실행목적이었던 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점건물 매수시 부담한 부가가치세 매입세액이 공제대상인지 여부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 부가가치세 환급 현장확인 종결보고서(2016년 3월)에 의하면, 조사공무원이 현장확인한 결과, 청구인이 매수한 건물 3개동 중 2개동은 그대로 사용 중이고, 1개동은 매수 즉시 철거되어 새 건물을 신축하고 있는 것으로 조사하여, 쟁점건물 매수 및 철거 관련 매입세액을 토지 관련 매입세액으로서 불공제하는 것으로 조사하였다. 불공제 매입세액 중 쟁점건물 매수 관련 매입세액은 건물 매수가액을 청구인이 매수한 건물 3동의 감정평가표상 감정가액으로 안분한 OOO과 쟁점건물의 철거비용 OOO에 대한 매입세액 OOO을 불공제하는 것으로 계산하였다.

(2) 청구인이 제출한 매매계약서에 의하면, 청구인은 OOO 매도인과 OOO 소재 공장용지와 건물에 대한 매매계약을 다음과 같이 체결하였다. (가) 총매매대금 OOO 중 계약금 OOO, OOO 중도금 OOO, OOO 잔금 OOO을 지급하고 임대보증금 OOO을 청구인이 승계한다. (나) 특약사항에는 매수인의 감정평가에 따라 총매매가액 OOO 중 건물가액을 OOO으로 하여 이에 대한 부가가치세는 잔금일에 별도 지급한다.

(3) 위 부동산의 감정평가표OOO에는 다음 <표>와 같은 사항이 기재되어 있다. <표> 감정평가내역

(4) 청구인이 제기한 이의신청에 대한 처분청의 결정서에는 쟁점건물의 말소와 관련하여 “청구인이 OOO에 ‘증축공사로 인한 철거공사 중 연면적 3,197.14㎡ 중 쟁점건물 972㎡ 부분철거멸실’을 철거 사유로, ‘2015년 6월 ∼ 2015.7.20.’을 철거일자로 기재하여 건축물철거․멸실신고서를 접수하였고, OOO은 건축물 철거․멸실신고필증OOO을 교부하였으며, 쟁점건물은 OOO 철거에 따라 건축물대장이 말소되었다”는 내용이 기재되어 있다.

(5) 쟁점건물의 등기사항전부증명서OOO에 의하면, OOO에는 쟁점건물이 매매OOO를 원인으로 OOO 청구인에게 소유권이 이전된 사실이 나타나고, OOO에는 설정계약OOO을 원인으로 같은 날 청구인을 채무자로 하고, 근저당권자를 OOO으로 하며, 채권최고액 OOO으로 하여 쟁점건물에 근저당권이 설정된 사실이 나타난다.

(6) 청구인이 제출한 보험증권OOO에 따르면, 청구인은 OOO 보험계약자 및 피보험인을 청구인으로 하고, 보험기간을 OOO부터 1년간으로 하며, 쟁점건물을 포함한 OOO 소재 건물OOO을 보험목적물로 하여 총보험료 OOO에 화재보험에 가입하였으며, 동 보험의 취급자는 OOO 보험대리점으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물을 당초 신축목적이 아닌 사용목적으로 취득한 것이므로 쟁점건물의 매입가액 및 철거비용에 대한 부가가치세 매입세액이 공제대상이라고 주장하나, 청구인이 쟁점건물을 인수한 지 20일만에 철거를 시작하여 청구인이 쟁점건물을 사용목적보다는 철거 후 새공장을 신축할 목적으로 구입한 것으로 보이는 점, 청구인이 가입한 화재보험은 청구인이 쟁점건물을 담보로 자금을 차입한 같은 날, 같은 은행에서 화재보험에 가입한 점에 비추어 청구인이 쟁점건물을 계속 사용하기 위한 목적보다는 담보로 제공하여 대출을 받기 위한 목적으로 가입한 것으로 보이는 점, 통상 고액의 자금이 소요되는 부동산을 거래하는 경우 부동산의 상태를 꼼꼼히 점검한 후 사전에 사용 또는 철거여부를 결정한 후 매수하는 것이 일반적인데, 쟁점건물을 수리후 사용하려다가 20일만에 철거하고 고액을 들여 새 건물을 신축하였다는 청구주장은 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점건물의 매수가액 및 철거비용에 대한 부가가치세는 토지 관련 매입세액에 해당하는 것으로 보이므로 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 일부개정되기 전의 것) 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 (2016.2.17. 대통령령 제26983호로 일부개정되기 전의 것) 제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액