법인세를 과소신고한 데 대하여 정당한 사유가 없으므로 가산세를 감면배제한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2003.12.5.부터 대형 주거시설에 가구를 대량 주문방식으로 공급하고, 내장공사 등을 영위하는 법인으로 과세사업인 가구 등의 상품매출과 과․면세 겸용사업인 공사매출업체로 공통매입세액 안분계산에 있어서 당초 사업장 전체 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율로 안분계산하여 2011년 제2기부터 2014년 제1기까지 부가가치세 신고를 하였다가, 2015.11.11. 사업부문별 총공급가액 대비 면세 공급가액의 비율로 안분계산하여 부가가치세 합계 OOO을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 사업부문별로 총공급가액과 면세공급가액을 구분하고 공통매입세액을 안분계산하여 2015.12.29. 2011년 제2기～ 2014년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급결정하였고, 청구법인은 환급받은 부가가치세를 손금불산입하여 법인세 수정신고를 함과 동시에 과소신고 납부세액이 발생한 2013사업연도에 대한 신고 및 납부불성실가산세에 대하여 감면을 신청하였다.
• 다. 처분청은 청구법인이 당초 부가가치세 신고시 사업부문별이 아닌 사업장 전체를 기준으로 하여 공통매입세액을 안분계산한 것은 법령의 부지나 오해에 해당하는 것으로 보아 가산세 감면을 배제하여 2016.9.7. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 부가가치세 신고시 공통매입세액의 안분계산과 관련하여 실지 귀속이 불분명한 매입세액의 경우 사업장 전체의 총공급가액 대비 면세비율에 의해서 안분계산할 수도 있고, 사업부문별로 세분이 가능한 경우 사업부문별로 안분계산할 수 있었음에도 당초 청구법인에게 불리한 기준에 의하여 공통매입세액을 안분하여 부가가치세 OOO원을 초과납부하고, 동시에 매입세액 불공제분에 대하여 법인세 OOO원을 과소납부하였다. 청구법인은 경정청구를 통하여 2015.12.29. 초과납부한 부가가치세를 환급받았고, 환급시점에 과소 납부한 법인세를 추가 납부하여 결과적으로 OOO원을 초과납부한바, 법인세를 과소신고한 것은 당초 부가가치세를 초과 신고·납부함에 따른 것이므로 그 책임을 청구법인에게 묻는 것은 부당하고, 과다하게 납부한 부가가치세를 법인세 가산세 계산시 기납부세액으로 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 부가가치세 신고시 청구법인에게 유리한 사업부문별이 아닌 사업장 전체의 총공급가액 대비 면세공급가액 비율로 공통매입 세액을 안분계산한 것은 법령의 부지나 오해에 해당하고, 이로 인하여 법인세를 과소신고한 것에 대하여 수정신고를 할 경우국세기본법제48조 제1항에 따른 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 가산세 감면 신청을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 법인세를 과소신고한 데 대하여 정당한 사유가 있으므로 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

(2) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(3) 법인세법 제21조【세금과 공과금의 손금불산입】다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인은 2003.12.5. OOO㈜에서 분할․설립되어 과세사업 과 면세사업을 겸영하는 법인으로 사업부문은 가구, 인테리어, 목창호 등으로 구성되어 있다. (나) 청구법인은 2011년 제2기～2014년 제1기 부가가치세 신고시 공통매입세액 안분계산에 있어서 당초 사업장 전체 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율로 불공제 매입세액을 계산하였으나, 2015.11.11. 각 사업부문 별로 구분하여 공통매입세액 안분계산을 한 결과 불공제 매입세액이 감소함에 따라 아래 <표1>과 같이 경정청구를 제기 하여 부가 가치세 OOO원을 환급받았다. (다) 청구법인은 위 부가가치세 환급금 OOO을 손금불산입하여 2015.12.29. 아래 <표2>와 같이 과소신고 납부세액이 발생한 2013사업연도 법인세 OOO원을 수정신고하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반 한 경우에 부과되는 행정상의 제재로서 원칙적으로 납세자의 고의․과실 여부는 고려되지 아니하고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것인바, 청구법인이 당초 부가가치세 신고시 공통매입세액을 잘못 계산한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하고, 법인세를 과소 신고․ 납부한 데 대한 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점, 청구법인이 과다하게 신고․납부한 부가가치세를 법인세의 가산세 계산시 기납부세액으로 공제하도록 한 규정이 별도로 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.