중소기업사업전환촉진에 관한 특별법 제18조에서 중소기업이 합병을 통하여 사업전환을 하는 것을 지원하기 위하여 상법에도 불구하고 절차를 간소화할 수 있도록 하고 있으므로 합병을 통한 사업전환이 조특법 제33조의2에서 규정하는 사업전환에서 배제된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못임.
중소기업사업전환촉진에 관한 특별법 제18조에서 중소기업이 합병을 통하여 사업전환을 하는 것을 지원하기 위하여 상법에도 불구하고 절차를 간소화할 수 있도록 하고 있으므로 합병을 통한 사업전환이 조특법 제33조의2에서 규정하는 사업전환에서 배제된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못임.
OOO세무서장이 2016.9.20. 청구법인에게 한 2011～2014사업연도 법인세 합계 OOO 의 각 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 상장 이후 기존 무선통신기기 사업의 실적악화 및 주가하락으로 인한 외부투자자들의 개선 요구 등에 따라 회사의 생존을 위한 신규사업을 검토하여 OOO 제조업으로 전환을 추진하였다. 청구법인은 2006년 8월 상장 이후 기존 이동통신기기 및 OOO통신기기 사업의 실적 저하로 내‧외부적으로 신규사업 추진 필요성이 제기되어 사업다각화 방안을 검토하였으며, 증권사들의 신규사업 제안에 따라 대체에너지 사업 및 프랜차이즈 사업 등을 회사의 목적사업으로 추가하는 등 다방면의 사업추진을 검토하였다. 2007년 당시 각종 리포트를 통해OOO시장 확대전망이 보고되었고, 기존에 보유한 사업기술과의 시너지효과 등을 고려하여 OOO 사업에 진출하기로 최종 결정을 하였으며, 이는 실제 증권시장에서도 긍정적인 신호로 반영되어 당초 OOO 사이에 형성되었던 주가가 신규사업 추진 이후OOO까지 상승하는 효과로 나타나기도 하였다.
(2) 청구법인의 사업전환은 실제 2007년에 이루어졌고, 전반적인 사업전환 추진 과정에서 신속성 및 효율성 제고를 위한 수단의 하나 로 기존에 OOO 제조업을 영위하고 있던 구 OOO를 흡수합병한 것이다. (가) 청구법인은 2006년부터 신규사업 추진을 위한 사전준비 작업을 거쳐, 2007년부터 기존사업을 축소하고 OOO 제조업으로 본격 전환하였다. 청구법인은 이사회 및 주주총회 결의에 따라 2007년에 정관 및 법인등기부에OOO 제조업을 추가하여 법률상 형식적 절차의 이행을 완료하였고, 실질적으로 모든 회사의 조직을 전환사업의 수행에 집중하였다. 청구법인은 전환사업에 착수하며 휴대폰, 자동차, 조명 등 다양한OOO 수요가 단기간에 급증할 것으로 보아 OOO를 주력 상품으로 개발, 공급하기로 결정하면서, 이를 위한 신규 사업장(공장) 확충을 추진하였다. 이를 위해 신규사업에는 적합하지 않은 기존의 OOO 공장의 매각 및 제3자(OOO)로부터 공장부지 매도 제안서 등을 수취‧검토 하였고, 최종적으로 현재의 OOO사업장을 신규 공장부지로 선정하여 사업장 이전 작업을 진행하였다. (나) 청구법인은 타경쟁사들에 비해 신속하고 효율적인OOO 제조업의 정착을 위한 수단의 하나로, 기존에 OOO 제조업을 수행하던 구 OOO를 흡수합병하였다. 2007년 당시 OOO 제조업이 신사업 시장으로 각광받던 상황에서 청구법인 외에도 기존의 통신기기 회사들이OOO 제조업으로 전환하여 경쟁구도가 형성됨에 따라 청구법인은 신규사업의 경쟁우위 확보를 위해OOO 전문업체인 구 OOO를 흡수합병하기로 결정하였다. 처분청은 쟁점합병을 사업전환 자체와 동일시하고 있으나, 청구법인과 같은 상장법인의 사업전환을 위해서는 기존사업의 정리, 새로운 사업을 위한 준비 및 착수 등에 따르는 복잡한 절차의 이행 및 실질적 사업행위 등이 종합적으로 수행되어야 하는 것이며, 단순히 합병만으로 사업전환이 이루어질 수도 없는 것이다. 한편, 처분청은 본 사건의 핵심 쟁점과는 무관한 선결정례(OOO)를 들어 사업이 전환되지 않았다는 의견이나, 동 심판례는 단지 물적분할이 기존사업의 양도에 해당하지 않는다는 것이고, 구체적으로 물적분할이 실제 사업전환을 위한 것이 아니라 기존사업의 원활한 입찰을 위한 분할이었던 반면, 청구법인의 경우에는 전혀 별개의 제3자간 합병으로, 실제 경영목적상 사업전환을 실시한 것으로 사실관계상 본 사건에는 전혀 참고가 될 수 없는 것이다. 참고로, ｢중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법｣에서는 합병을 정상적인 사업전환의 방식으로 명시하고 있고, ｢조세특례제한법｣상 창업중소기업에 대한 세액감면 규정에서 합병을 창업으로 보지 않는 것은 합병을 배제하는 규정을 명시하였기 때문임을 볼 때, 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 규정에서 합병을 사업전환으로 보지 않는다는 아무런 규정이 없는 이상, 아무런 법률적 근거 없이 이를 사업전환으로 인정하지 않는 것은 도저히 받아들일 수 없는 부당한 처분이다.
(3) 쟁점합병 당시 청구법인이 합병주체로서 피합병법인인 구 OOO에 비해 매출규모나 자산, 자본규모 및 조직규모가 컸음에도, 단지 역합병 회계처리가 이루어졌다는 이유로 사업전환 사실을 부정할 수는 없는 것이다. 합병 직전인 2006년 기준으로 합병법인인 청구법인의 매출액 및 자산‧자본금의 규모가 모두 피합병법인 OOO에 비해 큰 것이 확인됨에도, 처분청은 합병을 위한 주식가치평가시 OOO의 가액이 크다는 이유로 OOO가 청구법인을 합병한 것이라는 의견이나, OOO의 주식가치가 높게 평가된 것은 단지 합병을 위한 주식평가 규정(｢유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정｣ 제82조 및 동 규정 시행세칙 제5조부터 제9조)에 따라 미래 추정매출액을 적용하는 과정에서 OOO제조업 전망에 따라 OOO의 매출증가가 예상되었기 때문이다. 즉, 청구법인이 역합병 회계처리를 한 것은 기업회계기준에 따른 형식적인 처리에 불과할 뿐, ｢상법｣상 합병법인이 청구법인임이 명백한 이상 세법상 합병법인 역시 청구법인인 것이며, 기업회계기준에 따라 역합병으로 회계처리가 되었더라도 ｢법인세법｣에서는 법률상 합병법인을 기준으로 세무조정을 하는 것이 기존의 해석에 따른 적법한 해석인바, 단지 형식상 회계처리에 따라 법률상‧세법상 실질을 달리 판단할 수는 없는 것이다. 또한, 청구법인이 외부에 공시한 자료에서도 쟁점합병의 목적을 “사업다각화를 통한 성장 및 시너지효과의 극대화를 통한 경쟁력 강화와 주주가치 제고”라고 명백히 밝힌 점을 고려하더라도, 청구법인은 사업전환의 주체로서 합병을 추진한 사실을 확인할 수 있다. 한편, 처분청은 청구법인에게 사업전환 중소기업에 대한 세액감면을 인정하는 경우 파급효과가 크다는 의견이나, 사업전환 중소기업에 대한 세액감면의 적용을 위해서는 과밀억제권역 밖에서 창업중소기업에 대한 세액감면에 해당하는 업종을 영위할 것, 법령에서 규정하는 매출액 규모를 달성할 것 등 여러 감면요건을 모두 충족해야 하므로 현실적으로 타 업체들에 대한 파급효과로 이어지기 어려울 것으로 보이며, 만약 파급효과가 우려된다고 하더라도 이는 향후 법령의 보완을 통해 해결되어야 할 문제이지 현행 법령의 체제에서 청구법인에게 그 적용을 배제하는 것은 부당하다.
(4) 청구법인은 실제 2007년에 전환사업을 추가 및 실행함에 따라 2011사업연도부터 2013사업연도까지 ｢조세특례제한법｣상 사업전환 중소기업에 대한 세액감면의 요건을 충족하였으므로 이에 대한 감면이 인정되어야 한다. ｢조세특례제한법｣ 제33조의2 에서 전환전사업의 매출액이 전환사업을 추가한 날이 속하는 과세연도의 직전 과세연도의 총 매출액의 30% 이하일 것(이하 “감면요건”이라 한다)을 요구하고 있는바, 감면요건 충족 여부의 판단은 자회사(OOO)의 매출액을 합산하지 않고 청구법인만의 매출액을 기준으로 판단함이 타당한바, 청구법인의 전환전사업의 매출은OOO원이므로 2011사업연도부터 2013사업연도까지 감면요건을 충족한다(청구법인은 2010년 4월 기존 통신사업부를 물적분할하여 OOO를 자회사로 설립하였음). 설령, 모회사와 자회사를 하나로 보아 OOO의 매출액을 포함한 전체 매출액을 기준으로 감면요건을 판단하더라도 전환사업을 추가한 과세연도는 2007년임이 명백한 이상, 2011사업연도부터 2013사업연도까지 전환전사업의 매출이 2006년 매출액의 30% 이하이므로 모두 감면요건을 충족한다. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제30조의2 제3항에서 전환사업을 추가한 날이라고만 규정하고 있을 뿐 그 구체적인 시기에 대해서는 명시적인 내용이 없는바, ｢조세특례제한법｣상 창업중소기업에 대한 세액감면과 관련된 선결정례 및 법원의 판례에서 창업이나 업종의 추가란 사업을 영위하기 위한 영업의사를 객관적으로 인식할 수 있는 정도의 준비행위가 있었는지 여부를 기준으로 해석하고 있다(OOO). 결국, 청구법인은 2007년에OOO 제조업을 위한 객관적인 활동을 수행하였음이 여러 입증자료를 통하여 확인되므로 전환사업을 추가한 과세연도는 2007년임이 명백하다.
(1) 합병 전후 청구법인의 경제적 실체로 판단했을 때 청구법인에 사업전환이 있었다고 볼 수 없다. 합병이란 2개 이상의 회사가 ｢상법｣ 상의 특별규정에 의하여 하나의 회사가 되는 것으로 합병 전후 법인의 경제적 실체에 따라 판단할 경우 합병 이후 새로 추가된 업종 즉, 전환사업은 존재하지 않는다. 청구법인이 전환사업이라 주장하는 OOO 제조업은 합병 전에 피합병법인인 OOO가 영위하던 사업이다. 실례로, 물적분할을 통하여 기존 사업을 양도하고 새로운 사업을 추가한 경우 물적분할을 ｢조세특례제한법｣ 제33조의2 제1항 제1호 에서 규정하는 전환전사업을 양도하거나 폐업한 것으로 보지 않는다는 조세심판원의 선결정례(OOO)가 있다. 이는 법인이 물적분할을 하더라도 경제적 실체가 바뀌지 않는다는 것을 전제로 하여 사실판단한 것으로 청구법인의 경우에도 합병 전후 경제적 실체는 바뀐 게 없으므로 사업이 전환되지 않았다는 것을 알 수 있다. 만약, 청구법인이 합병을 계기로 제3의 사업을 제3자로부터 인수하여 업종을 추가하였다면 동 사업은 전환사업에 해당될 것이나, 청구법인의 경우 합병 전후로 합병법인과 피합병법인이 기존에 영위하던 업종 이외의 제3의 업종은 추가하지 않은 것으로 확인되므로 사업을 전환한 것이 아니다.
(2) 청구법인의 경우 우회상장을 위한 역합병을 한 경우로 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 규정의 제정 취지에 맞지 않고, 청구법인의 경정청구를 받아들일 경우 기업들이 세액감면을 받을 목적으로 역합병을 하게 되어 파급효과가 상당할 것으로 예상된다. 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 규정의 취지는 대기업에 비해 산업구조화가 저조한 중소기업에 대해 사업전환을 통한 경쟁력 강화를 위해 세제지원이 필요하기 때문이다. 청구법인의 경우 정상적으로는 OOO가 청구법인을 합병하였어야 하나, 상장기업인 피인수기업이 존속하는 방식인 역합병이라는 방식을 선택하였다. 따라서, 사실상 OOO가 청구법인을 합병한 것이지만 형식적으로만 청구법인이 OOO를 합병한 것으로, 실질적인 존속회사는 OOO라고 할 수 있다. 따라서, 실질적으로 판단했을 때에는 존속회사는 청구법인이 아닌 OOO이므로 청구법인은 합병으로 인하여 사업전환이 되었다고 볼 수 없다. 실제로도 합병의 효력을 부인하고 실질의 내용에 따라 과세한 법원 판례(서울행정법원 2016.6.8. 선고 2014구합75292 판결)가 존재한다. 역합병의 경우 감면요건을 충족할 가능성이 높아 우회상장 목적 이외에 사업전환 중소기업에 대한 세액감면을 받기 위한 목적으로도 역합병이 이용될 소지가 있다.
(3) 청구법인은 창업중소기업에 대한 세액감면 규정에는 합병을 창업으로 보지 않는다는 규정이 있으나 사업전환 감면 규정에는 합병을 사업전환으로 보지 않는다는 별도 규정이 없으므로 감면이 가능하다고 주장하나, 감면배제 규정에 없다고 하여 무조건 감면이 가능하다고 하는 것은 잘못된 유추의 오류이다. 신설합병이란 합병에 참가하는 회사가 다같이 소멸하고 새로운 회사가 신설되는 것으로, 형식은 신규법인과 같은 형태이나 경제적 실체는 기존 법인이 그대로 유지되는 것인바, 창업중소기업에 대한 세액감면 규정도 형식이 아닌 실질, 즉, 법인의 경제적 실체에 따라 감면 규정을 적용하고 있는 점을 볼 때 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 규정도 경제적 실체를 따져야 한다는 사실을 확인할 수 있다. ｢중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법｣과 ｢조세특례제한법｣의 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 규정은 중소기업의 사업전환을 촉진한다는 점에서 제정목적을 같이 하고 있으나, 법인의 경제적 실체에 따라 적용함에 있어 다른 점이 분명히 존재한다. 청구법인은 ｢중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법｣에서 사업전환을 위한 합병의 절차를 간소화하여 합병을 정상적인 사업전환으로 보고 있으므로 제정목적이 같은 ｢조세특례제한법｣상 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 규정 또한 합병을 정상적인 사업전환으로 보아야 한다고 주장하나, ｢중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법｣은 합병뿐 아니라 분할에 대해서도 간소화 규정을 두고 있어 분할도 사업전환을 위한 사업양도로 보고 있으나, ｢조세특례제한법｣의 경우 분할은 사업전환에 있어 정상적인 사업양도로 보지 않는다(OOO). 이는 ｢조세특례제한법｣이 ｢국세기본법｣ 제14조 에서 규정하는 실질과세의 원칙에 입각하여 경제적 실체에 따라 감면 규정을 적용하고 있고, 결국 ｢중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법｣과 ｢조세특례제한법｣의 사업전환 중소기업에 대한 세액감면 규정은 제정 목적을 같이하고 있더라도 규정을 적용함에 있어 법인의 경제적 실체에 따라 적용하여야 한다.
(4) 설령, 청구법인의 주장대로 합병으로 인한 사업전환이 ｢조세특례제한법｣ 제33조의2 에서 규정하는 사업전환에 해당한다 하더라도, 전환사업을 추가한 과세연도는 합병계약을 한 2007년이 아니라 합병기일이 속하는 2008년으로 볼 수 있다. 청구법인이 비록 2007년에 전환사업에 대해 법인등기부상 업종을 추가하고 전환사업을 시작할 준비를 하였다고 하더라도 합병기일인 2008.1.14.까지 전환사업을 피합병회사가 존속하면서 영위하였기 때문에 청구법인은 합병기일이 속하는 2008년에 전환사업을 영위하기 시작하였다고 볼 수 있다. 청구법인이 주장하는 대로 합병으로 인한 업종변경도 사업전환이라면 전환사업을 인수한 2008년이 전환사업을 추가한 과세연도가 되는 것이 타당하다. 따라서, 전환사업을 추가한 과세연도의 직전 과세연도인 2007사업연도의 매출액이 기준총매출액이 되고, 기준총매출액 대비 전환사업의 매출액이 OOO 이상, 전환전사업의 매출액이 OOO 이하인 과세연도는 2009사업연도로, 2009.12.31.이 사업전환일이 된다. 사업전환일 이후 전환사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도는 2010사업연도이고, 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도는 2013사업연도인바, 감면대상 과세연도는 2010～2013년까지이다. 감면대상 과세연도인 2010～2013사업연도 기간 동안 2011사업연도를 제외한 다른 과세연도는 감면요건을 충족하지 않는다. 감면요건을 충족하려면 감면대상기간 중 기준총매출액 대비 전환사업의 매출액이 70% 이상, 전환전사업의 매출액이 30% 이하인 요건을 만족해야 하는바, 감면대상 과세연도인 2010～2013사업연도 동안 2011사업연도를 제외한 사업연도는 전환전사업인 통신사업부의 매출액이 기준총매출액의 30%를 초과하므로 감면요건이 충족되지 않는다.
① 청구법인이 쟁점합병을 통하여 업종변경을 한 것이 ｢조세특례제한법｣ 제33조의2 에서 규정하는 사업전환에서 배제되는지 여부
② 청구법인이 감면요건(전환전사업의 매출액이 기준총매출액의 30% 이하)을 충족하는지 여부
(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 OOO 이동통신기기 설계 및 제조 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2008.1.16. OOO를 흡수합병한 것으로 등기하였으며, 2008.1.16. 상호를 OOO로 변경하였는바, 청구법인의 목적사업의 변경이력은 OOO같은 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2006년 8월 상장 이후 기존 이동통신기기 및 OOO통신기기 사업의 경쟁력 악화와 수익성 저하로 내부적으로 신규사업 추진의 필요성이 제기되던 중, 대외적으로도 일반투자자들의 실적개선 요구나 신사업 비전에 대한 제시 요구에 직면하였고, 증권사 등으로부터도 사업다각화 제안을 받게 되면서 다방면의 사업진출을 검토하게 되었는바, 이 과정에서 대체에너지사업과 프랜차이즈 사업도 목적사업으로 추가(2007.3.27.)하게 되었고, 이후에도 증권사로부터 수차례 OOO 시장확대에 따라 향후 OOO 사업이 유망하다는 보고를 받았으며, 심도있는 내부 논의와 검토를 거친 결과 청구법인도 기존 사업과 시너지를 극대화할 수 있고 향후 시장전망이 밝은OOO사업에 진출하기로 최종 결정하였다고 주장하면서 관련 신문기사(OOO.), 타사인수 검토자료(OOO), 증권사 전망보고서(2007년), OOO 검토서(2007.10.17., 청구법인의 사업화 전략 세미나 보고자료) 등을 제출하였다. 또한, 청구법인은 신규사업 진출 및 합병추진 과정에서 OOO를 주력상품으로 개발하여 공급하기 위해서는 대규모 사업장이 필요하다는 판단 하에 사업부지 검토를 수행하였으며, 최종적으로 OOO와 같이 청구법인과 OOO의 기존 OOO의 사업장을 OOO으로 확장․이전하기로 하는 계획을 수립하였다고 주장하면서 사업장 인수제안서(2007.10.10.), 신사옥 후보부지 검토보고서 등을 제출하였다. (다) 청구법인의 이사회의사록(2007.11.22.)에 의하면, 청구법인은 OOO 정관변경의 건을 안건으로 상정하여 가결한 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 임시주주총회의사록(2007.12.10.)에 의하면, 청구법인은 다음과 같이 합병계약 승인의 건, 정관변경의 건 등을 안건으로 상정하여 원안대로 승인한 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 2008사업연도 감사보고서(OOO)에 의하면, 청구법인과OOO의 합병일정은 OOO과 같고, ｢상법｣상의 피합병회사인 OOO의 보통주식 1주에 대하여 ｢상법｣상의 합병법인이 청구법인의 보통주식 OOO주를 교부하고, 우선주식 1주에 대하여 보통주식 OOO주를 교부하였으며, 이를 위하여 청구법인은 OOO주의 보통주식을 신규로 발행한 것으로 나타난다. 또한, ｢상법｣상의 합병회사인 청구법인과 피합병회사인 OOO의 합병으로 인하여 합병후의 실체를 ｢상법｣상의 피합병법인인 OOO가 지배하게 되었는바, 청구법인은 ｢기업인수․합병 등에 관한 회계처리준칙｣에 따라 실질적인 매수회사인 OOO가 피매수회사인 청구법인의 자산과 부채를 공정가액으로 평가하여 인수하는 매수법으로 회계처리를 한 것으로 나타난다. (바) 국세청의 예규(법인-643, 2009.5.29.)에 의하면, ｢기업인수․합병 등에 관한 회계처리준칙｣에 따라 매수법에 의하여 합병이 이루어진 경우 합병법인이 ｢법인세법｣ 제60조 규정에 의하여 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득에 대한 법인세과세표준과 세액을 신고함에 있어서 같은 조 제2항 제1호의 규정에 의하여 제출하는 재무제표는 ｢상법｣상 합병법인의 사업연도를 기준으로 작성한 재무제표를 말하는 것으로 나타난다. (사) 처분청은 청구법인이 사업전환을 한 것으로 본다고 하더라도, 2008년(OOO)에 전환사업을 추가하였으므로 2007사업연도의 매출액(OOO)이 기준총매출액인바, 사업전환일 이후 최초로 소득이 발생한 2010사업연도와 이후 OOO개의 사업연도중 2011사업연도만이 OOO와 같이 감면요건을 충족한다는 의견이다. * 청구법인은 2010.4.29. 전환전사업인 통신사업부를 분할하여 OOO를 설립하였는바, 처분청은 OOO의 매출액을 전환전사업의 매출액에 포함하여 감면요건을 검토하였음 (아) 청구법인은 2007년에 전환사업을 추가하였으므로 2006사업연도의 매출액(OOO원)이 기준총매출액인바, 사업전환일 이후 최초로 소득이 발생한 2010사업연도와 이후 3개의 사업연도 모두가 OOO과 같이 감면요건을 충족한다고 주장한다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점ⓛ에 대하여 살피건대, ｢중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법｣은 경제환경의 변화로 인하여 어려움을 겪고 있는 중소기업의 사업전환을 촉진하여 중소기업의 경쟁력을 강화하고 산업구조의 고도화를 달성함으로써 국민경제의 건전한 발전에 기여함을 목적으로 제정되었고, 이를 지원하기 위하여 ｢조세특례제한법｣ 제33조의2 에서 사업전환 중소기업에 대하여 세액감면을 적용하고 있는바, ｢중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법｣ 제18조 에서 중소기업이 합병을 통하여 사업전환을 하는 것을 지원하기 위하여 ｢상법｣에도 불구하고 여러 가지 합병절차를 간소화할 수 있도록 하고 있으므로 합병을 통한 사업전환이 ｢조세특례제한법｣ 제33조의2 에서 규정하는 사업전환에서 배제된다고 보기 어려운 점, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이며, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이고, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 명백하고 구체적인 과세근거를 제시하여야 할 것인바, 처분청은 ｢상법｣ 상 합병법인이 청구법인이고, 피합병법인이 OOO라고 하더라도 실질과세의 원칙에 따라 OOO를 합병법인으로 보아 ｢조세특례제한법｣ 제33조의2 를 적용하여 야 한다는 의견이나, 청구법인은 기존에 영위하던 무선통신기기 사업이 사양산업화되어 매출이 감소하는 가운데 사업다각화를 모색하는 과정에서 OOO 제조업을 영위하던 OOO를 인수하기로 한 것으로 보여 실질적인 사업전환에 해당한다고 보이고, 과세당국도 회계처 리기준에 불구하고 ｢상법｣ 상 합병법인을 매수회사로 보아 ｢법인세법｣ 상 재무제표를 작성하도록 하고 있으므로(법인-643, 2009.5.29., 같은 뜻임) 청구법인이 공정가치가 더 큰 법인을 인수하는 역합병을 하였다는 이유만으로 이를 조세회피 목적의 합병이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점합병을 통하여 업종변경을 한 것이 ｢ 조세특례제한법｣ 제33조의2 에서 규정하는 사업전환에서 배제된다는 처분청의 의견은 타당하지 않은 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제30조의2 제2항 에서 전환전사업을 양도하는 경우 등에는 전환사업의 개시일을 사업전환일로 규정한 반면, 전환사업을 추가하여 사업전환을 하는 경우에는 전환사업을 추가한 날을 기준으로 일정요건을 충족하는 과세연도의 종료일을 사업전환일로 규정하고 있는바, 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 OOO 반도체 소자를 이용한 광원개발 제조 및 유통, 화합물 반도체를 이용한 소자 및 회로 설계 등의 사업을 추가하여 외부에 전환사업을 추가한 사실을 공식적으로 표명한 점, 청구법인은 2007.10.24. OOO를 흡수합병하는 것으로 합병계약을 체결하고, 2007.12.10. 주주총회를 개최하여 그 계약의 내용대로 합병을 승인한 점 등에 비추어 청구법인은 2007년에 전환사업을 추가하였다고 보이므로 2010～2013사업연도 동안 사 업전환 중소기업에 대한 세액감면의 감면요건을 충족한다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ① 2018년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항 에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 이 항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 2018년 12월 31일 이전에 창업한 창업중소기업으로서 대통령령으로 정하는 청년창업기업에 대해서는 해당 사업에서 발생한 소득에 대하여 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.
1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.
2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우
3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우
4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 제33조의2(사업전환 중소기업 및 무역조정지원기업에 대한 세액감면) ① 중소기업을 경영하는 내국인이 5년 이상 계속하여 경영하던 사업 및 무역조정지원기업이 경영하던 사업(이하 이 조에서 "전환전사업"이라 한다)을 다음 각 호에 따라 2018년 12월 31일(공장을 신설하는 경우에는 2020년 12월 31일)까지 수도권과밀억제권역 밖(무역조정지원기업은 수도권과밀억제권역에서 사업을 전환하는 경우를 포함한다)에서 제6조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 조에서 "전환사업"이라 한다)으로 전환하는 경우에는 대통령령으로 정하는 사업전환일(이하 이 조에서 "사업전환일"이라 한다) 이후 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도(사업전환일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 전환사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 전환전사업을 양도하거나 폐업하고 양도하거나 폐업한 날부터 1년(공장을 신설하는 경우에는 3년) 이내에 전환사업으로 전환하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 전환전사업의 규모를 축소하고 전환사업을 추가하는 경우
② 제1항 제2호를 적용하는 경우 감면기간 중 대통령령으로 정하는 과세연도에 대해서는 같은 항에 따른 감면을 적용하지 아니한다.
③ 제1항을 적용받은 내국인이 사업전환을 하지 아니하거나 사업전환일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 감면받은 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
④ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 하며 해당 세액은 소득세법제76조 또는 법인세법제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.
⑤ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정되기 전의 것) 제30조의2(사업전환중소기업에 대한 세액감면) ② 법 제33조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 사업전환일"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.
1. 법 제33조의2 제1항 제1호의 경우: 법 제33조의2 제1항에 따른 전환사업(이하 이 조에서 "전환사업"이라 한다)의 개시일
2. 법 제33조의2 제1항 제2호의 경우: 제3항에 따라 사업전환에 해당하게 되는 과세연도의 종료일
③ 법 제33조의2 제1항 제2호에 따른 사업전환은 전환사업을 추가한 날이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 법 제33조의2 제1항에 따른 전환전사업(이하 이 조에서 "전환전사업"이라 한다)의 매출액을 전환사업을 추가한 날이 속하는 과세연도의 직전과세연도의 총 매출액(이하 이 항에서 "기준총매출액"이라 한다)의 100분의 30 이하로 축소하고, 전환사업의 매출액을 해당 기간 내에 기준총매출액의 100분의 70 이상으로 확대하는 경우로 한다.
④ 법 제33조의2 제2항에서 "대통령령으로 정하는 과세연도"란 전환전사업의 매출액이 기준총매출액의 100분의 30을 초과하거나 새로 추가한 전환사업의 매출액이 기준총매출액의 100분의 70에 미달하는 과세연도를 말한다.
⑤ 법 제33조의2를 적용하는 경우 사업의 분류는 한국표준산업분류에 따른 세세분류를 따른다.
⑥ 법 제33조의2 제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액"이란 같은 조 제3항에 따라 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액에 제1호에 따른 기간과 제2호에 따른 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
1. 감면을 받은 과세연도의 종료일 다음 날부터 법 제33조의2 제3항에 해당하는 사유가 발생한 과세연도의 종료일까지의 기간
2. 1일 1만분의 3
⑦ 법 제33조의2 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받으려는 내국인은 사업전환일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
(3) 중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법 제1조(목적) 이 법은 경제환경의 변화로 인하여 어려움을 겪고 있는 중소기업의 사업전환을 촉진하여 중소기업의 경쟁력을 강화하고 산업구조의 고도화를 달성함으로써 국민경제의 건전한 발전에 기여함을 목적으로 한다. 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "사업전환"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
② 주식회사인 승인기업이 합병결의를 위한 주주총회 소집을 통지하는 경우에는 상법 제363조 제1항 본문에도 불구하고 그 통지일을 주주총회 개최일 7일 전으로 할 수 있다.
③ 주식회사인 승인기업이 다른 주식회사와 합병하기 위하여 합병계약서 등을 공시하는 경우에는 상법 제522조의2 제1항 에도 불구하고 그 공시기간을 합병승인을 위한 주주총회 개최일 7일 전부터 합병을 한 날 이후 1개월이 경과하는 날까지로 할 수 있다.
④ 주식회사인 승인기업의 합병에 관한 이사회의 결의에 반대하는 승인기업의 주주는 상법 제522조의3 에도 불구하고 주주총회 전에 승인기업에 서면으로 합병에 반대하는 의사를 통지하고 자기가 소유하고 있는 주식의 종류와 수를 적어 주식의 매수를 청구하여야 한다.
⑤ 주식회사인 승인기업이 제4항에 따른 청구를 받은 경우에는 상법 제374조의2 제2항 및 제530조 제2항에도 불구하고 합병에 관한 주주총회의 결의일부터 2개월 이내에 그 주식을 매수하여야 한다.
⑥ 제5항에 따른 주식의 매수가액의 결정에 관하여는 상법 제374조의2 제3항 부터 제5항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 같은 법 제374조의2 제4항 중 "제1항의 청구를 받은 날"은 "합병에 관한 주주총회의 결의일"로 본다. (4) 중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법 시행령 제2조(사업전환의 범위) ① 중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호 나목에서 "대통령령으로 정하는 비중 이상"이란 새로 추가된 업종의 사업을 시작한 후 3년 이내에 추가된 업종의 매출액이 총매출액의 100분의 30 이상이 되거나 추가된 업종에 종사하는 상시 근로자 수(중소기업기본법 시행령 제5조 에 따라 산정한 상시 근로자 수를 말한다. 이하 같다)가 총근로자 수의 100분의 30 이상이 되는 경우를 말한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.